Juan Pérez de Menacho (Lima, 5 de febrero de 1565–Lima, 20 de enero de 1626) fue un teólogo jesuita.
Hijo de Esteban Pérez e Isabel Menacho. Ingreso la Noviciado jesuita en 1583. Se recibió de sacerdote en 1598.
Condujo la cátedra de Teología en el Colegio San Bernardo del Cuzco de 1598 a 1601, y en el Colegio Máximo de San Pablo de Lima de 1601 a 1621. En la Universidad de San Marcos de 1601 a 1605 y de 1620 a 1624. Fue calificador y consultor del Tribunal del Santo Oficio.Fue consejero de los virreyes Luis de Velasco, Marqués de Salinas; Gaspar de Zúñiga y Acevedo, Conde de Monterrey y Juan de Mendoza y Luna, Marqués de Montesclaros.
Fue seguidor de Santo Tomás de Aquino, pero en sus lecciones utilizó también doctrinas de San Agustín y de los neoplatónicos. Según Felipe Barreda Laos, Pérez de Menacho consideraba que el mal no es una privación sino una entidad real.
Obras Commentarii Summa Theologiae Santo Thomae, 6 volúmenes. Theologiae moralis tractatus, 2 volúmenes. Tractatus Preceptis Eclesiae Privilegios de la Compañía de Jesús Preeminencias de las iglesias catedrales respecto de sus sufraganeas Censuras y bulas de la Santa Cruzada Conciencia errónea. Consejos morales. El decálogo. Vida, virtudes y revelaciones de Rosa de Santa María. Privilegios de los indios
Referencias Alberto Tauro del Pino; Enciclopedia Ilustrada del Perú, PEISA, Lima, 2001. Felipe Barreda Laos; Vida Intelectual del Virreinato del Perú, Lima, 1964.
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