miniaturadeimagen|La «parrilla», método con el que se aplicaba electricidad a los detenidos y uno de los más utilizados por el Comando Conjunto, según la Comisión Rettig. El Comando Conjunto fue una organización clandestina de inteligencia de la dictadura militar chilena, que persiguió y ejecutó a opositores del régimen encabezado por Augusto Pinochet. Operó entre 1975 y 1976, periodo en el cual secuestró, torturó e hizo desaparecer al menos a treinta personas, casi todas ellas dirigentes del Partido Comunista de Chile. Funcionó de facto —sin una formalización institucional como sí lo hizo la DINA— bajo el alero de la Dirección de Inteligencia (DIFA) de la Fuerza Aérea de Chile (FACh), pero también tuvo en sus filas a integrantes del Ejército, la Armada, Carabineros y civiles que habían pertenecido al grupo paramilitar de extrema derecha Patria y Libertad.
La existencia del aparato represor se reveló públicamente en 1984, luego de que el suboficial de la FACh Andrés Valenzuela Morales desertara de la institución y confesara a la periodista Mónica González de la revista Cauce su participación en las desapariciones forzadas que realizaba el Comando Conjunto. Su testimonio, publicado en diciembre de ese año, permitió conocer por primera vez en forma detallada los vejámenes y torturas a los cuales fueron sometidas víctimas de la dictadura militar, y los métodos empleados para hacerlas desaparecer.
Antecedentes Inmediatamente tras el golpe de Estado del 11 de septiembre de 1973, la Fuerza Aérea empezó a depurar a la institución de la «infiltración marxista». Para ello, expulsó de sus filas y arrestó a decenas de oficiales y suboficiales —conocidos también como «constitucionalistas»— que habían sido leales al gobierno de Salvador Allende o se habían manifestado en contra de un golpe de Estado, Los detenidos eran llevados a la Academia de Guerra Aérea (AGA) de la FACh y torturados bajo las órdenes del general Orlando Gutiérrez Bravo, fiscal de Aviación «en tiempo de guerra», con el fin de extraer confesiones que los ligaran al inexistente Plan Z, el supuesto plan de los partidos de la Unidad Popular para exterminar a las cúpulas militares. Al año siguiente los consejos de guerra —en el llamado «Juicio FACh»— condenarían a más de 60 exintegrantes de la institución.Augusto Pinochet, por su parte, en octubre de 1973 le propuso a los demás integrantes de la Junta Militar —José Toribio Merino, Gustavo Leigh y César Mendoza— crear la Dirección de Inteligencia Nacional (DINA), con el fin de reorganizar y coordinar las tareas de inteligencia para acabar con los grupos «subversivos». Los demás miembros sabían que los otros servicios de inteligencia de las ramas de las Fuerzas Armadas se debilitarían y que Pinochet podría adquirir un excesivo poder ya que el nuevo organismo estaría bajo su subordinación. Pese a ello, aprobaron la idea, y de esta manera la DINA comenzó su trabajo en noviembre, bajo el mando del coronel Manuel Contreras, quien respondía directamente a Pinochet.
En paralelo al desarrollo del «Juicio FACh», en 1974 la Sección de Inteligencia de la Fuerza Aérea (SIFA) —a cargo del coronel Horacio Otaíza López, segundo al mando en la AGA y posteriormente sucesor de Gutiérrez como fiscal de Aviación— comenzó a realizar allanamientos y detenciones de militantes de partidos que constituían una «amenaza armada». Para esos fines, el SIFA empezó a sumar miembros, como Roberto Fuentes Morrison (el «Wally»), quien había sido miembro de Patria y Libertad y trabajaba como jefe del Departamento de Seguridad del Ministerio de Agricultura, y César Luis Palma Ramírez (el «Fifo»), también miembro de Patria y Libertad y uno de los participantes en el asesinato de edecán naval de Salvador Allende, comandante Arturo Araya Peteers. Ellos se ponían bajo las órdenes del comandante y torturador de la AGA Edgar Ceballos Jones.
En este periodo el SIFA estuvo enfocado en el Movimiento de Izquierda Revolucionaria (MIR). En diciembre de 1974 el equipo dio muerte a José Bordas Paz («Coño Molina»), dirigente del Comité Central del MIR que unos meses antes había sobrevivido al operativo organizado por la DINA que dio muerte a Miguel Enríquez. En este mismo operativo los agentes del SIFA también dieron muerte al teniente del Ejército Hugo Cerda Espinoza luego de un confuso incidente. Tras este hecho, el SIFA —al igual que otros servicios de inteligencia de las Fuerzas Armadas— se reestructuró y pasó a llamarse Dirección de Inteligencia (DIFA), quedando a cargo del general Enrique Ruiz Bunger. Asimismo, la DIFA abandonó la AGA y se trasladó definitivamente al edificio en calle Juan Antonio Ríos N.° 6 (a pasos de Alameda con Santa Rosa) donde compartiría espacio con los recién creados Servicio de Inteligencia Naval (SIN) y Dirección de Inteligencia de Carabineros (Dicar), y la Dirección de Inteligencia del Ejército (DINE). Asimismo, el comandante Edgar Ceballos y Roberto Fuentes Morrison se hicieron cargo de un grupo operativo dentro de la DIFA que ahora tenía como objetivo desarticular el Partido Comunista.
Comando Conjunto Luego de meses de planificación, trabajo que incluyó la actualización de todas las fichas de militantes en su poder y la información proporcionada por el militante comunista Carol Flores Castillo —quien se convirtió en colaborador tras haber sido detenido por el SIFA a mediados de 1974—, el 28 de agosto de 1975 la DIFA inició su primera operación contra el Partido Comunista con el arresto del tornero mecánico y militante Miguel Ángel Rodríguez Gallardo (quien sería ejecutado y hecho desaparecer a comienzos de 1976). Los siguientes detenidos eran llevados al hangar de Cerrillos, lugar que a los pocos días se vio sobrepasado, por lo que los agentes empezaron a utilizar como centro de detención y tortura una casa que había pertenecido al mirista José Bordas, ubicada en calle Santa Teresa 37 de La Cisterna, en el paradero 20 de la Gran Avenida. El recinto se bautizó como Nido 20.
A mediados de septiembre, después de la muerte de Humberto Castro, el tercer ejecutado por el grupo, los agentes se trasladaron a otra casa ubicada en La Florida en calle Perú N.º 9053, en el paradero 18 de avenida Vicuña Mackenna. La vivienda, conocida como Nido 18, había pertenecido al mirista Humberto Sotomayor, quien se había salvado en el operativo que había acabado con Miguel Enríquez y posteriormente evadió con éxito a la DINA y el SIFA.
Tras una orden del general Ruiz Bunger, director de la DIFA, a comienzos de noviembre todos los prisioneros fueron llevados a la nueva cárcel militar La Prevención, más conocida como «Remo Cero», ubicada en el Regimiento de Artillería Antiaérea de Colina. Aquí, según el Informe Rettig, se puede decir que empezó el trabajo del Comando Conjunto propiamente como tal, ya que a partir de este momento se sumaron al grupo de la DIFA —que ahora estaba a cargo de Roberto Fuentes Morrison— agentes de Carabineros (al mando del oficial Manuel Agustín Muñoz Gamboa), de la Armada (a cargo del oficial Daniel Guimpert), un grupo de Patria y Libertad (cuyo jefe era César Luis Palma Ramírez) y también un grupo del Ejército, este último por un breve tiempo. miniaturadeimagen|El recinto de detención y tortura Nido 20 en la comuna de La Cisterna. Hoy es la Casa Museo de la Memoria Alberto Bachelet. Hacia comienzos de 1976, la cantidad de detenidos en total (liberados o todavía prisioneros) alcanzaba al menos las cuarenta personas, de las cuales casi la mitad serían ejecutadas y hechas desaparecer. En los días previos a Navidad, el órgano represor también detuvo a René Basoa Alarcón y Miguel Estay Reyno (el «Fanta») miembros de Inteligencia del PC y a partir de ese momento activos colaboradores del Comando Conjunto.
Tras quedarse sin prisioneros, en marzo de 1976 el Comando Conjunto evacuó «Remo Cero» y se trasladó a las antiguas oficinas del diario Clarín —cerrado el 11 de septiembre de 1973— en calle Dieciocho N.° 229, donde también se instaló la Dicar. El lugar se conoció como recinto La Firma. El cambio significó una reestructuración en el Comando Conjunto y un nuevo objetivo: las Juventudes Comunistas (JJCC). Como prioridad se fijó a José Arturo Weibel Navarrete (su hermano Ricardo había sido detenido en noviembre y ejecutado y enterrado en una fosa en Peldehue en enero de 1976), exsecretario general de las JJCC y ahora secretario de Organización del PC (esto último desconocido por el Comando Conjunto), José Weibel fue detenido arriba de un bus de transporte público, en presencia de su esposa y dos hijos, la mañana del 29 de marzo de 1976. En los meses siguientes, entre junio y agosto, el Comando Conjunto ejecutaría a otra decena de personas, casi todas militantes del PC.
Conflicto con la DINA Cuando el Servicio de Inteligencia de la FACh (SIFA) inició en 1974 su persecución y desarticulación del comité central del MIR, también dio comienzo a una soterrada competencia con la DINA. A los pocos meses de iniciada esta tarea, el coronel Edgar Ceballos comenzó a notar que militantes del MIR, después de ser interrogados por agentes del SIFA y liberados, desaparecían misteriosamente; al poco tiempo descubriría que la DINA estaba detrás de dichas desapariciones. Este nuevo escenario empezó a generar roces entre ambos organismos de inteligencia, a tal punto que Ceballos comenzó a ayudar a los militantes a asilarse en embajadas, con el fin de evitar que cayeran en manos de la DINA, y posteriormente instó a la dirigencia del MIR a que se rindiera y se fuera al exilio, lo que fue descartado en su momento por Miguel Enríquez. La tensión escaló a tal punto que el 4 de noviembre de ese año agentes de la DINA, bajo la orden del coronel Manuel Contreras, arrojaron el cuerpo de la mirista Lumi Videla al interior de la embajada de Italia, en la comuna de Providencia, con un claro mensaje dirigido a los miembros de la FACh: solo muertos se podrían asilar los miristas. De todas maneras, a fines de 1974 el SIFA concluyó su misión de desarticular el comité central del MIR con el asesinato de José Bordas. Según la periodista Mónica González y el abogado Héctor Contreras, «la caída del jefe del aparato militar del MIR, en diciembre de 1974, y la captura de gran parte de su dirigencia, fue una dura humillación para la DINA. Dejó en evidencia que la táctica y la estrategia de inteligencia de Edgar Ceballos y su superior Horacio Otaíza, daban mejores resultados que las del general de Ejército Manuel Contreras». Andrés Valenzuela, exmiembro del Comando Conjunto, diría en 1984: «En ese tiempo, teníamos problemas graves con la DINA, pensábamos que era inoperante. Por lo menos así opinaban nuestros jefes. Nosotros, siendo tan pocos, actuábamos más efectivamente que ellos. Por ejemplo, nuestro grupo logró detener a toda la cúpula del MIR».
El 31 de julio de 1975 el coronel Horacio Otaíza, jefe de la DIFA, murió en un accidente aéreo, lo que generó sospechas en el alto mando de la institución de una posible intervención del órgano que dirigía el general Contreras. Días después de la muerte de Otaíza, agentes de la DINA secuestraron al mirista e informante de la DIFA Leonardo «el Barba» Schneider —quien había traicionado a José Bordas— con el fin de neutralizar un supuesto plan de Edgar Ceballos para eliminar a Contreras, ya que según la DINA habían detectado seguimientos realizados por parte de hombres de la DIFA. El episodio significó la salida de Ceballos —y su reemplazo por el coronel Juan Francisco Saavedra Loyola—, por lo que Roberto Fuentes Morrison asumió el mando del comando represivo al interior de la DIFA.