miniaturadeimagen|Tratado de teología de Alonso de Peñafiel La escolástica en la Real Audiencia de Quito se desarrolló a partir de la fundación de los primeros Colegios y posteriormente Universidades desde el año 1534, con la fundación de San Francisco de Quito hasta 1767 cuando se lleva a cabo la expulsión de los jesuitas. Después de aquello, existirá una reforma al sistema educativo como consecuencia del colapso del sistema escolástico que llevó a su consolidación en una nueva institución y a la reflexión sobre el contenido de la enseñanza a partir de la ilustración en Ecuador.
La llegada de las órdenes religiosas Esta se lleva a cabo a entre los años 1534 y 1594 según la periodización hecha por las investigaciones de Samuel Guerra. En este periodo se crean las primeras instituciones y se consolida la escolástica a través del trabajo de las distintas órdenes religiosas como fueron los dominicos, agustinos, franciscanos, mercedarios y jesuitas.
La orden dominica miniaturadeimagen|Retrato de Fray Pedro Bedon a la hora de su muerte-atribuido a Tomás del Castillo, pintado en el . El inicio de la escolástica se puede remontar al padre fray Rafael de Segura quien llegó a Quito en 1533, por lo que la enseñanza pudo haber empezado años después de su llegada. Formalmente es en 1559 cuando en Lima se celebra el primer capítulo intermedio de la Provincia Dominicana del Perú donde se ordenaba que los novicios, preferentemente cristianos viejos, se remitan a los conventos respectivos para hacer su noviciado, donde empezaría la enseñanza formalmente. Sería el padre fray Jarónimo de Cervantes quien fue asignado al convento de Quito dos años más tarde, en 1561 para continuar con el trabajo que había dejado el padre Rafael Segura. También destacaría el padre fray Juan de Aller quien además de ser prior fue maestro de estudiantes y lector de Teología, desde mediados de 1572. Sus alumnos incluirían al destacado Pedro Bedón o el mestizo Diego Lobato, entre otros estudiantes como Alonso Aguilar, Gonzalo de Saavedra, Francisco Rodríguez. Según José María Vargas, el padre Aller fue "uno de los hombres más doctos que tuvo en su tiempo la religión". Posteriormente se asignaría al padre fray Antonio de Hervias quien había sido discípulo de Melchor Cano y Domingo Soto, así como condiscípulo de Domingo Bañez en la Universidad de Salamanca. Enseñó artes en la provincia de Castilla y había sido Maestro de Estudiantes en Ávila, en 1565. También enseñó en Lima hasta que en 1574 fue enviado a Quito. Todos estos profesores eran peninsulares salvo Pedro Bedón quien después de sus estudios en Lima a su regreso destacó como profesor puesto que le consideraba que era "el único capaz de alternar con los españoles en la dirección de los estudios". El curso de filosofía duraba tres años y el de teología cuatro y se usaba en la filosofía los comentarios de Santo Tomás a Aristóteles, mientras que para la teología lo era la Suma Teológica. La filosofía natural incluía la lógica, la metafísica, la cosmología, la psicología (estudio del hombre), y la teología dogmática (estudio de Dios). Se esperaba que los estudiantes ya hayan cursado sus materias de latín entre otras preparatorias. Los libros de cursos tenían una estructura que se dividía entre disputatio, questio y cáput (capítulos). Esto no se debe confundir con el método de enseñanza que era la tradicional escolástica dividida entre lectio y disputatio, es decir lecciones y discusiones posteriores.
La orden agustina Los agustinos se establecieron en Quito cerca del año 1573, aunque para 1568 ya tenían un convento y la Iglesia de Santa Bárbara. No existen muchos escritos sobre los estudios agustinos de esta época. Como alumnos destacado fue Miguel Sánchez Solmirón cuyo profesor fue Ignacio de Ordaz. Aunque también estudio bajo el padre Aller. Tomaron a cargo en 1581 el Colegio Franciscano de San Andrés, que en esa época se llamaba San Nicolás de Tolentino.
La orden franciscana miniaturadeimagen|Comentario al libro del éxodo, Iglesia de San Francisco Los franciscanos empezaron con en 1579 aproximadamente aunque existe evidencia posterior de que según el padre Compte en 1589 empezó la enseñanza de filosofía y teología entre los franciscanos. Entre sus catedráticos estaban Fray Gerónimo Tamayo y Fray Alonso Ramiros quienes enseñaron Artes y Teología. Su labor giró alrededor del convento de San Pablo y tuvo como personaje destacado al padre Fray José Fernández Velásquez, quiteño fue catedrático y que destacó por sus conocimientos profundos de la teología escotista.
La orden mercedaria Pedro de la Peña despertó mucho entusiasmo por sus clases de Teología y Gramática en 1566 del que disfrutaron también los mercedarios. El padre fray Andrés Gómez que había gobernado el convento mercedario desde 1569 hasta 1573 se refirió sobre la situación diciendo que "la ignorancia que ordinariamente había por acá la suplió y proveyó la conciencia del Prelado con el estudio de Teología y Gramática que aquí nos ha puesto, don de frailes de todas las órdenes y seglares vamos a oír y nos aprovechamos." En el convento la filosofía era un requisito en la formación de sacerdotes mercedarios. Los directores del convento fueron Rafael de la Cueva, Juan de León, Pedro de Santa María, Diego Dávila, Juan Castro y Andrés Ramos.
La orden jesuita Ocho años después de la fundación de Quito se crea la orden jesuita. Llegarían al Perú en 1568 y a Quito en 1586. Uno de sus fundadores fue Juan de Hinojosa quien moriría, por exceso de trabajo en 1589, mientras terremotos y erupciones volcánicas agitaban la Audiencia. Abrieron el curso de gramática latina en 1588, al que le seguiría el de Humanidades, Retórica y Poesía. Después de esto se abriría el curso de Filosofía. Empezaron en el Colegio de Santa Bárbara y se cree que el primer profesor de filosofía fue Juan de Frías, español que nació en 1560 en Villagarcía donde tuvo de maestro a Baltasar Alvares. Hizo profesión de votos que fueron recibidos por el famoso autor de literatura ascética Diego Álvarez de Paz. Si bien los jesuitas no fueron los pioneros, su organización tuvo "todas las formalidades y requisitos de lecciones, repeticiones, actos privados y públicos". De esta manera y apoyándose en el trabajo de medio siglo de las órdenes religiosas anteriores establecieron la enseñanza escolástica en Quito.
La fundación de las universidades Este se caracteriza por un mayor protagonismo de la orden jesuita que acababa de llegar a la audiencia y que vinculado a las misiones jesuíticas de Maynas estaba desarrollando la educación en la recién fundada San Gregorio. La escolástica suareciana empezaría a surgir como una alternativa frente a las clásicas corrientes tomistas y escotistas de los dominicos y franciscanos respectivamente.
Los estudios en el Seminario de San Luis miniaturadeimagen|Aplogia scholastica por Juan Perlin Sería fundado el 25 de agosto de 1594 por el obispo Luis López de Solís y lo puso bajo la dirección de los jesuitas. Los cursos dictados acá ya tenían reconocimiento oficial puesto que estaban bajo Patronato Real fundado a instancias del rey Felipe II. En sus primeros años tenía cerca de ochenta estudiantes. Fue la culminación del sueño del obispo de la Peña y además el comienzo de una nueva época en la historia eclesiástica ya civil de Ecuador.
Durante el medio siglo de fundación habían habido varios cambios: en lo económico eran ya pocas las encomiendas centralizadas en la capital, en lo social existía una clase criolla que continuaba el legado de sus abuelos conquistadores (como Pedro Bedón y Lobato), en lo cultural los caciques e hijos de españoles se formaron en escuelas de enseñanza primaria y los más privilegiados tenían puestos de funcionarios políticos. Tanto fue así que la famosa rebelión de las alcabalas había sido ya una obra de los criollos ya establecidos.
Dentro de los profesores importantes destacó Ignacio de Arbieto quien llegó a Perú a inicios de 1600 y después sería profesor de filosofía en San Luis. También existe la presencia del prestigioso padre Juan Perlín que después de haber enseñado en Lima, Cuzco y Quito sería llamado por Francisco Suárez a España donde enseñaría en Alcalá y Madrid. Esto nos ayuda a saber que la teología suareciana ya era conocida en Quito antes de su muerte en 1617. Se sabe además que Juan de Atiencia provincial de Perú desde 1586 había sido condiscípulo de Suárez. También destacó Antonio Rubio quien con su Curso de Artes ayudó mucho en las cátedras de los Colegios jesuitas, no solo de Quito.
La Universidad de San Fulgencio Fay Pedro de la Peña además de originar el primer esbozo de Seminario pidió al rey la fundación de universidades en todas las cavezas de Obispado. Hacia 1580 Alonso de Herrera pidió al rey en nombre de la ciudad de Quito que se funde la universidad en ella. Otro de los impulsores fue Toribio de Ortiguera quien entre 1586 y 1589 escribiría noticias sobre la ciudad de Quito y su Oriente. Para 1586 Juan Velásquez de Ávila volvió a insistir en la Corte la petición de una Universidad. Sería pues el 13 de marzo de 1596 cuando Felipe II enviaría la cédula real al Virrey del Perú y a la Audiencia de Quito con los que se pedía los pareceres respectivos para fundarla:Por parte del obispo de la Provincia de Quito se me ha hecho relación que en todas esas provincias no hay lugar más acomodado para fundar universidad que la ciudad de San Francisco de quito por que demás de ser bueno y muy sano el temple la tierra es abundante de mantenimientos... mandese proveer como hubiese en la dicha ciudad de Quito universidad con nueve cátedras en que se leyesen todas ciencias y la cátedra de la lengua general de Ynga... serían necesarios cada año siete mil pesos de plata corriente... os mando que pidiendo parece sobre ello a los prelados de las ordenes me enviés con el vuestro para que visto se provea lo que convenga. La universidad de estudios generales era la Universidad Real o Mayor, esto eso financiada por el rey, y en la que se enseñaban todas las ciencias y facultades existentes en la época. En América existieron solamente en México y Lima estas dos universidades. La otra clase de universidades corresponde a aquellas administradas por religiosos que distaban más de doscientas millas de las universidades generales. Son llamadas universidades menores y particulares, financiadas por las órdenes religiosas que las regentaban con ayuda de donaciones hechas por particulares y que funcionaban con el expreso permiso del rey. A esta segunda categoría pertenecen las universidades de Quito. Así las coas sen 1573 se instalaría formalmente los agustinos en Quito, tomarían el Colegio de San Andrés de los franciscanos en 1581 y después administrarían la Universidad San Fulgencio. Los grados que conferiría incluían los de Bachiller, Licenciado, Doctor y Maestro. En Artes, Teología, Cánones, Leyes y Medicina. Estaba conformado por Consejeros, el Rector, un Secretario, cuatro profesores de Teología, uno de Artes Liberales o Filosofía. Los profesores de Teología dos enseñaban dogmática, el primero moral y otra la escritura. El profesor de filosofía enseñaba las Súmulas o introducción a la Lógica y los Tratados de Lógica, de Anima, de "Generatione et Corruptione" y la Metafísica.
Sus primeras autoridades fueron Gabriel de Saona Rector, Pedro Soto Vicerrector, Alonso de la Fuente y Chávez lector de vísperas, Francisco de la fuente y Chávez, lector de Artes, Pedro Soto, consiliarios, Diego Mollinedo superior, Cristóbal Ortiz secretario. Sus primeras facultades fueron por lo tanto Artes (liberales es decir filosofía) y teología. Funcionaría así hasta 1621 cuando empezarían a conceder grados a personas que no estaban ordenadas. La emisión de títulos empezó a decaer en calidad hasta que la San Fulgencio perdería prestigio.