miniaturadeimagen|Cadáveres encontrados en el campo de concentración de Klooga después de la liberación. El Holocausto en Estonia se refiere a los crímenes nazis durante la ocupación de Estonia por la Alemania nazi entre 1941 y 1944.

Antes de la guerra, había aproximadamente 4.300 judíos estonios. Tras la anexión de Estonia a la Unión Soviética en 1940, alrededor del 10% de la población judía fue deportada a Siberia, junto con otros estonios. Después de la invasión del Eje en 1941, aproximadamente el 75% de los judíos estonios, conscientes del destino que les esperaba por parte de la Alemania nazi, huyeron hacia el este hacia Rusia y otras partes de la Unión Soviética. Prácticamente todos los judíos que quedaron (entre 950 y 1000 personas) fueron asesinados por unidades alemanas como el Einsatzgruppe A y/o colaboradores locales antes de finales de 1941. El pueblo romaní en Estonia también fue asesinado y esclavizado por los ocupantes alemanes nazis y sus colaboradores.

Las autoridades de ocupación nazis también mataron a alrededor de 6000 estonios étnicos y 1000 rusos étnicos en Estonia, ya sea sobre la base de que eran comunistas o simpatizantes comunistas. Además, alrededor de 15.000 prisioneros de guerra soviéticos y judíos de otras partes de Europa fueron asesinados en Estonia durante la ocupación alemana."Report Phase II: The German Occupation of Estonia 1941–1944" (PDF). Estonian International Commission for Investigation of Crimes Against Humanity. 1998. Archived from the original (PDF) on July 20, 2011. Retrieved June 15, 2016.

Situación antes del Holocausto Artículo principal: Historia de los judíos en Estonia

Antes de la Segunda Guerra Mundial, la vida judía floreció en Estonia con el nivel de autonomía cultural otorgado como el más extenso de toda Europa, otorgando el control total de la educación y otros aspectos de la vida cultural a la población judía local.Spector, Shmuel; Geoffrey Wigoder (2001). The Encyclopedia of Jewish Life Before and During the Holocaust, Volume 3. NYU Press. p. 1286. . En 1936, el periódico judío con sede en Gran Bretaña The Jewish Chronicle informó que "Estonia es el único país de Europa del Este donde ni el gobierno ni el pueblo practican ninguna discriminación contra los judíos y donde se deja a los judíos en paz y se les permite llevar una vida libre y vivir sin ser molestados y moldearlo de acuerdo con sus principios nacionales y culturales"."Estonia, an oasis of tolerance". The Jewish Chronicle. September 25, 1936. pp. 22–3.

Asesinato de la población judía Las redadas y asesinatos de los judíos restantes comenzaron de inmediato como la primera etapa del Generalplan Ost, que requeriría la "expulsión" del 50% de los estonios.Buttar, Prit (May 21, 2013). Between Giants. . Realizado por el escuadrón de exterminio o Einsatzkommando (Sonderkommando) 1A bajo las órdenes de Martin Sandberger, parte del Einsatzgruppe A dirigido por Walter Stahlecker, quien siguió la llegada de las primeras tropas alemanas el 7 de julio de 1941. Los arrestos y ejecuciones continuaron mientras los alemanes, con la ayuda de colaboradores locales, avanzaban a través de Estonia. Estonia pasó a formar parte del Reichskommissariat Ostland. Se estableció una Sicherheitspolizei (Policía de Seguridad) para la seguridad interna bajo el liderazgo de Ain-Ervin Mere en 1942. Estonia fue declarada Judenfrei bastante pronto por el régimen de ocupación alemán en la Conferencia de Wannsee.Museum of Tolerance Multimedia Learning Center Archived September 28, 2007, at the Wayback Machine Los judíos que se habían quedado en Estonia (929 según el cálculo más reciente)Hietanen, Leena (April 19, 1998). "Juutalaisten kohtalo". Turun Sanomat (in Finnish). Archived from the original on July 8, 2011. fueron asesinados."Küng, Andres, Communism and Crimes against Humanity in the Baltic states, A Report to the Jarl Hjalmarson Foundation seminar on April 13, 1999". rel.ee. Archived from the original on March 1, 2001. Retrieved May 7, 2018. Se sabe que menos de una docena de judíos estonios sobrevivieron a la guerra en Estonia.

Política alemana hacia los judíos en Estonia miniaturadeimagen|Mapa titulado "Ejecuciones judías realizadas por Einsatzgruppe A" del informe de Stahlecker. Marcado como "Asunto secreto del Reich", el mapa muestra el número de judíos fusilados en Ostland, y dice en la parte inferior: "El número estimado de judíos aún disponibles es de 128.000". Estonia está marcada como judenfrei. Los archivos estatales de Estonia contienen certificados de defunción y listas de judíos fusilados con fecha de julio, agosto y principios de septiembre de 1941. Por ejemplo, el certificado de defunción oficial de Rubin Teitelbaum, nacido en Tapa el 17 de enero de 1907, establece lacónicamente en un formulario con el punto 7 ya impreso con solo la fecha en blanco: "7. Por una decisión de la Sicherheitspolizei el 4 de septiembre de 1941, condenado a muerte, y la decisión se llevó a cabo el mismo día en Tallin". El crimen de Teitelbaum fue "ser judío" y por lo tanto constituir una "amenaza para el orden público".

El 11 de septiembre de 1941 apareció un artículo titulado "Juuditäht seljal" - "Una estrella judía en la espalda" en el periódico estonio de circulación masiva Postimees. Afirmó que Otto-Heinrich Drechsler, el Alto Comisario de Ostland, había proclamado ordenanzas de acuerdo con las cuales todos los residentes judíos de Ostland a partir de ese día tenían que usar una estrella de David amarilla visible de al menos 10 cm de diámetro en el lado izquierdo de su pecho y espalda.

El mismo díaERA.F.R-89.N.1.S.1.L.2 se entregaron a todos los departamentos de policía locales los reglamentos emitidos por la Sicherheitspolizei proclamando que las Leyes de Núremberg estaban en vigor en Ostland, definiendo quién es judío y qué podían y no podían hacer los judíos. A los judíos se les prohibía cambiar de lugar de residencia, caminar por la acera, utilizar cualquier medio de transporte, ir a teatros, museos, cines o escuelas. Las profesiones de abogado, médico, notario, banquero o agente inmobiliario fueron declaradas cerradas a los judíos, al igual que la profesión de vendedor ambulante. Las regulaciones también declararon que las propiedades y los hogares de los residentes judíos serían confiscados. Las regulaciones enfatizaron que el trabajo con este fin debía comenzar lo antes posible, y que la policía debía completar las listas de judíos, sus direcciones y sus propiedades antes del 20 de septiembre de 1941. miniaturadeimagen|Holocausto en el Reichskommissariat Ostland (que incluía Estonia): un mapa. Estas regulaciones también preveían el establecimiento de un campo de concentración cerca de la ciudad de Tartu, en el sureste de Estonia. Una decisión posterior dispuso la construcción de un gueto judío cerca de la ciudad de Harku, pero nunca se construyó, sino que se construyó un pequeño campo de concentración. Los Archivos del Estado de Estonia contienen material pertinente a los casos de unos 450 judíos estonios. Por lo general, los arrestaban en su casa o en la calle, los llevaban a la comisaría local y los acusaban del "delito" de ser judíos. Fueron fusilados directamente o enviados a un campo de concentración y fusilados más tarde. Una mujer estonia, E. S. describe el arresto de su esposo judío de la siguiente manera:Quoted in Eugenia Gurin-Loov, Holocaust of Estonian Jews 1941, Eesti Juudi Kogukond, Tallinn 1994: pg. 224Como mi marido no salía de casa, yo era la que iba todos los días al pueblo a ver qué pasaba. Me asusté mucho cuando vi un cartel en la esquina de la plaza Vabaduse y la calle Harju llamando a la gente a mostrar dónde se encuentran los apartamentos de los judíos. Ese día fatal del 13 de septiembre volví a salir porque hacía buen tiempo pero recuerdo estar muy preocupada. Corrí a casa y cuando llegué allí y escuché algunas voces en nuestro apartamento tuve el presentimiento de que algo malo había sucedido. En nuestro apartamento había dos hombres de la Selbstschutz que dijeron que iban a llevar a mi marido a la comisaría. Corrí tras ellos y fui donde el jefe de policía y le pedí permiso para ver a mi esposo. El suboficial dijo que no podía darme permiso pero añadió en voz baja que yo viniera a la mañana siguiente cuando llevarían a los presos a la cárcel y tal vez pudiera ver a mi marido en el pasillo. Regresé a la mañana siguiente como me habían dicho, y fue la última vez que vi a mi esposo. El 15 de septiembre fui a la Sicherheitspolizei alemana en Tõnismägi en un intento de obtener información sobre mi esposo. Me dijeron que le habían disparado. Le pregunté la razón ya que no había sido comunista sino empresario. La respuesta fue: Aber er war doch ein Jude. ["Pero él era judío."].

Judíos extranjeros Después de la invasión alemana de Lituania, Letonia y Estonia, el gobierno nazi tenía la intención de utilizar los tres países bálticos como una de sus principales áreas de genocidio masivo. En consecuencia, los judíos de países fuera del Báltico fueron deportados allí para ser asesinados.The Holocaust in the Baltics Archived March 7, 2008, at the Wayback Machine at University of Washington Se estima que 10.000 judíos fueron asesinados en Estonia después de haber sido deportados a campos allí desde otras partes de Europa del Este. El régimen nazi también estableció 22 campos de concentración en territorio estonio ocupado para judíos extranjeros, donde serían utilizados como trabajadores esclavos. El más grande, el campo de concentración de Vaivara, sirvió como campo de tránsito y procesó a 20.000 judíos de Letonia y los guetos lituanos."Concentration Camps: Vaivara". Jewish Virtual Library. Archived from the original on December 1, 2016. Retrieved June 15, 2016. Por lo general, se seleccionaba a hombres aptos para trabajar en las minas de esquisto bituminoso en el noreste de Estonia. Mujeres, niños y ancianos fueron asesinados al llegar.

Al menos dos trenes llenos de judíos de Europa Central fueron deportados a Estonia y asesinados al llegar a Kalevi-Liiva, cerca del campo de concentración de Jägala.

Asesinato de judíos extranjeros en Kalevi-Liiva Según el testimonio de los supervivientes, al menos dos transportes con entre 2.100 y 2.150 judíos centroeuropeos llegaron a la estación de tren de Raasiku,Jägala laager ja juutide hukkamine Kalevi-Liival Archived September 26, 2007, at the Wayback Machine – Eesti Päevaleht March 30, 2006 (in Estonian) uno desde Theresienstadt (Terezín) con judíos checoslovacos y otro desde Berlín con ciudadanos alemanes. Entre 1.700 y 1.750 personas fueron llevadas inmediatamente a un lugar de ejecución en las dunas de arena de Kalevi-Liiva y fusiladas. Unas 450 personas fueron seleccionadas para trabajar en el campo de concentración de Jägala."Girls Forced Into Orgies – Then Slain, Court Told". The Ottawa Citizen. Ottawa. March 8, 1961. p. 7. Retrieved August 17, 2010.