Historia thumb|260px|Plaza principal de León.
Época prehispánica Desde esta época, la región que hoy ocupa León fue frontera y encrucijada cultural. Hay sitios arqueológicos de cierta importancia, siendo del horizonte Preclásico los más antiguos. La cultura de Chupícuaro se extendió hasta esta zona. Del horizonte Clásico hay figuras teotihuacanoides. Después de la caída de Teotihuacán, Tula fue la influencia hegemónica, pero al desplomarse esta, nómadas de los grupos chichimecas, como guamares y pames, invadieron el bajío abandonándose los asentamientos sedentarios.
Aunque las investigaciones arqueológicas son limitadas en toda la zona noroeste del estado de Guanajuato, se han podido definir tres fases de ocupación: la primera asociada cronológicamente al Clásico medio (100-650 d.C.) y que presenta similitudes con la cerámica teotihuacana de la misma época. La segunda fase corresponde al Clásico tardío (650-900 d.C.) en la cual se aprecia un mayor auge poblacional y una relación muy clara con la región de Río Verde, por la asociación de tipo cerámico Zaquil Negro. La última fase de ocupación está dominada por formas de tradición Tolteca. Este asentamiento ha sido considerado como un sitio «rural» de Mesoamérica.
En la mayoría de los asentamientos se comparte el patrón tectónico ya identificado en otros sitios del estado y que corresponde a la existencia de plataformas rectangulares, en donde se combinan espacios cerrados como patios hundidos, plazas, áreas de habitación, montículos piramidales a manera de adoratorios y altares; juegos de pelota, así como sectores de cultivo y habitación fuera de los núcleos principales. Podemos decir que cronológicamente todos los sitios del municipio se relacionan con el momento de la máxima expansión cultural de la frontera mesoamericana () con la posibilidad de que este rango de ocupación pueda variar en ciertos casos, como por ejemplo, en los sitios de patrón circular representados en la zona occidental del municipio, los cuales pueden pertenecer a una etapa más temprana.
Época virreinal thumb|right|150px|Centro histórico. Durante el los chichimecas incursionaron en la Sierra de Comanja ya en la época novohispana. Nuño de Guzmán y sus aliados tarascos llegaron el día 2 de febrero de 1530 al actual territorio del municipio, llamando al lugar Valle de Nuestra Señora. La dominación agrícola y ganadera por parte de los españoles inicia a partir del año 1546, con estancias que les fueron concedidas y que eran constantemente hostilizadas por los grupos chichimecas de la región. Ante esta situación, los peninsulares solicitan a las autoridades virreinales la fundación de un poblado mayor para encontrar una mejor protección.
El 12 de diciembre de 1575 el Virrey de la Nueva España Martín Enríquez de Almanza expide un decreto para fundar un poblado en el llamado Valle de Señora, en las tierras de Juan Jasso. El asentamiento tendrá categoría de ciudad si residieren en él cien vecinos o categoría de villa si solo fueren cincuenta. Este mandato se cumple el 20 de enero de 1576 por el Capitán Juan Alonso de Torres, Juan Bautista de Orozco y un grupo de españoles e indígenas, los cuales fundan la Villa de León realizando el trazo de la misma e instalando su primer ayuntamiento. Se decidió darle este nombre por ser el lugar de procedencia del Virrey, el Reino de León. Los indígenas son agrupados en los pueblos de San Miguel y el Coecillo, al sur y nororiente respectivamente.
En 1580 León es elevada a la categoría de alcaldía mayor, asignándosela a su jurisdicción un amplio territorio, que comprendía grandes extensiones de los que hoy conforman sus municipios vecinos. Asimismo se decide agrupar a los negros y mulatos en un nuevo pueblo al norte de la villa con lo cual nace lo que en el futuro será el Barrio Arriba. Sus habitantes se dedicaban a la artesanía, otros más a la actividad de la curtiduría, la cual aún es común denominador de la ciudad. A principios del llegan los Juaninos, quienes levantan un templo y un hospital en las cercanías de la villa. Al poblarse sus alrededores nace otro barrio, San Juan de Dios.
La afamada industria zapatera tiene sus inicios en 1645, año en que se documentó la existencia de un artesano zapatero local y de un taller de zapatos perteneciente a un regidor local.<ref>León, la capital del calzado , Velazis.com, México, 2015</ref>
La Orden de la Compañía de Jesús llega a León en 1731 y se les brinda un lugar en el Templo de la Santa Escuela de Cristo (actual Templo del Inmaculado). Al año siguiente allí se comenzaría a venerar el óleo de la Madre Santísima de la Luz, patrona de la ciudad. En 1740 se crea el Beaterio de las Vírgenes Ursulinas, institución de enseñanza para mujeres única en su tipo en América. Estuvo hasta el , ubicada a un costado del Templo de los Ángeles. Actualmente, alberga a la Secundaria Técnica No.1.
En 1787 León pasa a ser una subdelegación de la intendencia de Guanajuato, que es el antecedente del actual estado.
En 1800 se establece un cuartel, en una casa de la plaza mayor para la milicia de la Legión del Príncipe y los Dragones de la Reina.
Época republicana miniaturadeimagen|249x249px|Palacio Municipal de León. Don Ignacio de Obregón en 1808 participa en las reuniones clandestinas de criollos para proponer que pueden gobernar la Nueva España, por las inconformidades con los españoles. El 15 de septiembre de 1810, en Dolores Hidalgo, el cura Miguel Hidalgo y Costilla convoca a hacer frente a los españoles (autoridades) que exiliaron a los reyes. Él es nacido en Corralejo, del actual municipio de Pénjamo que entonces fomaba parte de la Alcaldía Mayor de León. El 4 de octubre enviado por Hidalgo a insurreccionar el centro del país, entra en León el capitán José Rafael de Iriarte. En el mes de diciembre, Félix Calleja arriba con sus tropas y toma represalias contra los simpatizantes del movimiento de Independencia. Para 1817, Francisco Javier Mina ataca sin éxito las fuerzas realistas acuarteladas en el lugar. En 1821, Agustín de Iturbide ocupa la ciudad y expide una proclama para infundir confianza a los europeos.
El 25 de abril de 1833, resiste la ciudad por primera ocasión, una epidemia de cólera. El alumbrado público de petróleo se estableció en León en 1835. 10 de febrero de 1875 se inaugura la Escuela de Instrucción Secundaria, antecedente de la Universidad de Guanajuato. El 13 de diciembre de 1885, José María Yermo y Parres inaugura el Asilo del Sagrado Corazón y la congregación de las Siervas del Sagrado Corazón de Jesús y de los Pobres. En junio de 1888 la ciudad sufre una espantosa inundación, las pérdidas de vidas humanas y la destrucción de 117 manzanas con 2.232 casas, tienen como consecuencia más de 5.000 familias en la miseria, emigración de miles de habitantes y la casi destrucción de la entonces segunda ciudad más populosa del país. En 1896 se inaugura el Arco de la Calzada dedicado a los Héroes Patrios y el que vendría a darle a León el primer símbolo de su identidad.
Se forma el Partido del Centro en 1870 el cual tratara de formar un nuevo estado, el Estado del Centro con León como su capital y con el territorio de la antigua Alcaldía Mayor de León y la región de los Altos de Jalisco, la propuesta no prosperó en el Congreso. Durante 1897 se inaugura el alumbrado eléctrico. En 1914 el primero de agosto, Pascual Orozco toma la plaza con grandes pérdidas de vidas humanas, y arrasa con el comercio y principales industrias, posteriormente los villistas la tomarían, Villa nombra a Abel Serratos gobernador. El 29 de enero del año siguiente, Serratos traslada la capital del estado a León, y desde aquí pretende gobernar la entidad. El 10 de mayo del mismo año, en Guanajuato, Álvaro Obregón determina que los poderes de la entidad deben residir en esa ciudad y desconoce a León como capital del estado. En 1924 se pavimenta la plaza principal. Durante 1926 la ciudad sufre una nueva inundación aunque de menor cuantía que la de 1888.
La generación de energía eléctrica inició en México a fines del . La primera planta generadora que se instaló en el país (1879) estuvo en León, Guanajuato, y era utilizada por la fábrica textil «La Americana». Casi inmediatamente se extendió esta forma de generar electricidad dentro de la producción minera y, marginalmente, para la iluminación residencial y pública.
Época contemporánea thumb|Monumento a la Industria del Calzado.
En la década de 1930 la actividad del zapato empieza a ser la principal de la ciudad, al decaer la rebozeria. Se forma un campo para refugiados polacos en 1943, en la Ex-Hacienda de Santa Rosa. El 2 de enero de 1946, una multitud, reunida ante la casa municipal para protestar por las elecciones que considera fraudulentas, es baleada, muriendo un gran número de personas en la que luego se llamó la Plaza de los Mártires. En 1954 se construye la presa El Palote. A mediados de 1963 se inicia la construcción del Blvd. Adolfo López Mateos como parte de la carretera 45 que une la Ciudad de México con Ciudad Juárez. En 1969 se inaugura la Central de Autobuses de León, hasta entonces los autobuses se detenían en el jardín de la industria (actual Plaza de los Fundadores). En 1978 es inaugurado el zoológico en Ibarrilla e inician operaciones la Universidad Iberoamericana y el Instituto Tecnológico y de Estudios Superiores de Monterrey.
Por su importancia poblacional, económica, comercial, política y de servicios, León es considerada junto con la Cd. de México, Guadalajara, Monterrey y Puebla, dentro de las 5 ciudades más importantes de México.
En 1990 el presidente Carlos Salinas inaugura el Aeropuerto del Bajío en territorios del municipio de Silao.
En 1993 el Parque Metropolitano abre sus puertas, abarcando la Presa del Palote. Al año siguiente es inaugurado el Centro de Ciencias Explora. El 13 de diciembre de 1997 y a consecuencia del fenómeno del Niño, cae una nevada ligera en la ciudad y con el intenso frío del siguiente día, se pierde gran parte de las cosechas agrícolas de invierno. En 2003 Optibus (Sistema Integrado de Trasporte) inicia operaciones con 3 líneas troncales. En 2006 se inaugura la Biblioteca Central Estatal “Wigberto Jiménez Moreno”. En 2008 se inaugura el Museo de Arte e Historia de Guanajuato. En 2010 se inaugura la segunda etapa del SIT, con 2 nuevas rutas Troncales y se inaugura el Teatro del Bicentenario. En 2012 la ciudad es sede de la visita del Papa Benedicto XVI a México.
Los mártires del 2 de enero: crimen de Estado El 2 de enero de 1946 tuvo lugar, durante el sexenio del presidente Manuel Ávila Camacho, un suceso histórico de la ciudad de León, Guanajuato, en el que se cometió un crimen de estado, al ser acribillada por parte de elementos de la policía y del Ejército Mexicano la multitud que se manifestaba pacíficamente afuera de la Presidencia Municipal de León debido a su inconformidad derivada de lo que consideraban un fraude electoral cometido por el Partido de la Revolución Mexicana (PRM), en el que se pretendía imponer al candidato oficial, Ignacio Quiroz, como ganador de la contienda por la alcaldía de esta ciudad.
El candidato designado como futuro presidente de México, Miguel Alemán Valdés, y el presidente impulsaron a pocos días después de la matanza, el 18 de enero de 1946, la transformación del Partido de la Revolución Mexicana (PRM) en el Partido Revolucionario Institucional (PRI).