miniatura|Situación de la libertad de culto por país (Pew Research Center en 2009). En Amarillo claro: países donde hay plena libertad en el ejercicio del culto religioso. En tonalidades rojas y naranjas: países con mayor hostilidad al ejercicio de la libertad religiosa.

A lo largo de la historia de los testigos de Jehová, sus creencias y prácticas han sido objeto de vulneraciones a los derechos humanos fundamentales, fundamentalmente en el contexto de dictaduras cívico-militares de facto, conflictos bélicos, regímenes bajo el ateísmo de estado y regímenes bajo una teocracia de facto. Bajo este contexto, y desde una posición identitaria o nacionalista, diversas corrientes religiosas consideran que las interpretaciones de los testigos de Jehová son heréticas, y, en consecuencia, contrarias al estado confesional o a los intereses en particular de la ideología identitaria o nacionalista predominante, como el caso de Rusia en el contexto de la invasión a Ucrania y los conflictos con las exrepúblicas soviéticas, de regímenes de facto en Asia y en África regulados bajo un estado confesional, o de Argentina, en el contexto de la dictadura que gobernó entre 1976 a 1983. La Declaración Universal de los Derechos Humanos, en su artículo 18°, señala lo siguiente:

Durante el , y en el contexto de diversos conflictos bélicos, el principio de neutralidad política de esta expresión religiosa ha llevado al encarcelamiento de miembros que rechazaron el servicio militar obligatorio en el contexto de estados de guerra decretados por la autoridad (por ejemplo, en Gran Bretaña durante la Segunda Guerra Mundial y luego durante el período de servicio nacional obligatorio). En Canadá, y debido a la ley marcial vigente durante la Segunda Guerra Mundial, los testigos de Jehová fueron internados en campos de concentración junto con disidentes políticos y personas de ascendencia japonesa y china. Según el profesor de derecho Archibald Cox, en los Estados Unidos, los testigos de Jehová fueron "las principales víctimas de la persecución religiosa [...] comenzaron a llamar la atención y provocar la represión en la década de 1930, cuando su proselitismo y su número aumentaron rápidamente". La animosidad política y religiosa en contra los testigos de Jehová a veces ha llevado a estas situaciones de vulneración en varios países, incluidos Cuba, Estados Unidos (durante el periodo de entreguerras y la Segunda Guerra Mundial), Canadá (durante la ley marcial impuesta en ese país durante la Segunda Guerra Mundial), Singapur, Sudamérica (en el contexto de las dictaduras militares de las décadas de 1970 a 1980) y la Alemania nazi.

En Sudamérica y algunos países como Sudáfrica, debido a los procesos de transición a la democracia durante la década de 1990 y a la implementación de procesos de justicia transicional, la situación de miembros bautizados, publicadores y asociados en cuanto al ejercicio libre de su religiosidad y del ejercicio del ministerio ha mejorado en relación a la situación existente en la década de 1970. miniatura|Mapa de la Libertad 2009, de acuerdo al informe de Freedom House, una fundación norteamericana, sobre el estado de la democracia, las libertades políticas y los derechos humanos en el mundo. En la actualidad, y según datos documentados de Amnistía Internacional, Pew Research Center, el Cuerpo Gobernante de los Testigos de Jehová y otras organizaciones no gubernamentales, en más de treinta estados -especialmente en África y en Asia- miembros bautizados y simpatizantes de esta expresión ejercen su religiosidad en la clandestinidad.

Situaciones documentadas en el periodo histórico comprendido entre 1931 a 1991

Alemania (durante el periodo de entreguerras y la Segunda Guerra Mundial) Tras la fundación del movimiento de los testigos de Jehová por parte de Rutherford en 1931, la organización pretendía distanciarse de lo que hasta entonces era el movimiento de los estudiantes de la biblia, que para esa época era ya vista con suspicacia por parte de la sociedad alemana de la época.

Tras el nombramiento de Adolf Hitler como nuevo canciller de Alemania el 30 de enero de 1933 las hostilidades llegaron con el transcurso de los meses a un punto de no retorno, a pesar de las intenciones de Joseph Rutherford de intentar algún tipo de concordato formal con el régimen, aprovechando el contexto político de ese entonces en Alemania y debido a sus ambiciones personales de diferenciar radicalmente a su movimiento religioso -creado en 1931- de las escisiones que se separaron de la Sociedad Watchtower, hechos que para los biógrafos de Rutherford consideran un aspecto muy controvertido y oscuro de sus años como líder de los testigos de Jehová.Audio of Phillip Adams interview with James Penton, Radio National Late Night Live, 23 August, 2005. El 4 de febrero de 1933 el régimen de Hitler emitió un decreto que permitía a la policía confiscar literatura "que pusiera en peligro el orden público y la seguridad" y también restringir las libertades de reunión. A mediados de 1933, el trabajo del grupo, conocido entonces como los testigos de Jehová, había sido prohibido en la mayoría de los estados alemanes y los miembros eran acusados de ser comunistas y asociarse con los judíos en movimientos políticos subversivos.1974 Yearbook, Watch Tower Bible & Tract Society, 1974, pg 102-111. La policía registró con frecuencia las casas de los miembros en busca de literatura incriminatoria y el 24 de abril, la policía ocupó brevemente la sede de la Asociación Internacional de Estudiantes de la Biblia -sucursal de los testigos de jehová en ese país- en Magdeburg.Las autoridades del régimen de facto objetaron la influencia de minorías religiosas como los Testigos de Jehová porque "contribuyeron a la fragmentación ideológica del pueblo alemán", pero también vieron al grupo como una amenaza para las principales denominaciones cristianas. Un decreto del Ministerio del Interior alemán decía:

En junio de 1933, el presidente de la Sociedad Watch Tower, Joseph Rutherford, y Nathan Knorr viajaron a Berlín para intentar negociar las posibilidades de continuar la actividad de predicación en Alemania, y así, lograr el beneplácito del régimen. Mientras estaban allí, organizaron una asamblea pública que se llevaría a cabo en Berlín el 25 de junio de 1933 para publicar una Declaración de hechos, que había sido escrita por Rutherford. Esperaban que el documento convenciera directamente a Hitler, a los funcionarios del gobierno y al público de que los testigos de Jehová no representaban una amenaza para el pueblo y estado alemán.] La Declaración afirmaba la neutralidad política del grupo y protestaba contra la intromisión del gobierno nazi en la predicación; fue traducida al alemán por el supervisor del distrito, Paul Balzereit, quien posteriormente lo presentó ante los miembros de la asamblea para su adopción.

Tanto Rutherford como Knorr abandonaron el país antes de que comenzara la asamblea, celebrada en el Wilmersdorfer Tennishallen. Aunque los organizadores esperaban una asistencia de 5000 personas, llegó una multitud de 7.000. El exterior de la sala estaba adornado con esvásticas, posiblemente colocadas por miembros de la unidad SS que habían celebrado cerca el día anterior. Para sorpresa de los asistentes, la asamblea se inauguró con una canción, La gloriosa esperanza de Sión, que para entonces rara vez se cantaba en las reuniones de los Testigos. Con música compuesta por Joseph Haydn en 1797, esta había estado en el cancionero de los Estudiantes de la Biblia desde 1905, pero debido a que se usaba la misma música para el himno nacional alemán, se había dejado de cantar en ese país en 1922. Durante la asamblea, la Declaración de Hechos conteniendo 3800 palabras fue presentada a la multitud y aceptada por muchos de los asistentes. Sin embargo, un "gran número" de los asistentes se negaron a aceptarlo y se fueron de la asamblea de forma decepcionada, viéndolo más débil de lo que esperaban.miniatura|Los nazis identificaban a los Bibelforscher con un triángulo púrpura. Los testigos de Jehová fueron perseguidos a partir de entonces por la dictadura de Hitler, principalmente por su resistencia a reconocer la autoridad del estado, a utilizar el saludo fascista, y por su objeción de conciencia al servicio militar. Asimismo, sectores de la Iglesia Católica y de iglesias protestantes que ya espontáneamente se oponían al régimen por similares razones -y que sin embargo, no contaban en ese momento con el pleno respaldo de las autoridades religiosas de la época- también fueron objeto de persecución. Bajo el proceso Gleichschaltung, Hitler intentó crear e imponer una Iglesia unificada del Reich a partir de las 28 iglesias estatales protestantes existentes en Alemania, con el objetivo final de erradicar todas las iglesias y movimientos cristianos -consideradas como subversivas por el régimen- en Alemania.El jefe de la Cancillería del Partido Nazi, Martin Bormann, proclamó públicamente en 1941: "El nacionalsocialismo y el cristianismo son irreconciliables". Se calcula que durante la Segunda Guerra Mundial y en el contexto del holocausto aproximadamente 11 300 testigos de Jehová fueron encarcelados en campos de concentración, donde murieron, según la fuente consultada, entre 1490 y 2550, entre ellos 253 que fueron sentenciados a muerte.

El Círculo Europeo de antiguos deportados e internados testigos de Jehová asegura que el 97 % de los testigos de Jehová alemanes sufrieron de una u otra forma la persecución del nazismo. En los campos de concentración, los denominados Bibelforscher llevaban un triángulo púrpura cosida en la ropa como identificación. Los testigos de Jehová podían abandonar el campo de concentración y recuperar sus propiedades y su ciudadanía si firmaban un documento de renuncia a su fe.

El 5 de octubre de 2006, el Museo del Holocausto de Washington D. C. ofreció un día dedicado a los testigos de Jehová víctimas del nazismo.

Benín Durante la primera presidencia de Mathieu Kérékou, se prohibieron las actividades de los testigos de Jehová y los miembros se vieron obligados a someterse a un "entrenamiento de desmitificación".

Canadá (durante la ley marcial impuesta en el contexto de la Segunda Guerra Mundial) En 1984, Canadá publicó una serie de documentos previamente clasificados que revelaban que en la década de 1940, "jóvenes testigos de Jehová capaces" fueron enviados a "campos", y "familias enteras que practicaban la religión fueron encarceladas".Yaffee, Barbara (9 de Septiembre de 1984). "Witnesses Seek Apology for Wartime Persecution". The Globe and Mail. p. 4. El informe de 1984 declaró: "Los documentos recientemente desclasificados en tiempos de guerra sugieren que la Segunda Guerra Mundial también fue una época de fanatismo religioso, intolerancia política y supresión de ideas sancionadas oficialmente. El gobierno federal describió a los testigos de Jehová como 'fanáticos religiosos' subversivos y ofensivos... en informes secretos entregados a comités parlamentarios especiales en 1942." Llegó a la conclusión de que, "probablemente ninguna otra organización es tan ofensiva en sus métodos, trabajando bajo el disfraz del cristianismo. Los documentos preparados por el departamento de justicia fueron presentados a un comité especial de la Cámara de los Comunes por el gobierno de William Lyon Mackenzie King en un intento de justificar la ilegalización de las organizaciones durante la Segunda Guerra Mundial ".

Cuba