La Confederación de los III cantones () designa la primera etapa de formación de la antigua Confederación Suiza, entre 1291 y 1332; cronológicamente, le sigue la Confederación de los VIII cantones.
En abril de 1291, el emperador del Sacro Imperio Rodolfo I de Habsburgo recompró los derechos de la ciudad de Lucerna, situada en el extremo del lago de Lucerna, en un intento de restaurar la autoridad de su familia en la región. Tras su muerte el y en previsión de posibles problemas sucesorios, los hombres libres de los valles de Uri, de Schwyz y de UnterwaldPacte fédéral du 1er août 1291 sur Admin.ch "vallée inférieure d'Unterwald" signifie NidwaldPacte fédéral du 1er août 1291 sur Cliotexte renovaron a principios de agosto (se desconoce la fecha exacta) un pacto de alianza, jurídica y defensiva, eterna, que históricamente se considera marca la fundación de la antigua Confederación Suiza y por tanto, de la propia Suiza.
En respuesta, los Habsburgo aumentaron su presión sobre la región para que se reconocieran sus derechos. En la batalla de Morgarten, el , la caballería pesada del duque Leopoldo I de Austria, seguida de un cuerpo de infantería, se adentró en un desfiladero encajado entre la montaña y el lago de Ägeri, siendo sorprendidos por los suiceses ayudados por unos uraneses que los atacaron con alabardas y piedras, provocando una masacre. El hecho causó una fuerte impresión en la población, despertó una toma de conciencia política y condujo a una renovación del pacto tres semanas después en Brunnen (pacto de Brunnen).
Sacro Imperio Romano Germánico
Tras las incursiones de los sarracenos y de los húngaros, la Europa central experimentó desde mediados del una relativa calma de unos 200 años; las convulsiones políticas tenían lugar en el este, en Italia y en Tierra Santa, donde se sucedían las cruzadas. Económica y socialmente, el feudalismo se desarrolló bajo el gobierno de los últimos carolingios. En el territorio de lo que será la futura Suiza, las primeras fuentes que mencionan la existencia de vasallos datan del y los describen como los representantes de la nobleza (en alemán ) que constituían una aristocracia intermedia en un principio poco apegada a un lugar determinado. Al mismo tiempo, la Iglesia (en alemán ) también recibió territorios cada vez más extensos, siendo los obispos frecuentemente parte de las élites sociales.
En 962, Otón el Grande se convirtió en el primer soberano del Sacro Imperio Romano Germánico, que comprendía todo el territorio helvético, dividido luego en una multitud de pequeños señoríos y posesiones episcopales. Desde el comienzo del segundo milenio y hasta 1250, fueron cuatro familias vasallas de los emperadores romano-germánicos las que aumentaron gradualmente su influencia en la región, en particular, buscando obtener la corona del reino de Borgoña-Provenza o de sus restos. El malestar político, junto con una era de prosperidad económica y la apertura de un nuevo paso a través de los Alpes, animaron a forjar alianzas a las ciudades y al campo, en donde el espíritu de familia aún prevalecía sobre las leyes generales.
Familia Zähringen thumb|Escultura de Bertoldo II de Zähringen en el convento de la Abadía de San Pedro en la Selva Negra.
Originaria de Suabia, la casa de Zähringen vio disputado el territorio que se extendía sobre el actual estado de Baden-Wurtemberg por los Hohenstaufen, que la empujaron hacia la orilla izquierda del Rin. En 1098, Bertoldo II de Zähringen renunció oficialmente a toda pretensión al ducado de Suabia, pero a cambio recibió la soberanía de Lenzburg y el bailiazgo de Zúrich, entonces descrita como «la ciudad más importante de Suabia», siendo liberada de la soberanía ducal. Así pudo crear un ducado de Zähringen que, a partir de 1100, se fue ampliando gradualmente hacia el oeste: se incorporarán importantes territorios de las cuencas del Aar y del Emme y luego del país de Vaud. Pero una coalición encabezada por los condes de Ginebra, los obispos de Lausana y especialmente la casa de Saboya acabó rompiendo políticamente el impulso de Conrado I de Zähringen, hijo de Bertoldo, que pretendía hacerse coronar duque de Borgoña.
La familia Zähringen cesó entonces sus conquistas hacia el oeste para mejorar la explotación de las tierras del ducado familiar. Fundaron las ciudades de Friburgo en 1157, Berna en 1191 y también Rheinfelden, Burgdorf, Morat y Thun. Un intento de expandirse hacia el sur, a través del col de Grimsel que atraviesa los Alpes, fracasó en 1211 contra los valeses. Al mismo tiempo, se abría una nueva ruta a través de los Alpes que cambiará la historia de la región: el paso de San Gotardo que unirá directamente Lombardía con el valle del río Reuss, en la región de Uri. No se conoce la fecha exacta de la apertura de ese paso de montaña, aunque generalmente se sitúa en torno a 1200. También es incierto si Zähringen participó activamente en esa infraestructura, aunque ese territorio estaba dentro de su ducado.
Bertoldo V, el último de los duques de Zähringen, murió en 1218. Su herencia se disputó acaloradamente, pero al final una gran parte fue a parar a la familia de los Kyburg. Sin embargo, en una lucha contra el papa y algunos de sus vasallos, el emperador Federico II concedió luego a varias ciudades del ducado, como Berna, Soleura y Zúrich, el estatus de ciudad libre por «inmediatez imperial», privando así a los señoríos locales de esas ganancias. El conflicto entre el emperador y el papa, que alcanzó su clímax durante el primer Concilio de Lyon en 1245, también tuvo repercusiones en la meseta suiza, entre gibelinos, que apoyaban al emperador, y güelfos, que apoyaban al papa. Así, Lucerna, del lado del papa, entró en guerra contra Berna, partidaria del emperador. Esa crisis terminó con la muerte de Federico II en 1250.
Familia de Kiburg thumb|left|Grabado de 1740 que representa el castillo de Kyburg.
Las primeras menciones relativas a la familia de los Kiburg (a veces escrita o ) los sitúan en el alto Danubio antes de que adquirieran, por matrimonio y por herencia, tierras en la Suiza oriental, la región entre Zúrich y la actual Turgovia. Toman su nombre del castillo de Kyburg, situado en el actual cantón de Zúrich, en el territorio del municipio homónimo.
Heredero de la parte del dominio situada en el norte de Suiza, el conde Hartmann III de Kiburg fue admitido, tras su matrimonio con Richenza de Lenzburg-Baden, en 1172 como heredero con los Hohenstaufen y los Zähringen de los territorios de la casa condal de Lenzburg; si bien no se conocen los detalles precisos de la distribución del territorio, sí se sabe que dio lugar a muchas disputas hasta 1254, cuando Isabel de Chalon reclamó Lenzburg para su marido, Hartmann V de Kibourg, conocido como «el Joven». Por su parte, Ulrico III de Kiburg, casado con la hija de Bertoldo V de Zähringen, se convirtió en el principal heredero de los Zähringen y tomó posesión de las ciudades de Laupen, Friburgo, Thun y Burgdorf, así como de numerosos territorios ubicados en los actuales cantones de Argovia y Zúrich; sin embargo, la familia de Kiburg no pudo dominar la ciudad de Zúrich y luego la Abadía de San Galo, principalmente por la falta de apoyo de la familia de los Hohenstaufen.
En su apogeo, la influencia de los Kiburg se extendió, de 1218 a 1277, desde el lago de Constanza hasta la Nuithonia e incluso hasta Friburgo (Suiza) y Laupen. La casa, sin embargo, a su vez se extinguirá, el último representante masculino de los Kiburg morirá en 1263 y dejará solo una hija menor; sus tierras se repartirán entre las dos familias herederas de Saboya y de Habsburgo.
Familia de Saboya thumb||Vista del castillo de Chillon en el lago Léman y los Dents du Midi.
La casa de Saboya, originaria de la región de Vienne (Isère) y de Grenoble, heredó del Reino de Borgoña los pasos alpinos. A partir del , se apoderó de la Maurienne y del valle de Aosta, extendiendo su influencia hasta la llanura del Po y Turín. También se aseguró el control del Chablais y el bailiazgo de Saint-Maurice. La casa de Saboya implementó entonces una política para promover el culto a san Mauricio, añadiendo así una dimensión religiosa a su autoridad.
En el siglo siguiente, los saboyanos también controlaban el Entremont y el Bas-Valais y tenían bajo su autoridad al obispo de Sion, que les cedió el castillo de Chillon como feudo. Frente a esta posición de fuerza, fracasó el intento realizado en 1189 por el rey de Alemania de vincular el Valais a la autoridad directa del emperador. A finales de siglo, la casa de Saboya controlaba el paso norte del Gran San Bernardo, así como los desfiladeros de Chillon y de Saint-Maurice, asegurando así su dominio a ambos lados del puerto.
Durante el , los Saboya concentraron sus esfuerzos al norte del lago Léman, donde se enfrentaron con los condes de Ginebra, entonces en posesión de los Genevois, y entraron en conflicto sucesivamente con el obispo de Ginebra, que acabó por sacarles de la ciudad de Ginebra, con los Zähringen tras su incursión en el país de Vaud desde el y con el obispo de Lausana. Tomás I de Saboya recibió en 1207, además del título de señor de Piamonte, el feudo de Moudon, marcando así el principio del fin de las conquistas ginebrinas en la región de Vaud. Su hijo Pedro II de Saboya, apodado el "pequeño Carlomagno", continuará esa ampliación comprando sucesivamente Morat, Friburgo y Berna gracias al apoyo financiero de Inglaterra. Finalmente, el condado de Ginebra será a su vez absorbido a principios del .
Familia de Habsburgo
La familia de los Habsburgo, originaria de Alsacia y que tomaba su nombre del castillo de Habsburgo en Argovia, en el solo poseía unas pocas tierras en el territorio de Suiza, a excepción de algunas en el valle inferior del Aar. No fue hasta 1173, y especialmente en 1218, cuando el emperador, por quien luchaba la familia, les concedió varios bailiazgos, entre ellos el de Uri, en herencia de las posesiones de las familias desaparecidas de los Lenzburg y de los Zähringen. En 1264, cuando desapareció la familia Kyburg, se aliaron con los Saboya por matrimonio, Pedro de Saboya reclamó las tierras de Turgovia y de Glaris pero fue superado por el conde Rodolfo I de Habsburgo. En los años siguientes, el conde intentó unir sus dos dominios en Alsacia y la Suiza occidental, en particular apoderándose de Basilea, cuyo obispado se extendió luego a los pasos Alto y Bajo Hauenstein en el Jura.
La muerte del emperador Federico II de Hohenstaufen en 1250 marcó el comienzo de un período turbulento llamado el Gran Interregno, que terminó con la elección de Rodolfo I de Habsburgo a la dignidad imperial en 1273.
Una nueva travesía de los Alpes thumb|Vías de comunicación en la Suiza medieval. thumb|El puente del Diablo, obra de Joseph Mallord William Turner. Durante mucho tiempo, el valle de Uri había sido un callejón sin salida: el paso de San Gotardo era el único que cruzaba los Alpes centrales de una única vez, pero era un viaje difícil, en particular debido a dos pasos intransitables: el acantilado de Axenberg —que sólo podía cruzarse en barco por el lago de Lucerna hasta la apertura de una carretera en 1864— y la garganta de Schöllenen, entre el valle transversal de Uri y el longitudinal de Urseren. Sin embargo, permitía eludir la ciudad de Verona, que controlaba entonces el paso del Brennero y evitaba así el desvío a través de Valais y el lago de Ginebra para cruzar por el paso del Gran San Bernardo.