La segunda guerra civil somalí es la fase actual del conflicto interno somalí que inicio a finales de enero de 2009 y se concentra en el sur y el centro de Somalia y partes del noreste de Kenia. El conflicto entre las fuerzas del Gobierno Federal de Somalia, asistidas por tropas de mantenimiento de la paz de la Unión Africana, y varios grupos y facciones militantes. La violencia ha desplazado a miles de personas en el sur del país. La guerra civil también ha visto enfrentamientos entre los sufíes Ahlu Sunna Waljama'a y Al-Shabaab.

Durante la insurgencia que siguió a la invasión etíope de Somalia en 2006, al-Shabaab ganó protagonismo y logró importantes avances territoriales. Varias semanas antes del fin de la ocupación militar, los insurgentes islamistas habían tomado la mayor parte del sur y el Gobierno Federal de Transición (TFG) estaba al borde del colapso.  A principios de 2009, las tropas etíopes se retiraron de Somalia y el exlíder de la Unión de Tribunales Islámicos Sharif Ahmed fue elegido presidente del TFG, marcando una nueva fase de la guerra civil. Al-Shabaab y grupos islamistas aliados continuaron luchando contra el nuevo GFT y la misión de la Unión Africana (AMISOM) durante 2009 y 2010, debilitando aún más el frágil GFT.

Para 2010, al-Shabaab alcanzó su máxima capacidad operativa al absorber otras facciones y comenzar a adoptar cambios drásticos en los tipos de ataques que utilizaba.  Ese año el grupo se fusionó con Hizbul Islam y también llevó a cabo los atentados de Kampala en respuesta al apoyo ugandés a AMISOM.

En agosto de 2011, al-Shabaab se retiró de Mogadiscio y perdió el control significativo que había establecido en la ciudad desde que comenzó la insurgencia en 2007. Aunque el grupo sigue operando en la capital, la retirada de 2011 marcó el fin de una fuerte presencia insurgente. En octubre de 2012, el ejército de Kenia cruzó la frontera hacia Somalia en la Operación Linda Nchi contra al-Shabaab. Su objetivo era apoderarse de Kismaayo y establecer una zona de amortiguamiento contra al-Shabaab. En 2012, Kismaayo fue capturado.

En 2012 se formó el FGS, y cada vez estaba más claro que una victoria militar no resolvería el conflicto, y durante ese mismo año al-Shabaab juró lealtad a Al Qaeda. En 2014, las tropas de la ENDF en Somalia estaban integradas anteriormente en AMISOM.

A pesar de los crecientes desafíos, al-Shabaab sigue controlando grandes extensiones de territorio en el sur de Somalia. Sigue siendo influyente en muchas zonas rurales y ahora prioriza los ataques de guerrilla y terrorismo sobre las adquisiciones territoriales. El Estado Islámico en Somalia (ISS) y Hizbul Islam también han llevado a cabo ataques contra ambas facciones. En 2013, Hizbul Islam renunció a la violencia contra el gobierno, pero a fecha de 2023, el ISS sigue activo en el norte de Somalia. En 2023, estalló el conflicto de Las Anod en la parte norte de Somalia entre el SSC-Khatumo y el Ejército de Somalilandia.

Antecedentes

Establecido en 2004 y reconocido internacionalmente, el apoyo del Gobierno Federal de Transición (TFG, por sus siglas en inglés) en Somalia fue decayendo hasta que en 2006, respaldado por Estados Unidos, el ejército etíope intervino, lo que ayudó a expulsar a la Unión de Tribunales Islámicos (ICU, por sus siglas en inglés) rival en Mogadiscio y solidificar el TFG.

Surgimiento de la insurgencia Después de esta derrota, la UCI se dividió en varias facciones diferentes. Algunos de los elementos más radicales, incluido al-Shabaab, se reagruparon para continuar con su insurgencia contra el GFT y oponerse a la presencia militar etíope en Somalia. A lo largo de 2007 y 2008, al-Shabaab obtuvo victorias militares y tomó el control de ciudades y puertos clave tanto en el centro como en el sur de Somalia. A fines de 2008, el grupo había capturado Baidoa pero no Mogadiscio. Para enero de 2009, al-Shabaab y otras milicias lograron obligar a las tropas etíopes a retirarse del país, dejando atrás una fuerza de mantenimiento de la paz de la Unión Africana (UA) insuficientemente equipada. Se produjo un acuerdo para compartir el poder entre un grupo disidente islamista liderado por la facción de la Alianza para la Reliberación de Somalia (ARS-D) de Sharif Sheid Ahmed y el primer ministro del Gobierno Federal de Transición, Nur Hassan Hussein, en Yibuti. Al-Shabaab, que se había separado de los islamistas moderados de la insurgencia, rechazó el acuerdo de paz y siguió tomando territorios. Se le unió Hizbul Islam, que es una fusión de cuatro grupos islamistas, incluida la Alianza para la Reliberación de Somalia, la facción Asmara. Otro grupo islamista, Ahlu Sunna Waljama'a, aliado con el GFT y apoyado por Etiopía, continúa atacando a al-Shabaab y tomando ciudades también, aunque solo ha sido efectivo en la región de Galguduud, donde expulsó a al-Shabaab de la mayor parte de la región central.

Retirada etíope y nueva administración Después de que el parlamento admitiera a 275 funcionarios de la oposición islamista moderada, el líder del ARS, Sheikh Ahmed, fue elegido presidente del TFG el 31 de enero de 2009. Desde entonces, los islamistas radicales de al-Shabaab han acusado al nuevo presidente del Gobierno Federal de Transición de aceptar el gobierno secular de transición y han continuado la guerra civil desde que llegó a Mogadiscio al palacio presidencial a principios de febrero de 2009.

Cronología 2009-10: comienza la guerra Al-Shabaab también prometió luchar contra el gobierno. El 4 de febrero de 2009, cuatro grupos islamistas, incluida la rama eritrea del ARS de Hassan Dahir Aweys, se fusionaron y crearon el grupo Hisbi Islam, para oponerse al nuevo gobierno de Sharif Sheikh Ahmed. El nuevo presidente del TFG, Sheik Sharif Sheik Ahmed, llegó a Mogadiscio como presidente por primera vez el 7 de febrero de 2009. Al-Shabaab y otros islamistas radicales comenzaron a disparar contra el nuevo presidente del TFG horas después. Acusaron al nuevo presidente de aceptar el gobierno laico de transición.

El 8 de febrero, estallaron intensos combates en el sur de Mogadiscio. El líder de al-Shabaab, el jeque Mukhtar Robow (Abu Mansur), se reunió con Sharif Ahmed para mantener conversaciones de paz durante su visita a Mogadiscio, mientras que Omar Iman rechazó al presidente. Durante estas negociaciones, Sharif Ahmed dijo que estaría preparado para hacer cumplir la Ley Sharia en Somalia, que era la principal demanda de los grupos radicales. Sin embargo, el jeque Mukhtar Robow, ex portavoz de Al-Shabab, negó haber hablado con Sharif Ahmed y prometió seguir luchando hasta que se cumplieran sus demandas de la ley sharia. Sheikh Mukhtar Robow advirtió a Nigeria contra el envío de fuerzas de paz a Somalia, ya que al-Shabaab ve a las fuerzas de paz de la UA como fuerzas de ocupación. Dos días después, Al-Shabaab lanzó una ofensiva para tomar la provincia de Bakool. Los funcionarios del gobierno que habían sido expulsados de Baidoa habían estado reuniendo tropas en la ciudad de Hudur (Xudur) y planeando una gran ofensiva para retomar Baidoa. Las fuerzas islamistas atacaron la provincia y llegaron a la capital donde iniciaron una batalla contra las fuerzas gubernamentales. En Galmudug, la milicia del Clan tomó la ciudad de Masagaway de manos de Al-Shabaab, mientras que también había combates en Warsheekh.

El portavoz de Al-Shabaab en ese momento, Sheikh Mukhtar Robow (Abu Mansur), rechazó los informes de varios medios de comunicación de que se había llegado a un acuerdo mutuo entre él y el recién elegido presidente Sharif Ahmed. En su declaración del 12 de febrero, también agregó que no tenía intención de contactar al presidente sobre ningún asunto y que continuarían luchando contra las tropas extranjeras y lo que describió como un gobierno "apóstata". Al-Shabaab también juró la guerra contra el nuevo gobierno. El 22 de febrero, un doble atentado suicida con bomba contra una base de la UA en Mogadiscio dejó 11 soldados burundeses muertos y otros 15 heridos. Dos días después, estallaron intensos combates en la ciudad cuando las fuerzas del Gobierno Federal de Transición y la Unión Africana intentaron recuperar la ciudad de manos de las fuerzas islamistas radicales. Los combates duraron dos días y mataron a 87 personas, entre ellas: 48 civiles, 15 insurgentes y 6 policías del TFG. Al mismo tiempo que estallaban los combates en Mogadiscio, las fuerzas de Al-Shabaab tomaron la ciudad de Hudor, al noroeste, en combates que mataron a otras 20 personas: 10 soldados del TFG, 6 insurgentes y 4 civiles. El 28 de febrero, parecía que Hisbi Islam firmaría un alto el fuego con el Gobierno Federal de Transición. Sin embargo, el 1 de marzo quedó claro que no se otorgaría un alto el fuego, a pesar de que el presidente Sharif Ahmed aceptó las propuestas de tregua y se ofreció a aceptar la implementación de la ley Sharia, pero se negó a trasladar tropas de las áreas civiles a pesar de que los islamistas lo hicieron. Al-Shabaab anunció el 6 de mayo que continuaría la guerra incluso si la AMISOM se retiraba. El gobierno somalí, a su vez, anunció posteriormente un bloqueo inmediato de las pistas de aterrizaje y los puertos marítimos bajo el control de los insurgentes para detener el flujo de armas que llegaba a ellos.

Batalla de Mogadiscio y Somalia central El 7 de mayo, comenzó una feroz batalla por el control de Mogadiscio entre al-Shabaab e Hizbul Islam contra el TFG. Cientos fueron asesinados y heridos y decenas de miles fueron desplazados. El 11 de mayo, las fuerzas rebeldes tomaron la delantera y lograron grandes avances y se apoderaron de la mayor parte de la capital. Los rebeldes estuvieron a punto de derrocar al gobierno antes de que terminaran los combates el 14 de mayo; las nuevas rondas de combate durarían todo agosto. El 16 de mayo, Al-Shabaab capturó la ciudad estratégica de Jowhar, que conecta Mogadiscio con el centro de Somalia. Una de las mayores batallas de la guerra tuvo lugar unas 3 semanas después, el 5 de junio, cuando Hizbul Islam capturó Wabho y dejó 50 combatientes muertos. El 19 de junio, el presidente del parlamento de transición, el jeque Adan Mohamed Nuur Madobe, pidió a la comunidad internacional que enviara tropas extranjeras a Somalia en las siguientes 24 horas. Afirmó que el poder del gobierno está a punto de ser derrotado por las fuerzas islamistas en la capital somalí..allafrica Parliament Asks Foreign Troops to Come Within 24 Hours , 19 June 2009 El gabinete somalí declaró el estado de emergencia y pidió ayuda a los países vecinos, incluidos Kenia, Yibuti, Etiopía y Yemen. Etiopía se negó diciendo que la intervención necesita un mandato internacional. Al-Shabaab respondió el 21 de junio diciendo que lucharía contra cualquier tropa extranjera y amenazó contra una posible intervención de Kenia.