360px|miniatura|Plantel de Deportes Temuco antes de enfrentar a Deportes La Serena por la Liguilla de Promoción 2019.
La historia del Club de Deportes Temuco comienza oficialmente el 27 de junio de 1916. A lo largo de su historia tuvo diversas denominaciones. El 26 de febrero de 1960 se creó la Corporación Club de Deportes Temuco, que se fusionó el 22 de febrero de 1965 con Club de Deportes Green Cross de Santiago, y formaron «Club de Deportes Green Cross-Temuco». En 1985 se rebautizó como «Club de Deportes Temuco». Durante la temporada 2007, recibió el nombre de «Deportivo Temuco», regresando a su anterior nombre la temporada siguiente. El 13 de junio de 2013, el club absorbió a Unión Temuco, manteniendo su denominación.
De acuerdo a la IFFHS, Deportes Temuco ocupa la posición 158.º del ranking de los mejores clubes de Sudamérica de la primera década del (2001-2010) y la posición 164.º del ranking del Club de Sudamérica del Siglo XXI.
Origen y primeros años del fútbol competitivo en la región
El fútbol competitivo de la región de la Araucania antes de la década de los 60 solo era de ligas amateur locales aunque eran capaces de tener una fuerte selección de Temuco y otras selecciones compitiendo en torneos, uno de esos clubes que competía en el fútbol amateur era en ese entonces el Deportivo Bancario hasta finales de la década de los 50' el club adinerado como le decían algunos en ese entonces era un club completamente sin un trasfondo cultural importante. Por otra parte, en un momento dado impulsados por autoridades y medios se decide tener un club representante de Temuco y la región lo más alto posible, usando como base de jugadores la Selección de Temuco, equipo conformado por los mejores jugadores de los clubes amateur de la Asociación de Fútbol de Temuco (AFT) a finales del año 1959. Con el afán y la labor del Comité Financiero de dicha Asociación y de los medios de comunicación de la ciudad, y con miras al profesionalismo, dicha selección debía postular a la Segunda División del Fútbol Chileno, previo paso por alguna liga semiprofesional, es por ello que se toma la decisión de ingresar al Campeonato Regional de Concepción, el cual pedía como requisito, que los postulantes fuesen clubes que estuvieran compitiendo con todas sus series en una directiva de fútbol local (en este caso, la AFT Asociación de fútbol Temuco), por lo cual algún club de dicho torneo debía postular al Campeonato Penquista con el nombre de la ciudad de Temuco y mediante aquello dar paso al plantel de la Selección de Temuco (que carecía de la opción de postular); Fue así, como el jueves 25 de febrero de 1960, el club Deportivo Bancario solicita formalmente el cambio de nombre al directorio de la Asociación de Fútbol de Temuco, lo cual en dicha sesión no fue aprobado por falta de cuórum y discrepancia entre los presentes, pero 26 de febrero de 1960,con una reunión comenzada a las 19:42 horas el directorio de la AFT acepta la petición del Deportivo Bancario, el cual desde aquel día pasaría a llamarse Corporación Club de Deportes Temuco.
En su preparación para el Campeonato Regional de 1960 y antes de aprobarse el cambio de nombre del Deportivo Bancario, la Selección de Temuco enfrentó en partidos amistosos a importantes equipos de la época, logrando importantes triunfos sobre O'Higgins de Rancagua y Los Ángeles y el primer partido en donde el club jugó con el nombre de Club de Deportes Temuco fue con Lister Rossel de Linares, con triunfo a favor por 2-0 en el Estadio Liceo de Hombres de Temuco el domingo 28 de febrero de 1960, además de empatar 2 a 2 frente al poderoso Peñarol de Uruguay.
El domingo 20 de marzo de 1960, en su primer partido oficial, a las 15:00 horas, Deportes Temuco enfrentó a Vipla de Lirquén en la primera fecha del Campeonato Regional de Concepción. En calidad de local, el club obtuvo un empate de 1-1 en el Estadio Liceo de Hombres de Temuco. Beltrán anotó el único gol para los albiverdes, que en la ocasión vistieron con camiseta verde, pantalón y medias blancas.
En el Campeonato Regional de 1960, el club termina en el 5.º puesto de la tabla general. Tras 3 temporadas en el fútbol amateur, el 9 de mayo de 1963 es aceptado en la Segunda División por la entonces Asociación Central de Fútbol. Debutó profesionalmente con un empate a un gol ante Ñublense en Chillán.
Green Cross-Temuco
Las autoridades locales decidieran fusionar al Club de Deportes Green Cross y a la Corporación Club de Deportes Temuco, cambiando cada entidad su respectiva firma por una nueva. Luego de presentar una solicitud de fusionar ambos clubes el 18 de febrero de 1965, el 20 de marzo de 1965, fue creado Green Cross-Temuco. La unión iba pensada más allá, ya que el aporte de Green Cross fue el título de Primera División de 1945, dos de Segunda División, más su amplia historia deportiva. Mientras que Temuco aportó con el público, el estadio y todo lo que pueda aportar una ciudad con un equipo profesional.
Cabe mencionar que Green Cross y Deportes Temuco llegaron a enfrentarse en el campeonato de Segunda División de 1963: jugaron dos partidos, con resultados de 1-1 en Temuco y 2-1 para Green Cross en Santiago.
250px|miniaturadeimagen|El recinto donde Deportes Temuco ejerce de local es el Estadio Germán Becker (ex Estadio Municipal de Temuco), inaugurado en 1965. De este modo, Temuco se transformaba en una importante plaza para el fútbol. El Estadio Germán Becker, donde el club ejercería su localía desde entonces, se inauguró el 18 de marzo de 1965 con un torneo cuadrangular en el que participaron Universidad Católica, Universidad de Chile, Colo-Colo y Green Cross-Temuco. La competencia fue seguida y comentada por Julio Martínez. Posteriormente, el recinto fue escenario de jornadas memorables como la del realizado el 2 de marzo de 1966, en el cual se llevó a cabo un partido amistoso contra la Selección de fútbol de la Unión Soviética, que realizaba una gira internacional de preparación para la Copa Mundial de 1966; El encuentro, que registró un récord de público de más de 31.000 espectadores, lo ganó Green Cross-Temuco por 1-0, con anotación de Jorge Edgardo D'Ascenzo, quien batió a Víktor Bánnikov reemplazante de Lev Yashin (considerado el mejor arquero en la historia del fútbol mundial) quien estaba lesionado, aunque este último acompañó esa tarde al equipo desde la banca e incluso regaló un par de guantes al portero de Green Cross Francisco Fernández una vez concluido el encuentro.
Jugando por la Primera División de 1965, Green Cross-Temuco alcanzó el 6° puesto en la tabla de posiciones. Para el año siguiente, el cuadro albiverde logra el 8° puesto del Campeonato de Primera División de 1966. Baja considerablemente su rendimiento en la Primera División de 1967, ya que solo alcanza el puesto 15° en la tabla de posiciones. En la Primera División de 1968 el club logró el cuarto lugar del "Torneo Provincial", logrando de este modo la clasificación a la "Torneo Nacional" por el título, en el cual logra el 7° lugar.
Rozando la gloria, Tercer lugar nacional (1969) En 1969, con Caupolicán Peña como Director Técnico y los goles de Osvaldo González, el club logró nuevamente el subcampeonato del "Torneo Provincial" de la Primera División de ese año y se adjudicó el tercer lugar en el grupo de la Zona B a nivel nacional, posición que le permitió clasificar a la liguilla final por el título, que se jugó en Santiago. En esta fase, que comprendía a los seis mejores equipos del torneo, Green Cross-Temuco tuvo la posibilidad de ser campeón si ganaba su encuentro final, pero perdió por 0-1 con Universidad de Chile, que se adjudicó el título nacional, de manera que el cuadro albiverde terminó en el tercer lugar, a dos puntos de lograr la clasificación a la Copa Libertadores 1970.
Década de 1970
Preliminar para la Recopa Sudamericana No obstante a inicios de 1970, jugó con Unión Española la definición Pre-Recopa, que otorgaba un cupo para la Recopa Sudamericana de Clubes 1970 al ir U. de Chile y Rangers a la Copa Libertadores, el plantel y el club no estaba informado de aquello pues se fue una resolución de la ACF, los jugadores tuvieron que regresar de vacaciones a jugar, por lo cual el equipo se encontraba diezmado, por lo cual fue irreconocible en cancha y no clasificó, ya que cayó por 1-2 en el partido de ida y empató sin goles en el de vuelta.
Ese año, el club creó una filial en Bahía Blanca, al sur de Argentina.
En julio de 1970, Caupolicán Peña deja la banca de Green Cross - Temuco, quedando ésta a cargo de Gastón Guevara, quien era su ayudante, comenzando una etapa que duraría 11 años en la banca del equipo temuquense. En aquella temporada el club clasifica a la Liguilla Final para alcanzar el título de la Primera División, en la cual termina en el 8° puesto. Dicha liguilla significaba jugar la totalidad de los partidos en la ciudad de Santiago, en la cual Green Cross-Temuco se presentó ante la mayor cantidad de público en toda su historia, jugando ante 65.000 espectadores en el Estadio Nacional ante Lota Schwager, perdiendo finalmente 2-3.http://aguantelota.blogspot.com/2006/12/partidos-para-recordar-green-cross-2.html
En 1970 además, dos jugadores del plantel, Eduardo Cortázar y Moisés Silva, fueron nominados a la selección de Chile para viajar a jugar a Brasil.
En 1971, Green Cross-Temuco enfrentó en un partido amistoso al cuadro de Italia Unida de Río Negro, antecesor de Deportivo Roca, que era el último campeón de dicha localidad de Argentina. El cotejo se disputó en Temuco.
El club termina en el puesto 15° de la Primera División de 1971. El año siguiente realizando una importante campaña, alcanza el 5° puesto del Torneo de Honor de 1972. En 1973 y 1974 termina el campeonato en el puesto 7° de la tabla de posiciones. A su vez, en 1974 el club llega por primera vez en su historia a la fase de cuartos de final de la Copa Chile, en la cual se enfrentó a Colo-Colo, perdiendo 2-1 el partido de ida y empatando 2-2 en el partido de vuelta, por lo cual no pudo pasar a Semifinales de dicho torneo.
Clasificación a Liguilla pre Libertadores En 1975, con una tremendo campaña futbolística, el club nuevamente logró el tercer lugar del campeonato de Primera División, compartido después de Huachipato, posición que le permitió acceder a la Liguilla Pre-Libertadores 1975, que otorgaba un cupo para la Copa Libertadores 1976. Sin embargo, Green Cross-Temuco no logró la clasificación al certamen internacional, ya que empató sus dos primeros partidos (0-0 con Huachipato y 2-2 con Palestino) y cayó en el último (3-1 ante Deportes Concepción).
En 1976 con una positiva campaña, el club alcanza el 6° puesto de la tabla de posiciones de la Primera División, quedando a solo 1 punto de clasificar a la Liguilla Pre-Libertadores. El año siguiente, baja el rendimiento del equipo, terminando la campaña de 1977 en el puesto 12° de la Tabla de Posiciones en la División de Honor. En 1978, teniendo una campaña muy similar, obtiene el puesto 13° de la Primera División. En la temporada de 1979, Green Cross - Temuco alcanza el 6° puesto de la tabla de posiciones.
Cabe destacar que en esta década se llevaron a cabo parte de las mejores campañas del club en el fútbol Chileno, en donde el equipo perdía muy pocos partidos en calidad de local y en donde el Estadio Germán Becker generalmente estaba con más de 10 000 personas en las tribunas presenciando los partidos del cuadro albiverde.
Década de 1980 Descenso a Segunda División y el regreso por secretaría En 1980, bajo la dirección técnica de Gastón Guevara, Green Cross-Temuco tuvo su peor desempeño en la Primera División, al terminar colista en el torneo nacional, con 18 puntos, por lo que descendió a la Segunda División por primera vez como club fusionado.