miniatura|250px|El equipo, con Galdeano a la izquierda. El 2 de noviembre de 2005 Igor González de Galdeano se incorporó como nuevo secretario técnico del equipo ciclista vasco Euskaltel-Euskadi: tras el debut como ciclista profesional en el equipo (1995-1998) y su paso por el Vitalicio Seguros de Javier Mínguez (1999-2000), había corrido hasta ese mismo año en la estructura ONCE/Liberty Seguros de Manolo Saiz (2001-2005). El vitoriano fue contratado por Miguel Madariaga como máximo responsable deportivo del conjunto, iniciando un nuevo ciclo en la formación; según Madariaga, con la llegada de Galdeano al cuerpo técnico se buscaba recuperar la ambición y actitud de la plantilla, que consideraba acomodada.
El presidente de Euskaltel, José Antonio Ardanza, puso en cuestión la renovación del patrocinio de su empresa al equipo, después de dos temporadas "con luces y sombras" que habían resultado decepcionantes para los aficionados al no haberse cumplido las expectativas. Apenas transcurridos tres meses de competición, en mayo de 2006, confirmó la continuidad del respaldo económico de la operadora telefónica a la escuadra naranja al considerar que el equipo se había "regenerado de arriba abajo", con fichajes y una ilusión recuperada. El presupuesto se mantendría en torno a los 6 millones de euros, cantidad que permanecía prácticamente invariable desde 2004.
El final de Gorospe 2006 Samuel Sánchez, etapas en País Vasco y segundo en Huy Samuel Sánchez fue cuarto en la París-Niza: tercero hasta la jornada final, en la última etapa el mallorquín Antonio Colom atacó en el Col d'Èze para contactar con los fugados y llegó a la ciudad de la Costa Azul con tiempo suficiente para desbancar del podio por ocho segundos al asturiano, que se había quedado en el grupo del líder sin compañeros; Sánchez se hizo no obstante con la clasificación de los puntos de la carrera del sol. En la Milán-San Remo fue uno de los hombres que intentaron marcharse en la cota del Poggio, pero sería neutralizado por el pelotón en una edición de la Classicissima que fue para Filippo Pozzato.
Sería el propio Samuel Sánchez quien lograría las primeras victorias del año en la Vuelta al País Vasco, precisamente ante la afición del equipo y por partida doble, haciendo además que desde esa primera semana de abril la escuadra naranja dejara de ser la única formación de élite sin victorias en el UCI ProTour de la temporada en curso; todo ello suponía un espaldarazo para la renovación del patrocinio por parte de Euskaltel. El ovetense ganó dos etapas consecutivas: en Segura se hizo con el triunfo y el liderato provisional tras un rápido descenso desde el alto de Minas a meta en el que se llevó a rueda a Alberto Contador (Liberty Seguros-Würth) con el grupo a 2 s, y un día después venció en Lerín con un sprint en la subida al núcleo urbano de la localidad navarra situado sobre una colina. Segundo tras el velocista Óscar Freire en Vitoria, Sánchez se presentaba a la decisiva contrarreloj final en Zalla (24 km por los alrededores de su hogar en la colindante Güeñes) con el maillot amarillo de líder, pero una decepcionante actuación contra el crono le hizo caer hasta la sexta plaza en la general; el ganador del día y de la carrera sería José Ángel Gómez Marchante (Saunier Duval-Prodir), que sorprendió a los a priori favoritos Alejandro Valverde (Caisse d'Epargne) y Contador, segundo y quinto respectivamente. Samuel Sánchez, que a sus dos etapas sumaría la clasificación secundaria de la regularidad, dijo no explicarse lo sucedido en la crono de Las Encartaciones después de haberse mostrado en forma los días anteriores, aunque tanto él como el cuerpo técnico se mostraron satisfechos con lo logrado en la ronda vasca.
En las Clásicas de las Ardenas el jefe de filas fue nuevamente Samuel Sánchez, quien fue segundo en la Flecha Valona al ser superado en el Muro de Huy por Alejandro Valverde, que se impondría también en la Lieja-Bastoña-Lieja. Sánchez completó su participación en el tríptico con sendos decimoquintos puestos en la Amstel Gold Race y el monumento de Lieja, después de que en esta última alcanzara la meta en el grupo que llegó a medio minuto del octeto cabecero.
Caída de Laiseka, y Herrero de destacado a descartado Obligado a participar en el Giro de Italia, el conjunto naranja envió a la carrera transalpina una delegación encabezada por el veterano Roberto Laiseka. Mediada la ronda italiana la formación llevaba una discreta actuación, tras haber sido última en la contrarreloj por equipos (de 22 escuadras, incluidas la no ProTeam); su mejor resultado se limitaba a un decimosegundo puesto de Laiseka en la jornada montañosa de Lanciano, donde entró a dos minutos del ganador y a la postre maglia rosa Ivan Basso. Días después, camino a Sestri Levante, el escalador vizcaíno sufrió una grave caída en un tramo llano: el suceso le obligó a abandonar la carrera, y las posteriores secuelas terminarían forzando la retirada del ciclismo de Laiseka, el único superviviente de la plantilla primigenia de 1994 y autor de las primeras victorias en la Vuelta y el Tour. La mala actuación de la escuadra en ese Giro terminó sin que sus corredores tuvieran opciones reales de lograr algún triunfo de etapa, y el mejor clasificado en la general sería Iker Flores (35º, a más de hora y cuarto de Basso).
Por esas fechas se conoció la Operación Puerto, una investigación que desarticuló una red de dopaje liderada por el doctor Eufemiano Fuentes y con diversas ramificaciones. El caso afectó fundamentalmente al Liberty Seguros-Würth de Manolo Saiz y al Comunidad Valenciana, así como a corredores de otros equipos como Ivan Basso, Jan Ullrich o Santiago Botero. Aunque ningún ciclista del conjunto naranja se vio implicado como presunto cliente de las prácticas dopantes ofertadas por dicha red, sí resultó salpicado su secretario técnico Igor González de Galdeano: entre los documentos intervenidos a Fuentes figuraban unas fichas que contendrían tablas de dopaje de los ciclistas del Liberty Seguros-Würth dirigido por Saiz tanto de ese año como de anteriores temporadas, incluido un Galdeano por entonces en activo al que los investigadores de la Guardia Civil identificaron bajo la clave IG y a cuyo lado figuraban anotaciones que según el código utilizado harían referencia a consumo de anabolizantes dos veces por semana, EPO y una extracción (documento 16), así como una entrega de productos tales como IGF-1 (documento 29).
En el plano competitivo, la escuadra encaraba por esas fechas la Bicicleta Vasca, en una edición que terminó siendo un duelo por el maillot azul de ganador final entre Koldo Gil (Saunier Duval-Prodir) y el jefe de filas naranja David Herrero. En la primera etapa Gil (ex del Liberty Seguros, y señalado por el caso Puerto) se impuso en Arrigorriaga tras contraatacar al movimiento en el alto de Zarátamo de un Herrero que llegó segundo a 6 s, y después de que al día siguiente el de Recalde intentara sin éxito arrebatarle el liderato tras un importante desgaste del equipo camino a Ispáster, en la subida a Salinas de Léniz fue Gil quien se destacó y metió 38 s más a Herrero en un día calificado de "nefasto" desde el cuadro naranja. La doble jornada de Salvatierra se saldó con una llega masiva sin diferencias en la matinal, y la contrarreloj vespertina se preveía decisiva: el bilbaíno recuperaba 24 s con el tiempo marcado en el punto intermedio y de seguir con esa progresión era posible un vuelco en la general, pero en la segunda parte su ritmo decayó y acabaría cediendo ocho segundos sobre el navarro. Con Gil como líder destacado, en la subida a Arrate fue Herrero el que se hizo con la victoria parcial al llegar al santuario con unos segundos de ventaja sobre el ganador final, al que acompañaría en el podio al concluir segundo en la general a 44 s. Esa edición tuvo también como protagonista al neoprofesional Amets Txurruka (Barloworld), quien en su debut en la categoría concluyó noveno en la ronda vasca y fue calificado como la revelación de la carrera; el joven vizcaíno, al que el equipo naranja había descartado ofrecer un puesto meses antes, sería fichado por el equipo para la siguiente temporada.
El triunfo de Herrero en Arrate se convirtió en el número cien desde la creación de la formación, y el bilbaíno siguió obteniendo buenos resultados ese mes de junio: fue segundo en dos etapas de la Vuelta a Suiza (viéndose superado en las mismas por Ángel Vicioso y Alberto Contador, ambos del renombrado Astana-Würth), y tercero en el Campeonato de España contrarreloj. El plan de Herrero consistía entonces en prepararse para la Vuelta a España que se disputaría en septiembre, después de que Galdeano le anunciara que iría a la ronda española; sin embargo, durante el verano la situación cambió como consecuencia de las negociaciones para su renovación en el equipo naranja. El corredor comunicó al equipo durante esa negociación que tenía una oferta importante de otra formación; poco después, previo a la Clásica de San Sebastián, Galdeano le dijo al ciclista que no iría a la Vuelta y le recomendó que si tenía una propuesta de otro conjunto se marchara, ya que aunque si no tenía ofertas le renovaría el alavés opinaba que no encajaba con la filosofía que quería implantar en el equipo. Tras conocer esa decisión Herrero dijo no sentirse valorado por la dirección, y aseguró que se marchaba con pena, aunque sin rencor hacia Galdeano y Madariaga. La salida del corredor bilbaíno, que desde su debut había logrado al menos una victoria por temporada, dejaba al equipo sin uno de sus pocos ciclistas ganadores.
Un Tour con Mayo retirado y Zubeldia octavo La formación se presentaba nuevamente al Tour de Francia con Iban Mayo y Haimar Zubeldia como jefes de filas y el propósito de hacer olvidar las malas actuaciones de los dos años anteriores. En el caso de la preparación de Mayo, tras un 2004 en el que se había criticado que llegaba desgastado por demasiados días de competición y un 2005 en el que se reprochó que llegara en blanco al Tour, en 2006 se buscó un término medio. Así, en primavera corrió algunas carreras aunque como gregario y sin la presión de obtener resultados, y en junio completó su aproximación en la Dauphiné Libéré: sin opciones tras su debacle en el Mont Ventoux y la caída del día después, se recuperó para atacar en el Izoard (segundo en la meta de Briançon, tras el fugado del día) y se hizo con la victoria de etapa en la jornada alpina de La Toussuire con más de un minuto de renta, recuperando sensaciones de cara a la inminente Grande Boucle. Por otra parte, los incidentes protagonizados en años precedentes por una parte de la marea naranja de seguidores desplazados a los Pirineos para seguir la carrera hicieron que la organización programara las etapas pirenaicas en días laborables para evitar aglomeraciones, además de reunirse con el lehendakari e invitar a los aficionados vascos a que siguieran acudiendo a las cunetas para animar de forma civilizada; el director Jean-Marie Leblanc siguió destacando que se trataba de una afición ejemplar que entendía de ciclismo y aportaba animación a la carrera, resaltando asimismo la imagen de unión que transmitían con una marea de camisetas naranjas que calificó como "un verdadero ejemplo de dimensión deportiva, social e identitaria de la afición con su equipo".