San Marcos de Colón es un municipio del departamento de Choluteca en la República de Honduras.

Geografía No existen estudios confirmados por expertos, pero se sospecha una fuerte actividad sísmica y volcánica muy antigua en los entornos del municipio.

Una de ellas, es el balneario (un sitio turístico inexplotado), conocido como el Caulato, en donde existe una falla, al haber sido fracturada la roca por un movimiento telúrico. La misma está en el curso del rio, que más adelante, en la República de Nicaragua, se conoce como Wans Coco o Segovia La existencia en la roca de dibujos rupestres de probable origen indígena, mostraría el extremo de la antigüedad del evento geológico.

El Caulato se encuentra a inmediaciones y ladera abajo, del sitio fronterizo conocido como la Fraternidad, en donde se encuentra la aduana terrestre entre Honduras y Nicaragua. Así pues, el río cruza la frontera entre ambos países.

El otro elemento, no menos importante, es que, río abajo, en el interior de la República de Nicaragua, existe un sector poblacional conocido como Agua Caliente, en donde existen aguas termales, muy visitadas por turistas americanos y europeos.

Al menos en Honduras, no ha habido un estudio geológico serio. La magnitud del antiguo evento fue tan impresionante, que en la aldea de Oyoto y sus alrededores, ubicada a una distancia aproximada de siete kilómetros, hay cualquier cantidad de rocas de origen volcánico, dispersa en el suelo. De hecho, la misma meseta de la aldea, observada desde la carretera hacia La Fraternidad, tiene la apariencia de un cono volcánico truncado.thumb|300px|Cascadas de la Pilas y los bosques de San Marcos.

Límites El municipio se sitúa a lo largo de la Carretera Panamericana, a 192 kilómetros de Tegucigalpa, a 53 kilómetros de Choluteca y a 12 kilómetros de la frontera con El Espino, Nicaragua. +Límites de San Marcos de ColónOrientaciónLímiteNorteMunicipio de Duyure, CholutecaMunicipio de Morolica, CholutecaSurRepública de NicaraguaEsteRepública de NicaraguaOesteMunicipio de Concepción de María, CholutecaMunicipio de El Corpus, CholutecaMunicipio de Apacilagua, Choluteca

Hidrografía San Marcos de Colón es el nacimiento de dos de los ríos más importantes de Honduras:

El río Wans Coco o Segovia, conocido también como río San Marcos, es el más extenso del país desembocando este mismo el Océano Atlántico. En este se ubica el sitio turístico El Caulato, pasando por Nicaragua en la ciudad de Somoto, donde se encuentra el conocido sitio turístico El Cañón de Somoto, para luego servir como línea divisoria entre Honduras y Nicaragua hasta llegar a su desembocadura. Asimismo contamos con el río Tinto o río Negro, conocido también como la Quebrada la Iguazala, Torondano o Guasaule, el cual se encuentra en la parte de Cacamuya, pasando este a través de la conocida Cascada de la Mina para así entrar al país vecino de Nicaragua, para luego ingresar al territorio hondureño nuevamente y desembocar en el Océano Pacífico.

Ambos ríos tienen su nacimiento en la parte alta de este municipio en la Montaña de las Flores, ubicada en la aldea de Jayacayán.

Toponimia Su nombre es en honor a Marcos el Evangelista, santo de la Iglesia católica y por la Hacienda Colón, una propiedad agrícola que se encuentra en el municipio, pero el nombre de la hacienda fue dado en honor a Cristóbal Colón, explorador y descubridor de América.

Historia En 1795, varios miembros de la Aldea de Duyusupo fueron despedidos de la propiedad agrícola donde trabajaban. Algunos de ellos emigraron a un valle rodeado de colinas rocosas, en los contornos crecían robles y pinos. Esta región perteneció a la Hacienda Colón

El primer nombre del lugar fue Panamá porque a su llegada, los primeros pobladores se albergaron a la sombra de un árbol que lleva ese nombre. El lugar se poblaba cada vez más, sus habitantes decidieron nombrarlo oficialmente Mandaime. Los propietarios de la Hacienda Colón, fervientes católicos, donaron una imagen de San Marcos Evangelista a sus sirvientes y familias a fin de que pudiesen venerarlo. Rápidamente el fervor de la gente de Mandaime creció hasta tal punto que cambiaron el nombre de la aldea en honor al santo y en reconocimiento a los propietarios de la hacienda.

En 1824, cuando se produjeron cambios significativos en el territorio político centroamericano, el Caserío de San Marcos contaba con los requisitos necesarios para ser aldea.

En 1830, obtuvo el permiso para organizar su propio municipio. Su primer alcalde fue don Ramón Larios, miembro de la familia proprietaria de la Hacienda Colón. En aquel entonces, la población era de 6701 habitantes.

En 1886, el presidente Marco Aurelio Soto compró el terreno y lo donó oficialmente a la comunidad.

A principios de , la actividad cafetalera se establecía más y más por toda la región. Fue también durante este periodo que se fundaron las dos primeras escuelas primarias en la comunidad: Escuela República de Guatemala (varones) y Escuela República de Venezuela (niñas).

Con el amplio desarrollo de la comunidad y la llegada de familias francesas, alemanas y españolas, San Marcos fue elevada a la categoría de ciudad el 4 de febrero de 1927, siendo alcalde municipal Don Gilberto Larios Córdoba.

En 1937, llegó la electricidad al centro de la ciudad.

En 1954, abre sus puertas el Instituto Lempira (primera escuela secundaria de la ciudad).

En 1958, Sor Juana Leclerc, en compañía de otras tres hermanas de la Orden de la Hijas de Jesús, fundó la escuela mixta y privada «Colegio Santa Teresita».

En 1975, gracias a la intervención de la profesora Nora Gúnera de Melgar, originaria de San Marcos y esposa del Presidente de Honduras Juan Alberto Melgar, las principales calles de la ciudad fueron pavimentadas, cuando Don Miguel Abraham Pinel era el alcalde.

A principios de los años 1990, llegaron los misioneros norteamericanos Rev. Roberto y Joan Tyson de la Iglesia Bautista el Buen Samaritano. San Marcos les parecía el lugar ideal para establecer su base de operación en el país. Se fundó una importante Escuela e Instituto Bautista "El Buen Samaritano", también crearon comedores de niños y de ancianos aparte la institución consta de internado de varones y hembras respectivamente y en el Comalí crearon un instituto bíblico.

En 1998, el territorio de San Marcos fue duramente golpeado por el huracán Mitch.

El sacerdote católico Joaquín Groleau, de los «Padres de las Misiones Extranjeras» (PME) fue sacerdote de la parroquia de San Marcos desde el año 1988 hasta el año 2002. Fundó la Asociación de Desarrollo Económico, Científico y Tecnológico (ADECT) y el programa conjunto Cooperativa Mixta San Marcos Limitada (COMISAML). Asimismo, creó el Instituto de Formación Técnica (INFOTEC) que enseña la carpintería, la soldadura de estructuras metálicas y la costura. Después de su partida, él fue el instigador en 2003 para crear un hermanamiento entre la Parroquia de San Marcos y la Parroquia de San Félix de Cabo Rojo, en la ciudad de Quebec, Canadá. La organización no gubernamental San Félix realiza desde este tiempo muchos proyectos de desarrollo en colaboración con la Asociación de Desarrollo (ADECT).

En 2005, el territorio de San Marcos fue duramente golpeado por el huracán Stan.

Demografía

San Marcos de Colón tiene una población actual de 30,449 habitantes. De la población total, el 51.9% son hombres y el 48.1% son mujeres. Casi el 48.5% de la población vive en la zona urbana. Las demás personas viven en zonas urbanas de San Marcos, Comalí y San Francisco.

División política Aldeas: 18 (2013) Caseríos: 274 (2013) AldeasCaseríosSan Marcos de ColónSan Marcos de Colón, El Barrero, Hacienda El Naranjo, Hacienda La Suiza, La Alsacia, La Palmita, Las Lajas, Los Coyotes, Roble Muerto, Sabana Larga o TomboyasCacamuyaCacamuya, El Encinal, El Terrero, El Zorzal, Hacienda La Caguasca, Hacienda El Chipote, Hacienda La Reforma, Hacienda Los Terceros, La Mina, Las Lajitas, Las Mesas de CacamuyaCaireCaire, El Horno, La Laguna, La Mesa, Pie de la Cuesta, Plan de JícaroComalíComalí, Agua Fría, El Aguacate, El Cerro, El Chagüitón, El Jicarito, El picadero, El Trapiche, Hacienda de Jamayli, Hacienda de la Flora, Hacienda de Santa Clara, Hacienda El Paisaje, Hacienda La Germania, Hacienda La Lima, Puerta de Golpe, Rancho Verde, San Agustín. El InventarioEl Inventario, Buena Vista, Caña Vieja, El Chagüite, El Guácimo, El Guajiniquil, El Picacho, El Zarzal, La Laguna, La Montaña de Colón, La Morena, La Palma, Las Brisas, Loma Larga.El Ojo de AguaEl Ojo de Agua, Agua Fría, El Encinal, El Guailo Abajo, El Guailo Arriba, El Gualiqueme, Llanos de Bumbum, San Rafael. El RodeoEl Rodeo, El Mogote, Jocote Dulce, La Mesita, La Presa, Los Encinos, Llanos de los Encinos.JayacayánJayacayán, El Portillo Liso, El Porvenir, El Trópico, Guajiniquil, Hacienda Argentina, Hacienda El Gualiquemito, Hacienda El Palmar, Hacienda Jayacayán, Hacienda Juanilama, Hacienda La Botija, Hacienda La Florida, hacienda San Francisco, La Rinconada, La Sirena, Las Flores, Los Inciensos, Terrero Prieto.La JoyaLa Joya, Hacienda La Esperanza, Hacienda Taulabé, Portillo Oscuro.La QueseraLa Quesera, Colonia Los Mangos, El Plan, El Matapalo, El Plan, El Sombrerito, Hacienda El Carmen, Hacienda Los Araditos, Hacienda San Cristóbal, Hacienda San Luis, Pueblo Nuevo.La Mesa de ColónLas Mesas de Colón, Caldera, El Alto de la Palma, El Boquerón, Hacienda de Colón, Hacienda La Laguna, La Pita (Quesera), La Polvosa, La Puerta, Las Mesas, Las Tapias, Los Dolores, Los Lacumes, Llano de la Parada, Llano de las Pozas, Montecristo. Los EncuentrosLos Encuentros, El Apante, El Chorro de San Juan, El Majastre, El Zapote, Hacienda El Saucito, Hacienda San Manuel, Hacienda Solimar, La Florida, Las Pilas, Las Piñuelas, Winto.Los MaicillalesLos Maicillales, El Anonal, El Carrizal, El Cordoncillo, El Chilindrín, El Frijolillo, El Horno, El Limón, El Matasano, Hacienda Las Trojas, Hacienda Miravalles, La Cueva del Tigre, La Mina, La Mona, La Zompopera, Las Cañas, Las Delicias, Las Trementinas, Los Amates, Los Hoyos, Los Jobos, Los Monteros, Los Planes, Paraje de Aves, Piedras Gordas, Portilla Grande, San Martín. OyotoOyoto, Cruz de Padilla, EL Jocote, El Macuelizo, El Pastoreo, El Rodeo, Hacienda El Lagarto, Hacienda La América, Hacienda Nueva Esperanza, La Cuya, La Fila, La Sabana de los Negros, San Isidro o Hacienda La Caña, El Jícaro.San DiegoSan Diego, Agua Zarca, El Penca, El Quiquiste, Hacienda Corrales, Hacienda El Palmar, Hacienda Pitahaya, La Fraternidad o El Espino, La Pita, Las Cañas.San FranciscoSan Francisco, Barranquilla, El Aguacate, El Calabozo, El Caracol, El Chagüitón, El Chinchayote, El Escudo, El Guajiniquil, El Gualiqueme, El Jícaro, El Lajero N.º 1, El Lajero N.º 2, El Llano, El Moray, El Rincón, El Siguapate, El Soclin, El Terrero, Guayabo Mato o Sagrado Corazón, Hacienda San Antonio, San Francisco, Jícaro Largo, La Palma, La Primavera, La Puerta, La Rinconada, Las Clemencias, Las Culias, Las Nubes, Las Queseras, Los Horcones, Pueblo Nuevo, Sabana Larga, San Ramón, Santa Elena, Tierras Morenas. San Juan de DuyusupoSan Juan de Duyusupo, Agua Fría, El Jicarito, El Jocote, El Mal Paso, El Pedernal, El Rodeito, La Laguna, Las Moras, Los Anises, Los Chagüites, Los Planes, San Luis. Santa RitaSanta Rita, Hacienda La Pita, Hacienda Santa Rita, La Cueva del Tigre, La Laguna del Isnaya, La Montaña, La Chachaguas, Loma de Enmedio, Ojo de Agua, Quebrada del Horno, Terrero Hondo, Zarais.

Clima Situada en una zona montañosa, en la sierra de Dipilto, la ciudad goza de un clima agradable durante todo el año. Las temperaturas raramente sobrepasan los 35 °C en el centro de la ciudad.

El clima de San Marcos es tropical en los valles de tierras bajas y templado a partir de 800 m s. n. m. En el centro de la ciudad, la temperatura media anual es de 22 °C. La precipitación media anual es de 1080 mm, con cerca de 90 días de lluvia.