La historia de la criptografía se remonta a miles de años. Hasta décadas recientes, ha sido la historia de la criptografía clásica —los métodos de cifrado que usan papel y lápiz, o quizás ayuda mecánica sencilla—. A principios del siglo pasado, la invención de máquinas mecánicas y electromecánicas complejas, como la máquina de rotores Enigma, proporcionaron métodos de cifrado más sofisticados y eficientes; y la posterior introducción de la electrónica y la computación ha permitido sistemas elaborados que siguen teniendo gran complejidad.
La evolución de la criptografía ha ido de la mano de la evolución del criptoanálisis —el arte de "romper" los códigos y los cifrados—. Al principio, el descubrimiento y aplicación del análisis de frecuencias a la lectura de las comunicaciones cifradas ha cambiado en ocasiones el curso de la historia. De esta manera, el telegrama Zimmermann provocó que Estados Unidos entrara en la Primera Guerra Mundial; y la lectura, por parte de los Aliados, de los mensajes cifrados de la Alemania nazi, pudo haber acortado la Segunda Guerra Mundial hasta dos años.
Hasta los años 70, la criptografía segura era dominio casi exclusivo de los gobiernos. Desde entonces, dos sucesos la han colocado de lleno en el dominio público: la creación de un estándar de cifrado público (DES); y la invención de la criptografía asimétrica.
Criptografía clásica
El uso más antiguo conocido de la criptografía se halla en jeroglíficos no estándares tallados en monumentos del Antiguo Egipto (hace más de 4500 años). Sin embargo, no se piensa que sean intentos serios de comunicación secreta, sino intentos de conseguir misterio, intriga o incluso diversión para el espectador letrado. Son ejemplos de otros usos de la criptografía, o de algo que se le parece. Más tarde, eruditos hebreos hicieron uso de sencillos cifrados por sustitución monoalfabéticos (como el cifrado Atbash), quizás desde el 600 al 500 a. C. La criptografía tiene una larga tradición en las escrituras religiosas que podrían ofender a la cultura dominante o a las autoridades políticas. Quizás el caso más famoso es el 'Número de la bestia', del libro del Apocalipsis en el Nuevo Testamento cristiano. El '666' puede ser una forma criptográfica (es decir, cifrada) de ocultar una referencia peligrosa; muchos expertos creen que es una referencia oculta al Imperio romano, o más probablemente al propio emperador Nerón (y así a las políticas persecutorias romanas), que sería entendida por los iniciados (los que 'tenían la clave del entendimiento'), y sin embargo sería segura o al menos negable (y por tanto 'menos' peligrosa) si atraía la atención de las autoridades. Al menos para las escrituras ortodoxas cristianas, casi toda esta necesidad de ocultación desapareció con la conversión y adopción del cristianismo como religión oficial del Imperio por parte del emperador Constantino.
thumbnail|right|Una escitala, uno de los primeros dispositivos de cifrado. Se dice que los griegos de la época clásica conocían el cifrado (por ejemplo, se dice que los militares espartanos utilizaban el cifrado por transposición de la escítala). Heródoto nos habla de mensajes secretos ocultos físicamente detrás de la cera en tablas de madera, o como tatuajes en la cabeza de un esclavo, bajo el cabello, aunque esto no son ejemplos verdaderos de criptografía, ya que el mensaje, una vez conocido, es legible directamente; esto se conoce como esteganografía. Los romanos sí sabían algo de criptografía con toda seguridad (por ejemplo, el cifrado César y sus variaciones). Hay una mención antigua a un libro sobre criptografía militar romana (especialmente la de Julio César); desafortunadamente, se ha perdido.
En India también se conocía la criptografía. El Kama Sutra la recomienda como técnica para que los amantes se comuniquen sin ser descubiertos.
Criptografía medieval miniaturadeimagen|Primera página de Manuscrito sobre el desciframiento de mensajes criptográficos de Al-Kindi El filósofo matemático y criptógrafo árabe Al-Kindi, por motivación religiosa, efectuó el análisis textual del Corán, lo que llevó a la invención de la técnica del análisis de frecuencias para romper los cifrados por sustitución monoalfabéticos, como así lo indica su obra "Manuscrito sobre el desciframiento de mensajes criptográficos" en algún momento entre los años 820 y 866 d.C. Fue el avance criptoanalítico más importante hasta la Segunda Guerra Mundial. Esencialmente, todos los cifrados quedaron vulnerables a esta técnica criptoanalítica hasta la invención del cifrado polialfabético por Leon Battista Alberti (1465), y muchos lo siguieron siendo desde entonces.
La criptografía se hizo todavía más importante como consecuencia de la competición política y la revolución religiosa. Por ejemplo, en Europa, durante el Renacimiento, ciudadanos de varios estados italianos, incluidos los Estados Pontificios y la Iglesia católica, fueron responsables de una rápida proliferación de técnicas criptoanalíticas, de las cuales muy pocas reflejaban un entendimiento (o siquiera el conocimiento) del avance de Alberti. Los «cifrados avanzados», incluso después de Alberti, no eran tan avanzados como afirmaban sus inventores/desarrolladores/usuarios (y probablemente ellos mismos creían); puede que este sobre optimismo sea algo inherente a la criptografía, ya que entonces y hoy en día es fundamentalmente difícil saber realmente cómo de vulnerable es un sistema.
La criptografía, el criptoanálisis y la traición cometida por agentes y mensajeros en la conspiración de Babington, durante el reinado de la reina Isabel I de Inglaterra, provocaron la ejecución de María, reina de los escoceses. Un mensaje cifrado de la época de el hombre de la máscara de hierro (descifrado poco antes del año 1900 por Étienne Bazeries) ha arrojado algo de luz (no definitiva, lamentablemente) sobre la identidad real de ese prisionero legendario y desafortunado. La criptografía y su mala utilización estuvieron implicadas en la conspiración que condujo a la ejecución de Mata Hari y en la confabulación que provocó la ridícula condena y encarcelamiento de Dreyfus, ambos hechos acaecidos a principios del . Afortunadamente, los criptógrafos también jugaron su papel para exponer las maquinaciones que provocaron los problemas de Dreyfus; Mata Hari, en cambio, fue fusilada.
Fuera del Medio Oriente y Europa, la criptografía permaneció comparativamente subdesarrollada. En Japón no se utilizó la criptografía hasta 1510, y las técnicas avanzadas no se conocieron hasta la apertura del país hacia occidente en los años 1860.
Criptografía desde 1800 hasta la Segunda Guerra Mundial
Aunque la criptografía tiene una historia larga y compleja, hasta el no desarrolló nada más que soluciones ad hoc para el cifrado y el criptoanálisis (la ciencia que busca debilidades en los criptosistemas). Ejemplos de lo último son el trabajo de Charles Babbage, en la época de la Guerra de Crimea, sobre el criptoanálisis matemático de los cifrados polialfabéticos, redescubierto y publicado algo después por el prusiano Fiedrich Kasiski. En esa época, el conocimiento de la criptografía consistía normalmente en reglas generales averiguadas con dificultad; véase, por ejemplo, los escritos de Auguste Kerckhoffs sobre criptografía a finales del . Edgar Allan Poe desarrolló métodos sistemáticos para resolver cifrados en los años 1840. Concretamente, colocó un anuncio de sus capacidades en el periódico de Filadelfia Alexander's Weekly (Express) Messenger, invitando al envío de cifrados, que él procedía a resolver. Su éxito creó excitación entre el público durante unos meses. Más tarde escribió un ensayo sobre los métodos criptográficos que resultaron útiles para descifrar los códigos alemanes empleados durante la Primera Guerra Mundial. Entre estos métodos de cifrado estaban las cifras de Cuatro Cuadros, Doble Cuadro, ADFGX y ADFGVX. No obstante, la introducción de nuevas cifras y códigos solamente supuso un breve interludio antes de que fueran descifradas por los criptanalistas.
Proliferaron métodos matemáticos en la época justo anterior a la Segunda Guerra Mundial (principalmente con la aplicación, por parte de William F. Friedman, de las técnicas estadísticas al desarrollo del criptoanálisis y del cifrado, y la rotura inicial de Marian Rejewski de la versión del Ejército Alemán del sistema Enigma). Tanto la criptografía como el criptoanálisis se han hecho mucho más matemáticas desde la Segunda Guerra Mundial. Aun así, ha hecho falta la popularización de los ordenadores y de Internet como medio de comunicación para llevar la criptografía efectiva al uso común por alguien que no sea un gobierno nacional u organizaciones de tamaño similar.
Criptografía de la Segunda Guerra Mundial thumb|220px|right|La máquina Enigma fue utilizada extensamente por la Alemania nazi; el criptoanálisis aplicado por los aliados proporcionó una vital inteligencia Ultra. En la Segunda Guerra Mundial, las máquinas de cifrado mecánicas y electromecánicas se utilizaban extensamente, aunque —allá donde estas máquinas eran poco prácticas— los sistemas manuales continuaron en uso. Se hicieron grandes avances en la rotura de cifrados, todos en secreto. La información acerca de esta época ha empezado a desclasificarse al llegar a su fin el periodo de secreto británico de 50 años, al abrirse lentamente los archivos estadounidenses y al irse publicando diversas memorias y artículos.
Los alemanes hicieron gran uso de diversas variantes de una máquina de rotores electromecánica llamada Enigma. El matemático Marian Rejewski, de la Oficina de Cifrado polaca, reconstruyó en diciembre de 1932 la máquina Enigma del ejército alemán, utilizando la matemática y la limitada documentación proporcionada por el capitán Gustave Bertrand, de la inteligencia militar francesa. Este fue el mayor avance del criptoanálisis en más de mil años. Rejewsky y sus colegas de la Oficina de Cifrado, Jerzy Różycki y Henryk Zygalski, continuaron desentrañando la Enigma y siguiendo el ritmo de la evolución de los componentes de la máquina y los procedimientos de cifrado. Al irse deteriorando los recursos financieros de Polonia por los cambios introducidos por los alemanes, y al irse avecinando la guerra, la Oficina de Cifrado, bajo órdenes del estado mayor polaco, presentaron a representantes de la inteligencia francesa y británica los secretos del descifrado de la máquina Enigma, el 25 de julio de 1939, en Varsovia.
Poco después de que estallara la Segunda Guerra Mundial el 1 de septiembre de 1939, el personal clave de la Oficina de Cifrado fue evacuado hacia el sureste; el 17 de septiembre, tras la entrada de la Unión Soviética en el este de Polonia, cruzaron Rumanía. Desde allí alcanzaron París, en Francia; en la estación de inteligencia polaco-francesa PC Bruno, cerca de París, continuaron rompiendo la Enigma, colaborando con los criptólogos británicos de Bletchley Park, que se habían puesto al día con el tema. Con el tiempo, los criptólogos británicos —entre los que se incluían nombres como Gordon Welchman y Alan Turing, el fundador conceptual de la computación moderna— hicieron progresar sustancialmente la escala y tecnología del descifrado Enigma.
El 19 de abril de 1945 se ordenó a los oficiales superiores británicos que nunca debían revelar que se había roto el código de la máquina Enigma alemana, porque esto le daría la oportunidad al enemigo de decir que «no fueron vencidos justa y satisfactoriamente».