miniaturadeimagen|290px|Parque nacional Körös-Maros Las áreas protegidas de Hungría, según la IUCN, son 896 que ocupan , el 22,6 % del territorio (). De las 326 designaciones nacionales, 10 son parques nacionales, 39 son áreas paisajísticas protegidas, 103 son monumentos naturales y 174 son áreas de conservación de la naturaleza. De las 535 designaciones regionales, 479 son Áreas especiales de conservación y 56 son áreas de protección especial. De las designaciones internacionales, 29 son sitios Ramsar, 5 son Reservas de la biosfera de la Unesco y 1 es patrimonio de la humanidad.
Parques nacionales Parque nacional Hortobágy Parque nacional de Kiskunság Parque nacional Bükk Parque nacional Aggtelek Parque nacional Fertő-Hanság Parque nacional Danubio-Drava Parque nacional Körös-Maros Parque nacional Tierras Altas de Balaton Parque nacional de Őrség Parque nacional del Danubio-Ipoly
Sitios Ramsar de Hungría miniaturadeimagen|Lago Neusiedl, sitio Ramsar dividido entre Austria, al norte, con 442 km2, y Hungría, al sur, con 84 km2, aunque el área ocupada por el lago es más pequeña, de 315 km2. miniaturadeimagen|Bodrogzug miniaturadeimagen|Castillo de Rakoczi en Bodrogzug. Sistema de cuevas de Baradla, 20,56 km2, en 48°28′4″ N 20°30′47″ E, n.º 1092. En el Parque nacional Aggtelek, es la parte húngara del sistema de 25 km de longitud del sistema de cuevas Baradla-Domica, el mayor sistema de cuevas en la meseta kárstica de Hungría y Eslovaquia, con corrientes de agua permanentes, pozas, formaciones geológicas y diversas especies representativas de la fauna subterránea, así como restos arqueológicos. El karst de Baradla en Aggtelek y el de Domica, en Eslovaquia poseen más de 500 especies de troglobios, incluyendo especies endémicas como el escarabajo Duvalius hungaricus y la lombriz Allolobophora mozsaryorum. En la superficie hay pastizales húmedos de interés para la flora y la fauna, y en la entrada hay dibujos al carbón únicos en Europa.
Béda-Karapancsa, 86,69 km2, en 45°56′43″ N 18°46′15″ E, n.º 901, desde 1997. Está formado por tres humedales de agua dulce, lagos de meandro, prados y juncales, en la parte inundable más meridional del río Danubio, adyacente a los sitios Ramsar de Serbia y Croacia, en el Parque nacional Danubio-Drava. Se encuentran especies amenazadas como el avetoro común, la cigüeña negra y el guion de codornices. El nivel del agua es controlado por un sistema de esclusas que facilita la pesca.
Estanques de Biharugra, 27,91 km2, en 46°56′18″ N 21°35′21″ E, n.º 903, desde 1997. En el Parque nacional Körös-Maros y área de protección paisajística de Biharugra. El nombre significa "búfalo húngaro", por la existencia de estos animales en otro tiempo. La llanura de Bihar se encuentra al este de la gran llanura húngara, y la zona protegida cerca de la localidad de Biharugra, con el segundo sistema más grande del país de estanques artificiales creados para peces, rodeados de praderas, herbazales halófitos, bosques fragmentados y tierras cultivadas. Entre los estanques hay zonas pantanosas, como Ugrai-rét y el Sző-rét, los más grandes. Los humedales conectan con los estanques de Cefa y el bosque de Radvani en la vecina Rumanía.
Bodrogzug, 42,20 km2, en 48°10′52″ N 21°24′53″ E, n.º 422, desde 1989. Forma parte del sitio Ramsar transfronterizo del Alto valle del Tisza, que agrupa el sitio Ramsar del Alto Tisza y el del río Tisza en Eslovaquia. Está formado por herbazales, marismas, carrizales y áreas boscosas. Posee comunidades hidrófilas importantes para la diversidad ecológica dentro de la región biogeográfica panónica. Hay varios lagos en la confluencia de los ríos Tisza y Bodrog. La zona forma parte del Paisaje cultural histórico de la región vitícola de Tokaj. Posee más de 250 especies de aves, como el amenazado ánsar careto, y la nutria europea. se practica la ganadería. En la boca del río Bodrog se encuentra el castillo de Rákóczi.
Borsodi-Mezöség, 184,71 km2, en 47°46′1″ N 20°49′8″ E, n.º 1745, desde 2008, el mayor complejo de humedales alcalinos en la orilla derecha del río Tisza.
Humedales sódico-alcalinos de Csongrád-Bokros, 865 ha, en 46°44′28″ N 19°58′2″ E, n.º 1409, desde 2004, dos lagos salinos estacionales, Nagy-Sóstó de 100 ha y Kis-Sóstó de 10 ha. (sóstó en húngaro quiere decir lago salado). El nombre viene de las dos ciudades húngaras, Csongrád y Bokrosi que forman el distrito del mismo nombre donde se hallan los lagos.
Estanques y humedales al sur del lago Balatón, 94,83 km2, en 46°42′35″ N 17°36′49″ E, n.º 1963, desde 2011. Varios lugares al sur del lago Balatón, que es también sitio Ramsar. Gemenc, 197,7 km2, en 46°13′16″ N 18°51′18″ E, n.º 900, desde 1997. Varios hábitats inundables en la llanura del río Danubio, con bosques casi vírgenes en las riberas, afluentes y brazos muertos. Hortobágy, 320 km2, parte del Parque nacional del Hortobágy, de 748 km2, en 47°32′33″ N 20°57′30″ E, n.º 189, desde 1979, cuatro sectores separados en la extensa estepa de Hortobágy.
Valle de Ipoly, 23,04 km2, en 48°3′37″ N 19°6′50″ E, n.º 1093, desde 2001. Es un largo, llano y estrecho valle que se caracteriza por los brazos muertos con carrizales, pantanos y bosques de ribera de sauces. Suelen verse hasta 20.000 aves acuáticas, entre ellas el ánsar chico y la barnacla cuellirroja. En la zona hay viñedos, se practica la pesca, la explotación forestal, la ganadería y la caza. El largo trecho de río incluye el sitio Ramsar de Poiplie, al oeste, en Eslovaquia, con 411 ha, con quien forma el Sitio Ramsar transfronterizo de Hungría y Eslovaquia. Forma parte del Parque nacional del Danubio-Ipoly, de 603 km2.
Kis-Balatón, 146,6 km2, en 46°38′20″ N 17°11′55″ E, n.º 185, desde 1979, en el delta del río Zala, en una bahía al oeste del lago Balatón.
Lago Balatón, 598 km2, en 46°51′34″ N 17°45′10″ E, n.º 421, desde 1989, con humedales y extensos carrizales en sus orillas.
Lago Fehér en Kardoskút, 492 ha, en 46°28′22″ N 20°37′29″ E, n.º 184, desde 1979, estepa alcalina al sudeste de Hungría, en un brazo del río Maros. Fehér significa blanco en húngaro, ya que adquiere este color cuando el lago salino desciende en verano y afloran las formaciones salinas. Es parte del Parque nacional de Kiskunság. Cerca de Kardoskút.
Lago Fertö, 84 km2 n.º 420, desde 1989. La parte húngara del lago Neusiedl, que se extiende por Austria con el sitio Ramsar de Neusiedlersee, Seewinkel & Hanság (442 km2, n.º 271, desde 1982), formando el sitio Ramsar transfronterizo de Neusiedler See-Seewinkel-Fertö-Hanság, desde 2009, que también incluye el sitio de Nyirkai-Hany (419 ha, n.º 1644, desde 2006), en Hungría, algo más al este. El sitio del lago Fertö comprende una porción de la estepa alcalina y las áreas de Herlakni y el lago Oberlakni (1,5 km2). Ambos sectores con extensos juncales, praderas salinas, pantanos y aguas abiertas. Anidan aves como la barnacla cuellirroja y el ánsar chico. El lago está en avanzado estado de eutrofización. Se pesca, se recolectan los cañaverales y se practican actividades recreativas. Hay dos centros de visitantes, senderos y torres de observación de aves. En los alrededores hay castillos y un templo a Mitra.
Lago Kolon en Izsák, 30,6 km2, en 46°45′26″ N 19°20′55″ E, n.º 902, desde 1997. Lago artificialmente regulado en una rama del río Danubio. miniaturadeimagen|Lago Öreg en la ciudad de Tata, en el sitio Ramsar de los Lagos de Tata Lagos de Tata, distrito de Tata, 19 km2, en 47°40′55″ N 18°17′36″ E, n.º 410, desde 1989. Cerca del Danubio en la frontera con Eslovaquia, junto a la localidad de Tata. Es un mosaico de hábitats que incluye prados, pastos, pozas de manantiales, restos de ciénagas y pantanos, carrizales, campos cultivados, estanques, arroyos y el lago Öreg-to, el "viejo lago", un lago artificial en el centro del pueblo de Tata en la Edad Media. Recoge agua del arroyo Által-ér y es importante para la biodiversidad de la región, ya que alberga hasta 80.000 aves acuáticas, especialmente gansos, además de, entre otros, el ánsar chico y la barnacla cuellirroja, entre zonas urbanas e industriales. Tata tiene unos 24.000 habitantes y es centro ferroviario y de carreteras. En 2006 se cambió el nombre de Tata, Öreg-tó (Viejo Lago de Tata) por el de Lagos de Tata (Lakes by Tata).
Mártély (sitio Ramsar), 22,47 km2, en 46°26′15″ N 20°12′43″ E, n.º 186, desde 1979. Una sección del río Tisza cerca de Mártély
Montág-puszta, 22 km2, en 46°20′57″ N 20°39′29″ E, n.º 1746, desde 2008. Puszta es un tipo de pradera con espacios abiertos en Hungría. El sitio es parte de la gran llanura húngara, con estepas y marismas salinas, con un microrelieve consistente en montículos alargados hechos de sal, antiguos lechos de ríos y pozas. El medio es ideal para animales como el armiño y la barnacla cuelliroja, especies de anfibios como el sapo de vientre de fuego europeo y el tritón Triturus dobrogicus. Amenazado por especies invasoras como el thlalayotl de México. En restauración desde 1997. miniaturadeimagen|Marismas de Nyirkai-Hany Nyirkai-Hany, 419 ha, en 47°42′6″ N 17°10′58″ E, n.º 1644, desde 2006. Forma parte del Parque nacional Fertő-Hanság. El sitio Ramsar es una zona de turberas en Hanság, una región en el noroeste de Hungría, en la frontera con Austria y Eslovaquia. Era una vasta red de humedales formados por los afluentes del Danubio y el río Raba, hasta que fue desecada para la agricultura en el . En 2001, se inició un proceso de restauración con apoyo alemán para crear área de aguas abiertas, carrizales y praderas, lo que atrajo a rapaces como el águila moteada y el halcón sacre, y aves acuáticas como la focha común y el porrón pardo. En época de migración alberga hasta 20.000 aves acuáticas, entre las que destacan el ánsar careto y el ánsar común. Hay nutrias y se está reintroduciendo el castor europeo. Forma parte asimismo del Sitio Ramsar transfronterizo de Neusiedler See-Seewinkel-Fertö-Hanság.
Ócsai Turjános, 11,46 km2, en 47°15′45″ N 19°14′4″ E, n.º 418, desde 1989. En el área de protección paisajística de Ócsa, en la gran llanura húngara, al sudeste de Budapest. Posee carrizales y lechos de Scirpus, pantanos, balsas, herbazales, tierras cultivadas y bosques. Se encuentran aves protegidas como la avutarda común, especies endémicas de mariposas, el galápago europeo, nutrias y otras especies singulares.¡, como el pez-del-fango europeo.
Área de conservación de la naturaleza de los estanques de Pacsmag, 439,4 ha, en 46°37′3″ N 18°21′58″ E, n.º 904, desde 1997. En el valle del río Koppány, afluente del Danubio de 114 km que forma frontera natural con Eslovaquia. Pusztaszer, 50,86 km2, en 46°27′15″ N 20°5′ E, n.º 188, desde 1979, cuatro áreas separadas, tres de ellas en el lecho de inundación del río Tisza. miniaturadeimagen|Río Raba Valle de Rába, 95,52 km2, en : 47°5′26″ N 16°45′27″ E, n.º 1645, desde 2006, en el río Raba. Una sección del río Raba desde Austria hasta el condado de Győr-Moson-Sopron. En esta sección, los meandros se forman con libertad y las inundaciones anuales mantienen la vitalidad de las riberas, rodeadas de bosquetes, matorrales de sauces y algunos árboles de maderas duras. En las orillas viven especies como el abejaruco europeo, el martín pescador común y el avión zapador. En los meandros y pozas aisladas viven especies como la lamprea Eudontomyzon mariae y el pércido Zingel zingel. En el Parque nacional de Őrség.
Área de conservación de la naturaleza de los estanques de Rétszilas, 15 km², en 46°50′18″ N 18°34′37″ E, n.º 899, desde 1997. miniaturadeimagen|Szaporca