miniaturadeimagen|270x270px|Panorámica del cerro Concepción.
la Historia de la ciudad de Valparaíso, en Chile, refiere a los hechos que sucedieron en el lugar donde hoy se emplaza, cuyos antecedentes pueden remontarse a épocas anteriores a la colonización española. A diferencia de otras ciudades del país, no hubo una fundación formal de la urbe, creándose espontáneamente a partir del puerto instalado en la bahía de su nombre y las fortificaciones construidas a su alrededor, que se remontan a mediados del .
Primeros habitantes y descubrimiento Valparaíso, antes de ser descubierto por colonizadores españoles, era habitado por indígenas changos, que se dedicaban a la labranza y la pesca. La zona que rodea la bahía, desde Concón hasta el faro Punta Ángeles, era conocida por ellos como Alinmapu o, simplemente, Alimapu, que significa "país quemado" o "tierra quemada". La zona habitada por este pueblo era denominada "valle de Quintil", lugar que tenía una flora compuesta de quillayes, boldos, palmas, canelos, maitenes, culen, bellotas, peumos y litre. En los claros que tenían estos bosques se encontraban los caseríos indígenas, ocupando las quebradas que después se denominarían como Juan Gómez (actual calle Carampangue), San Francisco (actual división de los cerros Toro y Cordillera) y San Agustín (actual calle Tomás Ramos).
Los changos eran un pueblo nómada, con un dialecto propio y que se sostenían con el intercambio. Las embarcaciones que utilizaban se componían de balsas de cuero de lobos, inflados, unidos con fuertes ligaduras y sostenidos con tablillas de madera.
A mediados de septiembre de 1536 arribaría a la bahía un buque perteneciente a la flota de Diego de Almagro: el Santiaguillo. Días después descendería por los cerros uno de sus tripulantes, Juan de Saavedra, que después de haber ido a San Felipe a dar cuenta a Almagro del arribo de la carabela venía a tomar posesión de la ensenada.
Saavedra había nacido en el pueblo de Valparaíso, en la provincia española de Cuenca. Como su pueblo natal era un pequeño caserío, serpenteado por arroyos y muy fértil, encontró que tenía mucha semejanza al valle descubierto, por lo que tras recibir autorización de Almagro para colocar un nombre a su gusto, pensó en el de Valparaíso.
Días después llegó Almagro para formar un cuartel general en la zona. Desde allí envió a Gómez de Alvarado a realizar nuevos descubrimientos en dirección al norte.
En septiembre de 1543 arribó a Valparaíso un buque proveniente del Callao, que traía al comerciante español Francisco Martínez Vegaso con el objetivo de venderle ropa, armamento y provisiones a los conquistadores. Meses después llegó su hermano, Lucas Martínez Vegaso, a realizar el mismo negocio tras el naufragio de su embarcacicón en Topocalma.
Al año siguiente fondeó en su rada el barco comandado por el almirante genovés Juan Bautista Pastene que iba en ayuda de Pedro de Valdivia, el cual lo nombraría lugarteniente en el mar, además de declarar a Valparaíso como el puerto de Santiago:
Pastene salió rumbo al norte al día siguiente del nombramiento, 4 de septiembre, con los buques San Pedro y Santiaguillo, y no regresó hasta fines de 1547. El 1 de diciembre de ese año Valdivia se entera por él de los desórdenes y problemas que existían en Perú, por lo que decide partir hacia allá para unirse a Gonzalo Pizarro que estaba sublevado en el Cuzco. No habiendo podido conseguir fondos para su viaje, ofreció conducir en su buque a todos los que se encontrasen descontentos en Chile y quisiesen volver a sus hogares. Cuando ya tenía en las bodegas del San Pedro las valiosas pertenencias de la gente dispuesta a irse, mientras esta disfrutaba de una espléndida cena ofrecida por Valdivia, este se embarcó por sorpresa engañando a todas estas personas.
Valdivia regresó el 20 de junio de 1549 con gran cantidad de soldados. Estuvo 2 meses en Valparaíso haciendo labrar una estancia ubicada en el actual sector del Almendral.
Debido a la crueldad con la que actuaba el teniente corregidor del valle, Juan Gómez de Almagro, los naturales fueron emigrando hasta dejarlo desierto. Ante el desamparo en que se hallaba Valparaíso, visitado de vez en cuando por naves provenientes de Perú, el cabildo de Santiago solicitó a Valdivia que hiciera algo, a lo que este no accedió.
En 1559 el obispo electo de Santiago, Rodrigo González Marmolejo, da la autorización para fundar una capilla, la cual se erigió en el sitio donde actualmente se encuentra la Iglesia de la Matriz. La construcción atrajo a algunas personas que construyeron pequeñas casas de paja en los alrededores, y que se ocupaban en la carga y descarga de los buques que solían llegar una vez por año del Callao con mercaderías europeas, destinadas a Santiago. Juan Fernández, el descubridor de las islas que llevan su nombre, era el que más visitaba Valparaíso trayendo y llevando cargamentos.
En 1565 desembarcó Jerónimo de Castilla, que venía con 200 soldados a conjurar las rebeliones de Pedro de Villagra y Rodrigo de Quiroga.
Las primeras menciones de un camino que unía Valparaíso y Santiago datan de 1587, refiriéndose al Camino de Las Carretas, el cual subía hacia el cerro desde el puerto por la actual calle Francisco Echaurren, siguiendo por el cerro Mesilla, las quebradas de San Francisco y luego de Los Lúcumos hasta conectar con el sector de Peñuelas. Para viajes donde no recurrían a carretas sino a un caballo, se utilizaba la quebrada de Las Zorras, actual avenida José Santos Ossa.
Ataques de piratas y primeras fortificaciones 250px|miniaturadeimagen|Grabado del ataque del neerlandés Joris van Spilbergen al puerto.
El 27 de noviembre de 1578 llegó con su buque Hernando Lamero de Gallegos y el día 4 de diciembre, cuando ya estaba finalizaba su cargamento de regreso, se vio sorprendido por la carabela Golden Hind, comandada por el célebre corsario inglés Francis Drake, quien se apoderó de aquel buque y luego saqueó la capilla en tierra, llevándose los vasos sagrados y todo lo que encontró a mano. Al enterarse de la situación, Rodrigo de Quiroga llegó al puerto y preparó un buque para que fuera en persecución del corsario, sin lograr el objetivo a pesar de llegar hasta Coquimbo.
En abril de 1594 el corsario inglés Richard Hawkins a bordo del buque Dainty tomó posesión de la bahía y apresó tres buques allí ubicados. El gobernador Alonso de Sotomayor viajó desde Santiago junto a sus tropas para impedir el desembarco de Hawkins. Este no se atrevió a entrar en combate con los de tierra y entró en arreglos para el rescate de los buques. Los españoles prepararon embarcaciones para asaltar al buque, lo que provocó el temor de los piratas que quemaron los buques que habían apresado y escapó en dirección al Callao. El miedo a nuevos asaltos volvió a dejar completamente desolado el puerto quedando algunos changos y la pequeña guarnición de soldados.
En octubre de 1599 entró a la bahía la nave neerlandesa Cerf Volant, que comandaba Dirck Gerrits, quien fue recibido a tiros al creer que era otro pirata, resultando herido en una pierna. En realidad formaba parte de la primera expedición enviada por los neerlandeses en contra de la colonización española de América.
Al año siguiente arribó el corsario neerlandés Oliverio van Noort, al mando de su buque Mauricio, buscando vengar la afrenta recibida por Gerrits, de la cual se enteró mientras estaba en la isla Mocha. Logró su objetivo, pues atacó a las tripulaciones de tres buques fondeados en la bahía, que luego quemó.
Ese mismo año llegó otro marino del mismo país, Joris van Spilbergen, con 6 buques equipados por la Compañía de las Indias Orientales. Bombardeó el pequeño caserío y desembarcó para combatir en tierra ante las tropas de la gobernación. Estas últimas, ayudadas por la neblina, se replegaron a los cerros y no fueron seguidas por Spilbergen quien regresó a su buque.
Dado los frecuentes ataques corsarios a Valparaíso, en 1624 el gobernador Francisco de Álava y Nureña ordenó la construcción de un reducto, en lo más alto del actual Playa Ancha, con 8 piezas de artillería de bronce.
Poblamiento en el 200px|miniaturadeimagen|Vista general de Valparaíso en 1646, imagen del libro Historia de Valparaíso de Benjamín Vicuña Mackenna. El 20 de enero de 1611 llegó al puerto el capitán general de Chile Juan de la Jaraquemada, el cual trató de darle vida al lugar edificando en los cerros. Hasta esa fecha no se habían hecho más concesiones de terrenos aparte de las obtenidas por el piloto Juan Elías y el alguacil Juan Gómez en las quebradas que hasta hoy llevan sus nombres. Otras concesiones hechas en el actual Almendral pertenecieron a Bartolomé Flores, en la quebrada de las Zorras (actual avenida Santos Ossa) y un terreno denominado Rodeo de Lillo a Ginés de Lillo (actual sector de Rodelillo, parte alta del cerro Barón).
El verdadero Almendral existió en ese entonces en el sector de Cabritería (entre los cerros Los Placeres y Barón), donde el soldado Martín García tuvo una gran plantación de almendros, cuyos frutos enviaba al Perú.
En 1612 el gobernador Alonso de Ribera concedió 300 cuadras de terrenos, en el actual Almendral, al capitán Diego de Ulloa, quien luego le vendió buena parte a Sánchez de Obregón. En 1625, cuando Hernando de Machado empezó a fortificar la costa, empezó a poblarse el puerto. Ese mismo año se le confieren tierras a los padres de San Agustín. Para 1640 ya existían dos iglesias en el pueblo.
El 13 de mayo de 1647 asoló a Valparaíso el primer terremoto que se sintió en esta comarca, destruyendo la pequeña población que a esa fecha existía.
En 1658 se le cedieron terrenos a la Orden Franciscana, en la quebrada que hoy lleva su nombre y donde erigen una iglesia.
El comercio principal del puerto en aquella época era la exportación de cebo, badana, cordobán, coco, almendra y la venta de esclavos. Para 1660 ya había casas de mejor aspecto y material. El acarreo de mercaderías se hacía en principio íntegramente por indígenas, siendo reemplazados más tarde por arreos de mulos y carretas con bueyes. A partir de ese año se situó en esta ciudad el único mercado de esclavos del reino, donde se tranzaban negros, mulatos y mapuches que habían sido capturados en la Guerra de Arauco.
En 1682 estaban más preparados para impedir invasiones de piratas, con una pequeña escuadra armada compuesta de los buques Santo Cristo de Lezo y San Francisco. Las correrías de los bucaneros en el Pacífico hicieron que Valparaíso fuera más fortificado, llegando a obtener el título de plaza de guerra. Desde acá salieron varias expediciones a perseguir a los famosos Bartolomé Sharp y Edward Davis. Entre estas fortificaciones se cuenta el Castillo San José, situado en el actual cerro Cordillera, construido entre 1682 y 1692. En este mismo cerro se encontraban todos los edificios públicos, como la gobernación, la cárcel, la aduana y los cuarteles.
El principal comerciante que había a comienzos del era el propio gobernador, Juan Bautista Tobar, quien además de su negocio tenía un impuesto de autoridad de 5% por todas las mercaderías que se embarcaban en su distrito.
250px|miniaturadeimagen|izquierda|Plano de Valparaíso en 1790. El primer dato concreto de la población que poseía Valparaíso corresponde a 1710, de acuerdo a una carta del obispo de Santiago al rey de España, donde indicaba la presencia de 300 habitantes.
En 1718 llegaron los navíos españoles Conquistador y Rubí, enviados por Felipe V para resguardar las costas del Pacífico e impedir los contrabandos de los franceses, que habían sido expulsados del país 5 años antes.