miniaturadeimagen|280px|Parques nacionales de Uganda thumb|280px|Selva impenetrable del bosque de Bwindi. thumb|280px|Lago Victoria thumb|280px|Jirafas en el Parque nacional de las Cataratas Murchison. En Uganda, había, en 2024, 711 áreas protegidas, según la IUCN, que cubren una superficie de 38.793 km², el 16% del territorio (241.494 km²). De estas, 7 son santuarios de la naturaleza, 10 son parques nacionales, 5 son áreas de gestión comunitaria, 12 son reservas naturales y 661 son reservas forestales que suman unos 12.700 km² y que incluyen desde selva montana de la falla Albertina hasta plantaciones de pino y eucalipto, gestionadas por la National Forestry Authority. Además, de carácter internacional, hay 12 sitios Ramsar para la protección de las aves, 2 reservas de la biosfera de la Unesco y 2 sitios patrimonio de la humanidad.
Por su parte, BirdLife International declara 34 IBAs (áreas de importancia para las aves) que cubren un total de 18.997 km2, y 6 EBAs (Áreas de aves endémicas). En Uganda se han registrado 1002 especies de aves, de las que 37 están globalmente amenazadas y 1 es endémica del país: el tejedor de Fox.
Parques nacionales Parque Nacional de la Selva Impenetrable de Bwindi, 327 km². Ver más abajo como sitio patrimonio de la Humanidad. Parque nacional de Kibale, 766 km² Parque nacional del Valle de Kidepo, 1.430 km² Parque nacional del Lago Mburo, 370 km² Parque nacional del Gorila de Mgahinga, 38 km² Parque nacional del Monte Elgon, 1.110 km². Ver más abajo como Reserva de la biosfera de la Unesco. Parque nacional de las Cataratas Murchison, 3.877 km² Parque nacional de la Reina Isabel, 2.056 km². Ver más abajo como Reserva de la biosfera de la Unesco. Parque Nacional de los Montes Ruwenzori, 995 km². Ver más abajo como sitio patrimonio de la Humanidad. Parque nacional de Semuliki, 220 km²
Reservas naturales miniaturadeimagen|280px|Reservas y santuarios de la naturaleza de Uganda miniaturadeimagen|280px|Hipopótamos en el canal de Kazinga. Estas reservas naturales o de vida salvaje (Wildlife Reserve) que se encuentran en torno a los parques nacionales o a zonas poco habitadas suelen ser reservas de caza que forman parte de la zona tampón de los grandes parques. miniaturadeimagen|280px|Cataratas Karuma Reserva natural de Bugungu, 470-520 km², entre el Parque nacional de las Cataratas Murchison y la costa norte del lago Alberto, entre 600 y 1300 m. Sabana herbácea con placas de bosque y humedales en época de lluvias. Famosa por los chimpancés, pero también león, elefante, hipopótamo, facocero, búfalo, cobo, leopardo, etc. Incluye parte del bosque Budongo, con 240 especies de aves.
Reserva natural del Corredor de Bokora (Bokora Corridor Game Reserve), 1816 km², en la subregión de Karamoja, al nordeste de Uganda. Llanura seca desde el monte Kadam (3.063 m) hasta el monte Napak (2.530 m) Une diferentes reservas de caza que tienen los nombres de las etnias que las habitan: Bokora, Upe, Pian y Matheniko. La reserva de Bokora está habitada por los bokora. Destaca el humedal de Loporokocho por la presencia de aves. Hay guepardos, hienas, oryx, leopardos, elands, búfalos cebras, gacelas, etc.
Reserva natural de Karuma, 675 km², en el distrito de Kiryandongo, al oeste de Uganda y al este del Parque nacional de las Cataratas Murchison, donde se encuentran las cataratas Karuma, a 1000 m, por encima de las Murchison. Se ha construido un asentamiento refugio (Refugee settlement) para reubicar a siete mil personas y dejar la zona libre para la caza. La reserva forma parte del Área de Conservación Murchison, que consiste en el parque nacional Murchison, la reserva forestal Budongo, el Bosque de Kaniyo-Pabidi y la reserva de caza de Bugungu. Hay búfalos, elefantes, cobos, jirafas, monos verdes, babuinos, colobos, hipopótamos y algún león y leopardo. En las cataratas se está construyendo la central hidroeléctrica y embalse de Karuma (02°14'51"N, 32°16'05"E), que tendrá una potencia de 600 MW. En 2013 se inició la construcción de una presa en las cataratas Karuma y una central hidroeléctrica de 600 MW. En 2022, la obra estaba terminada en un 99 % y se preveía la puesta en marcha con 300 MW. En septiembre de 2024, el presidente Yoweri Museveni inaugura la presa de Karuma, financiada por la china Exim Bank y construida por la constructora china Sinohydro.
Reserva natural de Kigezi, 265 km², distrito Rukungiri, en el sudoeste de Uganda., compuesta de grandes llanuras de sabana y bosque. Al sur del Parque nacional de la Reina Isabel, separada del lago Eduardo por el área de Ishasha del parque. Famosa por las grandes manadas de elefantes que deambulan desde las llanuras de Rwindi en la República Democrática del Congo.
Reserva natural de Matheniko, 1.757 km², en el distrito de Moroto, al nordeste, en la frontera con Kenia y al este de la reserva y corredor de fauna de Bokora. Forma parte de las Áreas protegidas de Karamoja, que van desde el Parque nacional del Valle de Kidepo, al norte, pasando por el corredor de Bokora hasta la reserva de caza de Pian Upe. Matheniko está en una zona seca de sabana semiárida con matorrales dominada por la acacia seyal, el datilero del desierto, el espino cambrón, Combretum apiculatum y Harrisonia abyssinica. Entre los matorrales típicos, Capparis tomentosa. la reserva desde los 1070 m hasta los 1830 m. Hay antílopes, gacelas, kudus, duikers, elands, monos y babuinos, así como chacales, guepardos, hienas, serbales, civetas y leopardos.
Reserva natural de Kabwoya (KWR), 87 km2, al este del lago Alberto. Área de caza controlada como Kaiso-Tonya desde los años 1960, en 2002 se convierte en reserva a orillas del lago Alberto debido a que albergaba poblaciones aisladas pero importantes de cobo, búfalo y alcélafo. El río Hohwa la separa del Área natural comunitaria de Kaiso-Tonya (KTCWA) con una superficie de 107 km2. Entre ambas forman el Área natural controlada de Kabwoya-Kaiso (KKWMA), de 194 km2, a los pies del escarpe del Rift Albertino, al norte del río Lwamagongo y al sur del río Warwire. Es un paisaje de sabana intacto a lo largo de una estrecha franja de 200 km a orillas del lago, entre el escarpe y el lago, y entre la Reserva natural de Toro-Semliki, al sur, y el Parque nacional de las cataratas Murchison, al norte.
Reserva natural de Pian Upe, 2304 km2, al este.nordeste del país, cerca de la frontera con Kenia. Es una de las reservas más grandes del país, al norte del monte Elgon, en la subregión de Karamoja. En esta zona se encuentran dos etnias pastorales a ambos lados de la frontera con Kenia. El nombre pian (gente de corazón tranquilo) viene de un clan entre los karamojong, mientras que upe (enemigo) se refiere a otra tribu de pastores de la misma etnia que habla kalenjin. Junto, pian upe significa 'enemigos amistosos'. Viven en el distrito de Nakapiripirit. Hay dos periodos secos, entre enero y marzo, y entre noviembre y diciembre, cuando los animales se concentran al sur de la reserva, en el río Girik. Se trata de una sabana arbolada rodeada de montañas y a la vez sembrada de serranías, inselbergs, mesetas y ríos estacionales, con árboles pequeños y matorrales, herbazales, y árboles mayores como acacia seyal y datileros del desierto. Hay guepardos, antílopes ruanos, elands, jirafas, antílopes, leones, chacales, hienas, serbales, etc. Entre las más de 242 especies de aves hay avestruces, apalis de Karamoja, secretario, etc.
Reserva natural de Katonga, 210 km2, al sudoeste, en el interior. Reserva de caza desde 1964, sirve como corredor para especies migratorias desde el oeste de Uganda a Tanzania y Sudán, aunque se encuentra lejos de ambos, entre los distritos de Kyenjojo y Kamwenge. Desde 1996 es reserva natural. El terreno es un ecosistema ondulado con distintos tipos de vegetación, entre sabana herbácea, sabana arbolada, bosques, bosques de galería, pantanos, prados de ribera y papiros. La mayor parte es una mezcla de sabana con acacias o bosques, con amplias zonas de humedales secos o inundados. Dominan la sabana las herbáceas Sporobolus festivus y Chloris gayana o pasto rodesio, asociadas con especies de Setaria, Hyparrhenia y ocasionalmente, hierba de Guinea. Los humedales permiten un tipo de fauna que incluye sitatungas, antílopes acuáticos e hipopótamos. Después de un periodo de caza furtiva, en 2015 fueron reintroducidos los impalas. Hay colobos, nutrias, babuinos, cobos, leopardos, búfalos, duikers, reduncas, imbabalas y tragúlidos, así como unas 150 especies de aves de humedales, sabanas y bosques.
Reserva natural de Ajai, 148 km2, al noroeste, en la orilla izquierda del Nilo Alberto. Se crea en 1962 como santuario del rinoceronte blanco, entre Pakwach y Nimule, cerca de la frontera de Sudán del Sur, entre 700 y 1000 m de altitud. Es un área de ríos y humedales que bordean el Nilo y dos de sus afluentes, el Ala y el Acha. Incluye algunas islas pantanosas, como la isla de Ajai, formada con las deposiciones aportadas por el río del mismo nombre. Los humedales se inundan entre junio y enero, en época de lluvias, y se secan entre febrero y mayo. Dominan la vegetación las comunidades de Loudetia-Eragrostis y Hyparrhenia. En el sector oriental hay un mosaico de bosque de sabana y llanos arenosos, bosque disperso, bosque lluvioso y sabana abierta con Imperata, una hierba que solo crece en zonas altas y las fuentes del río Ala. Entre los mamíferos que migran a la isla en época seca, hay hipopótamos, cobos, alcélafos, antílope jeroglífico y antílope acuático, colobos y babuinos. El rinoceronte blanco del Norte no se ha visto desde la guerra de 1979.
Reserva natural de Lomunga, 184 km2, extremo noroeste, en la orilla izquierda del Nilo Alberto, en el distrito de Moyo. La secuencia de reservas desde el Parque nacional de las cataratas Murchison hacia el norte, siguiendo el río Nilo, es siguiente: Reserva de caza de Aswa-Lolim, al este del río, en una zona de migración, incluidos elefantes, gestionada por una empresa privada (Aswa-Lolim Wildlife Association) desde 2010; Reserva natural de Ajai, al oeste, enfrente de la anterior, mucho más pequeña, separada ligeramente del río; Reserva natural del Madi oriental (East Madi, 831 km2), al este del Nilo, justo encima de la de Aswa Lolim, extendiéndose hacia el este, gestionada por el pueblo apaa, una tribu de los acholi, y por fin, más al norte y al oeste del río, la de Lomunga. En el tramo que falta hasta Sudán del Sur hay un observatorio de aves y se realizan paseos en barca y canoa para pescar. El paisaje es de llanura inundable con un río Nilo que se extiende en meandros y lagunas hacia el oeste formando humedales, y colinas bastante pobladas por alguna de las numerosas etnias del lugar, en el caso de Lomunga, el pueblo madi. Las lluvias en esa región alcanzan los 1367 mm anuales, con un máximo de 192 mm en octubre. En febrero hay una media de 30 oC y en septiembre de 22 oC. Un estudio realizado en 1962 mostraba la existencia de rinocerontes blancos en el Lomunga Game Camp. Pero estos se extinguieron en los años 1970. En los tours se anuncian sin embargo hipopótamos en la reserva, pues se halla a orillas del Nilo, donde se realizan paseos en barca para observarlos, así como una abundante población de aves.