La segunda plaga pandémica, o segunda peste pandémica, fue una serie importante de epidemias de la peste que empezó con la Peste negra, la cual llegó a Europa en 1348 y mató hasta la mitad de la población de Eurasia en los siguientes cuatro años. A pesar de que la plaga desapareció en la mayoría de los lugares, se volvió una enfermedad endémica y se repitió con regularidad. Una serie de epidemias importantes se produjeron a finales del , y la enfermedad se repitió en algunos lugares hasta el . Después de esto, apareció una nueva cepa de la bacteria, que causó una tercera pandemia.

La peste fue causada por la bacteria Yersinia pestis, que existe en varias especies de pulgas parasitadas en la naturaleza, así como en ratas dentro de las infraestructuras urbanas. En un brote, la bacteria tiene la capacidad de matar a todos sus huéspedes al alcance, (muriendo después de esto); pero puede también permanecer de forma activa en otros huéspedes que no mata, provocando así nuevos brotes años o décadas después. La bacteria tiene varios medios de transmisión e infección, incluso a través de ratas transportadas en barcos o vehículos, pulgas escondidas en el grano y, en sus formas más virulentas, transmitidas por sangre y esputo de forma directa entre humanos.

Visión general miniaturadeimagen|370x370px|Distribución mundial de casos reportados de la plaga entre los años 1970-1998, así como regiones con animales infectados.

Ha habido tres grandes brotes de la peste. La Plaga de Justiniano (Primera pandemia de peste) en los siglos y es el primer ataque conocido registrado, y marca el primer patrón de la plaga firmemente registrado. Según descripciones históricas, hasta el 40 % de la población de Constantinopla murió a causa de la plaga. Las estimaciones modernas sugieren que la mitad de la población europea murió como resultado de esta primera pandemia de peste antes de que desapareciera en los años 700. Después del año 750, la peste no volvió a aparecer en Europa hasta la Peste Negra del .

La segunda pandemia se originó en o cerca de China, y muy probablemente se propagó por la Ruta de Seda o por el transporte marítimo. Esta plaga pudo haber reducido la población mundial de un estimado de 450 millones a 350–375 millones para el año 1400.

Tuvo virulencia y mortalidad hasta principios del . En Inglaterra, por ejemplo, la peste regresó entre los años 1360–1363, matando al 20 % de la población londinense, y en 1369, matando a un 10-15 %. A finales del , la peste azotó a San Cristóbal de La Laguna (1582–1583) en las Islas Canarias.Las epidemias de la Historia: la peste en La Laguna (1582-1583) En el , los brotes fueron una serie de "grandes pestes": la Gran peste de Sevilla (1647–1652), la Gran peste de Londres (1665–1666) y la Gran peste de Viena (1679). En su forma virulenta, después de la Gran peste de Marsella en 1720–1722, la Gran peste de 1738 (que azotó a Europa Oriental) y la peste rusa de 1770–1772, parece haber desaparecido gradualmente de Europa, aunque permaneció en Egipto y Medio Oriente. A principios del , la amenaza de la peste había disminuido, pero fue rápidamente reemplazada por una nueva enfermedad: el cólera asiático, iniciándose en 1817 la primera de varias pandemias de cólera que azotaron gran parte del mundo, durante los siglos y ."Cholera's seven pandemics". CBC News. 2 December 2008.

La tercera plaga pandémica afectó a China en la década de 1890 y devastó la India. Si bien se encuentra en gran parte en el este, se volvió endémica del oeste de los Estados Unidos. Hasta la actualidad, continúan ocurriendo brotes esporádicos de peste.

Peste negra derecha|miniaturadeimagen|379x379px|Extensión de la Peste Negra a través de Europa, 1347–1351 Los historiadores árabes Ibn Al-Wardni y Almaqrizi creían que la Peste Negra se originó en Mongolia, y los registros chinos muestran un gran brote en Mongolia a principios de la década de 1330.

Hubo grandes epidemias en China en 1331 y 1351-1354 en Hebei, Shanxi y otras provincias que se considera que han matado entre el 50 % y el 90 % de la población local, llegando a decenas de millones. Sin embargo, actualmente no existen pruebas de que estos fueron causados por la peste, aunque hay indicios de la segunda serie de epidemias. Europa estuvo inicialmente protegida por una pausa en la Ruta de Seda.

Según los informes, la peste se introdujo por primera vez en Europa a través de comerciantes genoveses de su ciudad portuaria de Kaffa en Crimea, en 1347. Durante un asedio prolongado de la ciudad, en 1345–1346, el ejército de la Horda de Oro mongola de Jani Suplicar, cuyas tropas, principalmente tártaros, sufrían de la enfermedad, catapultó cadáveres infectados sobre las murallas de la ciudad de Kaffa para infectar a los habitantes, aunque es más probable que las ratas infectadas cruzaran las líneas de asedio para propagar la epidemia a los habitantes. Cuando la enfermedad se apoderó de ellas, los comerciantes genoveses huyeron a través del Mar Negro a Constantinopla, donde la enfermedad llegó por primera vez a Europa en el verano de 1347. La epidemia mató al hijo de 13 años del emperador bizantino, Juan VI Kantakouzenos, quien escribió una descripción de la enfermedad inspirada en el relato de Tucídides sobre la Peste de Atenas del de Atenas, pero observando la propagación de la peste negra por barco entre ciudades marítimas. Nicephorus Gregoras también describió por escrito a Demetrios Kydones el creciente número de muertos, la inutilidad de la medicina, y el pánico de los ciudadanos.

La peste llegó a Génova y Venecia en enero de 1348, mientras se extendía simultáneamente por Asia Menor y Egipto. La forma bubónica se describió gráficamente en Florencia en El Decameron y Guy de Chauliac también describió la forma neumónica en Aviñón. Esta se extendió rápidamente a Francia y España, en 1349 estaba en Inglaterra, en 1350 estaba afligiendo a Europa del Este y llegó al centro de Rusia en 1351.

La erupción de la peste negra en el tuvo un efecto drástico en la población de Europa, cambió irrevocablemente la estructura social y resultó en una persecución generalizada de minorías como judíos, extranjeros, méndigos, y leprosos. Se ha considerado que la supervivencia diaria crea un estado de ánimo general de morbilidad, que influye en las personas para "vivir el momento", como ilustra Giovanni Boccaccio en El Decameron (1353). Petrarca, notando el extremo incomparable e increíble de los efectos de la enfermedad, escribió que "la posteridad feliz, que no experimentará un dolor tan abismal ... considerará nuestro testimonio como una fábula".Petrarch, Epistolae familiares IV.12.208

Recurrencias La segunda pandemia se extendió por Eurasia y la cuenca mediterránea. La plaga regresó repetidamente a perseguir a Europa y la cuenca del Mediterráneo durante los siglos al . Devastó gran parte del mundo islámico. La peste estuvo presente en al menos un lugar del mundo islámico prácticamente todos los años entre 1500 y 1850. Según Biraben, la peste estuvo presente en algún lugar de Europa todos los años entre 1346 y 1671. Según Schiferl, entre 1400 y 1600, hubo una plaga epidemia registrada en una parte de Europa u otra cada año, excepto en 1445.

Imperio bizantino e Imperio Otomano En el Imperio bizantino, el brote de la Peste Negra de 1347 en Constantinopla duró un año, pero la peste se repitió diez veces antes de 1400. La peste se introdujo repetidamente en la ciudad debido a su ubicación estratégica entre el Mar Mediterráneo y el Mar Negro y entre Europa y Asia, así como su posición como la capital imperial.

Constantinopla mantuvo su estatus imperial en el centro del Imperio Otomano después de la Caída de Constantinopla ante Mehmed el Conquistador en 1453. Aproximadamente el 1–2 % de la población de la ciudad murió anualmente debido a la peste. Los historiadores otomanos Mustafa Âlî y Hora Saadettin registraron episodios especialmente graves durante 1491–1503, siendo 1491–1493 los años más afectados. La peste regresó durante 1511–1514, y después de 1520, esta se volvió endémica en la ciudad hasta 1529. La peste fue endémica en Constantinopla otra vez entre 1533 y 1549, entre 1552 y 1567, y para la mayoría del restante. En el , se observaron epidemias de peste en 1603, 1611–1613, 1647–1649, 1653–1656, 1659–1688, 1671–1680, 1685–1695, y 1697–1701. En el , hubo sesenta y cuatro años en los que la peste estalló en la capital, y otros treinta años de peste ocurrieron en la primera mitad del . De estas últimas noventa y cuatro epidemias de peste en Constantinopla entre 1700 y 1850, se estima que las epidemias de 1705, 1726, 1751, 1778, 1812 y 1836 mataron a más del 5 % de la población, mientras que ochenta y tres de las epidemias mató al 1 % o menos.

La peste azotó repetidamente las ciudades del norte de África. Argel perdió entre 30000 y 50000 en 1620–1621, y otra vez en 1654–1657, 1665, 1691, y 1740–1742. La peste siguió siendo un acontecimiento importante en la sociedad otomana hasta el segundo cuarto del . Entre 1701 y 1750, se registraron 7 epidemias mayores y menores en Constantinopla, y 31 entre 1751 y 1800. La Gran Peste de 1738 afectó el territorio otomano en los Balcanes. Bagdad ha sufrido severamente las visitas de la plaga, con brotes que han matado hasta a dos tercios de su población.

La última peste que azotó a los Balcanes durante la Segunda pandemia fue la Peste de Caragea en 1813–1814.

Sacro Imperio Romano La Gran peste de Viena golpeó al Sacro Imperio Romano en 1679.

Península italiana En 1357, la plaga había regresado a Venecia, y en 1361–1363, el resto de Italia experimentó la primera reaparición de la pandemia. Pisa, Pistoia, y Florencia en Toscana se vieron especialmente afectadas; allí, la segunda plaga () mató a una quinta parte de la población. En la tercera plaga () de 1369–1371, de 10 a 15 % de la población murió. Los sobrevivientes sabían que la Peste Negra de 1347-1351 no fue un evento único, y que la vida ahora era "mucho más aterradora y precaria que antes". La península italiana sufrió un brote de peste en el 68 % del tiempo conformado por los años entre 1348 y 1600. Hubo 22 brotes de peste en Venecia entre 1361 y 1528. Petrarca, escribiendo a Giovanni Boccaccio en septiembre de 1363, lamentó que mientras la peste negra llegada a Italia en1348 había sido lamentada como un desastre sin precedentes, "Ahora nos damos cuenta de que es sólo el comienzo de nuestro duelo, porque desde entonces, esta fuerza maligna, inigualable e inaudita en los anales humanos a través de los siglos, nunca ha cesado, golpeando en todas partes por todos lados, a la izquierda y a la derecha, como un guerrero hábil."Petrarch, Seniles III.1.79–80

En el año Jubilar de 1400, anunciado por el Papa BonifacioIX, una de las plagas más graves se vio agravada por los numerosos peregrinos que se dirigían hacia y desde Roma; en la ciudad misma murieron diariamente entre 600 y 800 fieles. Según consta en los registros de los enterradores de Florencia, murieron al menos 10406 personas; el número total de muertos se estimó en el doble de esa cifra por el cronista del , Giovanni Morelli. La mitad de la población de Pistoia y su interior murió ese año.

Otro brote ocurrió en Padua en 1405, y cobró 18000 vidas. En la epidemia de peste de 1449–1452, 30000 milaneses murieron en 1451.