thumb|350px|Mapa en relieve de Pakistán que muestra sus principales yacimientos históricos. thumb|220px|Estatua del Rey clérigo, Mohenyó Daro, c. 2500 a. C., Museo Nacional de Karachi (Pakistán)
La historia de Pakistán ―la cual, para el período que precede la fundación de la nación en 1947,Pakistán se constituyó como el Dominio de Pakistán el 14 de agosto de 1947 después del final del dominio británico y de su separación de la India Británica es compartida intermitentemente por Afganistán, India e Irán― se puede datar hasta los principios de la vida humana en el Sur de Asia. Pakistán se extiende hacia el este hasta el subcontinente de la India y al oeste hasta la frontera con el altiplano iraní. La región actual de Pakistán sirvió como tierra fértil para algunas de las más importantes civilizaciones del sur de Asia y como puerta de entrada del subcontinente a Medio Oriente y Asia Central.J. Mark Kenoyer, y Kimberly Heuston: The Ancient South Asian World (El antiguo mundo del sur de Asia). Oxford University Press, 176 páginas, 2005. ISBN 0-19-517422-4.
Pakistán alberga algunos de los más importantes yacimientos arqueológicos del mundo como, por ejemplo, el yacimiento más antiguo de homínidos del Paleolítico en el sur de Asia, ubicado en el valle del río Soan.H. R. Rendell, R. W. Dennell, y M. Halim: «Pleistocene and palaeolithic investigations in the Soan Valley, Northern Pakistan» (investigaciones sobre el pleistoceno y el paleolítico en el valle Soan, al norte de Pakistán), artículo en el British Archaeological Reports International Series, 544. Cambridge University Press. 364 págs., 110 figs., 1989. Situada en la primera ruta de migración costera del anatómicamente moderno homo sapiens al salir de África, la región fue habitada desde temprano por humanos modernos.Raheel Qamar, Qasim Ayub, Aisha Mohyuddin, Agnar Helgason, Kehkashan Mazhar, Atika Mansoor, Tatiana Zerjal, Chris Tyler-Smith, y S. Qasim Mehdi (2002): «Y-chromosomal DNA variation in Pakistan» (variación del cromosoma Y en el ADN de Pakistán), en el American Journal of Human Genetics. 70 (5): págs. 1107-1124, 2002. Los 9000 años de historia de la vida en aldeas en el sur de Asia, se remontan al Neolítico (7000-4300 a. C.) encontrándose en el yacimiento de Mehrgarh en Pakistán,C. Jarrige, J.-F. Jarrige, R. H. Meadow, y G. Quivron (eds.): Mehrgarh Field Reports 1975 to 1985 - From the Neolithic to the Indus Civilization (Reportes de campo en Mehrgarh recogidos de 1975 a 1985 pertenecientes al período neolítico hasta la cultura del valle del Indo). Karachi: Departamento de Cultura y Turismo (de Sindh), y el Ministerio de Asuntos Exteriores (de Francia), 1995. y los 5000 años de historia urbana en el sur de Asia en varios puntos del valle del Indo, que incluye Mohenyó-Daro y Jarapa.J. Mark. Kenoyer (1998): The ancient cities of the Indus valley civilization (Las antiguas ciudades en la cultura del valle del Indo). Instituto Estadounidense de Estudios de Pakistán. Oxford University Press. 264 páginas. ISBN 0-19-577940-1
Los subsecuentes milenios vieron a la región del actual Pakistán absorber muchas influencias, cuyas representaciones se pueden encontrar en el yacimiento de Taksila, representando el período budista, el yacimiento greco-budista de Takht-i-Bahi, los monumentos islámicos-sindhi de Thatta, pertenecientes al siglo XIV, y los monumentos mogoles construidos en el siglo XVII del fuerte Lahore. Desde el , la región fue gradualmente apropiada por la Compañía Británica de las Indias Orientales, dando como resultado 90 años de continuo dominio británico, y terminando con la creación de Pakistán en 1947, a través de los esfuerzos, de entre otros, su futuro poeta nacional Allama Iqbal y su fundador, Muhammad Ali Jinnah. Desde entonces, el país ha experimentado gobiernos democráticos y militares, dando como consecuencia períodos de un importante crecimiento económico y militar y también otros de inestabilidad; de este último el más significativo fue el que resultó en la secesión, en 1971, del este de Pakistán, que se convertiría en Bangladés.
Período neolítico Mehrgarh
thumb|220px|Una estatuilla encontrada en Mehrgarh, c. 3000 a. C. (Musée Guimet, París)
Mehrgarh, es uno de los yacimientos arqueológicos más importantes del período neolítico (7000 a 3200 a. C.), se encuentra en la «planicie de Baluchistán (Pakistán), y es uno de los lugares más antiguos con evidencia de agricultura (trigo y cebada) y de pastoreo (ganado, ovejas y cabras) en el sur de Asia». Mehrgarh fue descubierto en 1974 por un equipo arqueológico dirigido por el arqueólogo francés Jean-François Jarrige, y fue continuamente excavado de 1974 hasta 1986. El asentamiento más antiguo en Mehrgarh ―en la esquina noroeste del yacimiento de 2 km²― era una villa agricultora datada de entre el 7000 y el 5500 a. C.
Los primeros residentes de Mehrgarh vivían en casas de adobe, almacenaban sus cosechas en graneros, fabricaban sus herramientas con malaquita encontrada en las cercanías, e impearmilizaban sus grandes cestas contenedoras con bitumen. Cultivaban cebada, trigo escaña, farro, yuyubas y dátiles; arreaban ovejas, cabras y ganado. Los habitantes del siguiente período (5500 al 2600 a. C.) pusieron mayor esfuerzo en trabajos manuales como la elaboración de herramientas de pedernal, curtido de pieles, producción de abalorio y metalurgia. Esta localización estuvo continuamente habitada hasta el 2600 a. C.Gregory L. Possehl: «Mehrgarh», artículo en el Oxford Companion to Archaeology, editado por Brian Fagan. Oxford University Press, Oxford, 1996.
En abril de 2006, la revista científica Nature anunció que la evidencia más antigua (y primera del Neolítico temprano) de la historia humana sobre perforar dientes in vivo (i. e. en una persona viva) fue encontrada en Mehrgarh. De acuerdo con los autores, «Aquí describimos once coronas molares perforadas de nueve adultos descubiertos en el yacimiento del Neolítico en Pakistán que data de 7500 a 9000 años atrás. Estos descubrimientos nos proporcionan la evidencia de una larga tradición de un tipo de protoodontología en una temprana cultura agricultora».Coppa, A. et al.: "Early Neolithic tradition of dentistry: Flint tips were surprisingly effective for drilling tooth enamel in a prehistoric population" (tradición odontológica a principios del Neolítico: las puntas de pedernal eran sorprendentemente efectivas para perforar el esmalte de los dientes en la población prehistórica) Nature, volumen 440, 6 de abril de 2006.
En la actualidad, Mehrgarh es visto como el precursor de la cultura del valle del Indo. De acuerdo con Ahmad Hasan Dani, profesor emérito de arqueología en la Universidad Quaid-e-Azam, en Islamabad), «Los hallazgos en Mehrgarh han cambiado completamente el concepto de la civilización del Indo. Ahí tenemos toda la secuencia, justo desde el principio de la vida en villas sedentarias».Chandler, Graham. 1999. "Traders of the Plain" (comerciantes de la planicie) Saudi Aramco World.
En algún momento entre el 2600 y el 2000 a. C., Mehrgarh fue abandonada. Ya que la civilización del Indo se encontraba en su etapa inicial de desarrollo para ese tiempo, ha sido conjeturado que los habitantes de Mehrgarh emigraron al fértil valle del Indo ya que Baluchistán se convirtió en un lugar más árido debido a cambios climáticos.The Centre for Archaeological Research Indus Balochistan (Centro para la Investigación Arqueológica del Indo y Baluchistán) , Musée National des Arts Asiatiques - Guimet
La edad de bronce Cultura del valle del Indo thumb|220px|Mapa de la cultura del valle del Indo.
La cultura del valle del Indo (c. 3300-1700 a. C.) fue una de las más antiguas civilizaciones que se han ubicado en el río Indo. La civilización en el Indo floreció a través de los siglos y dio surgimiento a la cultura del valle del Indo alrededor del 3000 a. C. Esta civilización abarcaba gran parte de lo que hoy se conoce como Pakistán, pero repentinamente cayó en su ocaso para el 1800 a. C. Los asentamientos de la civilización del Indo se esparcen desde el sur llegando a la costa de la India en el mar Arábigo, al oeste llegando hasta la frontera con Irán, y alcanzando los Himalayas al norte. Entre los asentamientos se encontraban los centros urbanos de Harappa y Mohenyódaro, así como los de Dholavira, Ganweriwala, Lothal, y Rakhigarhi. Las ruinas de Mohenyó-Daro, fueron el centro de esta antigua sociedad. En su apogeo, algunos arqueólogos opinan que la civilización del Indo pudo haber tenido una población cercana a los cinco millones de personas.The Indus Civilization (Cultura del valle del Indo) , Irfan Habib, Tulika Books, 2003
Período védico
thumb|220px|Mapa de la temprana civilización védica de la Edad de Hierro (según Witzel, 1989). Los dominios de las tribus están marcados en negro, tribus foráneas descritas en textos védicos se muestran en púrpura, escuelas védicas en verde. ríos en azul y el desierto de Thar está en naranja
Aunque la cultura del valle del Indo floreció en gran parte de la actual Pakistán por cerca de 1500 años, desapareció abruptamente alrededor de 1700 a. C. Se ha tomado como supuesto, que la causa pudo ser un terremoto cataclísmico la desecación del río Ghaggar-Hakra. Poco después las tribus indoeuropeas con capacidad de comunicación verbal del centro de Asia o del sur de las estepas rusas se diseminaron en la región.Stein, Burton. 1998. A History of India (La historia de India). Basil Blackwell Oxford. ISBN 0-19-565446-3
Los conocidos como arios se establecieron en la región de los Sapta Sindhu (‘siete ríos’ sagrados), que se extendía desde el río Kabul al norte del río Sáraswati y hasta la parte norte de los ríos Ganges y Yamuna, y el Doab al sur."Early vedic period". 2007. In Encyclopædia Britannica. Consultado el 20 de marzo de 2007, de la : Encyclopædia Britannica En línea. Fue en esta región que se compusieron los himnos del Rig-veda y se establecieron los cimientos del hinduismo. La corriente dominante de expertos sitúan a la cultura védica entre finales del segundo milenio a. C. y la mitad del primer milenio a. C., y el final de este período estuvo marcado por cambios políticos, culturales y lingüísticos.George Erdosy (ed.): The Indo-Aryans of Ancient South Asia: Language, Material Culture and Ethnicity (Indian Philology and South Asian Studies, Vol 1) (417 páginas). Walter de Gruyter, 1995. ISBN 3-11-014447-6 Aunque no existe mucha evidencia arqueológica o gráfica de la migración en el sur de Asia, migraciones similares de indoeuropeos capaces de hablar fueron registradas en otras regiones. Por ejemplo, un tratado firmado entre los hititas, quienes arribaron a Anatolia a principios del segundo milenio antes de nuestra era, y el reino Mitani «invocaron a cuatro deidades: Indara, Uruvna, Mitira y los Nasatias» (nombres que en el Rig-veda aparecen como Indra, Váruna, Mitra, y los Asvins).
La ciudad de Taksila (actualmente en Pakistán) fue muy importante para el hinduismo y el budismo. Según la gran leyenda épica hinduista Majábharata (del siglo III a. C.), en Taksila se recitó por primera vez ese texto, en el gran sacrificio de serpientes del rey Yanam Eyaiá (tataranieto de Áryuna, uno de los personajes de la historia).«Taxila», artículo de la Encyclopædia Britannica en línea; consultada el 19 de marzo de 2007.
Invasión griega y persa Imperio aqueménida
thumb|350px|El Imperio aqueménida en su apogeo, en la época de Darío el Grande.