La pandemia de COVID-19 en Argentina y las medidas sanitarias tomadas a partir del día 16 de marzo, necesariamente impactaron en los derechos humanos de la población del país, como sucedió en todo el resto del mundo, existiendo distintas interpretaciones sobre el modo en que los mismos se vieron afectados. Durante todo el plazo en que se mantuvieron las medidas sanitarias, se produjeron medidas gubernamentales que tenían como fin declarado el de garantizar los derechos humanos de la población, así como una serie de denuncias sobre violaciones de derechos humanos.
La pandemia se inició en el exterior unos días antes de que finalizara el mandato presidencial Mauricio Macri, produciéndose sus primeras manifestaciones en la Argentina tras la asunción de su sucesor en el puesto, Alberto Fernández. En marzo de 2020 el presidente Fernández consensuó con todos los gobernadores de provincias y con el Jefe de Gobierno de la Ciudad Autónoma de Buenos Aires, oficialistas y opositores, las pautas básicas para llevar adelante la política sanitaria durante la pandemia. A mediados de marzo algunos gobiernos provinciales decretaron cuarentenas en sus territorios. Poco después, el gobierno de la Nación con apoyo de todos los gobernadores y el jefe de gobierno de la Ciudad Autónoma de Buenos Aires, dispuso una cuarentena general y obligatoria en todo el país a partir del 20 de marzo,• a la vez que rechazó establecer el estado de sitio, manteniendo vigentes las libertades y derechos constitucionales.
A partir del 12 de abril las provincias y la CABA quedaron facultadas para solicitar excepciones, fijando protocolos de prevención, estableciendo áreas bajo un régimen llamado de "distanciamiento social" graduado en fases flexibles, que abarcaron la mayor parte del territorio nacional. La cuarentena se mantuvo o se reimplantó en aquellas ciudades con altas tasas de contagio, incluyendo el AMBA.• •
Derechos a la vida y a la salud thumb|300px|Al decretar la cuarentena nacional, el presidente Alberto Fernández sentó la posición de que el gobierno iba a dar prioridad a los derechos a la vida y a la salud.
Al tomar la decisión de establecer la cuarentena como medida sanitaria, el presidente Fernández invocó explícitamente los derechos a la vida y a la salud, indicando que tendrían prioridad.Para ello se adoptaron medidas urgentes para aumentar las camas, respiradores artificiales, medicamentos, insumos e instrumental para enfrentar la pandemia. Entre ellas, destaca la construcción de doce hospitales modulares de 1000 m² (construcciones en seco de rápido armado) entre marzo y mayo en las áreas metropolitanas de Buenos Aires, Córdoba, Resistencia y Rosario.
Decisión de no declarar el estado de sitio thumb|300px|Gerardo Morales fue uno de los gobernadores que inicialmente propuso declarar el estado de sitio, pero finalmente hubo consenso en no hacerlo. Al momento de elaborar la estrategia para combatir la pandemia, el presidente y los gobernadores analizaron el marco institucional en el que debían encuadrarse las medidas sanitarias, planteándose la posibilidad de declarar el estado de sitio, una medida contemplada en la Constitución Nacional en casos de "conmoción interior o ataque exterior", que suspende los derechos y garantías constitucionales.El presiente se manifestó en contra de su declaración, al igual que gobernadores como Alicia Kirchner de Santa Cruz y Gustavo Melella de Tierra del Fuego y Mariano Arcioni de Chubut.
En sentido opuesto se manifestaron los gobernadores Morales de Jujuy, Zamora de Santiago del Estero, Perotti de Santa Fe, Manzur de Tucumán, Quintela de La Rioja y Uñac de San Juan.
El gobernador de la importante Provincia de Buenos Aires, Axel Kicillof, por su parte, no se pronunció sobre el estado de sitio pero habría estado en contra de las medidas de aislamiento social por su impacto económico.
La discusión entre quienes estaban a favor y en contra del estado de sitio se prolongó durante las semanas posteriores al establecimiento de la cuarentena. Finalmente el oficialismo y un sector de la oposición coincidieron en que no era necesario declarar el estado de sitio. El 28 de marzo, el presidente Fernández rechazó las presiones para dictar el estado de sitio y se manifestó explícitamente en contra:
Oposición a la cuarentena
Sectores de la oposición y medios de comunicación reclamaron públicamente contra la cuarentena por afectar la libertad individual y la democracia. Así lo hizo el diario La Nación, a través de uno de sus principales columnistas, en un artículo publicado el 27 de mayo, titulado "Coronavirus en la Argentina: la cuarentena está en conflicto con la libertad".
El 1 de junio un grupo de políticos e intelectuales opositores publicaron un documento titulado "La democracia está en peligro", sosteniendo que la Argentina estaba viviendo "una infectadura", debido a la cuarentena.
Centros de alojamiento preventivo en Formosa
Durante 2020 en la Provincia de Formosa se habilitaron "centros de alojamiento preventivo" para que personas con COVID-19 cumplan con una cuarentena antes de entrar en la provincia.
Estos centros fueron denunciados por tener condiciones de vida deplorables, con víboras, cucarachas y baños sucios. El gobernador de Formosa, Gildo Insfrán, y el ministro de Gobierno provincial, Jorge Abel González, fueron denunciados penalmente por un grupo de pacientes, representados por Gabriela Neme, por hacinamiento y condiciones inhumanas en los centros de aislamiento. También denunciaron no solo pacientes con COVID-19, sino también personas que aún no recibieron el resultado de su hisopado y que pasaron hasta 20 días sin respuestas. Luego de esto, Gabriela Neme fue arrestada junto a la concejal opositora de Formosa Celeste Ruíz Díaz mientras se manifestaban en la puerta de una escuela en contra de los centros de aislamiento. Luego de ser liberadas denunciaron lesiones y maltrato mientras estaban en la comisaría.
Amnistía Internacional alertó por la violación de derechos humanos en los centros de aislamiento diciendo que "es inadmisible en una democracia" y exigió la "inmediata liberación" de las concejales. El diputado formoseño de la Unión Cívica Radical, Mario Horacio Arce, hizo un denuncia ante la justicia federal por supuestas violaciones de derechos humanos, violación de domicilio, abuso de autoridad y detenciones forzadas contra ciudadanos. La exdiputada de la Coalición Cívica ARI, Elisa Carrió, dijo que desde el partido proponían pedir la intervención federal de Formosa. En cambio, el Partido Justicialista defendió a Gildo Insfrán, diciendo que la situación es una "feroz campaña política y mediática". El senador formoseño del Frente de Todos, José Mayans, también defendió a Gildo Insfrán, diciendo que "el derecho vos lo tenés, pero no en pandemia", frase que desmintió al decir que en fue "una estrategia mediática de la oposición".
Luego de las denuncias el secretario de Derechos Humanos, Horacio Pietragalla, visitó la provincia para verificar las condiciones de los centros de aislamiento. 48 horas antes de su llegada el Gobierno de Formosa limpió y liberó a muchas personas detenidas en los centros de aislamiento. Pietragalla informó a la prensa que "no se violan sistemáticamente los derechos humanos" en Formosa y afirmó que las denuncias en realidad tienen "intencionalidad política". Amnistía Internacional criticó al gobierno, diciendo que "no debe convalidar una política que expone a las personas a situaciones de encierro compulsivo y arbitrario, y a otras violaciones a sus derechos". Santiago Cafiero, jefe de Gabinete, respondió diciendo que "A nosotros no nos tienen que venir a decir qué tenemos que hacer con los derechos humanos". Human Rights Watch aseguró que en Formosa se adoptan medidas abusivas en sus centros de aislamiento y que el gobierno de Gildo Insfrán "ha utilizado medidas frecuentemente abusivas e insalubres para prevenir la propagación del Covid-19".
Hasta mediados de 2022 no se había constatado judicialmente ninguna de las denuncias realizadas.
Denuncias por violencia policial Según la Coordinadora contra la Represión Policial e Institucional (CORREPI), hubo 92 muertes a manos de integrantes de las fuerzas policiales durante la pandemia. De ellos, 34 fueron casos de gatillo fácil, 45 fueron muertes en custodia policial (cárceles y comisarías), 3 fueron casos de desaparición forzada, y una muerte fue un caso entre fuerzas de seguridad. De acuerdo con este trabajo, en 50 de estos casos estuvieron involucradas fuerzas policiales provinciales, en 27 los servicios penitenciarios provinciales, en 7 las fuerzas federales, y en 7 la Policía de la Ciudad. Sabina Frederic, Ministra de Seguridad de la Nación, negó que haya habido casos que resultasen en la muerte de un ciudadano con intervención de las fuerzas federales, y que recibieron 39 denuncias por uso abusivo de la fuerza durante ese período. Horacio Pietragalla, secretario de Derechos Humanos, indicó que el organismo recibió 531 denuncias por hechos represivos durante la cuarentena.
Sabrina Corio fue detenida el 7 de agosto por la Policía de Río Negro en Bariloche por haber salido a pasear a su perro, para que haga sus necesidades, un día que de acuerdo a las medidas sanitarias no le correspondía salir. Permaneció detenida e incomunicada por siete horas. Denunció haber sido subida a los golpes a un móvil policial, que no se le garantizaron las medidas básicas de higiene, además de no indicarle hacia dónde la llevaban y negarle un vaso de agua cuando lo requirió. Además, denunció amenazas en redes sociales con la publicación de fotos de su domicilio. En sus palabras, dijo haber sido secuestrada. La policía, que utilizó un patrullero con la presencia de cinco agentes para detenerla, señaló que Sabrina se resistió al arresto. Gustavo Gennusso, el entonces intendente de la localidad, pidió explicaciones por el caso al Ministro de Seguridad de la provincia, indicando que nadie tiene que ser maltratado. La mujer fue procesada por violar el artículo 205 del Código Penal.
Otros casos tuvieron en el momento especial notoriedad nacional y por parte de organismos internacionales:
Caso Luis Espinoza
El 15 de mayo, Luis Espinoza fue asesinado y desaparecido por la Policía provincial de Tucumán tras un operativo de control de acatamiento de la cuarentena en un festival de caballos cuadreros en Melcho. Tras forcejear con la policía, le dispararon por la espalda y arrojaron su cuerpo, envuelto en plástico, a un barranco en la Provincia de Catamarca. La ONU, a través de la ACNUDH, inició una investigación sobre el homicidio.
Caso Florencia Magalí Morales Florencia Magalí Morales fue encontrada muerta (ahorcada) el 5 de abril en una celda de la comisaría 25 de Santa Rosa de Conlara, en San Luis. Ese día había salido de su casa en bicicleta para comprar comida, cuando la policía la detuvo por presuntamente circular en contramano y violar la cuarentena, ya que la terminación de su DNI no le permitía salir ese día. La policía indicó que fue un suicidio, algo que la familia rechazó. Dos testigos, otros detenidos en la misma comisaría, indicaron que gritó durante horas pidiendo auxilio.pero que luego fueron trasladados y Florencia quedó sola en la dependencia. La autopsia indicó que la muerte pudo haber sido ocasionada por el cordón que se encontró en la celda y que también pudo ser consecuencia de “un golpe certero en la parte cervical” y ningún testigo dio fe de haber visto el cuerpo colgado. En agosto se realizó una nueva autopsia a pedido de la familia. Este hecho generó protestas en la ciudad y reclamos del Ministerio de Seguridad de la Nación al gobierno provincial. La ONU lo incluyó en una lista de femicidios.