thumb|300px|right|<center>“Auto de fe presidido porSanto Domingo de Guzmán”,por Pedro Berruguete, 1475<center>
El término inquisición (del latín inquisitio, ‘averiguación’ o ‘investigación’), en sentido amplio, es un tribunal religioso que averigua y castiga los delitos contra la fe. Más específicamente, la Inquisición o Santa Inquisición hace referencia tanto al proceso legal como a las instituciones de la Iglesia católica y en varias ocasiones a la protestante dedicadas a la supresión de lo que consideraban «herejía». La herejía contraria a la religión en la era medieval europea muchas veces se castigaba con la pena de muerte y de esta se derivan todas las demás. El juez que preside un tribunal inquisitorial recibe el nombre de inquisidor.
La Inquisición medieval se fundó en 1184 en la zona de Languedoc (en el sur de Francia) para combatir la herejía de los cátaros o albigenses. En ese año el papa Lucio III promulgó la decretal Ad abolendam en la que ordenó que se establecieran tribunales episcopales en toda la Cristiandad Latina que se ocuparan de la herejía. Era un tribunal refrendado por Federico I Barbarroja, sin pena de muerte. Ya antes, en 1166, Enrique II de Inglaterra castigó a 30 herejes. En 1249 se implantó también en el reino de Aragón, siendo la primera Inquisición estatal; y en la Edad Moderna, con la unión de Aragón con Castilla, se extendió a esta con el nombre de Inquisición española (1478-1834), bajo auspicio de la monarquía hispánica, cuyo ámbito de acción se extendió después a los territorios conquistados en lo que se denominaría América, aunque en esta no tenía permitido juzgar a indígenas: la Inquisición portuguesa (1536-1821) y la Inquisición romana (1542-1965). En 1600 se emitió la orden de no incoar más procesos 'por sodomía', por blasfemar, por practicar bestialismo, por herejía y por acusaciones de judaizar en secreto.
Aunque en los países de mayoría protestante también hubo persecuciones, en este caso contra católicos, contra reformadores radicales como los anabaptistas y contra supuestos practicantes de brujería, los tribunales se constituían en el marco del poder real o local, generalmente adecuado para cada caso concreto y no constituyeron una institución específica.
Origen
En los comienzos de la Iglesia, la pena habitual por herejía era la excomunión. Cuando los emperadores romanos convierten el cristianismo en religión tolerada en el , los herejes empiezan a considerarse enemigos del Estado. En su momento San Agustín aprobó con reservas la acción del Estado contra los herejes.
Las herejías, que fueron reprimidas con mucha fuerza en los países nórdicos, gozaron en cambio de cierta tolerancia en los países meridionales, aunque fueron aprobadas algunas sentencias de muerte contra los herejes más significativos. Esta tolerancia permitió que algunas de tales herejías se propagaran con suma rapidez, como la de los neomaniqueos, que se inició en Tolosa, en la Provenza francesa. A medida que ampliaba su radio de acción, la herejía de los Cátaros, que fue la raíz de otras varias, fue adquiriendo nombres diversos con los que se designaban sus adeptos en las distintas regiones europeas. En respuesta al resurgimiento de la herejía de forma organizada, se produce en el en el sur de Francia un cambio de opinión dirigida contra la doctrina albigense, la cual no coincidía con los puntos de vista de la Iglesia católica con relación a la salvación, al matrimonio y otras instituciones de la sociedad. Como reacción, el papa Inocencio III organizó una cruzada contra los albigenses promulgando una legislación punitiva contra ellos. Sin embargo, los esfuerzos iniciales destinados a someter la herejía no estuvieron bien coordinados y fueron ineficaces.
La situación se estaba tornando muy diferente a lo que ocurría en la Iglesia primitiva, cuando las herejías causaban a lo mucho grandes discusiones teológicas, llegando a ser también una de las causas del apogeo de la teología y la Escolástica, como antimovimiento contra el error. Ahora, los herejes se presentaban como grupos sociales que perturbaban el orden público, y contra ellos se debían realizar las medidas correspondientes en nombre del Bien común.
Finalmente, las denominaciones cristianas, clasificadas como heréticas, fueron los principales objetivos de la represión inquisitorial, siendo estos: los amalricenses, los hermanos apostólicos, las beguinas y begardes, los hermanos y hermanas del Libre Espíritu, los flagelantes, los fraticelles, los husitas, los joaquinitas, los cátaros (albigenses), los lolardos, los valdenses, los protestantes (luteranos, calvinistas, anabaptistas, anglicanos), los gnósticos, entre otros. También se incluyeron los falsos conversos judaizantes/marranos y mahometizantes (debido a una conducta religiosa dual: públicamente se manifestaban como católicos, que solo era de nombre, porque de hecho practicaban otra religión abrahámica), junto a conversos que cayeran en sincretismo religioso con el paganismo (sobre todo el hinduismo), además de místicos cristianos que pudieran caer en tendencias esotéricas, haciéndoles caer en la apostasía o incluso abrazar el satanismo.https://www.congreso.gob.pe/Docs/participacion/museo/Inquisicion/files/delitos-juzgados1.pdf
Los judíos, los musulmanes y los paganos (personas que no era cristianas ni de ninguna de las otras grandes religiones monoteístas) estaban excluidos de la Inquisición, en tanto que su jurisdicción del Santo Oficio era con católicos bautizados, no con los infieles, cuyas consciencias debían respetarse por estar fuera de su jurisdicción. Esto se debía a que la iglesia enseñaba que estaba prohibido que las monarquías cristianas impongan a sus súbditos la "profesión de catolicidad", puesto que era una invasión del ámbito de conciencia del súbdito a-católico, el cual debía abrazar la fe de manera voluntaria en su consciencia para tener una conversión sincera; si no, sería un crimen a los derechos naturales de la persona humana, además de hacer peligrar la salvación de las almas de los infieles, en tanto podrían sentir una injusta aversión por el evangelio. Entonces, la inquisición estaba fundamentada en la obligación del legislador católico para dar leyes católicas a la sociedad católica, no a sociedades fuera de la soberanía espiritual de la iglesia; de ahí que los ortodoxos, y los protestantes con ciudadanía de un gobierno protestante, tampoco podían ser procesados (como el caso de Alexander von Humboldt), salvo que intentaran propagar sus herejías en sociedades católicas y generando inestabilidad política. Esto también fue la razón de por la cual los Indígenas de América fueron excluidos de ser procesados por la Inquisición, por su condición de neófitos, ya que estaban aprendiendo la fe.Persecución y Modorra: La Inquisición en la Nueva España. Dra. ÚRSULA CAMBA LUDLOW
Inquisición medieval
La Inquisición medieval se presentó particularmente en las áreas de lo que hoy es Francia, Italia, Alemania, Austria, la República Checa y Polonia
Aunque el procedimiento inquisitorial como medio para combatir la herejía es una práctica antigua de la Iglesia católica, la Inquisición episcopal, primera fórmula de la Inquisición medieval, fue establecida en 1184 mediante la bula del papa Lucio III Ad abolendam, como un instrumento para acabar con la herejía cátara. El castigo físico a los herejes había sido dispuesto con anterioridad por Federico II Hohenstaufen, la institución de la Inquisición se dio para detener los abusos que estos procesos podrían sufrir por parte del poder civil. Mediante esta bula, se exigía a los obispos que interviniesen activamente para extirpar la herejía y se les otorgaba la potestad de juzgar y condenar a los herejes de su diócesis.
En las siguientes décadas, el proceso de la Inquisición resultó intermitente y contradictorio en muchas ocasiones. Un ejemplo fue el caso del primer director de la Inquisición de Hungría, Paulus Hungarus, quien defendió a los chamanes paganos húngaros valiéndose de su influencia con el papa Inocencio III. Además, aseguró que estos al adorar al sol adoraban al ente supremo que era el mismo Dios, así que no hallaba razón para condenarlos. Paulus Hungarus fue uno de los primeros frailes dominicos, quien escribió importantes documentos como la Suma de poenitentiae, tendiendo las bases de la nueva orden a petición de Domingo de Guzmán. Sin embargo, Paulus fue destituido y reemplazado por un religioso más estricto cerca de 1232, después de haberse iniciado propiamente la Inquisición.Fehér, J. (1967). Magyar Középkori Inkvizicio. Buenos Aires, Argentina: Editorial Transilvania.
En 1231, ante el fracaso de la Inquisición episcopal, denominada así porque no dependía de una autoridad central, sino que era administrada por los obispos locales, Gregorio IX creó, mediante la bula Excommunicamus, la Inquisición pontificia o Inquisición papal, dirigida directamente por el papa y dominada por las órdenes mendicantes, especialmente los dominicos, para evitar las injerencias del poder civil (sobre todo los monarcas) en la persecución de los herejes, recomendando a los obispos (aun pudiendo ser jueces) que deleguen para esta responsabilidad a jueces especializados, y que la iglesia tiene el poder de hacer sus propios juicios sin necesitar de los tribunales del fuero estatal. El hecho de que religiosos bajo el control directo del papa tuvieran a su cargo los tribunales, fue un freno a su expansión, ya que algunos obispos no querían ver limitado su poder en una diócesis por la presencia de estos organismos papales.Cf. Vauchez (1998:303).
Inocencio III y Gregorio IX, ambos figuras importantes para el origen de la Inquisición, eran admiradores del derecho romano, por lo que los tribunales eclesiásticos se caracterizan por su dureza: de hecho, el código de Justiniano ordena que se le diera pena de muerte al hereje.Régine Pernoud, Para Acabar con la Edad Media, Seuil, pp. 111-113.
En 1252, el papa Inocencio IV autorizó en la bula Ad extirpanda el uso de la tortura para obtener la confesión de los reos. Se recomendaba a los torturadores no se excedieran hasta el punto de mutilar al reo o finiquitarlos. Las penas eran variables. Los que se negaban a abjurar, "herejes relapsos", eran entregados al brazo secular para la ejecución de la pena de muerte.
La Inquisición pontificia funcionó sobre todo en el sur de Francia y en el norte de Italia. En España, existió en la Corona de Aragón desde 1249, pero no en la de Castilla.
Cruzada Albigense miniaturadeimagen|Disputa