Varios golpes de estado han ocurrido en El Salvador durante su historia, los cuales han sido patrocinados tanto por opositores como por la oligarquía salvadoreña. En el varios golpes de Estado recibieron el apoyo militar del gobierno de un país vecino, ejemplo de ello es el golpe de Estado de 1863 en el que el presidente de Guatemala General Rafael Carrera apoyó a Francisco Dueñas para derrocar a Gerardo Barrios. En el destacan el Golpe de Estado de 1931 contra el presidente electo democráticamente Arturo Araujo, que fue propiciado por un grupo de militares que conformaron el Directorio Cívico y que después entregaron el mando al entonces vicepresidente Gral. Maximiliano Hernández Martínez, y el cual daría inicio a un periodo de 49 años de gobiernos militares; y el golpe de Estado contra el Gral. Carlos Humberto Romero del Partido de Conciliación Nacional, por un grupo de militares encabezados por los coroneles Jaime Abdul y Adolfo Arnoldo Majano que puso el punto final a los gobiernos militares. miniatura|Imagen que representa la Revolución de los 44 que derrocó al gobierno de Carlos Ezeta
Golpes de Estado durante la Federación Centroamericana (1824-1841) Durante la existencia de la República Federal de Centroamérica hubo una continua disputa entre el gobierno federal (que buscaba tener mayor control sobre el territorio) y los estados (que buscaban tener una mayor autonomía y ser en quienes residía la soberanía). Esto llevó a varios conflictos y finalmente a su disolución.
Golpe de Estado a José María Cornejo en 1832 En 1832, el jefe supremo salvadoreño José María Cornejo había entrado en conflicto con el gobierno federal de Morazán al no apoyar varios de los decretos emanados de la asamblea federal, como la expulsión del arzobispo de Guatemala Ramón Casaus y que el gobierno federal buscaba tener intervención directa en la renta de tabaco. Esto llevaría a que Morazán invadiese el territorio salvadoreño a partir de enero de ese año; para que finalmente, en marzo, depusiese a Cornejo, quien sería capturado y llevado junto los demás miembros de su gobierno, encadenados con grilletes, hasta Guatemala. El gobierno estatal quedaría en manos de Morazán, quien lo ejerció hasta mayo de ese año cuando se nombró como jefe y vicejefe electos a Mariano Prado y a Joaquín de San Martín respectivamente.
Golpe de Estado a Mariano Prado (1833) y Joaquín de San Martín (1834) En 1833, los impuestos decretados por el gobierno de Prado para remediar la hacienda estatal, habían llevado a que surgieran varias sublevaciones en el territorio (incluyendo la del indígena Anastasio Aquino). Debido a ello, el 8 de febrero de ese año, el congreso estatal acordó exhortar a Mariano Prado a que dejase el gobierno al vicejefe Joaquín de San Martín, fuese a Guatemala a manifestar la urgente necesidad de las reformas constitucionales y de la traslación de la sede del gobierno federal, y las causas por las que se tomarían las rentas federales. Ante ello, Prado convocó ese día a una junta de vecinos notables que aceptó la moción dada por el congreso estatal, por lo que Prado entregó el poder a San Martín.
La destitución de Prado no fue bien vista por el gobierno federal, que además quería trasladar la capital de la federación a territorio salvadoreño a pesar de las reticencias del gobierno local. San Martín buscaría legitimarse a través de elecciones en las que resultó ganador; pero a pesar de ello, Morazán invadió el territorio y derrocó a San Martín en mayo de 1834. El gobierno quedaría en manos del General Carlos Salazar, que luego se lo entregó a su hermano el entonces vicepresidente Gregorio Salazar; en septiembre, se reuniría el congreso y concejo representativo que nombraría como jefe provisorios a Joaquín Escolán y Balibrera y luego a José María Silva, siendo finalmente declarados electos, el 6 de abril de 1835, como jefe y vicejefe Nicolás Espinoza y José María Silva. Ese mismo año de 1835 se trasladó la capital de la federación a San Salvador.
Golpe de Estado a Nicolás de Espinoza en 1835 En septiembre de 1835, el jefe Nicolás Espinoza, debido a sus medidas en el ramo de hacienda, a sus desacuerdos con el vicejefe José María Silva, y a su acercamiento con los indígenas, comenzó a ser atacado por la prensa Morazanistas (que estaba a favor del vicejefe Silva) acusándole de: querer iniciar una guerra de castas en el Estado; querer iniciar una revolución en el estado guatemalteco, por medio de emisarios en Chiquimula y Quetzaltenango; de haber estado detrás de la insurrección del coronel Cándido Flores en Nicaragua; y de haber abusado temerariamente de su autoridad en el departamento de San Miguel. Por ello, el presidente Morazán buscaría intimarlo y se preparía para la guerra; ante lo cual Espinoza renunció y pidió que también lo hiciese el viceje Silva; sus renuncias fueron aceptadas por el Consejo representativo y en su lugar, el 15 de noviembre, se nombró al consejero Francisco Gómez quien lo ejerció hasta que el 7 de marzo de 1836 fueron declarado como jefe y vicejefe electos Diego Vigil y Timoteo Menéndez.
Golpe de Estado a Francisco Morazán en 1840 En 1840 Centroamérica se encontraba en una guerra civil que causó la disolución del República Federal y la separación de los Estados, quienes veían como amenaza que Francisco Morazán, después de que expirase su tiempo como presidente, fuese electo como jefe supremo de El Salvador el 6 de julio de 1839. Por ello Guatemala, Honduras y Nicaragua realizaron diversos ataques al territorio que mayoritariamente fueron repelidos por las tropas Morazán, el cual lograría avanzar hasta la ciudad de Guatemala en febrero de 1840; pero el comandante de las fuerzas guatemaltecas el General Rafael Carrera, que se encontraba en Quezaltenango, lo derrotó y recupero la ciudad de Guatemala el 18 de febrero de ese año, obligando a Morazán a replegarse al territorio salvadoreño. A inicios de abril de 1840, el General Francisco Cáscaras, junto con la vanguardia guatemalteca, ocupó Santa Ana; ante esto, y para ya no ocasionarle más problemas al estado salvadoreño, el 4 abril, Morazán decidiría renunciar ante una junta de notables y embarcarse con destino a Suramérica al siguiente día, junto con el iría el vicejefe José María Silva. Al quedarse el gobierno sin autoridades, el consejo municipal de San Salvador (cuyo alcalde primero era Rafael Francisco Osejo) se haría cargo del gobierno y llamaría al consejero coronel Antonio José Cañas para que se hiciese cargo del gobierno.
Golpe de Estado a Antonio José Cañas en septiembre de 1840 El jefe supremo salvadoreño Antonio José Cañas había logrado restablecer las comunicaciones con el gobierno guatemalteco, que envió en mayo de 1840 como comisionados al general Rafael Carrera y a Joaquín Durán y Aguilar. Una de las exigencias de los comisionados fue que se nombrase como comandante de las armas al jefe de caballería general Francisco Malespín. El cual intentaría imponer su voluntad al gobierno de Cañas; y al no lograrlo, impulsaría, el 20 de septiembre, una sublevación en los cuarteles de San Salvador que obligarían a Cañas a renunciar. Ante ello, el Consejo Representativo nombró como jefe provisorio al designado Norberto Ramírez, que renunció en enero de 1841 al estar en desacuerdo con Malespín; por lo que el Congreso Constituyente del Estado nombró como jefe provisorio a Juan Lindo, que se convirtió en el primer presidente del país al emitirse y jurarse la Constitución de 1841 en febrero de ese año.
Golpes de Estado durante el período posfederativo (1841-1876)
Golpe de Estado a Juan Lindo en 1842 Luego de la disolución de la Federación la situación en el país era inestable y surgían facciones que buscaban restaurar la Federación y procurar el regreso de Morazán. A fines de octubre de 1841, surgiría un movimiento en San Salvador y San Miguel que buscaba destituir a Juan Lindo y colocar en su lugar al General Nicolás Espinoza, dicho movimiento estaría liderado por el Coronel Nicolás Ángulo; en dicho alzamiento, según el gobierno, algunos senadores (en la Constitución de 1841 el sistema legislativo era bicameral) y diputados estaban implicados. Debido a ello, el 5 de noviembre, se allanaron las casas de senadores, diputados y magistrados de la Corte Suprema, y el 6 de ese mes fueron encarcelados varios senadores (que fueron conducidos hacia Guatemala rumbo a México) provocando la disolución de la Asamblea.
El arresto y allanamiento de miembros del poder legislativo y judicial llevó a que, a fines de 1841 e inicios de 1842, surgieran varias revueltas contra el gobierno en San Salvador, Chalatenango, Sonsonate y Santa Ana, que llevaron a la captura, destierro y confinamiento de varias personalidades. Ante esto, Lindo decidió trasladar la sede del gobierno a San Vicente el 5 de enero de 1842. El 27 de enero el congreso legislativo, electo para ese año, decretó una amnistía a los expulsados y prohíbe las persecuciones. El 1 de febrero de ese año, luego de contabilizar los votos de las elecciones presidenciales, la Asamblea Legislativa nombró como presidente electo a Antonio José Cañas, pero este no aceptó el cargo; por lo que en su lugar se nombró como presidente provisional a Juan José Guzmán y en caso de no estar presente ocuparía el cargo el General José Escolástico Marín o en su falta Dionisio Villacorta, dejando completamente afuera a Lindo. Él cuál, en lugar de esperar la llegada de Guzmán, decidió renunciar ese mismo día y entregar el gobierno al General Escolástico Marín. En septiembre de 1842 la Asamblea Legislativa declaró como presidente y vicepresidente electos a Juan José Guzmán y a Pedro José Arce.
Golpe de Estado a Juan José Guzmán en 1843 El presidente Juan José Guzmán buscando reducir la autoridad de Francisco Malespín (que hacía de caudillo desde su puesto de comandante de las armas), decidió dividir la comandancia de las armas en 4 departamentos, quedando Malespín en la de San Salvador. En diciembre, Guzmán se dirigió a visitar el departamento de San Miguel; y tras él se dirigió Malespín con una escolta, ya que Guzmán había ordenado la captura y remisión a San Miguel del presbítero Eduardo Vásquez (que había usado el púlpito como medio político); lo que hizo que Guzmán se sintiera perseguido e intimase a Malespín el 6 de diciembre para que desocupase San Miguel a pena de ser declarado faccioso. Malespín no contestó, permaneció en San Miguel, y reunió a la municipalidad para formar una comisión que averiguase el paradero del presidente para que continuase ejerciendo sus funciones.
Al volver a San Salvador, Guzmán decidió trasladar la sede del gobierno a San Vicente el 23 de diciembre; mientras que Malespín ordenó el extrañamiento de los presbíteros Isidro Menéndez e José Ignacio Zaldaña, lo que fue hecho por el obispo Jorge de Viteri y Ungo. El 29 de diciembre, Guzmán se dirigió a Malespín para que declarase si obedecía o no las leyes, y al obispo y la Corte Superior de Justicia para que restablecieran la justicia. Al no obtener resultados, Guzmán renunció al cargo y se lo entregó al senador Cayetano Molina, quien lo iría intercambiando con el vicepresidente Pedro José Arce hasta que en febrero de 1844 asumieron como presidente y vicepresidente electos el General Francisco Malespín y el General Joaquín Eufrasio Guzmán.
Golpe de Estado a Francisco Malespín en 1845