El genocidio de Timor Oriental se refiere al terrorismo de Estado dentro de las llamadas «campañas de pacificación» de por parte del gobierno indonesio durante la invasión y ocupación indonesia de Timor Oriental respaldadas por los Estados Unidos. La Universidad de Oxford tuvo un consenso académico al llamar a la ocupación indonesia de Timor Oriental un genocidio y la Universidad de Yale lo enseña como parte de su programa de estudios de genocidio.
Invasión inicial Desde el inicio de la invasión en agosto de 1975 en adelante, las Fuerzas Armadas de Indonesia se involucraron en la masacre de civiles timorenses. Al inicio de la ocupación, la radio Fretilin envió la siguiente transmisión: «Las fuerzas indonesias están matando indiscriminadamente. Las mujeres y los niños reciben disparos en las calles. Todos vamos a ser asesinados ... Esto es una llamada para ayuda internacional. Por favor, haz algo para detener esta invasión».citado en Budiardjo and Liong, p. 15 Un refugiado timorense contó más tarde sobre «violaciones [y] asesinatos a sangre fría de mujeres, niños y dueños de tiendas chinas».Citado en Ramos-Horta, p. 108 El obispo de Dili en ese momento Martinho da Costa Lopes, dijo más tarde: «Los soldados que aterrizaron empezaron a matar a todos los que pudieron encontrar. Había muchos cadáveres en las calles; todo lo que pudimos ver fue a los soldados matando, matando, matando».cita en Taylor (1991), p. 68 En un incidente, un grupo de cincuenta hombres, mujeres y niños, incluido el reportero independiente australiano Roger East, fueron alineados en un acantilado a las afueras de Dili y se les disparó, y sus cuerpos cayeron al mar. Muchas de estas masacres tuvieron lugar en Dili, donde se ordenó a los espectadores observar y contar en voz alta a cada persona que fue ejecutada. estima que al menos 2,000 timorenses fueron masacrados en los primeros dos días de la invasión únicamente en Dili. Además de los partidarios de Fretilin, los migrantes chinos también fueron seleccionados para su ejecución; quinientos fueron asesinados en el primer día.
Los asesinatos en masa continuaron sin cesar a medida que las fuerzas indonesias avanzaban en las regiones montañosas de Timor Oriental controladas por Fretilin. Una guía timorense para un alto oficial indonesio le dijo al excónsul australiano al portugués Timor James Dunn que durante los primeros meses de la lucha de las tropas del TNI «mataron a la mayoría de los timorenses que encontraron».Timor: A People Betrayed, James Dunn, 1983 p. 293, 303 En febrero de 1976, después de capturar la aldea de Aileu, al sur de Dili, y expulsar a las fuerzas de Fretilin restantes, las tropas indonesias mataron a tiros a la mayoría de la población de la ciudad, supuestamente disparando a todos los mayores de tres años. Los niños pequeños que se salvaron fueron devueltos a Dili en camiones. En el momento en que Aileu cayó ante las fuerzas indonesias, la población era de alrededor de 5,000; cuando los socorristas indonesios visitaron la aldea en septiembre de 1976, únicamente quedaban 1000. En junio de 1976, las tropas del TNI gravemente golpeadas por un ataque de Fretilin exigieron represalias contra un gran campo de refugiados que albergaba a 5-6,000 timorenses en Lamaknan, cerca de la frontera de Timor Occidental. Después de incendiar varias casas, los soldados indonesios masacraron a 2.000 hombres, mujeres y niños.
En marzo de 1977, el excónsul australiano James Dunn publicó un informe que detallaba los cargos que desde diciembre de 1975 las fuerzas indonesias habían matado entre 50.000 y 100.000 civiles en Timor Oriental. Esto es consistente con una declaración hecha el 13 de febrero de 1976 por el líder de la UDT, López da Cruz, de que 60,000 timorenses murieron durante los seis meses anteriores de la guerra civil, sugiriendo un número de muertos de al menos 55,000 en los primeros dos meses del invasión. Una delegación de socorristas indonesios estuvo de acuerdo con esta estadística. Un informe a fines de 1976 de la Iglesia Católica también estimó el número de muertos entre 60,000 y 100,000.Dunn, p. 310, Notes on Timor Estas cifras también fueron corroboradas por los del propio gobierno indonesio. En una entrevista el 5 de abril de 1977 con el Sydney Morning Herald, el ministro de Relaciones Exteriores de Indonesia, Adam Malik, dijo que el número de muertos era de «50,000 personas o quizás 80,000».Citado en Turner, p. 207
El gobierno de Indonesia presentó su anexión de Timor Oriental como una cuestión de unidad anticolonial. Un folleto de 1977 del Departamento de Asuntos Exteriores de Indonesia, titulado Descolonización en Timor Oriental, rindió homenaje al «derecho sagrado de la autodeterminación»Indonesia (1977), p. 16 y reconoció a APODETI como los verdaderos representantes de la mayoría de Timor Oriental. Afirmó que la popularidad de Fretilin fue el resultado de una «política de amenazas, chantaje y terror».Indonesia (1977), p. 21 Más tarde, el ministro de Relaciones Exteriores de Indonesia, Ali Alatas, reiteró esta posición en su memoria de 2006 The Pebble in the Shoe: The Diplomatic Struggle for East Timor.Alatas, pp. 18–19. La división original de la isla en el este y el oeste, Indonesia argumentó después de la invasión, fue «el resultado de la opresión colonial» impuesta por las potencias imperiales portuguesa y holandesa. Por lo tanto, según el gobierno de Indonesia, su anexión de la provincia número 27 fue simplemente un paso más en la unificación del archipiélago que comenzó en la década de 1940.Indonesia (1977), p. 19
Reasentamiento e inanición forzada thumb|250px|Monumento con el emblema nacional de Indonesia en Viqueque (2016). Como resultado de la destrucción de los cultivos alimentarios, muchos civiles se vieron obligados a abandonar las colinas y rendirse al TNI. A menudo, cuando los aldeanos sobrevivientes bajaban a las regiones bajas para rendirse, los militares los ejecutaban. Los que no fueron asesinados directamente por las tropas de TNI fueron enviados a los centros de recepción que se prepararon de antemano. Estos campamentos estaban ubicados cerca de las bases militares locales, donde las fuerzas indonesias «examinaban» a la población para seleccionar a los miembros de la resistencia, a menudo con la ayuda de colaboradores timorenses. En estos campos de tránsito, los civiles entregados fueron registrados e interrogados. Los sospechosos de ser miembros de la resistencia fueron detenidos y asesinados.CAVR, ch. 7.3, pp. 41–44.
Estos centros se construían a menudo como chozas de paja sin baños. Además, el ejército indonesio impidió que la Cruz Roja distribuyera ayuda humanitaria y no se brindó atención médica a los detenidos. Como resultado, muchos de los timorenses, debilitados por la inanición y que sobreviven con pequeñas raciones dadas por sus captores, murieron de desnutrición, cólera, diarrea y tuberculosis. A fines de 1979, entre 300,000 y 370,000 timorenses habían pasado por estos campos. Después de un período de tres meses, los detenidos fueron reasentados en «aldeas estratégicas» donde fueron encarcelados y sometidos a la inanición forzada.CAVR, ch. 7, p. 50; Taylor, pp. 88–89; A los que estaban en los campamentos se les impidió viajar y cultivar tierras de cultivo y fueron sometidos a un toque de queda. El informe de la comisión de la verdad de la ONU confirmó el uso por parte de los militares indonesios de la inanición forzada como un arma para exterminar a la población civil de Timor Oriental y que a muchas personas se les «negó positivamente el acceso a alimentos y sus fuentes». El informe citó testimonios de individuos a los que se les negó la comida y la destrucción detallada de cultivos y ganado por parte de soldados indonesios.CAVR, ch. 7.3, pp 146–147 Llegó a la conclusión de que esta política de inanición deliberada causó la muerte de 84.200 a 183.000 timorenses.CAVR, ch. 7.3, p. 146 Un trabajador de la iglesia informó que quinientos timorenses orientales morían de inanición cada mes en un distrito.
World Vision Indonesia visitó Timor Oriental en octubre de 1978 y afirmó que 70,000 timorenses orientales estaban en riesgo de morir de hambre.CAVR, ch. 7.3, p. 72 Un enviado del Comité Internacional de la Cruz Roja informó en 1979 que el 80 por ciento de la población de un campamento estaba desnutrida, en una situación que era «tan mala como en Biafra».citado en Taylor, 1991, p. 97 El CICR advirtió que «decenas de miles» estaban en riesgo de morir de hambre. Indonesia anunció que estaba trabajando a través de la Cruz Roja de Indonesia dirigida por el gobierno para aliviar la crisis, pero la ONG Acción para el Desarrollo Mundial acusó a esa organización de vender suministros de ayuda donados.
Operaciones de pacificación en Indonesia Operaciones de seguridad: 1981–1982 En 1981, los militares indonesios lanzaron Operasi Keamanan (Operación de Seguridad), que algunos han llamado el programa de la «cerca de las piernas». Durante esta operación, las fuerzas indonesias reclutaron entre 50,000 y 80,000 hombres y niños timorenses para marchar a través de las montañas antes de avanzar las tropas del TNI como escudos humanos para ejecutar un contraataque Fretilin. El objetivo era barrer a los guerrilleros hacia la parte central de la región donde podrían ser erradicados. Muchos de los reclutados en la «cerca de las piernas» murieron de hambre, agotamiento o fueron fusilados por las fuerzas indonesias por permitir que las guerrillas se escaparan. Cuando la «cerca» convergió en las aldeas, las fuerzas indonesias masacraron a un número desconocido de civiles. Al menos 400 aldeanos fueron masacrados en Lacluta, por el batallón 744 del ejército indonesio en septiembre de 1981. Un testigo que declaró ante el Senado australiano que los soldados mataron deliberadamente a niños pequeños al golpear sus cabezas contra una roca.Amnesty (1985), p. 23 La operación no logró aplastar la resistencia, y el resentimiento popular hacia la ocupación se hizo más fuerte que nunca. Mientras las tropas de Fretilin en las montañas continuaban sus ataques esporádicos, las fuerzas indonesias llevaron a cabo numerosas operaciones para destruirlas en los próximos diez años. En las ciudades y pueblos, mientras tanto, un movimiento de resistencia no violenta comenzó a tomar forma.
Operación Clean-Sweep': 1983 El fracaso de las sucesivas campañas de contrainsurgencia indonesias llevó a la élite militar indonesia a instruir al comandante del Comando de Resort Militar Subregional con base en Dili, el Coronel Purwanto para iniciar conversaciones de paz con el comandante de Fretilin, Xanana Gusmão, en un área controlada por Fretilin en marzo de 1983. Cuando Xanana intentaba invocar a Portugal y a la ONU en las negociaciones, el Comandante de ABRI Benny Moerdani rompió el alto el fuego al anunciar una nueva ofensiva de contrainsurgencia llamada "Operational Clean-Sweep" en agosto de 1983, declarando: «Esta vez no vamos a perder el tiempo. Esta vez vamos a golpearlos sin piedad».Sinar Harapan, 17 de agosto de 1983, citado en Taylor 1991: 142
La ruptura del acuerdo de alto el fuego fue seguida por una nueva ola de masacres, ejecuciones sumarias y «desapariciones» a manos de las fuerzas indonesias. En agosto de 1983, 200 personas fueron quemadas vivas en el pueblo de Creras, y otras 500 murieron en un río cercano. Entre agosto y diciembre de 1983, Amnistía Internacional documentó los arrestos y «desapariciones» de más de 600 personas únicamente en la capital. Las fuerzas indonesias dijeron a los familiares que los «desaparecidos» fueron enviados a Bali.East Timor, Violations of Human Rights: Extrajudicial Executions, "Disappearances", Torture and Political Imprisonment, 1975–1984, p. 40