miniaturadeimagen|280x280px|Frescos realizados por César Calvo de Araújo en la parte superior del altar de la Catedral de Iquitos, que muestra la evangelización de Maynas, actualmente en el oriente peruano. La historia de las misiones católicas en la Comandancia General de Maynas se refiere al desarrollo de los proyectos evangelizadores para con los pueblos indígenas de la amazonía occidental dentro de los límites del Imperio español. Empezó con las primeras expediciones de los conquistadores buscando el País de la Canela y descubriendo en lugar de ello el Río Amazonas. Funcionó también como una manera de tomar control sobre estos territorios buscando generar nuevas ciudades. Tuvo su apogeo con la Compañía de Jesús que se asentó en la ciudad de Quito como punto de partida de las misiones, continuó después de la expulsión de los jesuitas con el reemplazo de religiosos de otras órdenes. Culminaría con la definición de los límites entre los países de Ecuador, Perú, Colombia y Brasil.
Primeras expediciones y fundaciones
El Río Amazonas y el viaje al País de la Canela miniaturadeimagen|300x300px|Primer viaje europeo por el Río Amazonas iniciada el 12 de febrero de 1542 por parte del conquistador español Francisco de Orellana, con la expedición lidearada por Gonzalo Pizarro. Las mejores fuentes sobre la expedición son la historia del Inca Garcilaso de la Vega y la narración del capellán de Francisco de Orellana, Gaspar de Carvajal, que participó en la navegación del Amazonas. En 1541, Gonzalo Pizarro dirigió una expedición al este de Quito con Francisco de Orellana en busca del "País de la Canela". La razón por la que tomaron esta ruta no se explicaba en los primeros relatos (en aquella época la existencia de La Canela aún se daba por un hecho, por lo que no parecía necesaria ninguna explicación). La razón no quedó clara hasta la publicación de la historia de Pedro Cieza de León, que permaneció manuscrita hasta 1871. Según Cieza de León, Gonzalo Díaz de Pineda acababa de regresar de una exploración de los altos Andes. Había encontrado algunos árboles con aroma de canela, y había entendido a sus informantes que había más y mejores árboles de este tipo en cultivo no muy lejos hacia el este. Gonzalo esperaba encontrar esas "plantaciones de canela". En Quito, Gonzalo reclutó a 220 españoles y 4.000 nativos americanos. El segundo al mando, Francisco de Orellana, fue enviado a Guayaquil para reclutar más tropas y caballos. Gonzalo Pizarro y sus seguidores salieron de Quito en febrero de 1541, un mes antes que Orellana, que pudo traer 23 hombres y varios caballos. En marzo, ambos se reunieron en el valle de Zumaco y emprendieron la marcha hacia el cruce de los Andes. Tras seguir los cursos de los ríos Coca y Napo, la expedición empezó a quedarse sin provisiones. Para entonces habían muerto unos 140 de los 220 españoles y 3.000 de los 4.000 nativos. Construyeron un barco, y en febrero de 1542 decidieron que Orellana, junto con 50 hombres, siguiera navegando por el Napo en busca de alimentos para toda la partida. Tras esperar en vano su regreso, Gonzalo acabó admitiendo que la expedición había sido un fracaso. Decidió buscar una ruta más septentrional para regresar a Quito. Llegó allí, dos años después de su partida, con sólo 80 compañeros supervivientes. Orellana, que nunca encontró grandes reservas de alimentos y no había podido regresar río arriba para reunirse con el grupo principal, continuó río abajo por el Napo hasta el Amazonas y se convirtió en el primer europeo en seguir el gran río hasta su delta.
Expediciones a la Amazonía y fundación de las primeras ciudades Después de la fundación de las principales ciudades en la Costa y la Sierra, empezarían las expediciones hacia la amazonía por varios exploradores y conquistadores entre los que destacan:
En 1539, Gonzalo Díaz de Pineda entró a Baños y fundó el asiento de Sevilla de Oro, ciudad de Macas. En 1541, Gonzalo Pizarro y Francisco de Orellana se volcaron hacia la Amazonía y terminaron descubriendo el Río Amazonas. En 1541 Pedro de Vergara, conquistó el oriente de la provincia de Azuay. Los territorios de Yaguarzongo, Paltas, Huancabamba y Bracamoros. En 1548 Hernando de Benavente y Nuñez de Bobadilla, exploran la región de Santiago-Méndez, habitada por los jíbaros. En 1548, Gil Ramírez Dávalos funda las villas de Maspa, Baeza y Ávila. En 1552, Egidio Ramírez Dávalos llevó a cabo la fundación de Quijos. Entre 1557 y 1559, Juan de Salinas Loyola salió de Loja y fundó las ciudades de Logroño, Valladolid y Loyola. Bajó por el río Amazonas hasta la confluencia con el Ucayali. En 1558, Francisco Pérez de Quezada, conquistó las regiones de Apoporis y del Vaupés, y fundó después las villas de Mocoa y Esija. En 1560, Gil Ramírez Dávalos fundó la ciudad de Archidona, y la villa de San Juan de Tena. En 1563, Melchor Vásquez de Ávila, Andrés de Contero, fundó la ciudad de Alcalá del Río e hizo una nueva fundación de Archidona y de Ávila. En 1572, Pedro de Vergara, siguiendo el río Zamora y el Santiago bajó hasta el río Marañón y buscando el río Pastaza llegó al río Rimachuca.
Las primeras misiones
Jodoco Ricke y el inicio de las misiones miniaturadeimagen|320x320px|Placa en honor a Jodoco Ricke de Marselaer en Gante, donde lo recuerda como la primera persona que llevó el trigo a América. En el fondo, un sol de la cultura Tolita. Después de haber ganado el control del territorio con la conquista de Diego de Almagro y Sebastián de Belalcázar empezarían el proceso de evangelización de los pobladores. Además de los dos conquistadores, Pedro de Alvarado también tuvo intenciones de tomar control sobre el territorio y llegaría a las costas de Ecuador con un ejército, municiones y misioneros, dentro de este último grupo estaría Fray Jodoco Ricke. Alvarado vio rápidamente las huellas de los caballos y se percató que llegaba tarde a la conquista, se encontró con Almagro y llegaron al famoso acuerdo en Santiago de Quito, ciudad fundada por el segundo anticipando su llegada. Regresaría el conquistador de Centroamérica con algunos de sus hombres pero Ricke se quedaría en estos nuevos territorios y se convertiría en el "protectores de indígenas", título que haría famoso a Bartolomé de las Casas. Específicamente Ricke que tenía procedencia nobiliaria se encargaría de educar a Francisco de Atahualpa, hijo del último Inca. Lograría que se convierta en un súbdito del Rey y lo apoyaría incluso en la pacificación de algunos levantamientos indígenas que ocurrirían al poco tiempo de terminada la conquista. Su trabajo sería exitoso en su objetivo de integrar a los indígenas al Virreinato del Perú. Se enfocó en la agricultura, trayendo el trigo a América y enseñando a los indígenas técnicas agrícolas (complementarias a las que ya tenían), lo que después sirvió para reducir su territorio y empezar a formar una sociedad sedentaria de mayor magnitud. Aunque estas prácticas ya estaban desarrolladas por los señoríos étnicos, existieron muchas innovaciones como el uso del arado con bueyes, y la construcción de arcos sobre las quebradas de la ciudad para sobre eso construir nuevas edificaciones. Además empezaría la producción de cerveza en el convento siguiendo las prácticas que había aprendido en Bélgica. Aprendería quichua y empezaría el catecismo en el idioma nativo, para lo cual escribiría un libro. Empezaría la construcción de la Iglesia de San Francisco y después seguiría con el resto del convento franciscano, uno de los más grandes del virreinato. Construyó un órgano para celebrar la misa e importaría varios instrumentos de Europa para empezar a enseñarlos a los indígenas. Además iniciaría la escuela quiteña de arte junto a Pedro Gosseal y pocos años después Pedro Bedón. Este sería el modelo exitoso de misiones que empezarían a replicarse sobre el resto de la Audiencia de Quito, empezando con las fundaciones de las primeras ciudades de los Andes como Cuenca, Loja o Ibarra, y continuando después con las misiones a la Amazonía.
Los primeros misioneros en la Amazonía miniaturadeimagen|320x320px|El Río Pastaza Misión de Baeza: ocurrió al final del , en 1576 empezó la misión de Baeza con el objetivo de la evangelización de los indígenas que vivían en esa región. Dentro de esto es destacable la obra de los Dominicos y los Mercedarios. Los fundadores de este convento incluyeron a los padres Francisco Cárdenas, Juan Argote y Francisco Carrera. En esta misión que tenía como objetivo el cuidado de los Quijos, se llevó a cabo además a través de clérigos seculares y religiosos dominicanos.
Misión de Canelos: Cuatro años después de la misión de Baeza empezó la misión de Canelos que llegaba hasta la provincia de Pastaza. Varios de estos misioneros murieron martirizados durante el levantamiento indígena de 1599. El mantenimiento de estas misiones requirió constante renovación y un siglo más tarde el Padre Santiago Riofrío destacó su labor misional, arriesgando su vida muchas veces para fundar San Jacinto del Copataza, con el objetivo de educar a los niños Shuar e impulsar el cultivo de la canela.
Misión de Putumayo: Después del y a inicios del los Padres Francisco Delgado, Manuel Arias (quien murió en la misión) e Ignacio Soto, empezaron su labor de evangelización en Putumayo. Posteriormente estas misiones se retomarían en el a través de la orden de los capuchinos en la famosa "Mision Capuchina en el Caquetá y el Putumayo que se desarrolló en los años 1893 hasta 1929. Esto sería, sin embargo impulsada por el que para ese entonces ya era el estado colombiano.
Misiones de los Cofanes: Además de esto es importante mencionar la vida del Padre Rafael Ferrer, jesuita, y su sacrificio por la evangelización de los Cofanes en el año 1610. Debido a los excesos de parte de los encomenderos, en esa época hubo un alzamiento de los Cofanes que ponía en peligro la reducción. Para evitar eso, el Padre Ferrer emprendió viaje a la zona con el fin de levantar la casi destruida reducción y continuar con las misiones. Su vida de servicio de casi diez años se vio interrumpida cuando al intentar cruzar un puente que formaba parte del camino hacia la reducción, este fue retirado por los indígenas Cofanes, cayendo Ferrer al río. De esta manera terminaría la obra y vida del padre Ferrer, siendo uno de los mártires más destacados de las misiones que se llevaron a cabo en el Oriente ecuatoriano. Como consecuencia de esto, la Real Audiencia quitó la misión a la Compañía de Jesús y la dio a los Franciscanos para que continúen con la labor.
Las misiones jesuitas
Misiones en el Marañón y Amazonas