thumb|250px|En su obra de 1607 Discursos de la antigüedad de la lengua cántabra bascongada, el guipuzcoano Baltasar de Echave Orio presenta tópicos que serían discutidos durante siglos como retrotraer el vasco a la Torre de Babel traído por Tubal o que los vascos habían guardado un linaje puro y sin mezclas a lo largo de los siglos. Numerosas hipótesis sobre el origen de los vascos se han presentado a lo largo de los siglos, sin que ninguna de ellas haya sido probada definitivamente. La particularidad de que el euskera sea una lengua preindoeuropea y genéticamente aislada ha sido una cuestión de gran interés, tanto históricamente como en la actualidad. Sin embargo, precisamente estas diferencias respecto a las lenguas vecinas han dado un carácter de impenetrabilidad a lo relacionado con los vascos y su lengua. Ideas como el tubalismo han dado un carácter «mitológico» a los vascos que históricamente ha frenado su investigación científica, unido a tópicos de que su idioma es «inculto o rudo».https://kansaigaidai.repo.nii.ac.jp/record/6261/files/r084_08.pdf
Se recogen en este artículo algunas teorías que han sido ampliamente discutidas, unas actualmente descartadas y otras consideradas más plausibles. Si bien, como con muchos otros pueblos, es imposible establecer con seguridad cual es el origen antiguo de una etnia, en la actualidad se tiende a desestimar teorías sobre un origen monolítico de las poblaciones y a tener en cuenta la separación que puede haber entre el origen de un idioma respecto al origen de un pueblo, ya que es habitual que lentamente unos pueblos abandonen un idioma durante una época, mientras otros lo adopten.
Principales teorías Las principales hipótesis sobre el origen de los vascos defendidas por diversos autores son: El origen autóctono, según el cual el euskera se habría desarrollado por milenios íntegramente entre el norte de la península ibérica y el sur de la actual Francia desde el paleolítico, sin que exista posibilidad de encontrar trazas de parentesco con otros grupos modernos de otras regiones. El vascoiberismo, por el cual se supone que existiría un parentesco entre el euskera y la lengua íbera y por tanto también entre sus hablantes. La evidencia lingüística en favor de esta teoría es solo tipológica, ya que no se ha probado un origen filogenético común. Tanto el origen local paleolítico como migrado neolítico caben en esta teoría. El origen caucásico, basado en unas pocas similitudes lingüísticas con la lengua georgiana ya que varias lenguas caucásicas son ergativas, y ambas lenguas comparten rasgos tipológicos ausentes de las lenguas indoeuropeas que sustituyeron a las lenguas preindoeuropeas anteriores. No se descartaría bajo esta teoría que dicho grupo no indoeuropeo penetrara en la península junto a las migraciones de indoeuropeos. El origen afro-asiático, en el que se sitúan la conjetura de un parentesco remoto con el bereber, o la teoría de un parentesco con el fenicio debido a alguna migración neolítica. Teoría del sustrato vascónico, que afirma que las lenguas vascónicas estuvieron una vez extendidas por el continente europeo antes de ser reemplazadas en su mayoría por las lenguas indoeuropeas. Reliquias de esos idiomas incluyen topónimos en la Europa Central y Occidental y algunos vocablos que no pueden atribuirse al ancestro común indoeuropeo. Según la hipótesis de Vennemann, después de la última edad de hielo pueblos vascónicos procedentes del norte de la península ibérica se asentaron en la Europa Occidental y dieron nombres a los ríos y lugares, nombres que a menudo persisten actualmente a pesar de estar en regiones donde ahora se hablan lenguas indoeuropeas.
Origen autóctono thumb|200px|Estela de Lerga, de Navarra (). La inscripción «UMMESAHAR» como otras palabras sueltas del idioma aquitano remite al euskera moderno, en este caso ume zahar. La hipótesis de origen in situ o autóctono sostiene que, al llegar las glaciaciones, los supervivientes cromañón del continente europeo buscaron refugio en las zonas más benignas: Ucrania y en el suroeste europeo,Ice Ages and the mitochondrial DNA chronology of human dispersals: a review Peter Forster Página 7 formándose en la zona pirenaicaHistoria del clima en la tierra, Autor; Anton Uriarte, editorial, Servicio central e publicaciones el gobierno Vasco, 2003 y el sur de Francia, debido a la mitigación del frío por el efecto Foehn, el grupo humano protovasco y su lengua.
A partir del 16.000 a. C. en adelante el clima fue más cálido, por lo que eventualmente se habría dado entonces la expansión de los antecesores de los vascos por el resto de Europa y norte de ÁfricaThe origins of the British; autor Stephen Oppenheimer; Editor: Constable and Robinson (11 Sep 2006), ISBN 1-84529-158-1 y, extendiendo su cultura, la magdaleniense por la despoblada Europa. Una cultura cuya máxima expresión serían las pinturas rupestres que ornamentaron las cuevas europeas, contenidas en el arco Atlántico que comprende todos los territorios que actualmente rodean el golfo de Vizcaya.
Esta hipótesis se apoya en dos investigaciones diferentes: una de tipo genético y otra de tipo lingüístico. Los estudios genéticos se deben a Forster y Stephen Oppenheimer, y los estudios lingüísticos a Theo Venneman (estos últimos han sido criticados por Untermann y Tovar). Otro estudio lingüístico del finlandés Kalevi Wiik planteó en el año 2008 que el euskera actual es el resto de un grupo de lenguas vascas que se hablaron en tiempos paleolíticos en todo el occidente europeoEurope's oldest language? - Kalevi Wiik y que vio reducido su ámbito de influencia debido a la expansión indoeuropea. Wiik señala la coincidencia con la distribución homogénea en el área atlántica del haplogrupo R1b del cromosoma Y.<ref>[http://www.jogg.info/41/Wiik.pdf Kalevi Wiik Were did european men come from (2008)]</ref>
Investigaciones paleogenéticas El genetista Spencer Wells, director del proyecto genográfico de National Geographic ha señalado que genéticamente los vascos son indistinguibles del resto de los íberos. Hecho que ha sido confirmado posteriormente en un estudio dirigido por el investigador de la Universidad Pompeu Fabra de Barcelona, Jaume Bertranpetit.
El 6 de marzo de 2012, National Geographic sin embargo publicó un estudio más preciso en el que afirma que el patrón genético vasco tiene singularidades locales y que es anterior a la llegada de la agricultura en la península ibérica unos 5.000 años a. C. El estudio fue publicado en el American Journal of Human Genetics y fue dirigido por Lluis Quintana-Murci, investigador principal del centro regional de Europa Occidental de Genographic.
Investigaciones paleogenéticas (estudios basados en el ADN mitocondrial) realizados por la UCMEva Fernández et al.: "Hacia el Origen de los vascos: Secuencias de DNA mitocontrial antiguo del País Vasco" indican que la población vasca tiene un perfil genético coincidente con la mayoría de los habitantes europeos y que se remonta a tiempos prehistóricos.Dupandunlop, Isabelle et. al. (2004) "Estimating the impact of prehistoric admixture in the genome of Europeans"; Molecular Biology and Evolution 21 (7): 1361-1372. El haplotipo de ADN mitocondrial denominado U5 que entró en Europa durante el Paleolítico Superior,Maca-Meyer, N., González, A.M., Larruga, J.M., Flores, C. y Cabrera, V.M. (2001) "Linajes mayores del genoma mitocondrial trazan antiguas expansiones humanas"; BMC Genetics, 2: 13. desarrollando variantes como U8a propias del País Vasco, se considera de origen prehistórico.Alfonso-Sánchez, M.A.; S. Cardoso; C. Martínez-Bouzas; J. A. Peña; R. J. Herrera; A. Castro; I. Fernández-Fernández; M. y M. De Pancorbo (2008) "Mitochondrial DNA haplogroup diversity in Basques: A reassessment based on HVI and HVII polymorphisms"; American Journal of Human Biology 20 (2): 154 - 164. Los actuales vascos, más allá del haplogroup U8a, poseen casi exclusivamente linajes U5b como el U5b1f, el U5b1c1 y el U5b2, este último minoritario entre los vascos franceses y mucho más frecuente entre los vascos españoles.Eupedia, Haplogroup U5Kazharia, Basque Genetics: Abstracts and Summaries
Por otra parte, el haplotipo V que se encuentra actualmente entre los saamiTambets, Kristiina et.al. (2004) "The Western and Eastern Roots of the Saami—the Story of Genetic “Outliers” Told by Mitochondrial DNA and Y Chromosomes"; The American Journal of Human Genetics 74(4): 661–682. y algunos vascos, procede de poblaciones europeas prehistóricas.
Las investigaciones de A. Alzualde et al.Temporal mitochondrial DNA variation in the Basque Country: influence of post-neolithic events. Alzualde y otros sobre ADN mitocondrial de los restos humanos hallados en el cementerio prehistórico de Aldaieta, en Álava, constatan que no hay diferencia entre estos enterramientos y el resto de los europeos atlánticos.
Las investigaciones del equipo de Eneko Uriarte/Juan Luis Arsuaga (Fundación Atapuerca) realizadas sobre el Portalón del yacimiento de Atapuerca en Burgos concluye que existen diferencias mínimas localizadas en el ADN de algunos vascos con respecto a los habitantes del resto de la península, pero subraya que en realidad esa diferencia es por defecto, menor mestizaje genético con los pueblos tecnológicamente más avanzados de la que época que se extendieron por Europa. Del mismo modo, el euskera arcaico habría llegado, lo más seguro, con estos pueblos agricultores venidos de la zona de Turquía, y el cual podría haber incorporado, aquí sí, algunas palabras del lenguaje de los pobladores cazadores y recolectores autóctonos (palabras como "aizkori", "harri", etc).
Los estudios de Peter ForsterPágina web de Peter Forster le hacen suponer que hace 20 000 años los humanos se refugiaron en Beringia e Iberia, quedando restringidos en Iberia a los haplogrupos H y V. Y que los pobladores de la península ibérica o del sur de Francia repoblaron hace 15 000 años parte de Escandinavia y el norte de África.Ice Ages and the mitochondrial DNA chronology of human dispersals: a review Peter Forster National Geographic. El haplogupo V.
Los estudios, basados en estudios del cromosoma Y, emparentan genéticamente a vascos y celtas galeses e irlandeses,BBC Genes link Celts to Basques así el profesor de la Universidad de Oxford, Stephen Oppenheimer, afirma que la base de los actuales habitantes de las islas británicas tienen su origen en el refugio vasco en la última glaciación, de donde emigraron hacia el norte parte de los allí refugiados del frío glacial que asolaba el continente. A esta conclusión ha llegado después del estudio de las correspondencias en la frecuencia de los marcadores genéticos entre las diversas regiones europeas.The origins of the British; autor Stephen Oppenheimer; Editor: Constable and Robinson (11 Sep 2006), ISBN 1-84529-158-1 y del mismo autor Myths of British ancestryLos británicos descienden de los vascos de la Edad de Hielo. elcorreodigital.comBritánicos de origen vascoGenes link Celts to Basques "On the Y-chromosome the Celtic populations turn out to be statistically indistinguishable from the Basques," Professor Goldstein said.
Pero otros estudios sobre genética encuentran además diferencias entre los habitantes que, en la actualidad, pueblan los diferentes territorios vascos. Algunos señalan incluso diferentes tipos entre los vascos, como los de René Herrera, de la Universidad de Florida, y Mikel Iriondo y Carmen Manzano de la Universidad del País Vasco.
René Herrera dice: aunque