El gobierno de Manuel Zelaya comenzó el 27 de enero de 2006 y concluyó el 28 de junio de 2009 mediante un golpe de Estado al Poder Ejecutivo, tras varios meses de una crisis política que enfrentó a los poderes del Estado, agravada por la intención de Zelaya de realizar su proyecto de la "Cuarta Urna". La destitución se produjo por órdenes de la Suprema Corte de Justicia de Honduras debido a la comisión de delitos graves, como traición a la Patria y otros. Roberto Micheletti, entonces Presidente del Congreso Nacional de Honduras, asumió el cargo como sucesor legal.«El Ejército de Honduras reconoce que cometió un delito al sacar a Zelaya del país», artículo en el diario El Economista (Madrid) del 3 de julio de 2009.«ALBA rechazó ante la ONU golpe de Estado en Honduras», artículo en el sitio web Telesur (Caracas) del 25 de junio de 2009.
La gestión del gobierno se caracterizó por la improvisación, las malas políticas en materias como la seguridad y la economía y el mal manejo de los fondos públicos. Hubo también acusaciones por corrupción y críticas a los principales medios de comunicación por parte del mandatario Zelaya.
Gabinete
Al integrarse el gabinete de gobierno, defensores de los derechos humanos alertaron sobre la inclusión de miembros del antiguo Batallón 3-16 en altos cargos, entre ellos: Álvaro Romero como Ministro de Seguridad, Erick Sánchez como asesor de seguridad, Onofre Oyuela Oyuela, Billy Joya, Napoleón Nassar, Salomón Escoto Salinas y René Maradianga Panchamé.
Desde enero de 2006 hasta junio de 2009, el gabinete estuvo compuesto por:Gabinete de la República de Honduras, actualizado al 15 de octubre de 2010. Political Database of the Americas. Consultado el 5 de junio de 2019.Zelaya incluyó en su gabinete inicial a cinco pre-candidatos liberales que derrotó en las elecciones primarias: Gabriela Núñez, Hugo Noé Pino, Marlon Lara, Jorge Arturo Reina y Rafael Pineda Ponce; además de al hijo del pre-candidato Jaime Rosenthal, Yani Rosenthal.
Cargo Funcionario Periodo Vicepresidente Elvin Santos 2006-18 de diciembre de 2008Arístides Mejía6 de enero de 2009 Secretaría Privada de la Presidencia Raúl Valladares Desde 2006 Asesor legal Enrique Flores Lanza Desde 2006 Asesor en vivienda Héctor Briceño Desde 2006 Asesor en seguridad Dennis Castro Bobadilla Desde marzo de 2009 Asesor internacional en energía Robert Meyering Desde marzo de 2006 Secretaría del Despacho Presidencial Yani Rosenthal Desde 2006-Enero de 2008Enrique Flores LanzaDesde enero de 2008 Secretaría de Relaciones Exteriores Milton Jiménez 2006-enero de 2008Edmundo OrellanaEnero de 2008-enero de 2009Patricia RodasDesde enero de 2009 Presidenta del Banco Central de Honduras Gabriela NúñezEn 2013 Núñez ganó una demanda al Estado de Honduras por despido ilegal. 2006-14 de enero de 2008 Secretaría de Finanzas Hugo Noé Pino Enero de 2006-junio de 2006Rebeca SantosDesde junio de 2006 Secretaría de Inversiones Leo Starkman Desde 2006 Secretaría de Seguridad Álvaro Romero 2006-enero de 2008Jorge Rodas GameroDesde enero de 2008 Secretaría de Defensa Arístides Mejía 2006-enero de 2009 Edmundo OrellanaDesde enero de 2006 Secretaría de Salud Orison Velásquez Enero de 2006-julio de 2006Jenny Meza (interina)Julio de 2006-enero de 2008Elsa PalauEnero de 2008-septiembre de 2008Carlos AguilarDesde septiembre de 2008 Secretaría de Educación Rafael Pineda Ponce 2006-enero de 2007Marlon Brevé ReyesDesde enero de 2007 Secretaría de Trabajo Rixi Moncada 2006-enero de 2008Mayra MejíaDesde enero de 2008 Secretaría de Industria y Comercio Lizzie Azcona Enero de 2006-agosto de 2006Miriam MejíaAgosto de 2006-enero de 2008Fredis CerratoDesde enero de 2008 Secretaría de Obras Públicas, Transporte y Vivienda (SOPTRAVI) Saro Bonano Desde 2006 Secretaría de Recursos Naturales y Ambiente (SERNA) Mayra Mejía 2006-enero de 2008Tomás VaqueroDesde enero de 2008 Secretaría de Agricultura y Ganadería Héctor Hernández Desde 2006 Secretaría de Turismo Ricardo Martínez Desde 2006 Secretaría de Cultura, Artes y Deportes Rodolfo Pastor Desde 2006 Secretaría Técnica y de Cooperación Internacional Karen Zelaya Desde 2006 Ministro de Seguimiento de Proyectos y Acuerdos Alejandro Villatoro Desde 2006 Secretaría de Gobernación y Justicia Jorge Arturo Reina 2006-enero de 2008Victor MezaDesde enero de 2008 Ministro de la Secretaría de Ciencia y Tecnología Miriam Mejía Desde 2006 Director del Fondo Hondureño de Inversión Social (FHIS) Marlon Lara 2006-2007César SalgadoDesde 2007 Director del Instituto Hondureño de Seguridad Social Efraín Bú Desde 2006 Gerente de la Empresa Nacional de Energía Eléctrica (ENEE) Juan Antonio Bendeck 2006-enero de 2008Rixi MoncadaDesde enero de 2008 Gerente de Hondutel Jacobo Regalado 2006-enero de 2007Jacobo LagosEnero de 2007-mayo de 2007Marcelo ChimirriMayo de 2007-enero de 2008Jorge RosaDesde enero de 2008 Instituto Nacional de la Mujer Zelma Estrada Desde 2006
Durante el gobierno, los fondos de las importantes cuentas del Milenio y de la Estrategia para la Reducción de la Pobreza estuvieron a cargo del ministro de la Presidencia. Zelaya inicialmente dio un puesto en Casa Presidencial a su hermano, Carlos Zelaya, a su yerno Juan Carlos Melara como su asistente y a su sobrino Marcelo Chimirri como subgerente de Hondutel. También dio a parientes de la primera dama el manejo de la Secretaría de Salud y la Dirección Ejecutiva de Ingresos.
Primer año thumb|250px|Manuel Zelaya junto con el expresidente de Estados Unidos, George W. Bush, el 18 de septiembre de 2006.
El primer día de gobierno Zelaya sancionó la Ley de Participación Ciudadana, presentada al Congreso Nacional un día antes por el Partido Liberal.Ley de Participación Ciudadana. Angelfire. Esta ley sigue los lineamientos del liberalismo político, donde se cree que el pueblo debe participar en decisiones públicas.El desafío de la participación ciudadana en el Estado de Derecho . Ricardo Sol Arriaza. Facultad Latinoamericana de Ciencias Sociales. La ley sería el uno de los principales instrumentos legales sobre el cual el presidente Zelaya construirá el proyecto de la "Cuarta Urna". Días después de iniciada la nueva administración, se declaró emergencia energética por la crisis de la Empresa Nacional de Energía Eléctrica. El 30 de enero, el presidente en consejo de ministros emitió un decreto para otorgar matrícula gratis a los centros educativos en nivel prebásico, básico y medio. Al día siguiente se publicó la Ley de Participación Ciudadana. En febrero, el presidente en consejo de ministros dispuso que cada año de su gobierno 1,000 efectivos del Ejército fueran transferidos a la Policía Nacional para combatir la criminalidad; lo cual es criticado por el presidente del Comité para la Defensa de los Derechos Humanos (CODEH), Andrés Pavón.
El primer año de gobierno se vio marcado por una ola de protestas de diferentes grupos sociales. El 6 de febrero más de 400 taxistas se concentraron frente a Casa de Gobierno para exigir al presidente que cumpliera su promesa de campaña de bajar 10 lempiras al precio del combustible. Exigieron que la medida se realizara antes de los 60 días o tomarían acciones más fuertes. Dos días después el Congreso aprobó una rebaja al combustible de 3.01 lempiras al galón de gasolina regular. El 13 del mismo mes, exempleados del Tribunal Supremo Electoral pertenecientes al Partido Liberal reclamaron frente a Casa de Gobierno el pago de un bono de L. 6,500 que el presidente les prometió en campaña.Ídem, p. 54-55. Zelaya estuvo también bajo la presión del magisterio, que le exigía el cumplimiento del Estatuto del Docente. El 12 de agosto concluyó un paro laboral de 33 días con 10 días de protestas en el sistema educativo nacional, con un acuerdo entre Zelaya y los 6 líderes de la Federación de Organizaciones Magisteriales de Honduras, por el cual se incrementaría el salario de los docentes en L. 24 por hora para los próximos 3 años; lo que le costaría al Estado 7,212 millones de lempiras.
El gobierno se enfocó además en reducir gastos por adquisición y uso de combustibles. El 7 de mayo, en un intento por ahorrar costos en combustible el Poder Ejecutivo adelantó una hora la hora oficial, medida rechazada por grandes sectores populares; también modificó el horario de entrada y salida de empleados públicos y privados, y dispuso que los vehículos del gobierno circularan en días alternos. El 29 de agosto se presentó un decreto ejecutivo para considerar a los derivados del petróleo productos esenciales para la seguridad nacional y el desarrollo económico. Los meses posteriores el gobierno comenzó una licitación internacional para la compra de todo el combustible que se consumía anualmente en el país. Como resultado, en noviembre las empresas ConocoPhillips y Gas del Caribe adquirieron la exclusividad en la importación de combustible para el mercado hondureño. También se reformó la estructura de precios de los combustibles con el objetivo de facilitar su suministro, almacenamiento y distribución; y finalmente en diciembre, se presentó al Congreso un proyecto de decreto para subsidiar con L. 120 millones el aumento de los productos derivados del petróleo.
A fines de 2006, la CEPAL colocó a Honduras en uno de los primeros lugares de crecimiento económico de la región centroamericana, con una tasa de crecimiento del 6%, que en comparación al 4.1% del año anterior representó la mayor variación desde 1993. El producto interno bruto por habitante se elevó y la tasa de desempleo nacional descendió a 3,5%, aunque el subempleo se mantuvo (30%). Esto estuvo asociado al alza en la inversión y el consumo privado, estimulados por el intenso flujo de las remesas familiares (26% del PIB). La tasa de inflación pasó de 7.7% en 2005 a 5.3%. Manuel Zelaya se mostró satisfecho con los avances en el campo de la economía durante su administración:
En política exterior, desde el primer día de gobierno se anunció el interés de Venezuela en cooperar con Honduras en distintas áreas, como el combate al narcotráfico o la energía; motivo por el cual el 30 de enero los gobiernos de ambos países crearon una comisión mixta para revisar los acuerdos existentes y explorar nuevas posibilidades de cooperación.
Seguridad Durante el gobierno de Zelaya hubo constantes críticas por el aumento de la violencia y la delincuencia. En marzo de 2007 el Congreso Nacional envió una exitativa al presidente para el diseño de una política de seguridad. Según el Observatorio de la Violencia de la UNAH, de 2006 a 2009 el índice de muertes violentas por cada 100 mil habitantes pasó de 37.0 a 66.8, con un total de 13,053 homicidios entre enero de 2006 y junio de 2009. También hubo un aumento en el número de secuestros, pasando de 5 en 2005, a 16 en 2006, 42 en 2007 y 121 en 2008.
También hubo un aumento en el narcotráfico, lo cual se vio reflejado por el número de "narcoavionetas" encontradas en el país, es decir, de avionetas usadas para el transporte de la droga. La mayoría de ellas tenían registro y bandera venezolana, y eran quemadas una vez descargado su cargamento de droga. La primera de ellas cayó el 5 de febrero de 2006. En 2008 se hallaron 12 narcoavionetas y en los primeros seis meses de 2009, 14. En 2008, el Comisionado Nacional de los Derechos Humanos en Honduras, Ramón Custodio, y el embajador de Francia Laurent Dominati advirtieron que Honduras estaba en peligro de convertirse en un narcoestado.
Economía