Los molinos de Alcalá de Henares fueron edificios industriales destinados principalmente a la molienda de cereales. Tras la producción cerámica, fue una de las industrias más antiguas y prósperas en Alcalá de Henares entre los siglos XIII y XX. Funcionaron cinco molinos fluviales y uno eléctrico.

Historia En el Fuero Viejo de Alcalá de Henares de 1230, ratificado por el arzobispo Rodrigo Jiménez de Rada, se regulaba la actividad de los molinos.Sánchez Moltó MV. Los molinos de Alcalá. Alcalá. 2022; (24):26. Entre los siglos XIV y XVI se establecieron cinco molinos fluviales harineros en Alcalá de Henares, sobre canales que recogían el agua a partir del cauce del río Henares. Solían cobrar por maquila, sistema de pago al molinero con parte de la harina obtenida de moler el grano del cliente. Buena parte de la producción se reservaba obligatoriamente para enviarla a Madrid, por sus grandes necesidades de pan.

Su principal función fue la de molinos harineros, aunque durante el se transformaron en "fábricas de harinas", consistente en una modernización de la maquinaria y ampliación de los procesos de elaboración para obtener una harina más fina y limpia.Azaña Catarinéu E. Historia de la ciudad Alcalá de Henares (2 tomos). Alcalá de Henares: Imprenta de F. García; 1882-1883. Además, también fueron utilizados en la trituración de minerales, la fabricación de pasta alimenticia o la generación de energía eléctrica.Rubio Fernández J. Los molinos fluviales del Henares Complutense. En: Sánchez Moltó MV, Torrens Álvarez MJ (editores). El patrimonio perdido y expoliado de Alcalá de Henares. Alcalá de Henares: Institución de Estudios Complutenses; 2013. p.303-35. ISBN 978-84-88293-31-2 De la primera mitad del es la Fábrica de harinas "La Esperanza", fundada por Sergio Real Hernández en 1916, que está incluida en el Catálogo del Patrimonio Industrial de España.Fábrica de harinas "La Esperanza". Lista Roja del Patrimonio Complutense. Una relación del Patrimonio Histórico en riesgo. Grupo en Defensa del Patrimonio Complutense. Consultado el 07/08/2017.Ministerio de Cultura y Deporte de España. Plan Nacional de Patrimonio Industrial. Madrid: 2016.Resolución de 11 de abril de 2022, de la Dirección General de Patrimonio Cultural de la Comunidad de Madrid, por la que se incoa el expediente de declaración como Bien de Interés Cultural de la Comunidad de Madrid, en la categoría de Bien de Interés Industrial, de la nave de molinos de la antigua fábrica de harinas La Esperanza, en Alcalá de Henares (Madrid). BOCM. 26/04/2022; (98):174-80.

Actualmente están abandonados y en ruina el molino del Zulema, el de las Armas y el Borgoñón; y totalmente destruidos el molino de la Esgaravita y el de Cantarranas.Molinos fluviales complutenses. La tertulia del parador. 31/03/2011.

Molinos hidráulicos miniaturadeimagen|alt=Compuertas del caz de la Isla del Colegio.|Compuertas del caz de la Isla del Colegio. Son molinos fluviales que aprovechan la fuerza motriz del agua del río Henares para mover su maquinaria. Estaban condicionados a las fluctuaciones estacionales del caudal del río. Para minimizar este problema se construyeron varias estructuras: "azud" o presa en el cauce del río, para retener y derivar el agua; "caz" o canal que conducía el agua hasta el edificio del molino; y "socaz" o canal que devolvían el agua al río Henares. Se aprovecharon de los numerosos meandros que forma el Henares, a su paso por el término municipal complutense, para construir la presas y canales que conducen el agua. Siguiendo el cauce del río se disponían en el siguiente orden, siempre situados en su margen derecha: Esgaravita, Borgoñón, Zulema, Armas y Cantarranas.

Molino de la Esgaravita miniaturadeimagen|alt=Fábrica de harinas y electricidad La Esgaravita (Terol, 1914).|Fábrica de harinas y electricidad La Esgaravita (Terol, 1914). Construido en 1542 a expensas del concejo municipal. Por su ubicación era el molino más oriental de Alcalá, situado sobre el caz de "La Esgaravita" del río Henares. Su planta tenía forma de "L", y el edificio disponía de tres alturas. En 1597 lo compró el Colegio Máximo de la Compañía de Jesús, pero al ser expulsados los jesuitas el 1 de abril de 1767 se arrendó, hasta su venta el 20 de febrero de 1773 a Pedro Verda. Fue pasando por diversos propietarios: Nicolasa Lázaro de San Pedro, Vicente Gómez de la Cortina, Joaquín Gómez de la Cortina, José Gerónimo Moreno Molina, Concepción Azaña y Garrido, y en 1902 lo compró Alfredo Serrano Fatigati, que le añade la producción de electricidad, denominándolo "Electro-Harinera de La Esgaravita". Posteriormente pasó a manos del matrimonio formado por Alejandro Fernández de Araoz y Marañón e Isabel Gómez Acerbo que, a su vez, lo vendieron a una sociedad mercantil, y la finca cambió su calificación de rústica a urbana, multiplicando por diez su valor. El molino acabó completamente derribado a finales de 2007, a los 465 años de su edificación.

Molino Borgoñón o del Colegio miniaturadeimagen|alt=Molino Borgoñón (Juan Laurent, 1901).|Molino Borgoñón (tarjeta postal de la Fototipia Laurent, en 1901). Infraestructura del , adquirida por el Cardenal Cisneros para donarlo al Colegio Mayor de San Ildefonso en 1509, que lo arrendaba como fuente de ingresos. Se ubica sobre el caz de la Isla del Colegio. El edificio tiene la planta en forma de "L" y levanta cuatro alturas. Sus muros son fábrica de ladrillo visto, con tejado a dos aguas. Disponía de cinco piedras para la molienda. En 1594 sufre un incendio que lo destruye y es reedificado con madera. En 1758 fue ampliado utilizando parte de las piedras del derribo del recinto amurallado de Alcalá de Henares. En 1798 fue expropiado y subastado por la Corona, pasando sucesivamente por varias manos privadas: Juan Pasqual de Casanoba, Cayo del Campo López, su viuda Mª Magdalena Fernández Cañaveras, su nieto Cayo del Campo Cuéllar y sus biznietas las hermanas Del Campo Noriega. La estructura original se fue modificando y ampliando, principalmente entre finales del y principios del , cuando pasa de ser un tradicional molino harinero a constituirse como fábrica de harinas, ampliando su maquinaria y mejorando los procesos. Finalizó su actividad en la década de los años 70 del . En la primera década del la propiedad pasó al Ayuntamiento complutense, mediante permuta. Actualmente el molino es una ruina, sólo quedan sus muros y algunos elementos anejos: azud, compuertas y caz.Molino Borgoñón o del Colegio. Lista Roja del Patrimonio Complutense. Consultado el 25/12/2022.

El Ayuntamiento de Alcalá de Henares es el propietario y competente del Bien de Interés Patrimonial "Molino Borgoñón", registrado en el Catálogo Geográfico de Bienes Patrimoniales de la Comunidad de Madrid. En 2016 se limpiaron y desbrozaron los terrenos públicos alrededor del Molino.Estudio del caz para el proyecto de "renaturalización" del río Henares y su entorno. Puerta de Madrid. 01/08/2020; 4.Alcalá de Henares recuperará como museo el Molino Borgoñón. Sucesos del Henares. 12/07/2021. En 2023 se ha iniciado un proyecto para la reintegración del Molino Borgoñón con el objetivo de crear un "Centro de interpretación de la naturaleza y del arte molinero".Presentado el proyecto para la Reintegración del Molino Borgoñón de la Isla del Colegio. Ayuntamiento de Alcalá de Henares. 12/01/2023. En la plaza de la Juventud, próxima al molino, se ha plantea construir un "Centro de interpretación de la cuenca del río Tajo", en colaboración con la Confederación Hidrográfica del Tajo.Alcalá de Henares acogerá un nuevo Centro de Interpretación de la Confederación Hidrográfica del Tajo. Ayuntamiento de Alcalá de Henares. 11/05/2021.

Molino del puente del Zulema miniaturadeimagen|alt=Molino del Zulema|Molino del Zulema o de la Isla de los García Molino de finales del situado en la Isla de los García, próximo al puente del Zulema. Disponía de cinco piedras para la molienda o muelas. Tenía una peculiaridad, era el único molino complutense que disponía de un sistema de balsa, construido en fecha tardía, gracias al cual acumulaba agua previa a los cárcavos (huecos donde gira el rodezno de los molinos hidráulicos) para mitigar las épocas de sequía. Su socaz pasaba por el primer arco del Puente del Zulema, para desembocar en el río Henares. Fue donado por Pascual Pérez y su esposa Antonia a la Cofradía de Santa María La Rica. Las constantes reparaciones que provocaban las avenidas del río Henares, mermando su rentabilidad, llevaron a la cofradía a venderlo en agosto de 1422 a Alfonso García de Paredes y a Lope Alfonso de Laguna. Los siguientes propietarios fueron Lope Alonso de Mendoza, Pompeyo Caraffa y Isidoro García Vicente. Durante la Guerra de la Independencia, el 22 de mayo de 1813, las tropas de Juan Martín Díez "El Empecinado" tuvieron en sus proximidades una escaramuza bélica con los invasores franceses, retirándose estos últimos hacia San Fernando de Henares. Luego estuvo en manos de la familia Arratia Sobrinos, de Ramona del Acebal y Arratia, de Ramona Muñoz del Acebal, de María Sandalia Muñoz y Acebal, y desde 1900 de Pedro García de San Antonio (que dará el nombre de los "García" a la isla y al molino). A finales del se transformó de molino en fábrica de harinas. Durante la Guerra Civil sirvió de guarnición a unidades de pontoneros. Después su propietario fue Bernardo García Garralón que simultaneaba la molienda con la generación de electricidad, cesando su actividad a mediados de . El molino tiene planta en forma de "L", y aun son visible algunos elementos anejos: azud, caz, balsa y esclusas. Sólo conserva sus muros, pero en estado de abandono y ruina.Molino del Puente de Zulema. Lista Roja del Patrimonio Complutense. Una relación del Patrimonio Histórico en riesgo. Grupo en Defensa del Patrimonio Complutense. Consultado el 24/12/2022.

Molino de Las Armas o del Batán miniatura|alt=Molino de Las Armas|Molino de Las Armas Molino harinero fluvial documentado desde 1725, aunque fue un batán al menos desde 1480.De Portilla y Esquivel, M. Historia de la ciudad de Compluto. Alcalá de Henares: José Espartosa; 1725. Se ubica en la Isla de las Armas, junto a la M-300, al sur de la Dehesa del Batán. Su planta tiene forma de "T", y dispone de dos alturas cubiertas con techado de teja árabe. Sus muros son de ladrillo visto, con cinco piedras francesas de molienda incrustadas actualmente en su fachada principal, como elemento decorativo. Disponía de una gran chimenea posterior, actualmente desaparecida. Ha pasado por numerosos propietarios: Arzobispado de Toledo, Linda Alno Judío, Francisco de Guzmán, García de Guzmán de Herrera, Pedro Pablo Enríquez de Guzmán, María Bernabela de Morales Enríquez Salinas de Navarra, Joseph Sándalo Enríquez de Guzmán, Conde Armíldez de Toledo, los hermanos García de San Antonio (constituyendo una sociedad denominada "Hijos de Bernardo García") que, a su vez, sus descendiente la arrendaron entre 1910 y 1916 a Sergio Real Hernández, que modernizó su maquinaria convirtiendo al molino en una fábrica de harinas. Después paso a la familia Correa como propietarios. Además de moler harina, también tuvo actividad industrial en la molienda de yeso y como fábrica de pasta alimenticia. Este molino tiene la peculiaridad de conservar en su interior la mayoría de la maquinaria hidráulica y de molienda de finales del y principios del ; además del sistema de esclusas, presa y defensas. Es el mejor conservado de los molinos alcalaínos, aunque actualmente es un restaurante dedicado a eventos sociales.Molino de Las Armas y maquinaria. Lista Roja del Patrimonio Complutense. Una relación del Patrimonio Histórico en riesgo. Grupo en Defensa del Patrimonio Complutense. Consultado el 24/12/2022.

Molino de Cantarranas