thumb|320px|Concatedral de San Nicolás (Prešov), Prešov, Eslovaquia tras la reconstrucción tardogótica (1502-1515). thumb|260px|Francisco Xavier pidiendo a Juan III de Portugal una expedición. En el cristianismo del siglo XVI, el protestantismo pasó a primer plano y marcó un cambio significativo en el mundo cristiano. Edad de los Descubrimientos Durante la era de los descubrimientos, la Iglesia Católica estableció una serie de misiones en las Américas y otras colonias con el fin de difundir el cristianismo en el Nuevo Mundo y convertir a los pueblos indígenas. Al mismo tiempo, misioneros como Francisco Javier y otros de la Jesuitas, Agustinos, Franciscanos y Dominicos se adentraban en Asia y el Lejano Oriente. En virtud del tratado del Padroado con la Santa Sede, por el que la Vaticano delegaba en los reyes la administración de las iglesias locales, la Los portugueses enviaron misiones a África, Brasil y Asia. Mientras que algunas de estas misiones se asociaron con el imperialismo y la opresión, otras (en particular las misiones jesuitas en China de Matteo Ricci) fueron relativamente pacíficas y se centraron en la integración más que en el imperialismo cultural.
La expansión del Imperio portugués católico y del Imperio español, en la que la Iglesia católica desempeñó un papel importante, condujo a la cristianización de las poblaciones indígenas de América, como los aztecas y los incas. Olas posteriores de expansión colonial como la Lucha por África o las luchas por la India por parte de Holanda, Inglaterra, Francia, Alemania y Rusia llevaron a la cristianización de otras poblaciones nativas de todo el planeta, eclipsando la del periodo romano y convirtiéndola en una religión verdaderamente global. La reforma protestante thumb|300px|Países por porcentaje de protestantes en 1545 - fuente de datos no especificada El Renacimiento proporcionó a los eruditos la capacidad de leer las Escrituras en sus lenguas originales, lo que en parte estimuló la Reforma protestante. Martín Lutero, Doctor en Biblia por la Universidad de Wittenberg,Brecht, Martin. Martin Luther. tr. James L. Schaaf, Filadelfia: Fortress Press, 1985-93, 1:12-27. comenzó a enseñar que la salvación es un don de la gracia de Dios, alcanzable sólo a través de la fe en Jesús, quien en humildad pagó por el pecado.Wriedt, Markus. "Luther's Theology", en The Cambridge Companion to Luther. New York: Cambridge University Press, 2003, pp.88-94. Junto con la doctrina de la justificación, la Reforma promovió una visión más elevada de la Biblia. Como dijo Martín Lutero: "La verdadera regla es ésta: La Palabra de Dios establecerá los artículos de fe, y nadie más, ni siquiera un ángel puede hacerlo."Martín Lutero, Artículos de Smalcald II, 15. Estas dos ideas promovieron a su vez el concepto del sacerdocio de todos los creyentes. Otros reformadores importantes fueron Juan Calvino, Huldrych Zwingli, Philipp Melanchthon, Martin Bucer y los Anabaptistass.
Estos reformadores se distinguen de los anteriores en que consideraban que la raíz de las corrupciones era doctrinal (y no simplemente una cuestión de debilidad moral o falta de disciplina eclesiástica), por lo que pretendían cambiar las doctrinas contemporáneas para que concordaran con lo que ellos percibían como el verdadero evangelio. La palabra protestante deriva del latín protestatio que significa declaración y hace referencia a la carta de protesta de los príncipes luteranos contra la decisión de la Dieta de Speyer en 1529, que reafirmaba el edicto de la Dieta de Worms contra la Reforma. Desde entonces, el término se ha utilizado en muchos sentidos diferentes, pero la mayoría de las veces como término general se refiere al cristianismo occidental que no está sujeto a la autoridad papal. El término "protestante" no fue utilizado originalmente por los líderes de la época de la Reforma; en su lugar, se denominaban a sí mismos "evangélicos", haciendo hincapié en el "retorno al verdadero evangelio (griego: euangelion)".MacCulloch, p.xx
El inicio de la Reforma Protestante se identifica generalmente con Martín Lutero y la publicación de las 95 Tesis en la iglesia del castillo de Wittenberg, Alemania, en 1517. Las primeras protestas fueron contra corrupciones como la simonía, las vacantes episcopales y la venta de indulgencias. Las tres tradiciones más importantes que surgieron directamente de la Reforma Protestante fueron el luterano, las reformadas (calvinista, presbiteriana, etc.), y el anglicano, aunque este último grupo se identifica como "reformado" y "católico", y algunos subgrupos rechazan la clasificación como "protestantes."
La Reforma protestante puede dividirse en dos movimientos distintos pero básicamente simultáneos, la Reforma Magisterial y la Reforma Radical. La Reforma Magisterial supuso la alianza de ciertos maestros de teología (latín: magistri) como Lutero, Zwinglio, Calvino y Cranmer, con magistrados seculares que cooperaron en la reforma de la Cristiandad. Los reformadores radicales, además de formar comunidades al margen de la sanción estatal, a menudo emplearon cambios doctrinales más extremos, como el rechazo de los postulados del Concilios de Nicea y del Calcedonia. A menudo, la división entre reformadores magisteriales y radicales fue tan o más violenta que las hostilidades generales entre católicos y protestantes.
La Reforma protestante se extendió casi por completo dentro de los confines de Europa del Norte, pero no arraigó en ciertas zonas septentrionales como Irlanda y partes de Alemania. La respuesta católica a la Reforma protestante se conoce como Contrarreforma, que dio lugar a una reafirmación de las doctrinas tradicionales y a la aparición de nuevas órdenes religiosas orientadas tanto a la reforma moral como a una nueva actividad misionera. La Contrarreforma reconvirtió aproximadamente el 33% del norte de Europa al catolicismo e inició misiones en Sur y Centroamérica, África, Asia e incluso China y Japón. La expansión protestante fuera de Europa se produjo a menor escala a través de la colonización de Norteamérica y la áreas de África. thumb|left|200px|Vida de Martín Lutero y los héroes de la Reforma La Contrarreforma La Contrarreforma, o Reforma católica, fue la respuesta de la Iglesia católica a la Reforma protestante. La esencia de la Contrarreforma fue una convicción renovada en las prácticas tradicionales y la defensa de la doctrina católica como fuente de la reforma eclesiástica y moral, y la respuesta para detener la expansión del protestantismo. Así, experimentó la fundación de nuevas órdenes religiosas, como la Jesuitas, el establecimiento de seminarios para la adecuada formación de los sacerdotes, una renovada actividad misionera mundial y el desarrollo de nuevas aunque ortodoxas formas de espiritualidad, como la de los místicos españoles y la escuela francesa de espiritualidad. Todo el proceso fue encabezado por el Concilio de Trento, que aclaró y reafirmó la doctrina, emitió definiciones dogmáticas y produjo el Catecismo Romano.
La contrarreforma y desarrolló un segundo escolasticismo, que se enfrentó a la escolástica luterana. El resultado global de la Reforma fue, por tanto, resaltar distinciones de creencia que antes habían coexistido de forma incómoda.
Aunque Irlanda, España y Francia tuvieron un papel destacado en la Contrarreforma, su núcleo fue Italia y los diversos papas de la época, que establecieron el Index Librorum Prohibitorum, (la lista de libros prohibidos) o simplemente el "Índice", y la Inquisición romana, un sistema de tribunales jurídicos que perseguía la herejía y los delitos relacionados. El papado de Pío V (1566-1572) fue conocido por su empeño en detener la herejía y los abusos mundanos dentro de la Iglesia y por su interés en mejorar la piedad popular en un decidido esfuerzo por frenar el atractivo del protestantismo. Pío comenzó su pontificado dando grandes limosnas a los pobres, a la caridad y a los hospitales, y el pontífice era conocido por consolar a los pobres y enfermos y por apoyar a los misioneros. Las actividades de estos pontífices coincidieron con el redescubrimiento de las antiguas catacumbas cristianas de Roma. Como afirma Diarmaid MacCulloch, "Justo cuando estos antiguos mártires eran revelados una vez más, los católicos empezaban a ser martirizados de nuevo, tanto en los campos de misión de ultramar como en la lucha por recuperar el norte de Europa protestante: las catacumbas resultaron ser para muchos una inspiración para la acción y el heroísmo".".MacCulloch, p.404
Concilio de Trento thumb|right|225px| El Concilio en la iglesia de Santa Maria Maggiore; Museo Diocesano Tridentino, Trento El Concilio de Trento (1545-1563), iniciado por el papa Pablo III, abordó las cuestiones de ciertas corrupciones eclesiásticas como la simonía, el nepotismo y otros abusos, así como la reafirmación de las prácticas tradicionales y la articulación dogmática de las doctrinas tradicionales de la Iglesia, como la estructura episcopal, el celibato clerical, los siete sacramentos, la transubstanciación (la creencia de que durante la misa el pan y el vino consagrados se convierten realmente en el cuerpo y la sangre de Cristo), la veneración de reliquias, iconos y santos (especialmente la Santísima Virgen María), la necesidad tanto de la fe como de las buenas obras para la salvación, la existencia del purgatorio y la emisión (pero no la venta) de indulgencias, etc. En otras palabras, todas las objeciones y cambios doctrinales protestantes fueron rechazados sin concesiones. El concilio también fomentó el interés por la educación de los párrocos para aumentar la atención pastoral. El arzobispo de Milán, san Carlo Borromeo, dio ejemplo visitando las parroquias más remotas e inculcando un alto nivel. Al concilio siguió un debate prolongado sobre si la enseñanza de los Padres de la Iglesia coincidía más con Trento o con los evangélicos. Influencia secular Los monasterios también sirvieron de refugio a los enfermos de la vida terrenal, como Carlos V, emperador del Sacro Imperio Romano Germánico, que se retiró a Yuste en sus últimos años, y su hijo Felipe II de España, que era funcionalmente lo más parecido a un monástico que le permitían sus responsabilidades regias.
Difusión del cristianismo La cuestión provocó una crisis de conciencia en la España del .Johansen, Bruce, The Native Peoples of North America, Rutgers University Press, New Brunswick, 2006, pp.109-110 Koschorke, A History of Christianity in Asia, Africa, and Latin America (2007), p. 287 Una oleada de autocrítica y reflexión filosófica entre los teólogos católicos, sobre todo Francisco de Vitoria, condujo al debate sobre la naturaleza de los derechos humanos y al nacimiento del derecho internacional moderno.Woods, How the Church Built Western Civilization (2005), p. 137Chadwick, Owen, The Reformation, Penguin, 1990, p.327
En 1521, gracias al liderazgo y la predicación del explorador portugués al servicio de España Fernando de Magallanes, se bautizaron los primeros católicos en lo que se convirtió en la primera nación cristiana del sudeste asiático, las Filipinas.Koschorke, A History of Christianity in Asia, Africa, and Latin America (2007), p. 21 Al año siguiente, misioneros franciscanos llegaron a lo que hoy es México, e iniciaron la evangelización de Nueva España, al tiempo que impulsaban hospitales, universidades e introducían técnicas de construcción y cultivo modernas. Debido a que algunas personas cuestionaron si los indios eran realmente humanos y merecían el bautismo, el Papa Pablo III en la bula papal Veritas Ipsa o Sublimis Deus (1537) confirmó que los indios eran personas merecedoras.Johansen, Bruce, The Native Peoples of North America, Rutgers University Press, New Brunswick, 2006, p.110 Koschorke, A History of Christianity in Asia, Africa, and Latin America (2007), p. 290 Posteriormente, el esfuerzo de conversión cobró impulso.Samora et al., A History of the Mexican-American People (1993), p.20