El dominio helicoidal similar a un armadillo que contiene 1 (ARMH1) es una proteína que en los humanos está codificada por el marco de lectura abierto 228 del cromosoma 1, también conocido como gen ARMH1. El gen muestra niveles de expresión significativamente más altos en la médula ósea, los ganglios linfáticos y los testículos. Actualmente, la función del gen y la proteína posterior aún es incierta.
Gene El gen ARMH1 se encuentra en la cadena positiva del cromosoma 1 entre los pares de bases 45.140.361 y 45.191.784. Otros alias conocidos incluyen P40, NCRNA00082 y, más comúnmente, C1orf228. El gen tiene 13 exones, la mayoría de los cuales se concentran cerca del sitio poli-A al final del gen y dos ubicadas aguas arriba del codón de inicio. El gen se expresa altamente en la médula ósea y los ganglios linfáticos, lo que sugiere una función inmunológica.https://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?gene=ARMH1>
La expresión genica Los datos de secuencias de ARN se produjeron utilizando múltiples muestras de tejidos humanos en distintas etapas de desarrollo. Un estudio se realizó a partir de 20 muestras separadas de tejido humano que mostraban una expresión significativamente mayor de ARMH1 en el timo, la tráquea y los pulmones. Un segundo estudio muestra 27 muestras de tejidos diferentes en 95 sujetos individuales diferentes. Los niveles de expresión son significativamente mayores en la médula ósea, los ganglios linfáticos y los testículos. Un tercero vuelve a mostrar alta expresión en glóbulos blancos y testículos, corroborando estudios previos. Un estudio temporal centrado en la expresión en diferentes etapas de desarrollo recopiló 35 muestras fetales humanas, de 6 tejidos distintos, entre 10 y 20 semanas de gestación y las secuenció utilizando Illumina TruSeq Stranded Total RNA. Los datos favorecieron ligeramente la expresión en las glándulas suprarrenales durante todo el desarrollo. En ninguno de los otros tejidos no hubo cambios marcados en la expresión a lo largo del tiempo, sólo una pequeña disminución de la expresión genética a medida que avanza el desarrollo.
Transcripciones genéticas El gen ARMH1 tiene amplias capacidades para alterar su función y tamaño a través de isoformas. Las isoformas genéticas son ARNm que se producen a partir del mismo locus pero que son diferentes en sus sitios de inicio de la transcripción, secuencias de ADN que codifican proteínas y/o regiones no traducidas, lo que altera potencialmente la función del gen. Todas las isoformas conocidas están organizadas y enumeradas a continuación con información recopilada del gen NCBI y una herramienta bioinformática para calcular el peso molecular. Protein IsoformProtein AccessionProtein LengthMolecular WeightmRNA IsoformmRNA AccessionmRNA lengthX1XP_047275293446 aa49.58 KdaX5XM_0115413401693 bpX2XP_011539647433 aa48.17 KdaX7XM_0115413451909 bpX3XP_047275308431 aa47.39 KdaX8XM_0474193521782 bpX4XP_047275309419 aa46.17 KdaX9XM_0474193531507 bpX5XP_047275314405 aa44.49 KdaX12XM_0474193581588 bpX6XP_016856631391 aa43.58 KdaX13XM_0170011421546 bpX7XP_047275318379 aa41.32 KdaX14XM_0474193621393 bpX8XP_011539651376 aa41.67 KdaX15XM_0115413491645 bpX9XP_016856632365 aa40.47 KdaX16XM_0170011431468 bpX10XP_047275323364 aa40.17 KdaX17XM_0474193671342 bpX11XP_054192270338 aa37.06 KdaX18XM_0543362951264 bpX12XP_054192271336 aa36.46 KdaX19XM_0543362961207 bpX13XP_054192272333 aa36.84 KdaX20XM_0543362971474 bpx14XP_047275327332 aa36.65 KdaX21XM_0474193711262 bpx15XP_054192274274 aa30.61 KdaX23XM_0543362991670 bpx16XP_016856635263 aa29.31 KdaX24XM_0170011461146 bpx17XP_054192276242 aa27.05 KdaX25XM_0543363012306 bpx18XP_054192277213 aa23.69 KdaX26XM_0543363021380 bp
ARNm El ARNm de este gen se puede empalmar de muchas maneras diferentes, dando paso a aproximadamente 20 isoformas conocidas. El ARNm más común se empalma en una región codificante de aproximadamente 1693 nucleótidos de largo, lo que constituye 440 aminoácidos en total.https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/339541> En un estudio exhaustivo sobre el carcinoma oral de células escamosas, el sexto cáncer más prevalente en todo el mundo, se identificó ARMH1 como un gen de interés al comparar el ARNm de sujetos sanos con el de individuos afectados. Mediante la inhibición del ARNm de ARMH1, los investigadores demostraron una proliferación de células leucémicas significativamente reducida (p = 0,0041) y la migración de células leucémicas (p = 0,0001), así como una menor resistencia al fármaco de quimioterapia citarabina.
Proteína La proteína codificada por el gen lleva el mismo nombre, Armadillo, que contiene el dominio helicoidal 1. El punto isoeléctrico de la proteína ARMH1 ronda un pH de 5,5. La proteína tiene 2 dominios principales conocidos, uno es un dominio transmembrana y el otro es una espiral.https://www.ncbi.nlm.nih.gov/IEB/Research/Acembly/av.cgi?c=geneid&org=9606&l=339541> Dentro de los dominios enrollados, la proteína ARMH1 tiene 24 hélices alfa. El análisis de ARMH1 realizado por el Instituto Europeo de Bioinformática revela claramente un contenido de lisina significativamente enriquecido, así como un recuento de prolina significativamente deficiente. Se ha demostrado que la proteína tiene una interacción importante con la proteína humana conocida como ABAT. La transaminasa del ácido gamma-aminobutírico (ABAT) cataliza la conversión del ácido gamma-aminobutírico (GABA) en semialdehído succínico. Además, la expresión de ABAT se asoció con genes relacionados con la glucólisis, células inmunes infiltradas, inmunoinhibidores e inmunoestimuladores en el CHC. miniaturadeimagen| AlphaFold, el sistema de inteligencia artificial de última generación desarrollado por DeepMind, es capaz de predecir computacionalmente estructuras de proteínas en el espacio 3D.
Homología y evolución El gen ARMH1 es extremadamente diverso y se encuentra en miles de especies diferentes. Desde primates hasta hongos, este gen ha sido evolutivamente relevante durante cientos de millones de años. Mientras que en parientes cercanos como las vacas, la puntuación de similitud es del 91% de la de nuestro genoma, en especies de hongos la similitud oscila entre el 20 y el 30%. Al intentar encontrar homólogos en gusanos redondos o planos, eucariotas o procariotas unicelulares, plantas o cualquier hongo además de los quítridos, no se encontraron genes significativamente similares. A continuación, se muestra una tabla de genes ortólogos en orden de similitud de secuencia en comparación con la isoforma X1 de ARMH1 humana. SpeciesCommon nameAccession numberDate of divergenceSequence length (AA)Sequence similaritySequence IdentityHomo sapiensHumanNP_0011391080 mya440100%100%Microcebus murinusGrey Mouse LemurXP_012631405.174 mya44188%82%Rattus norvegicusBrown RatNP_001119769.287 mya44180%78%Bos taurusCowXP_005204913.194 mya44291%83%Ornithorhynchus anatinusPlatypusXP_028938784.1180 mya45975%60%Apteryx rowiOktarito KiwiXP_025942684319 mya41973%59%Haliaeetus leucocephalusBald EagleXP_010581029319 mya41870%56%Gopherus flavomarginatusBolson TortoiseXP_050817160319 mya42178%65%Xenopus tropicalisWestern Clawed FrogXP_017949069352 mya40970%55%Danio rerioZebra FishXP_001341083.1429 mya41071%53%Leucoraja erinaceaLittle SkateXP_055497706462 mya40669%53%Lytechinus pictusPainted UrchinXP_054764007619 mya40667%51%Owenia fusiformisSegmented WormCAH1776102.1686 mya41071%51%Aplysia californicaCalifornia Sea HareXP_012936639.1708 mya41069%52%Adineta sterineriRotiferaCAF4083605.1708 mya42056%37%Pocillopora verrucosaColonial CoralXP_058955966.1708 mya40467%49%Geodia barrettiSea SpongeCAI8036895.1758 mya40450%35%Blastocladiella britannicaChytridsKAI92186621275 mya42334%22%Borealophlyctis nickersoniaeRhizophlyctidalesKAJ32891371275 mya45319%11%
Significación clínica El gen ARMH1 y la proteína subsiguiente se han relacionado ampliamente con la leucemia, específicamente la leucemia linfoblástica aguda de células T (LLA-T). En líneas celulares de tejido principalmente linfático, T-ALL mostró una expresión dramáticamente aumentada del gen ARMH1. Se tomaron muestras de médula ósea en el diagnóstico inicial y al finalizar el tratamiento y se encontró que ARMH1 junto con otros cinco genes tenían una expresión dramáticamente cambiada. Para corroborar estos hallazgos, una vez más ARMH1 experimentó un aumento de expresión de 1,8 veces en muestras después del diagnóstico de leucemia. Una mayor expresión de ARMH1 se asoció significativamente con una supervivencia general deficiente.
Existen 14 enfermedades descritas que coinciden con ARMH1
Referencias
Enlaces externos
En Genome:ARMH1 En MalaCards.Enfermedades que coinciden con:ARMH1 En Estudio de asociación del genoma completo (GWAS) ARMH1 ARMH1 En Disease. Asociaciones entre enfermedades y genes extraídas de la literatura
Categoría:Genes del cromosoma 1