Dream Theater se formó en septiembre de 1985 cuando el guitarrista John Petrucci y el bajista John Myung decidieron formar una banda en su tiempo libre, mientras estudiaban en el Berklee College of Music en Boston. Se toparon con un baterista de nombre Mike Portnoy en una de las salas de ensayo de Berklee, y después de dos días intentándolo, lograron convencerlo de que se uniera a su banda. El trío se dispuso a llenar los puestos faltantes en la banda, y Petrucci le pidió a su compañero de banda de la preparatoria, Kevin Moore, que tocara los teclados. Él aceptó, y cuando Chris Collins fue reclutado para cantar, la banda estaba completa.

El quinteto acordó el nombre Majesty para su grupo recién formado (un nombre inspirado por la descripción de Portnoy de la sección de cierre del tema "Bastille Day" de Rush).

Durante el día, Portnoy, Petrucci y Myung se las ingeniaban para seguir con sus estudios y a la vez tener algún empleo de tiempo parcial y dar clases. Su agenda se volvió tan apretada que se vieron forzados a tomar una decisión entre lograr una carrera en música y disolver la banda, pero Majesty ganó y los tres dejaron Berklee para concentrarse en su música.

Moore también dejó su universidad, SUNY Fredonia, para concentrarse en la banda.

1986-1990

En noviembre de 1986, después de algunos meses escribiendo y tocando juntos, Chris Collins dejó la banda por diferencias creativas con los otros miembros. Después de un año intentando encontrar un reemplazo, Charlie Dominici, quien era mucho mayor y más experimentado que cualquiera en la banda, superó la audición para entrar en el grupo. Con la estabilidad del compromiso que Dominici trajo a Majesty, empezaron a tocar en más espectáculos tanto dentro como en los alrededores del área de Nueva York, y consiguieron un monto considerable de exposición para una banda que no había lanzando ningún álbum todavía.

Impulsándolos un poco más hacia el éxito, se hizo el lanzamiento en 1986 de una colección de demos conocida hoy como The Majesty Demos. El lote inicial de 1000 unidades se vendió por completo al cabo de seis meses, y copias caseras de casete se esparcieron como fuego descontrolado en la escena del metal progresivo alrededor del mundo. A causa de la devoción de los fans de Dream Theater a través de los años, The Majesty Demos aún están a día de hoy disponibles en su formato original en cinta, a pesar de haber sido lanzados oficialmente en CD a través de YtseJam Records de Mike Portnoy.

Poco tiempo después del lanzamiento de los demos, un grupo de jazz de Las Vegas también llamado Majesty amenazó con acciones legales por infringimiento de propiedad intelectual en relación con el uso de su nombre, así que la banda fue forzada a adoptar un nuevo nombre. Varias posibilidades fueron propuestas y estudiadas, hasta que el padre de Portnoy sugirió el nombre Dream Theater, que era el de un teatro en Monterey, California.

Con nuevo nombre y nuevo cantante, Dream Theater se concentró en escribir más material y dar más conciertos alrededor de New York y estados vecinos, atrayendo finalmente el interés de Mechanic Records, una división de MCA. Dream Theater firmó su primer contrato de grabación con Mechanic en 1988 y se dispuso a lanzar su primer álbum.

When Dream and Day Unite fue lanzado en 1989 con mucha menos fanfarria de lo que banda se esperaba. Mechanic terminó rompiendo la mayoría de las promesas financieras que le habían hecho a Dream Theater antes del firmar el contrato, así que la banda estaba restringida a tocar alrededor de Nueva York. La gira promocional del álbum consistió en solo cinco conciertos, todos de los cuales fueron en New York o Rhode Island.Vea la tourography en MikePortnoy.com para detalles sobre estos conciertos.

Después del cuarto de estos conciertos, Dominici fue despedido a causa de diferencias personales y creativas entre él y el resto de la banda. Poco después, sin embargo, Marillion le pidió a Dream Theater abrir para ellos en un concierto el Ritz en New York, así que a Dominici se le dio la oportunidad de actuar una última vez. Pasarían dos años más antes de que Dream Theater tuviera otro vocalista de tiempo completo.

1991-1994

Luego del despido de Dominici, Dream Theater peleó exitosamente para ser liberado de su contrato con Mechanic, y se dispuso a audicionar vocalistas y a escribir material para su próximo álbum.

A mediado de los 1990s, en un concierto en New York, Dream Theater presentó a su nuevo vocalista, Steve Stone, como su nuevo cantante. Él interpretó solo tres canciones con la banda antes de que fuese despedido por actuar menos que adecuadamente. Pasaron cinco meses antes de que Dream Theater diera otro concierto, esta vez totalmente instrumental, y desde entonces hasta mediados de 1992 no tomaron la tarima del todo.

En vez de eso, dedicaron su tiempo primariamente a audicionar otros vocalistas, mientras continuaban escribiendo y desarrollando más música. Durante este periodo escribieron la mayor parte de la música que luego se convertiría en el álbum Images and Words.

En su búsqueda de un nuevo cantante audicionaron a más de 200 personas, incluyendo al exmiembro de Fates Warning, John Arch, todos rechazados por varias razones. No fue sino hasta finales de 1991, cuando una cinta llegó desde Canadá, que encontrarían a alguien que podría encajar. Kevin James Labrie, de la banda de glam rock Winter Rose, fue llevado inmediatamente a New York para una audición adecuada. LaBrie interpretó tres canciones con la banda, y decidieron contratarlo inmediatamente para llenar el puesto de vocalista vacante por mucho tiempo. Una vez contratado, LaBrie decidió no usar su primer nombre para evitar confusión con el otro Kevin de la banda.

En los meses siguientes, la banda reasumió sus conciertos (aún cerca de New york City mayormente), y trabajó en las líneas vocales para toda la música que habían escrito hasta ese punto. ATCO Records (ahora Eastwest), una división de Elektra Records, fichó a Dream Theater con un contrato de siete álbumes, basados en la fuerza de su reputación y un demo de tres canciones (luego hecho disponible con el nombre de "The ATCO Demos" para el club de fans de Dream Theater).

El primer álbum grabado bajo su nuevo contrato fue Images and Words, que sería lanzado en 1992. La discográfica lanzó un sencillo y un videoclip musical del tema Another Day para promocionarlo, pero ninguno de los dos logró un impacto fuerte en las carteleras o en la radio. Sin embargo, Pull Me Under, logró un alto nivel de exposición en la radio, sin ninguna promoción organizada por la banda o su disquera. En respuesta, ATCO produjo un videoclip de Pull Me Under, que estuvo en rotación fuerte en MTV durante un número de semanas. Un tercer videoclip de "Take the Time" fue producido, pero no fue ni cercanamente tan exitoso como Pull Me Under.

El éxito de Pull Me Under, combinado con una gira incansable por Estados Unidos y Japón, causó que Images and Words alcanzara la certificación de disco de oro en los Estados Unidos y platino en Japón. Le siguió una gira por Europa en 1993, que incluyó un espectáculo en el famoso Marquee jazz club de Londres. Ese espectáculo fue grabado y lanzado como Live at the Marquee, El primer álbum en vivo oficial de Dream Theater. Adicionalmente, una compilación en vídeo de sus conciertos japoneses (mezclado con algunas secuencias estilo documental de la parte fuera de la tarima de la gira) fue lanzado como Images and Words: Live in Tokyo.

Ansiosos de trabajar en material fresco, Dream Theater se retiró al estudio en mayo de 1994. Las sesiones fueron las primeras en las que Dream Theater como un todo escribió música juntos específicamente para un álbum.

Awake, el tercer álbum en estudio de Dream Theater, fue lanzando en octubre de 1994 en una proclamada controversia entre los fans. Poco antes de que el álbum fuese mezclado, Moore anunció al resto de la banda que deseaba concentrarse en sus propios intereses musicales, y que dejaría Dream Theater. Esto golpeó duramente a la banda que había disfrutado de solo dos años de estabilidad después de una primera década tumultuosa, pero a Moore no le interesaba más la vida del músico en giras o el tipo de metal progresivo que Dream Theater interpretaba, así que las dos partes tomaron caminos separados.

Como resultado de esa noticia, la banda tuvo que detenerse para encontrar un tecladista de reemplazo en vez de iniciar una gira directamente.

Por su alto perfil para ese entonces, no tuvieron escasez de músicos de donde escoger. Jens Johansson, quien se convertiría en un miembro de Stratovarius, estuvo entre los nombres más grandes en audicionar, pero no encontraron a nadie apropiado para el puesto hasta que Jordan Rudess fue contactado.

Portnoy y Petrucci vieron a Rudess en la Keyboard Magazine, que le otorgó el premio de "mejor talento nuevo" en su encuesta de lectores de ese año, y lo invitaron a tocar en un concierto de prueba con la banda en el Concrete Foundations Forum en Burbank, California. El concierto estuvo increíblemente bien, y Dream Theater le pidió a Rudess que tomar el puesto de tecladista de manera permanente, pero Dixie Dregs le había pedido ir de gira con ellos al mismo tiempo. Rudess decidió que el compromiso necesario en Dream Theater era mucho para él y para su joven familia, así que el puesto menos intrusivo en las giras de los Dregs fue escogido.

Desilusionados, Dream Theater contrató a Derek Sherinian (cuyo trabajo previo incluía temporadas con Alice Cooper y Kiss) para llenar el puesto en la gira promocional de Awake. Para el cierre de esa gira, la banda decidió tomar a Sherinian como el reemplazo de tiempo completo de Moore.

1995-1998

Los fans alrededor del mundo, unidos a través de la lista de correo electrónico YtseJam, la forma de comunicación más popular entre fans de Dream Theater para ese momento, ejercieron una enorme presión sobre la banda para que publicaran su canción A Change of Seasons. Había sido escrita en 1989 con la intención de incluirla en el álbum Images and Words, pero con casi 17 minutos de longitud fue tachada de muy larga, y puesta en el archivo para una fecha posterior. A pesar de ello, la banda la interpretaba ocasionalmente (con gran recepción) y continuó trabajando en ella en los años siguientes hasta 1995, cuando aún no había señales de que vería la luz del día en un álbum oficial hasta que los fans enviaron una petición a EastWest Records.

La petición fue exitosa, y el grupo entró a BearTrack Studios en New York en abril de 1995 para reescribir y grabar su épico, que ahora era de más de 23 minutos de largo. Sería la primera contribución de Sherinian a la banda en lo que a composición se refiere, quien puso un significativo monto de su personalidad en la pista.

Jugaron con varias ideas sobre como diseminar A Change of Seasons, pero finalmente acordaron hacer el lanzamiento como un EP, junto con una colección de covers adicionales grabados en vivo en el "Uncovered Show", concierto dado para los fanes en el "Ronnie Scott Jazz Club".

Después de una corta gira "one-off" de conciertos para promocionar A Change of Seasons, Dream Theater se tomó un descanso por algunos meses. Lograron sin embargo mantenerse ocupados, lanzando un CD especial de Navidad a través de su club de fans oficial que contenía algunas pistas en vivo poco comunes grabadas en los primeros años de existencia de la banda. Continuarían con esta tradición hasta el 2005, lanzando un nuevo CD todas las navidades.Nueve CD de navidad fueron lanzados a través del club de fans de Dream Theater antes de que fuese cerrado en el 2005. Vea DTIFC en Dream Theater.net.

El descanso también incluyó trabajo individual en algunas composiciones para sus próximas sesiones de composición.