thumb|right|Mapa de asentamientos y cierres en Cisjordania en enero de 2006: Cisjordania, incluida Jerusalén Este, se encuentra bajo ocupación militar por parte de Israel desde el 7 de junio de 1967, cuando las fuerzas israelíes capturaron el territorio, entonces ocupado por Jordania, durante la guerra de los Seis Días. Cisjordania es parte del Estado de Palestina, y su estatus como territorio bajo ocupación militar ha sido afirmado por la Corte Internacional de Justicia (CIJ) y, con la excepción de Jerusalén Este, por el Tribunal Supremo de Israel. Cisjordania, a excepción de Jerusalén Este, es administrada por la Administración Civil de Israel, una rama del Ministerio de Defensa israelí.Considerado como un ejemplo clásico de un «conflicto intratable», la ocupación de Israel es actualmente la más larga de la historia moderna. Aunque su ocupación es ilegal, Israel ha citado diversas razones para retener a Cisjordania dentro de su ámbito: derechos históricos derivados de la Declaración Balfour, motivos de seguridad tanto internos como externos y el valor simbólico de la zona para el pueblo judío.
De forma polémica y en contravención del derecho internacional, Israel ha establecido numerosos asentamientos judíos a lo largo de toda Cisjordania. El Consejo de Seguridad de las Naciones Unidas ha afirmado reiteradamente que los asentamientos en dicho territorio constituyen una «violación flagrante del derecho internacional», siendo la ocasión más reciente en 2016 con la Resolución 2334 del Consejo de Seguridad de las Naciones Unidas. La Corte Internacional de Justicia también ha dictaminado que el establecimiento de los asentamientos israelíes es ilegal según el derecho internacional. La creación y continua expansión de estos asentamientos han provocoado que las políticas de Israel sean criticadas como un ejemplo de colonialismo de asentamiento.
Israel ha sido acusado de graves violaciones del derecho internacional de los derechos humanos, incluido el castigo colectivo, en su administración de los territorios palestinos ocupados. Los colonos y civiles israelíes que viven o viajan por Cisjordania están sujetos a la legislación israelí y tienen representación en la Knéset; por el contrario, los civiles palestinos, confinados en su mayoría en enclaves dispersos, están sujetos a la ley marcial y no tienen derecho a votar en las elecciones nacionales de Israel. Este sistema de dos niveles ha provocado que Israel sea acusado de cometer apartheid, un cargo que Israel rechaza por completo. La enorme superioridad militar de Israel, que cuenta con un ejército y una fuerza aérea modernos, frente al uso de tácticas de guerrilla por parte de los palestinos, ha dado lugar a acusaciones de crímenes de guerra en ambos bandos: se acusa a Israel de desproporcionalidad y a los palestinos de llevar a cabo ataques indiscriminados.
La ocupación también cuenta con numerosos críticos dentro del propio Israel, existiendo conscriptos israelíes que se niegan a servir debido a sus objeciones frente a la ocupación. El estatus jurídico de la ocupación en sí misma, y no solo las acciones tomadas como parte de ella, ha sido objeto de un creciente escrutinio por parte de la comunidad internacional y de académicos en el campo del derecho internacional; la mayoría coincide en que, independientemente de si la ocupación fue legal en sus inicios, se ha vuelto ilegal con el paso del tiempo.
Cisjordania en 1967 La economía de Israel era 10 veces mayor que la de Cisjordania en vísperas de la ocupación, aunque había experimentado dos años de recesión. La población de Cisjordania se situaba entre 585 500 y 803 600 habitantes y, mientras estuvo bajo administración jordana, representaba el 40 % del PIB de Jordania, con una tasa de crecimiento anual del 6–8 %. La propiedad de la tierra era generalmente colectiva y prevalecía el código de tierras otomano del siglo XIX, el cual clasificaba la tierra en varias categorías —waqf, mülk, miri, matruke y mawat— siendo las tres últimas formalmente tierras estatales; sin embargo, Jordania nunca consideró estas tres últimas como propiedad del Estado y solo una proporción muy pequeña de Cisjordania estaba registrada como tal bajo el dominio jordano.
La educación era (y sigue siendo) una alta prioridad. La tasa de matriculación promedió un aumento anual del 7 % durante la década anterior y, para 1966, la juventud palestina tenía la tasa de escolarización más alta de todos los países árabes. Los palestinos en Cisjordania contaban con una base educativa favorable en comparación con los árabes israelíes y la juventud jordana, debido a las disposiciones preexistentes del sistema escolar jordano, que ofrecía 12 años de educación gratuita y obligatoria, con alrededor del 44,6 % de los adolescentes cisjordanos en el grupo de edad de 15 a 17 años participando en alguna forma de educación secundaria.
Conquista En 1956, el líder israelí David Ben-Gurion declaró que: «Jordania no tiene derecho a existir. [...] El territorio al oeste del Jordán debería convertirse en una región autónoma de Israel». Había existido una oposición muy fuerte a cualquier «balcanización» o división de Palestina, especialmente entre los sionistas estadounidenses, a mediados y finales de los años treinta, ya que habría hecho que una posible patria, truncada de ese modo, fuera suicidamente pequeña. Fue en este contexto que Ben-Gurion defendió con fuerza la aceptación de los acuerdos de partición como medidas temporales, pasos en el camino hacia una incorporación incremental de toda Palestina a un Estado judío.
Según el historiador israelí Adam Raz, ya en 1961, las FDI habían elaborado planes meticulosos para la conquista y retención no solo de Cisjordania, sino también de la península del Sinaí y la Franja de Gaza (de Egipto), y los Altos del Golán (de Siria). En agosto de 1963, dentro del marco de las «direcciones esperadas de expansión», también se incluyó el sur del Líbano hasta el río Litani. Aunque era previsible que la presión internacional obligara a Israel a evacuar estas tierras conquistadas, los planes de contingencia también contemplaban circunstancias políticas cuyo desarrollo permitiría a Israel mantener el control de estos territorios ocupados indefinidamente. El modelo para controlar a los palestinos en Cisjordania, en caso de que esto ocurriera, debía basarse en el gobierno israelí sobre sus comunidades palestinas bajo un estricto régimen de permisos.
Antes de la Guerra de los Seis Días, existía un acuerdo tácito entre Israel y el gobierno jordano para mantener la neutralidad de la frontera entre ambos países a lo largo de la Línea Verde. Según el rey Hussein, después de que Israel tomara represalias contra las infiltraciones y actos de sabotaje de guerrillas apoyadas por Siria mediante la realización, el 13 de noviembre de 1966, de un asalto a Samu en Cisjordania, un territorio administrado por Jordania, dicho acuerdo se rompió. Tras el ataque de Israel a Egipto a las 8 a. m. del 5 de junio de 1967, Jordania respondió bombardeando objetivos israelíes en Jerusalén Oeste y asentamientos a lo largo de la frontera; posteriormente, tras ignorar una advertencia israelí, atacó aeródromos israelíes en Ramat David y Kfar Syrkin, así como en Netanya. En respuesta, el ejército israelí, en una rápida campaña, tomó posesión de Jerusalén Este y, tras recibir noticias de que el rey Hussein había ordenado a sus fuerzas retirarse al otro lado del Jordán, tomó toda Cisjordania al mediodía del 8 de junio.
Israel expulsó a muchas personas de las áreas que había conquistado, comenzando con un grupo estimado de 12 000 personas que, en el primer día, fueron reunidas en las aldeas de Imwas, Yalo y Bayt Nuba, en el saliente de Latrún, y ordenadas por el ejército israelí a exiliarse hacia el este. Las tres aldeas fueron destruidas posteriormente y, en un plazo de dos años, la zona fue planificada como un área recreativa llamada hoy Parque Canadá. Decenas de miles de palestinos huyeron a Jordania desde los campos de refugiados de Aqabat Jaber y Ein as-Sultan después de que Israel bombardeara dichos campos. El número total de palestinos desplazados por esa guerra se estima generalmente en torno a los 280 000–325 000, de los cuales se ha calculado que entre 120 000 y 170 000 eran refugiados por segunda vez, tras haber sido desplazados anteriormente durante la guerra de 1948. La cifra de los que abandonaron Cisjordania como consecuencia de la guerra oscila entre 100 000 y 400 000, de los cuales entre 50 000 y 200 000 vivían en el valle del Jordán.
Administración militar-civil Durante la guerra de 1967, Israel nombró a un gobernador militar para gobernar Cisjordania, con la facultad de mantener la legislación jordana excepto cuando esta entrara en conflicto con los derechos de Israel como potencia ocupante beligerante. La administración israelí de los territorios palestinos se convirtió con el tiempo en «la ocupación beligerante más larga —y, en consecuencia, la más arraigada e institucionalizada— de la historia moderna», emitiendo desde 1967 hasta 2014 más de 1680 órdenes militares relativas a Cisjordania. La tercera orden militar, emitida dos días después del inicio de la ocupación, especificaba que los tribunales militares debían aplicar las disposiciones del Cuarto Convenio de Ginebra relativas a la protección de civiles en una zona de guerra: en un plazo de 4 meses, esta estipulación fue eliminada de la orden. Jordania sostiene que algunas de las leyes aparentemente retenidas de su código, derivadas de los Reglamentos de Defensa (Emergencia) del Mandato de 1945, habían sido, de hecho, abolidas y carecían de validez al entrar en conflicto con el Cuarto Convenio de Ginebra de 1949. El Gobernador Militar israelí fue disuelto en 1981 y, en su lugar, el ejército israelí estableció la Administración Civil israelí. La orden militar que establecía la Administración Civil israelí, la orden militar 947, especificaba que «la Administración Civil administrará los asuntos civiles... con miras al bienestar y beneficio de la población». Meron Benvenisti argumenta que esta transición marcó la transformación de la ocupación de un sistema temporal a uno permanente.
El ejército supervisaba estrechamente las elecciones en clubes locales, cooperativas u organizaciones benéficas. A los abogados de Cisjordania se les prohibió, por motivos de seguridad, organizar un colegio de abogados. Los palestinos fueron privados de representación política directa después de 1976 y, en su lugar, se introdujeron ligas de aldeas (rawabit al-qura), a las que Israel dotó de armas y milicias. Estas ligas tuvieron una vida corta: sus miembros designados fueron considerados colaboracionistas por el general Binyamin Ben-Eliezer y por la población local, quienes los tildaron de personas reclutadas entre individuos perezosos o con antecedentes penales. Con los Acuerdos de Oslo, Israel negoció con la Organización para la Liberación de Palestina un acuerdo provisional que dejaba a esta última cierta autonomía en la Zona A, una regulación mixta en la Zona B y la administración israelí total de la zona más grande, la Zona C. Israel conserva el derecho a operar militarmente en las tres zonas, pero las cuestiones de seguridad tienen una dimensión bilateral que ha llevado a varios críticos a argumentar que, en la práctica, la Autoridad Nacional Palestina se ha convertido en subcontratista de Israel en la ocupación. Según un análisis del laboratorio de ideas israelí Molad en 2017, Israel despliega entre el 50 % y el 75 % de sus fuerzas activas de las FDI en Cisjordania, mientras que solo un tercio se ocupa de los Estados árabes, Irán, Hezbolá, Hamás y otras amenazas externas percibidas. El 80 % de los primeros defiende los asentamientos, mientras que el 20 % maneja cualquier comportamiento que Israel considera una amenaza a la seguridad, incluido el terrorismo.
Preocupaciones de seguridad israelíes