miniatura|Puente de acceso a la Villa Nueva. La historia de Algeciras comienza con los primeros asentamientos paleolíticos al aire libre. Durante la Antigüedad, sus identidades más relevantes son la ciudad romana de Iulia Traducta, importante centro comercial, y la ciudad de Al-Yazira al-Jadra, la primera de las fundadas en la península por los árabes. Posteriormente, y tras trescientos años de abandono de la zona, se refunda en 1704 una nueva ciudad de Algeciras.
Lo más destacable de su historia es el continuo proceso de construcción y destrucción de los distintos asentamientos que la han representado; así, la ciudad habría sido, al menos, tres veces abandonada y destruida: en el paso de la ocupación cartaginesa a la romana, de la bizantina a la musulmana y de esta a la ocupación española en la Edad Moderna.
Por otro lado, durante la Edad Media, la época de mayor esplendor de la ciudad, habría sufrido también, al menos, cuatro asedios de importancia.
Su historia pone, por tanto, de manifiesto la importancia estratégica y cultural que Algeciras ha tenido a lo largo de los siglos, siendo en este aspecto una de las ciudades que mayor impronta ha dejado en la historia de España. En la actualidad, con apenas trescientos años de historia moderna tras su repoblación, Algeciras es el principal puerto de España y una de las ciudades más pobladas y de mayor crecimiento de Andalucía.
Prehistoria miniatura|Tumbas excavadas en la roca en el paraje denominado Llano de las tumbas. miniatura|Hachas pulimentadas de la Edad de Bronce/Calcolítico del yacimiento de la garganta del río de la Miel. Son numerosos los útiles líticos localizados, algunos de ellos en la Villa Nueva de la ciudad. Destaca el yacimiento del embarcadero del río Palmones, localizado en 1994, que ha suministrado numerosos útiles de sílex y protocuarcita perteneciente al periodo achelense, así como el yacimiento localizado en los alrededores de la ensenada de Getares.
La presencia del hombre de Neandertal en la orilla norte del estrecho de Gibraltar está constatada en el registro paleontológico por el hallazgo de varios restos en varias cuevas del peñón de Gibraltar. En el término municipal de Algeciras ha aparecido un único resto aislado de industria lítica asociada al Homo neandertalensis en los alrededores del arroyo de El Saladillo que permitiría situar en la región grupos de cazadores recolectores pertenecientes a esta especie humana.
La mayor parte de los yacimientos prehistóricos de la zona pertenecen al Paleolítico y Neolítico. También destacan varios bifaces de la zona de Torrealmirante datados en el periodo Solutrense y en Punta Carnero pertenecientes todos ellos a sociedades de cazadores-recolectores.
En los alrededores de la ciudad, en un área que comprende el Campo de Gibraltar y regiones limítrofes, se encuentran multitud de abrigos con pinturas rupestres que abarcan desde el paleolítico hasta época tardorromana. Se enmarcan estas representaciones en lo que ha venido a llamarse Arte sureño, término que engloba gran cantidad de estilos desde el figurativo del Paleolítico hasta un refinado estilo esquemático interpretado como de la Edad del Bronce final.
Debido al pequeño término municipal que posee Algeciras y a las condiciones de humedad y vientos constantes de las sierras que degradan las pinturas no se ha localizado aún ninguno de estos abrigos rupestres en él aunque sí es posible encontrar ejemplos de tumbas excavadas en piedra similares a otras de la zona, normalmente asociados a pinturas o a santuarios. De esta manera destaca el llamado Llano de las Tumbas en la Huerta de la Pilas de la barriada de la Granja, en el Cortijo de San Bernabé o el Cortijo de la Joya.
Estos hallazgos no permiten hablar de ninguna manera de asentamientos en la ciudad ya que no se ha localizado ninguna construcción anterior al pero queda comprobado que el ser humano pobló estas zonas desde muy temprano.
Edad Antigua
Época púnica miniatura|Cuenco ático correspondiente a entre los siglos IV y III a.C. localizado en un yacimiento de la Calle Baluarte de Algeciras. La importancia de la vecina ciudad de Carteia en el mundo cartaginés desde su fundación en el y sobre todo su pujanza económica como escala en la vía marítima que unía las ciudades de Malaka y Gades ha eclipsado en las fuentes cualquier referencia de la época a otra localidad en la bahía de Algeciras.
La arqueología actual utiliza los patrones de asentamiento fenicio-púnicos, tremendamente constantes para localizar nuevos emplazamientos. De este modo es conocido que estos pueblos elegían cuidadosamente los lugares en los que construir puertos de escala e incluso ciudades. De esta manera casi sin excepción se buscaba un promontorio cercano a la costa, fácilmente defendible por tierra y por mar y con agua corriente cercana, hoy día las excavaciones en lugares que reúnan estas características han aportado numerosos yacimientos ignorados por las fuentes escritas.
En este contexto se localizó el yacimiento púnico de Cala Arenas y otros de menor entidad aún en estudio en el término municipal de Algeciras. Este hito en la costa hacia poniente se interpreta como lugar de avituallamiento y escala antes o después de atravesar el peligroso paso del estrecho de Gibraltar.
Es muy probable, y así lo atestiguan diversos hallazgos fortuitos de cerámica ática en la Villa Nueva de la ciudad, que existiera una pequeña urbe o puerto en el centro urbano de Algeciras al menos desde el , origen de la posterior ciudad romana de Iulia Traducta. Algunos expertos consideran también la posibilidad de que existiera un asentamiento, puede que un templo a Melkart en la Isla Verde, a unos metros de la desembocadura del río de la Miel.
Época romana miniatura|Localización de los yacimientos púnicos, en naranja, y romanos, violeta, en el término municipal de Algeciras. Combinando las fuentes clásicasInterpretación del Itinerario Antonino y el registro arqueológico se han localizado un total de tres asentamientos romanos en la ciudad. La interpretación de los yacimientos con los nombres dados por geógrafos de la época es un tema de discusión entre los expertos; existen tres topónimos conocido de esta época, Iulia Traducta, Caetaria y Portus Albus, localizados con más o menos dudas en tres zonas diferentes de la ciudad, así: miniatura|Pedestal dedicado a la diosa Diana localizado en la actual Villa Nueva de Algeciras y datado en el . Bajo lo que hoy es el Hotel Reina Cristina, en la Villa Vieja, se sitúa hoy día a Iulia Traducta. Varios historiadores interpretaron en el pasado que esta ciudad no podía pertenecer a la actual Algeciras sobre todo por la ausencia total de restos romanos en ella. Sin embargo desde hace varios años diversos hallazgos han permitido cambiar estas aseveraciones. De este modo a mediados del se localizaron varias construcciones romanas, restos del alcantarillado y basas de columnas bajo el citado hotel en lo que se interpreta como la acrópolis de la ciudad. Junto a ella se encuentra el complejo industrial para la elaboración de garum de la factoría romana de salazones en la calle actual de San Nicolás, datado en el , y formado por varias pequeñas fábricas independientes de mayor o menos tamaño dentro de un edificio o recinto que cerraría un barrio industrial. El puerto se suele localizar en el estuario del río de la Miel, donde también se encontraba en la Edad Media hasta su colmatación. Suele hablarse de un barrio asociado al puerto en la zona baja de la Villa Nueva en zonas aluviales como explicación a los yacimientos puntuales del localizados allí. Según las crónicas la ciudad fue poblada en época romana con población procedente de Tingis (Tánger) y de Zilis, como medida de castigo a esta ciudad norteafricana por las insurrecciones contra el imperio que habían protagonizado, de ahí procede el nombre de Iulia Traducta. También se llamó Iulia Ioza, Ioza es un vocablo púnico que significaría transportada, igual que traducta dualidad obvia si se piensa que los ciudadanos norteafricanos que vivían en la ciudad mantendrían su lengua propia. También es llamada por Pomponio Mela Tingentera, o Tingis Altera, la otra Tánger según algunos historiadores. En la ensenada de Getares, a escasos veinte metros de la costa, se han localizados restos de construcciones y piletas para la fabricación de garum. Además de estas estructuras la toponimia nos permite situar aquí la ciudad de Caetaria, Cetaria o Cetraria, nombre procedente etimológicamente de ketothereía o lugar de cetáceos, y de donde procedería el actual topónimo de Getares, documentado como Xetares en la crónica rimada de Alfonso XI de Castilla en el . Los restos arqueológicos permiten datar los restos de Cetaria en el periodo del al , momento este último en el que la industria pesquera de la zona debió entrar en una profunda crisis probablemente debida a las numerosas incursiones bárbaras que azotaron la región. Al norte de la ciudad, junto a la playa de El Rinconcillo,Los hornos de fabricación de ánforas permanecen soterrados desde su descubrimiento por parte de Manuel Sotomayor. se encontraron en los años 1960 restos de dos hornos de fabricación de ánforas pertenecientes a un complejo industrial del que años más tarde debido a una obras particulares se añadieron al menos dos alfares más. En esta zona norte se piensa hoy que pudo encontrarse la ciudad de Portus Albus, nombrada en el Itinerario Antonino como una mansión a seis millas de Carteia, o algún pequeño poblado cuya economía se basaba en la pesca y la obtención de sal (pues a mediados del se habían descubierto estructuras de canalizaciones para salinas), industria complementaria a las ya citadas de fabricación de garum de Iulia Traducta y Cetaria.
Edad Media Los pueblos bárbaros y Bizancio
Durante los últimos años del Imperio romano de Occidente las incursiones bárbaras llegaron a la región del Estrecho. Los mauritanos en 172 al 175 durante el gobierno de Marco Aurelio y en el periodo 193 al 211 con Septimio Severo asolaron la zona. En 280 siendo emperador Galieno se produjo el paso de suevos, germanos y francos. En 429 los vándalos, en un número de 80 000 según las fuentes de la época, pasaron el estrecho de Gibraltar para asentarse en los territorios de la antigua Cartago. Uno de los puertos utilizados fue el de Iulia Traducta pero también el de Carteia. Según las crónicas antes de pasar a África apresaron todas las embarcaciones que encontraron en el lugar, se aprovisionaron de víveres y destruyeron aquellas instalaciones que pudieran representar un futuro peligro en forma de nueva invasión, especialmente el puerto y las atarazanas. No existe apenas evidencia arqueológica de esta época lo que induce a pensar que la zona quedó prácticamente despoblada durante al menos dos siglos. La zona sur de Hispania fue controlada por los suevos hasta la llegada de los visigodos en 454.
El control godo en la franja sur de la península se mantiene hasta 557 cuando el Imperio bizantino ocupó la región en su intento por recuperar el antiguo Imperio Romano de Occidente. La presencia en la ciudad fue escasa y se conservan referencias arqueológicas como el hallazgo de un cementerio visigodo-bizantino en la Villa Vieja de la ciudad,Parte del cementerio bizantino fue trasladado a las dependencias del Museo municipal para un posterior estudio en detalle. y de un cáliz bizantino en el entorno de la posterior Mezquita aljama (las fuentes árabes posteriores indican que en ese lugar se edificó una mezquita sobre una iglesia preexistente), también en la Villa Vieja. De todas maneras la presencia bizantina en esta zona de Andalucía fue muy limitada. Los bizantinos se mantienen en la región hasta 622, año en el que vuelven a controlar la zona los visigodos.
Época árabe y fundación de la ciudad derecha|miniatura|Candil árabe localizado en Algeciras.