Los estudios sobre la francmasonería o masonería en Chile son bastante escasos, debido en gran parte a la naturaleza reservada de la institución y su manifiesta reticencia a abrir sus archivos al denominado «mundo profano». La obra clásica del escritor Benjamín Oviedo entrega una historia institucional que alcanza hasta finales del . Por otro lado, Manuel Sepúlveda Chavarría escribió una crónica de la masonería chilena cuyo primer tomo cubre el mismo período que la obra cita, y un segundo tomo, que hasta hoy no se ha podido verificar, aunque se cree que llega hasta 1944.
Existe otro libro escrito por Fernando Pino Lagarrigue, que tuvo alguna difusión, orientado a ponderar la importancia de la masonería en la secularización de la sociedad chilena, y es bastante parca la información sobre su desarrollo interno. Günter Böhm se introdujo en el tema para aportar algunos documentos interesantes sobre la primera logia chilena como parte de la biografía de Manuel de Lima, quien era un judío de Curaçao, avecindado en Chile y que fuera fundador de la misma. Por último, se debe mencionar la investigación de Cristián Gazmuri quien en este contexto destaca los movimientos liberales europeos de 1848 en Chile y, el papel de la masonería como instancia de sociabilidad y mecanismo de difusión de las ideas libertarias y laicas. Por lo anterior, se cree que la masonería en Chile comienzaría a gestarse desde los albores de la guerra independentista donde organizaciones paramasónicas como la Logia Lautarina formada por destacados próceres como Bernardo O'Higgins y José de San Martín llevaron adelante las ideas masónicas de Libertad e Igualdad.
Francmasonería y la Guerras de independencia hispanoamericanas Las guerras de independencia hispanoamericanas fueron una serie de conflictos armados que se desarrollaron en las distintas jurisdicciones del Reino de España en América a principios del , en los cuales se enfrentaron el bando patriota, independentista o revolucionario —que luchó a favor de la emancipación de la Corona española— contra el bando realista o virreinal que peleó por la permanencia, lealtad o fidelidad al rey de España. Dependiendo del punto de vista del cual se aborden, estos procesos emancipatorios pueden verse como guerras de independencia o guerras civiles, o bien, una combinación de diversas formas de guerras. En el caso de Colombia, Reyes Cárdenas (2009) hace una revisión sobre los enfoques historiográficos sobre la guerra independentista en ese país. Pérez Viejo (2011) dijo, en una videoconferencia, que considerarlas como procesos independentistas es un enfoque de la «historiografía positivista, liberal» que dificulta la comprensión histórica. Reconoce que el enfoque predominante a lo largo de los casi dos siglos de independencia latinoamericana es precisamente ese — «una guerra de independencia de una serie de naciones que se liberan de otra nación que en este caso es la española»— y propone considerarlas como guerras civiles.
Francmasonería y las Logias Lautarinas 250px|miniatura|izquierda|Retrato del general Francisco de Miranda, por Martín Tovar y Tovar (1874). Los movimientos independentistas de Hispanoamérica adquirieron formas variadas de acuerdo con las condiciones que imperaban en cada región. Por ello es esencial, al principio, no reducir movimientos diferentes a un denominador común. Grupos diferentes actuaron en etapas diferentes: la élite caraqueña tomó la iniciativa de separarse de la monarquía española en 1810 pero la élite de la capital novohispana se dividió en 1808 acerca de la cuestión de la autonomía dentro del imperio, se opuso a la revolución de Independencia en 1810 y no actuó como grupo homogéneo en 1821 cuando se integró en el movimiento de Iturbide.
Los primeros vestigios aparentes de actividad francmasónica en el territorio chileno, entonces denominado «Virreinato del Perú», aparecen en torno al año 1770; y se cree que funcionaban algunas logias en el territorio. Luego, la denominada Logia Lautaro fue una organización latinoamericana conocida como la «Gran Reunión Americana», «Logia de los Caballeros Racionales» o «Logia Lautarina», que fue fundada por el prócer venezolano Francisco de Miranda, en Londres, en 1797. Esta logia y sus integrantes, tuvieron por finalidad lograr la revolución de la independencia de Hispanoamérica de la corona de España y, sobre la base de los principios del liberalismo, establecer un sistema de gobierno republicano y unitario. 230px|miniatura|Retrato de Bernardo O'Higgins en la celebración de la Constitución chilena, por José Gil de Castro. La primera filial de la logia se estableció en Cádiz, España, en el año 1811, con el nombre de Logia Lautaro, en honor al toqui o caudillo mapuche Lautaro,PORCEL, Roberto Edelmiro: "La araucanización de nuestra pampa", Buenos Aires, 2007, página 15. que llamó a su pueblo a sublevarse contra los conquistadores españoles en la Gobernación de Chile en el . Este nombre se debió a los relatos que Bernardo O'Higgins transmitió al respecto a Miranda.
Más tarde, la masonería se establecería en el puerto de Valparaíso, donde un grupo de masones franceses logran establecer la logia simbólica «Etoile du Pacifique» el 7 de agosto de 1850 con carta constitutiva del Gran Oriente de Francia. Luego serían masones ingleses y norteamericanos quienes, con carta constitutiva de la Gran Logia de Massachusetts, fundan la logia «Bethesda». Dichas logias trabajaban en francés e inglés respectivamente.
Sería solo después de que un grupo de masones chilenos lograran entrar y obtener el grado de maestro en la logia Etoile du Pacifique —venciendo incluso la barrera idiomática—, cuando pudieron formar la primera logia puramente chilena: la logia «Unión fraternal» —con patente del Gran Oriente de Francia—. El crecimiento fue lento pero sólido, y a finales de 1862 ya existían logias masónicas en Valparaíso, Concepción y Copiapó.
A lo largo del destacados miembros de la sociedad chilena fueron masones, la mayoría de los cuales estaba ligado al pensamiento liberal laico. Así destaca la presencia de personajes como Isidoro Errázuriz, José Victorino Lastarria, Pedro Nolasco Videla, Guillermo Puelma, Agustín Edwards Ross, Diego Barros Arana, Guillermo Matta, Eduardo de la Barra, Jerónimo Urmeneta, Abraham König, Ángel Gallo Goyenechea y el Presidente Aníbal Pinto. También destacados militares como Diego Dublé Almeyda, Erasmo Escala, Estanislao del Campo, Juan José Latorre, Juan Williams Rebolledo y Antonio Quezada Urzúa. Algunos de ellos alcanzaron el rango de Venerable Gran Maestro, como fue el caso de José Francisco Vergara, Enrique Mac-Iver y Rafael Barazarte.
La francmasonería y la Historia constitucional de Chile 290px|miniatura|izquierda|Obra sobre la Primera Junta Nacional de Gobierno, 18 de septiembre de 1810. Entre 1811 y 1830 se suceden en Chile diversos intentos por reglamentar la convivencia nacional. Esta etapa ha sido considerada como un período de «ensayos constitucionales» o de «organización de la República». Con la Constitución de 1833 se organiza el Estado en armonía con las necesidades de la sociedad y se abre un período de estabilidad institucional importante que dura casi un siglo. En la Constitución de 1925 consagra un régimen presidencialista puro y otorga al Estado un rol importante en el desarrollo económico y social del país.
Posterior al establecimiento de la primera Junta de Gobierno de 1810, en el período conocido como Patria Vieja, surgen algunas normativas de carácter temporal, mientras se encuentra cautivo el Rey de España, Fernando VII. Al año siguiente, de haberse establecido la Primera Junta Nacional de Gobierno del 18 de septiembre de 1810, los Masones dictan el primer reglamento constitucional, denominado «Reglamento para el Arreglo de la Autoridad Provisoria de 1811». El Reglamento Constitucional Provisorio de 1814 que fuera promulgado por la Masonería a fines de la Patria Vieja, orientado principalmente a instaurar el título de Director Supremo con amplias facultades, en gran parte influenciado por la guerra de la independencia. Su cargo tenía una duración de 18 meses, al término de los cuales quedaba sujeto a juicio de residencia y en caso de enfermedad o ausencia sería reemplazado por el Intendente de Santiago. Con este reglamento, el Senado perdió su carácter representativo, transformándose en un organismo meramente consultivo. Se puede entender que, tras el establecimiento de la masonería en Chile, sus integrantes, pudieron evolucionar, desarrollando sus ideas y principios libremente, transformándose en una nueva voz, la de un organismo crítico pero a la vez constructor de nuevas bases, en donde los librepensadores tuviesen su espacio; desenvolviéndose como polo indiscutible de la secularización de las costumbres, del progreso social y científico del país. Su creación contribuyó a la gestación de grandes políticas nacionales en los más diversos ámbitos y, gracias a su influencia, los períodos históricos más conflictivos pudieron ser mitigados en alguna medida.
Intervención política de José Miguel Carrera: dudas y confusiones. Cuando José Miguel Carrera llega a Chile, el sector más independentista —liderado por Juan Martínez de Rozas, quien aparentemente era miembro de la misma logia masónica que Carrera: Los Caballeros Racionales de Cádiz— había organizado un golpe de Estado alegando irregularidades en la elección del primer congreso apoyado por sus hermanos: Juan José y Luis, quienes estaban al mando de las tropas en la capital. José Miguel persuadió a sus hermanos de que esperaran mientras intentaba convencer al sector más conservador de solucionar el problema pacíficamente. pp 21-22
Fracasada esa tentativa, José Miguel decidió que la única solución era ese golpe, el que tuvo lugar exitosamente el 4 de septiembre de 1811. Sin embargo, su intervención tuvo otras dos consecuencias: primero, debido al aplazamiento inicial del golpe hubo un conato de rivalidad entre la capital y Concepción y por ende, entre Rozas y Carrera. A consecuencia de esto, al día siguiente (5 de septiembre), pero sin coordinación con los sucesos de Santiago, los «exaltados» reemplazaron, en un cabildo abierto, a los diputados de esa provincia por otros independentistas. Segundo, Carrera demostró ser quien tenía control efectivo sobre las fuerzas armadas.
230px|miniatura|Retrato del general José Miguel Carrera, por Francisco Javier Mandiola Campos.
El resultado inmediato fue que el Congreso Nacional quedó en manos del sector independentista. Sin embargo, el 15 de noviembre del mismo año, Carrera dio un segundo golpe, que mantuvo formalmente el Congreso, pero estableció un triunvirato integrado por José Gaspar Marín (por Coquimbo) y Bernardo O'Higgins —como suplente de Rozas— por Concepción pero encabezado por Carrera (por Santiago), dando así comienzo a la controversia sobre sus motivaciones e intenciones.