miniaturadeimagen|280px|Santuarios marinos de EE UU en 2008. Estados Unidos tiene 18 santuarios marinos en sus aguas jurisdiccionales. Protegen 1 629 102 km2 (629.000 millas cuadradas) de océano y de los Grandes Lagos. A diferencia de una reserva marina, que marca límites a la pesca para conservar determinadas especies, un santuario, más estricto, tiene como objetivo mantener las comunidades biológicas y proteger, restaurar y mejorar los hábitats naturales, las poblaciones y los procesos ecológicos. El Sistema de Santuarios Marinos Nacionales consiste en 18 áreas marinas protegidas. Los santuarios marinos incluyen arrecifes de coral, bosques de kelp, praderas marinas, orillas rocosas y zonas intermareales, profundos cañones y sitios arqueológicos submarinos, así como mar abierto que sirve de corredor para los mamíferos marinos, con extensiones que van desde desde menos de 1 km2 a más de un millón de km2 en el océano Pacífico.

Región oriental miniaturadeimagen|280px|Santuario marino nacional de los Cayos de Florida miniaturadeimagen|Vista de satélite de los cayos de Florida miniaturadeimagen|280px|Santuario nacional marino de Flower Gardens Esponjas en el santuario de Gray's Reef|miniaturadeimagen miniaturadeimagen|Pulpo de aguas profundas en el lecho del cañón del Hudson. miniaturadeimagen|Cañón de Hudson en falso color en el margen continental frente a Nueva York y Nueva Jersey en la desembocadura del río Hudson. miniaturadeimagen|Lago Erie frente a la ciudad de Erie y la costa de Pensilvania. La frontera está marcada en el centro. El santuario incluiría el canal de Pensilvania. miniaturadeimagen|Santuario marino nacional de lago Ontario miniaturadeimagen|Faro de 1934 en la costa de Oswego, en el Santuario del lago Ontario. Cayos de Florida, 9947 km2. En los cayos de Florida. Incluye el arrecife de la Florida, la única barrera de coral en Norteamérica y la tercera más larga del mundo. También tiene extensos bosques de manglares y praderas marinas. Se extiende desde los estuarios de Florida del Sur a lo largo de los cayos de Florida y el canal de Hawk, que abarca más de 1700 islas hasta el parque nacional Tortugas Secas entrando en el océano Atlántico, la bahía de Florida y el Golfo de México. El santuario protege ecosistemas que albergan unas 6000 especies marinas y que facilitan economías basadas en el turismo y los recursos pesqueros. Los distintos hábitats incluyen arrecifes de coral, fondos rocosos, manglares que bordean costas e islas, playas de arena y praderas de algas marinas. Especies clave son corales del género Colpophyllia, rayas águila, corales cuerno de alce y cuerno de ciervo, tortugas verdes, esponjas Spheciospongia vesparium, tiburones nodriza, langostas, tarpones, garcetas y peces Ocyurus chrysurus. El año 2023, un calentamiento de las aguas de 5 grados por encima de lo normal provocó un blanqueamiento de los corales. Por otro lado, el área tiene un problema con las especies invasoras, por ejemplo, de Pterois, peces venenosos dotados de un par de aletas en forma de abanico y una punzante primera aleta dorsal, con varias espinas dorsales venenosas. Entre las plantas, muchas compiten con los manglares y los corales. En los cayos, destacan como invasivas las casuarinas o pinos australianos, que crean un denso lecho de hojas a sus pies e impiden el crecimiento de la vegetación local, y el pimentero brasileño, un arbolito de 7 a 10 m de altura procedente del Cono Sur que forma una densa copa de sombra y ha invadido más de 2800 km2 en Florida.

Flower Garden Banks, 410 km2. A 190 km de Galveston, Texas, en el noroeste del Golfo de México. Abarca 17 arrecifes y bancos oceánicos. Estos bancos son una combinación de pequeños montes submarinos, sierras, depresiones y formaciones rocosas profundas como resultado de la dinámica de los domos salinos en el fondo del océano. Loa hábitats asociados con estos bancos van desde los arrecifes de coral a arrecifes mesofóticos de aguas profundas (entre 30 y 150 m) con corales negros, octocorales, nódulos de algas y esponjas. Esta variedad favorece la existencia de peces de coral e invertebrados, así como mantas rayas, tortugas marinas y tiburones.

Santuario marino nacional de Gray’s Reef, 57 km2. Protege un arrecife de fondo rocoso a 31 km de la isla Sapelo, a 31 km de la costa de Georgia. En la zona hay tandto fondos duros como fondos llanos arenosos. Las prominencias rocosas de arenisca, sumergidas de 18 a 21 m, pueden tener de 2 a 3 m de altura y tener formas muy complejas. Llenas de rincones y oquedades, proveen numerosos refugios para que se oculten peces e invertebrados marinos. Especies clave son: algas, peces Centropristis striata, que pesan hasta 4 kilos y son venenosos, alfombras de esponjas, meros, corales blandos, tortugas bobas, ballenas francas, que tienen aquí su única zona de crianza de invierno en el Atlántico Norte, tiburones nodriza, huachinangos, urocordados, cangrejos, langostas, estrellas de mar, etc. El sustrato está cubierto de tal manera que antiguamente se llamaba fondo vivo de Sapelo, hasta que se decidió dedicarlo a Milton Gray, un reconocido experto en organismos marinos, y así lo nombró Jimmy Carter al declarar la zona santuario en 1981.

Santuario marino nacional del cañón del Hudson (en designación) En 2022 empezó el proceso de designación de santuario marino del cañón del Hudson (Hudson Canyon), que en 2026 se encuentra en la segunda fase de las seis necesarias. El del Hudson, frente a la desembocadura del río Hudson, en el margen continental, es el mayor cañón submarino de la costa Atlántica de EE. UU.. Empieza a unos 160 km al sudeste de Nueva York, y se extiende a lo largo de unos 360 km hacia el sudeste, con profundidades de 3 a 4 km y una anchura de unos 12 km. En su conjunto, hay abruptas pendientes, afloramientos rocosos, zonas sedimentarias, flujos de nutrientes y surgencias marinas, generando un punto caliente para una vasta variedad de vida marina, como cachalotes, tortugas marinas y corales de mar profundo. Los objetivos del santuario serían apoyar la conservación del área marina, los hábitats y los recursos, trabajar con las tribus y las naciones originales que aprovechaban los recursos del cañón para identificar y comprender las conexiones indígenas con el área, promover el uso sostenible del área, expandir el conocimiento de la ciencia oceánica con la investigación, la educación y el conocimiento de la zona, y construir una plataforma con patrocinadores y colaboradores que aseguren la gestión a largo plazo del área.

Santuario marino nacional del Lago Erie (en designación), unos 1900 km2 (en proceso de designación dede 2023). En la porción de Pensilvania del lago Erie, desde la frontera canadiense en el lago hasta la costa. En los 128 km de costa hay 6 pueblos, dos vecindarios y la ciudad de Erie. La nominación excluye el puerto de Erie para que el santuario sea compatible con sus actividades comerciales. El área representa una rica región cultural con una larga relación entre el medio ambiente y las actividades humanas, dsde lugares sagrados a faros y naufragios históricos, ya que el lago incluye una de las vías fluviales más transitadas del , así como los primeros astilleros de ese siglo, que fueron importantes durante la guerra anglo-estadounidense de 1812. Según registros históricos, en la zona del lago que corresponde a Pensilvania se han hundido 196 embarcaciones, de las que 35 han sido identificadas, desde barcos de vapor hasta lanchas, remolcadores, dragas, arrastreros y barcazas perdidos antes de 1940.

Lago Ontario, 4460 km2. En la parte sudeste del lago Ontario, frente a las costas del estado de Nueva York, incluyendo la líea constera de los condados de Jefferson, Oswego, Cayuga, y Wayne. Designado en 2024, protege la historia cultural marítima del área, incluyendo naufragios históricos y áreas de gran interés cultural, histórico y espiritual para los pueblos nativos de la Confederación Iroquesa. Los primeros habitantes de la región fueron indígenas que se desplazaban por el lago para comerciar en canoas y otros botes pequeños desde tiempos prehistóricos. Eran los ancestros de los actuales pueblos onondaga, cayuga, seneca y oneida, una parte de los cuales vive dentro de los límutes del santuario. Hacia el año 1000, estos pueblos se unifican como iroqueses, y en 1722 se unen a ellos los tuscaroras. En tiempos recientes, se han encontrado en la zona del santuario unos 41 restos de naufragios y un avión. miniaturadeimagen|Santuario marino nacional del río Potomac

Bahía de Mallows-Río Potomac, 47 km2. En el río Potomac, en el condado de Charles, Maryland. Es más conocido como Ghost Fleet, la Flota Fantasma, ya que hay 118 restos de naufragios en la bahía de Mallows, en la esquina nordeste del santuario, la mayor flota naufragada del Hemisferio Norte. Hay unos 200 restos de naufragios en total, algunos de la guerra de Independencia de los Estados Unidos y otros de la guerra de Secesión. Además, el santuario preserva sitios relacionados con los indígenas americanos, algunos de más de 12.000 años de antigüedad. El santuario ocupa una porción del río Potomac, unos 64 km al sur de Washington. Al este bordea el estado de Maryland y al oeste, el de Virginia. El santuario se halla en un ecotono, una zona de transición en el río Potomac donde las mareas fluctúan entre 30 y 60 cm cada día, meclando agua dulce con agua salada. En el santuario tiene una salinidad muy baja, entre 0,1 y 0,5 partes por mil. Entre los peces, se encuentran bagre de canal, Ictalurus furcatus, perca americana, Alosa, lubina rayada atlántica, un pez que pesa hasta 35 kilos, sábalo y esturión atlántico. En las zonas poco profundas hay plantas acuáticas que albergan crustáceos, moluscos y otros animales, y en las zonas intermareales abundan las plantas y las aves acuáticas. Entre las águilas, el pigargo americano. miniaturadeimagen|Los restos del USS Monitor en 2016 miniaturadeimagen|Santuario marino nacional del banco de Stellwagen miniaturadeimagen|Santuario marino nacional de Thunder Bay con los principales naufragios y sus límites originales de 1160 km2, que en 2014 se expandieron hasta 11.137 km2. miniaturadeimagen|Santuario marino nacional de la costa de Wisconsin Shipwreck. Los puntos rojos indican los naufragios. Monitor, 2,69 km2. Es el sitio del hundimiento del USS Monitor, uno de los naufragios más famosos de la historia de EE UU. Fue designado primer santuario marino nacional el 5 de febrero de 1975. Comprende una columna de agua de 1 milla náutica (1,9 km) de diámetro que se extiende desde la superficie del océano hasta el lecho marino en torno a los restos el buque blindado de la guerra de Secesión, el cual cayó a 30 km al sur del cabo Hatteras, en Carolina del Norte. La media de profundidad en el santuario es de 70 metros. Desde su hundimiento en 1862, el Monitor se ha convertido en un arrecife artificial que atrae numerosas especies de peces, incluidos seriolas, Centropristis striata, Opsanus tau y grandes barracudas, sí como corales, delfines, manta rayas, Baldwinellas vivanus, tiburones toro, Decapterus, anemonas de mar, erizos de mar y pastinacas.