thumb|Mapa de los trece cantones de la confederación suiza en 1530 (verde) con sus territorios sujetos separados (verde claro), condominios (gris) y asociados (marrón). thumb|Mapa de la Confederación Suiza por Sebastian Münster (c. 1550). La Reforma protestante en Suiza fue promovida inicialmente por Ulrico Zuinglio, que obtuvo el apoyo del magistrado Mark Reust y de la población de Zúrich en la década de 1520. Ello condujo a importantes cambios en la vida civil y en los asuntos de Estado en Zúrich y se extendió a varios otros cantones de la Antigua Confederación Suiza. Sin embargo, siete cantones siguieron siendo católicos, lo que provocó guerras intercantonales conocidas como Guerras de Kappel. Tras la victoria de los cantones católicos en 1531, estos procedieron a instaurar políticas de la Contrarreforma en algunas regiones. El cisma y la desconfianza entre los cantones católicos y los protestantes definieron su política interior y paralizaron cualquier política exterior común hasta bien entrado el .
A pesar de sus diferencias religiosas y de una alianza defensiva exclusivamente católica de los siete cantones (Goldener Bund), no se produjeron otros conflictos armados importantes directamente entre los cantones. Soldados de ambos bandos lucharon en las Guerras de Religión francesas.
Durante la Guerra de los Treinta Años, los trece cantones consiguieron mantener su neutralidad, en parte porque todas las grandes potencias de Europa dependían de los mercenarios suizos y no dejarían que Suiza cayera en manos de uno de sus rivales. Las Tres Ligas (Drei Bünde) de los Grisones aún no eran miembros de la Confederación, pero participaron en la guerra a partir de 1620, lo que les llevó a perder la Valtellina de 1623 a 1639.
Desarrollo del protestantismo Tras los violentos conflictos de finales del , los cantones suizos tuvieron un periodo de relativa estabilidad política. Norman Birnbaum. The Zwinglian Reformation in Zurich // Past and Present, №15 (abr. 1959), p. 28. Como parte de su lucha por la independencia, ya en el habían intentado limitar la influencia de la Iglesia en su soberanía política. Muchos monasterios ya habían pasado a estar bajo la supervisión secular, y la administración de las escuelas estaba en manos de los cantones, aunque los maestros seguían siendo generalmente sacerdotes.
Sin embargo, muchos de los problemas de la Iglesia también existían en la Confederación Suiza. Muchos clérigos, así como la Iglesia en su conjunto, disfrutaban de un estilo de vida lujoso que contrastaba con las condiciones de la gran mayoría de la población; este lujo se financiaba con los elevados impuestos eclesiásticos y la abundante venta de indulgencias. Muchos sacerdotes tenían escasa formación, y las doctrinas espirituales de la Iglesia eran ignoradas a menudo. Muchos sacerdotes no vivían en celibato, sino en concubinato. Las nuevas ideas reformistas cayeron así en terreno fértil.
left|thumb|100px|Ulrico Zwinglio (grabado de Hans Asper, 1531). El principal impulsor de la Reforma en Suiza fue Ulrico Zuinglio, cuyas acciones durante el Caso de las salchichas se consideran actualmente el inicio de la Reforma en Suiza. Sus propios estudios, en la tradición del humanismo renacentista, le habían llevado a predicar contra las injusticias y las jerarquías en la Iglesia ya en 1516, cuando todavía era sacerdote en Einsiedeln. Cuando fue llamado a Zúrich, amplió sus críticas también a temas políticos y en particular condenó el negocio de los mercenarios. Sus ideas fueron recibidas favorablemente, sobre todo por los empresarios, los comerciantes y los gremios. La primera disputa de Zúrich de 1523 supuso un gran avance: el concejo municipal decidió aplicar sus planes reformadores y convertirse al protestantismo.
thumb|Iconoclasia en Zúrich, 1524. En los dos años siguientes se produjeron profundos cambios en Zúrich. La Iglesia se secularizó por completo. Los sacerdotes fueron liberados del celibato y se eliminaron las opulentas decoraciones de las iglesias. El Estado asumió la administración de las propiedades de la Iglesia, financiando las obras sociales (que hasta entonces eran gestionadas íntegramente por la Iglesia), y también pagó a los sacerdotes. La última abadesa del Fraumünster, Katharina von Zimmern, entregó el convento con todos sus derechos y posesiones a las autoridades de la ciudad el 30 de noviembre de 1524. Incluso se casó al año siguiente.
right|thumb|100px|Juan Calvino En los años siguientes, las ciudades de San Galo, Schaffhausen, Basilea, Bienne, Mulhouse y, finalmente, Berna (en 1528) siguieron el ejemplo de Zúrich. Los territorios sometidos se convirtieron al protestantismo por decreto. En Basilea, el reformador Juan Ecolampadio fue activo. En San Galo, la Reforma fue adoptada por el alcalde Joachim Vadian. En Glaris, Appenzell y en los Grisones, que tenían los tres una estructura más republicana, cada municipio decidía a favor o en contra de la Reforma. En las zonas francófonas, reformadores como Guillermo Farel habían estado predicando la nueva fe bajo la protección bernesa desde la década de 1520, pero sólo en 1536, justo antes de que Juan Calvino llegara allí, la ciudad de Ginebra se convirtió al protestantismo. Ese mismo año, Berna conquistó el País de Vaud, hasta entonces perteneciente a Saboya, y también instituyó allí el protestantismo.
A pesar de su conversión al protestantismo, los ciudadanos de Ginebra no estaban dispuestos a adoptar el nuevo y estricto orden eclesiástico de Calvino y les prohibieron la entrada a él y a Farel en 1538. Tres años después, tras la elección de un nuevo concejo municipal, Calvino fue llamado a que regresara. Paso a paso, puso en práctica su estricto programa. Una contrarrevuelta en 1555 fracasó, y muchas familias establecidas abandonaron la ciudad. En busca de una teología común
Zuinglio, que había estudiado en Basilea al mismo tiempo que Erasmo, había llegado a una renovación más radical que Lutero y sus ideas diferían de este último en varios puntos. Un intento de reconciliación durante la Disputa de Marburgo de 1529 fracasó. Aunque los dos líderes carismáticos encontraron un consenso en catorce puntos, siguieron discrepando en el último sobre la Eucaristía: Lutero sostenía que a través de la unión sacramental el pan y el vino en la Cena del Señor se convertían realmente en la carne y la sangre de Cristo, mientras que Zuinglio consideraba que el pan y el vino eran sólo símbolos. Este esquismo y la derrota de Zúrich en la Segunda Guerra de Kappel en 1531, donde Zuinglio cayó muerto en el campo de batalla, fueron un serio revés, que limitaron en última instancia el zuinglianismo a partes de la Confederación suiza e impidieron que fuera adoptado en zonas al norte del Rin.
left|thumb|100px|Enrique Bullinger Tras la muerte de Zuinglio, Enrique Bullinger asumió su cargo en Zúrich. Los reformadores de Suiza continuaron reformando la Iglesia durante las siguientes décadas y mejorando su aceptación por parte del pueblo. Bullinger, en particular, intentó salvar las diferencias entre el zuinglianismo y el calvinismo. Fue decisivo para establecer el Consensus Tigurinus de 1549 con Juan Calvino y las Confesiones helvéticas de 1566, que incluyó finalmente a todos los cantones protestantes y asociados de la Confederación. La Confessio también fue aceptada en otras regiones protestantes europeas, tales como Bohemia, Hungría, Polonia, los Países Bajos y Escocia, y junto con el Catecismo de Heidelberg de 1563, en el que Bullinger también desempeñó un papel importante, y los Cánones de Dordrecht de 1619 se convertiría en el fundamento teológico del protestantismo de cepa calvinista.
Guerra civil religiosa thumb|Mapa de la Antigua Confederación Suiza de 1536 mostrando la división religiosa. El éxito de la Reforma en Zúrich y su rápida expansión territorial convirtieron definitivamente esta renovación religiosa en una cuestión política y en una importante fuente de conflictos entre los trece cantones. Los cantones alpinos de Uri, Schwyz, Unterwalden, Lucerna y Zug se mantuvieron incondicionalmente católicos. Su oposición no era únicamente una cuestión de fe, sino que también influyeron razones económicas. Además de la agricultura, su economía dependía en gran medida de los servicios de mercenarios y de las recompensas económicas por los mismos. No podían permitirse perder esta fuente de ingresos, que era uno de los principales objetivos de las críticas reformistas. En cambio, las economías de las ciudades estaban más diversificadas, incluyendo una fuerte artesanía y gremios, así como un incipiente sector industrial. El cantón de Friburgo y el cantón de Soleura también siguieron siendo católicos.
Los cinco cantones alpinos percibieron pronto la Reforma como una amenaza; ya en 1524 formaron la "Liga de los Cinco Cantones" (Bund der fünf Orte) para combatir la difusión de la nueva fe. Ambos bandos trataron de reforzar sus posiciones concertando alianzas defensivas con terceros: los cantones protestantes formaron una alianza de ciudades, que incluía las ciudades protestantes de Constanza y Estrasburgo (Christliches Burgrecht), traducida de diversas maneras como Unión Cívica Cristiana, Coburguesía Cristiana, Confederación Cristiana y Federación Cristiana (en latín Zuinglio la llamaba Civitas Christiana o Estado Cristiano); los católicos pactaron con Fernando de Austria.
En un ambiente tan tenso, los pequeños incidentes podían ir fácilmente a más. Los conflictos surgieron especialmente por la situación en los territorios comunes, donde la administración cambiaba bianualmente entre los cantones y, por tanto, cambiaba entre las reglas católicas y las protestantes. Varios intentos de mediación fracasaron, como la disputa de Baden en 1526.
Tras numerosos incidentes menores y provocaciones por ambas partes, un pastor protestante fue quemado en la hoguera en Schwyz en 1529, y en represalia Zúrich declaró la guerra. Gracias a la mediación de los demás cantones, se evitó a duras penas la guerra abierta (conocida como la Primera Guerra de Kappel), pero el acuerdo de paz (Erster Landfriede) no fue precisamente favorable para el partido católico, que tuvo que disolver su alianza con los Habsburgo austriacos. Las tensiones siguieron sin resolverse en lo esencial.
right|thumb|300px|Las fuerzas de Zúrich son derrotadas en la batalla de Kappel. Dos años más tarde, estalló la segunda guerra de Kappel. Zúrich había tomado como pretexto la negativa de los cantones católicos a ayudar a los Grisones en la guerra del Musso, pero el 11 de octubre de 1531, los cantones católicos derrotaron decisivamente a las fuerzas de Zúrich en la batalla de Kappel am Albis. Zuinglio murió en el campo de batalla. Los cantones protestantes tuvieron que aceptar un tratado de paz, el llamado Zweiter Kappeler Landfriede, que forzó la disolución de la alianza protestante (Christliches Burgrecht), el cual daba prioridad al catolicismo en los territorios comunes, pero permitía que los municipios que ya se habían convertido, siguieran siendo protestantes. Sólo los lugares estratégicamente importantes, como el Freiamt o los que se encontraban en la ruta de Schwyz al valle del Rin en Sargans y, por tanto, a los pasos alpinos de los Grisones, fueron recatolizados a la fuerza. En sus propios territorios, los cantones seguían siendo libres de implantar una u otra religión. La paz prescribía así el principio Cuius regio, eius religio que también se adoptaría en la paz de Augsburgo en el Sacro Imperio Romano Germánico en 1555. Desde el punto de vista político, esto dio a los cantones católicos una mayoría en la Tagsatzung, la dieta federal de la Confederación.