La Iglesia copta ortodoxa se divide territorialmente en diócesis.
Santo Sínodo La máxima autoridad de la Iglesia copta ortodoxa es el Santo Sínodo, que formula las reglas y regulaciones con respecto a los asuntos de la organización y la fe de la Iglesia. El sínodo está presidido por el papa y patriarca de Alejandría, como primus inter pares, y está integrado por todos los obispos, cuyos rangos son: arzobispos metropolitanos, obispos metropolitanos, obispos diocesanos, exarcas patriarcales, obispos misioneros, obispos auxiliares, obispos sufragáneos, obispos asistentes y corepíscopos. Lo integran también en razón de su función los sacerdotes que son vicarios patriarcales de las arquidiócesis de Alejandría y de El Cairo.(en inglés) Sitio oficial de la Iglesia copta ortodoxa El papa preside también el Consejo de la Congregación General, integrado por laicos para fines administrativos, y es director de la Escuela catequística de Alejandría.
Patriarcado Aunque históricamente asociado con la ciudad de Alejandría, la residencia y sede del papa copto ortodoxo se encuentra en El Cairo desde 1047, cuando fue trasladada por el papa y patriarca Cristódulo. El palacio patriarcal está establecido junto a la Catedral de San Marcos, con una residencia adicional en el monasterio de San Bishoi en Uadi Natrun. Un nuevo traslado está previsto a la Nueva Capital Administrativa de Egipto.
En el Imperio romano hasta la conquista árabe de Egipto en la década de 640 la jurisdicción del papa de Alejandría se extendía por la diócesis civil de Egipto, compuesta por las provincias de: Aegyptus, Augustamnica, Arcadia, Tebaida, Libia Inferior y Libia Superior. En la actualidad el título completo del líder copto ortodoxo es: «papa y señor arzobispo de la gran ciudad de Alejandría y patriarca de toda África en el santo trono ortodoxo y apostólico de san Marcos el Evangelista y santo Apóstol que es, en Egipto, Pentápolis, Libia, Nubia, Sudán, Etiopía, Eritrea y toda África».
Después de la desaparición de la arquidiócesis de Cartago en el , el patriarcado de Alejandría reclamó su jurisdicción sobre el norte y noroeste de África. Desde 1994 la Iglesia copta de Etiopía se volvió independiente del patriarcado de Alejandría y desde 1998 también la de Eritrea, por lo que la propia jurisdicción patriarcal se redujo a Egipto, Libia, Sudán y Sudán del Sur. Fuera de estos países la Iglesia copta estableció jurisdicciones diocesanas en otras partes de África, que son consideradas posesiones del patriarcado y sus obispos llevan el título de exarcas patriarcales. El trabajo de evangelización se está llevando adelante en Uganda, Kenia, Tanzania, Zambia, Zimbabue, Congo, Camerún, Nigeria, Ghana, Botsuana, Malaui, Angola, Namibia y Sudáfrica.
En 1898 la jerarquía copta estaba integrada por:Bessarione, Volumen 5, cardenal Niccolo Marini ( Pontificio istituto orientale), Roma, editor: Gregg International Publ., 1899 Sede patriarcal, en El Cairo; Arquidiócesis de la Sede de San Marcos, en Alejandría y con jurisdicción también en Behera y Menufia; Arquidiócesis de la Resurrección, con sede nominal en Jerusalén, pero real en Jaffa y con jurisdicción en Tierra Santa y también en Sharkia, Dakahlia, Gharbia, Puerto Saíd y Suez; Diócesis de Fayún y Guiza (sedes unidas); Diócesis de Beni Suef; Diócesis de Menia; Diócesis de Sanabo, con sede en Al-Qūṣiyah; Diócesis de Asiut; Diócesis de Abu Tig; Diócesis de Akhmim; Diócesis de Quena; Diócesis de Esna; Diócesis de Sudán, con jurisdicción en Dongola, Berber y Jartum;
Tenían también jurisdicción episcopal (otorgada recientemente) los superiores de los monasterios de: Baramus, en o Nitria o Uadi Natrun; la Virgen María, en Deir el-Muharraq; San Antonio, en la actual gobernación del Mar Rojo; San Pablo el Anacoreta, en la actual gobernación del Mar Rojo.
Arquidiócesis papales El papa de Alejandría es arzobispo de tres arquidiócesis:
Arquidiócesis de Alejandría La arquidiócesis copta ortodoxa de Alejandría (إيبارشية الإسكندرية القبطية الأرثوذكسية) es una de las sedes patriarcales y tiene un vicario patriarcal que no es obispo al frente de la Catedral de San Marcos en Alejandría. La arquidiócesis cuenta con otras 53 iglesias en la gobernación de Alejandría.
La arquidiócesis cuenta con 3 diócesis sufragáneas en la gobernación de Alejandría, que están encabezadas por obispos generales asistentes del papa: 1) Diócesis copta ortodoxa del distrito de Montaza. 2) Diócesis copta ortodoxa del distrito de Alejandría Occidental. 3) Diócesis copta ortodoxa del distrito de Alejandría Oriental (o Alejandría Central y Oriental).
Arquidiócesis de El Cairo La arquidiócesis copta ortodoxa de El Cairo (إيبارشية القاهرة القبطية الأرثوذكسية) es una de las sedes patriarcales y tiene un vicario patriarcal que no es obispo al frente de la Catedral de San Marcos en El Cairo.
La arquidiócesis cuenta con 11 diócesis sufragáneas en la gobernación de El Cairo, que están encabezadas por obispos generales asistentes del papa: 1) Diócesis copta ortodoxa del Centro de El Cairo. Tiene a su cargo la Catedral de San Marcos y otras 12 iglesias. 2) Diócesis copta ortodoxa de la Ciudad de la Paz (o Ciudad de la Paz y los Artesanos) (إيبارشية مدينة السلام والحرفيين القبطية الأرثوذكسية). Tiene sede en el barrio de Dar es Salaam o Ciudad de La Paz —Irineópolis— en El Cairo con 6 iglesias en gobernación de El Cairo y una en la gobernación de Caliubia. 3) Diócesis copta ortodoxa de la Región Ferroviaria del Este (إيبارشية شرق السكة الحديد بالقاهرة القبطية الأرثوذكسية). Tiene 9 iglesias. 4) Diócesis copta ortodoxa del Antiguo Egipto, Manial, Foum Al Khaleej (o Viejo El Cairo) (إيبارشية مصر القديمة القبطية الأرثوذكسية). Tiene 20 iglesias. 5) Diócesis copta ortodoxa de Mokattam (o Mokattam-Katameya). Tiene 8 iglesias. 6) Diócesis copta ortodoxa del Sur de Shubra. Tiene 14 iglesias. En 2013 la diócesis de Shubra se dividió en Norte y Sur. 7) Diócesis copta ortodoxa del Norte de Shubra. Tiene 13 iglesias. 8) Diócesis copta ortodoxa de Haggāna, Almaza, El-Amal y Ciudad Nasr Oriental. 9) Diócesis copta ortodoxa de Hadayek al-Qubba-Waili-Abbasiya (Hadayek al-Qubba, al-Waili, Mansheyet al-Sadr y sus dependencias o Hadayek El-Kobba, El-Wailly y Mansheyat El-Sadr). Tiene 12 iglesias. 10) Diócesis copta ortodoxa de Ezbet El Nakhl. 11) Diócesis copta ortodoxa de Ain Shams-El Matareya. Tiene 11 iglesias.
Arquidiócesis de América del Norte La arquidiócesis copta ortodoxa de América del Norte está bajo la directa jurisdicción patriarcal. Tiene sede en Cedar Grove, Nueva Jersey, en Estados Unidos. Antes de la creación de otras diócesis en América del Norte comprendía Estados Unidos y Canadá y desde el 11 de noviembre de 2017 comprende solo el territorio remanente. Tiene a su frente un exarca patriarcal, cargo que está vacante.
La arquidiócesis cuenta con una diócesis sufragánea encabezada por un obispo general asistente del papa: 1) Diócesis copta ortodoxa de Alejandría y toda Virginia. Comprende las iglesias papales en el estado de Virginia en Estados Unidos.
Metropolitanos Según la tradición alejandrina el papa copto otorga a un reducido número de obispos diocesanos bajo su jurisdicción el rango de obispo metropolitano en un estado personal (in persona episcopi) y no debido al tamaño o importancia de la diócesis. Sin embargo, el rango de arzobispo metropolitano se otorga a aquellos cuyas arquidiócesis tienen importancia histórica y tenían o tienen más de una diócesis sufragánea dentro de sus jurisdicciones territoriales. En la antigüedad en Egipto no había verdaderas metrópolis, sino que el obispo de la capital de cada provincia romana gozó de una especie de primacía en honor y en este sentido es obispo metropolitano más que metropolitano en el sentido que se le dio en los otros patriarcados.
Iglesia copta ortodoxa francesa La Iglesia copta ortodoxa francesa fue establecida como diócesis el 2 de julio de 1974 y elevada a Iglesia autónoma bajo jurisdicción del patriarcado el 18 de junio de 1994. Se diferencia de las diócesis coptas de la emigración en que tiene una pastoral adaptada a los coptos franceses occidentales. La diócesis copta ortodoxa de Marsella y Tolón (o de Francia o Tolón y de toda Francia o Tolón, Marsella y toda Francia) tiene sede en Tolón y abarca todo el territorio de Francia superponiéndose a las diócesis coptas de la emigración egipcia. Etudes sur l'Orthodoxie Copte en France Eglise copte-orthodoxe.
Arquidiócesis de Jerusalén La arquidiócesis copta ortodoxa de Jerusalén y Cercano Oriente (o Jerusalén, Kuwait y los Países del Golfo o Jerusalén, toda Palestina y el Cercano Oriente) (أورشليم والشرق الأدنى) fue establecida en 1236 como consecuencia de que la arquidiócesis ortodoxa siriana de Jerusalén estuvo vacante desde circa 1210 hasta circa 1290. El establecimiento creó un conflicto entre las Iglesias copta y siriana. El arzobispo es abad de los monasterios de San Antonio y de San Jorge en Jerusalén Este y es el único obispo copto que recibe el título de metropolitano a la vez que el de obispo. La sede está en el monasterio de San Antonio en el barrio cristiano de Jerusalén y comprende Israel, Palestina y Jordania. Como exarca patriarcal del Cercano Oriente comprende a los coptos de Kuwait, Siria, Líbano e Irak y en algún momento la península arábiga, territorios que hacen parte del patriarcado de Antioquía. Se considera que la sede corresponde al antiguo patriarcado de Jerusalén y no al patriarcado de Alejandría y es frecuentemente llamada patriarcado copto ortodoxo de Jerusalén, aunque el arzobispo no reclama el título de patriarca, pero recibe una especial distinción de honor. Si no hay otro arzobispo de mayor antigüedad, le corresponde ser el locum tenens cuando el patriarcado queda vacante. The Coptic Orthodox Patriarchate in Jerusalem
Arquidiócesis de Behera La arquidiócesis copta ortodoxa de Behera, Maṭrūḥ, Pentápolis y las cinco ciudades occidentales (o Behera, Tahrir, Marsā Maṭrūḥ y las cinco ciudades occidentales o Damanhur —Hermopolis Parva— y Behera o Behera, Marsā Maṭrūḥ y las cinco ciudades del oeste y norte de África) (إيبارشية البحيرة و التحرير و مرسى مطروح و الخمس مدن الغربية القبطية الأرثوذكسية) es la única arquidiócesis copta actualmente existente en Egipto. Si el arzobispo recibe el rango de metropolitano, se sitúa junto al arzobispo de Jerusalén en el escalón de precedencia inmediato al de patriarca, por lo que en caso de ser un obispo más antiguo que el de Jerusalén le corresponde ser el locum tenens cuando el patriarcado queda vacante. El obispo es abad del monasterio de San Macario de Alejandría en Jabal Al-Qalali, en la gobernación de Behera. Tiene la catedral en Damanhur —Hermópolis Parva— y otras 45 iglesias en Behera, 12 iglesias en Alejandría, 6 iglesias en Menufia y 3 iglesias en Matrú.
El obispo es a la vez arzobispo titular de Pentápolis, por lo que su jurisdicción comprende Libia, con 3 iglesias en: Trípoli, Misurata y Bengasi. El obispo es además exarca patriarcal titular de África —antigua Cartago—, extendiendo su jurisdicción sobre Túnez, Argelia y Marruecos.
Diócesis en Egipto Los obispos diocesanos siguen en orden de precedencia a los obispos metropolitanos, según la fecha de cada consagración. Para octubre de 2021 existen en Egipto 55 diócesis. En algunos casos el papa copto designa uno o más obispos vicarios patriarcales para regir una diócesis o parte de ellas en los casos en las que su obispo diocesano esté impedido de regirla.St. Takla
1) Diócesis copta ortodoxa de Abnub, Al-Fatḥ y Nuevo Asiut (o Abnub y Al-Fatḥ y sus dependencias) (إيبارشية أبنوب و الفتح و توابعها القبطية الأرثوذكسية،). El obispo es también abad del monasterio de San Mina en Abnub. Tiene la catedral en Nuevo Asiut y otras 18 iglesias en la gobernación de Asiut. 2) Diócesis copta ortodoxa de Abū Qurqās y sus dependencias. Tiene sede en Abū Qurqās en la gobernación de Menia.