Las elecciones generales de Mozambique de 1999 tuvieron lugar entre el 3 y el 5 de diciembre del mencionado año con el objetivo de renovar la presidencia, así como los 250 escaños de la Asamblea de la República para el período 2000-2005. Fueron las segundas elecciones desde el final de la guerra civil y los segundos comicios libres que tenían lugar en el país, así como la cuarta renovación de autoridades desde la independencia.
Esta elección, a diferencia de los anteriores comicios, fue casi puramente bipartidista. El gobernante Frente de Liberación de Mozambique (FRELIMO), presentó al presidente Joaquim Chissano para un segundo y último mandato bajo la reforma constitucional de 1990 (aunque sería su tercer mandato en la práctica). Por su parte, el principal partido de la oposición, la Resistencia Nacional Mozambiqueña (RENAMO), configuró una alianza electoral conocida como Unión Electoral de RENAMO (RENAMO-UE) con varios partidos minoritarios, que aceptaron apoyar a su líder, el exlíder rebelde anticomunista Afonso Dhlakama, como candidato presidencial, a cambio de que se les cedieran puestos en las listas legislativas de la RENAMO. Debido a estos acuerdos, no hubo más candidatos presidenciales que Chissano y Dhlakama, aunque varios partidos presentaron listas para la Asamblea de la República.
Si bien la participación decreció notoriamente con respecto a los anteriores comicios, aumentó significativamente la cantidad de votantes elegibles que se registraron para hacerlo (86%, con respecto al 78% de 1994). La elección, que debía realizarse entre el 3 y el 4 de diciembre, se extendió al día 5 debido al mal clima, y en algunos centros la misma no llegó a realizarse en absoluto. Los resultados fueron publicados por la Comisión Nacional Electoral el 22 de diciembre, luego de varios retrasos. Chissano obtuvo una muy estrecha victoria con el 52.29% de los votos contra el 47.71% de Dhlakama, mientras que el FRELIMO retuvo por escaso margen la mayoría en la Asamblea de la República con 133 escaños contra 117 de la coalición de la RENAMO, sin que ninguno de los demás partidos obtuviera escaños.Elections in Mozambique African elections database Inter Parliamentary Union - Mozambique, 1999 El resultado, además de denotar una profunda polarización política, fue muy divisivo geográficamente. Chissano triunfó en la totalidad de las provincias del sur, mientras que Dhlakama se impuso en casi todo el norte, menos en Cabo Delgado, donde venció el FRELIMO por holgado margen.
Dhlakama, que había rechazado su derrota en 1994 pero fue posteriormente forzado a aceptarla, se negó por segunda vez a reconocer los resultados y declaró que los desafiaría, exigiendo un recuento. Pese a que la Corte Suprema y los observadores internacionales convalidaron los resultados, la RENAMO se negó a reconocer el triunfo de Chissano y boicoteó su juramentación, aunque sus diputados sí prestaron juramento. Habiendo triunfado en seis de las once provincias, la RENAMO exigió al gobierno de Chissano que designara gobernadores de su partido para dichos distritos, pero el FRELIMO se negó a hacerlo, argumentando que tal prerrogativa correspondía al presidente. EISA - Mozambican election, 1999
Antecedentes El resultado de las elecciones de 1994, realizadas después de los Acuerdos de Paz entre el gobernante Frente de Liberación de Mozambique (FRELIMO) y la guerrilla insurgente denominada Resistencia Nacional Mozambiqueña (RENAMO), fue profundamente cuestionado por los grupos opositores, en especial por la misma RENAMO, cuyo candidato Afonso Dhlakama desreconoció inicialmente su derrota ante el presidente Joaquim Chissano. La intensa presión internacional para evitar que la RENAMO retornara a la actividad armada tras su derrota electoral, como sucedió en Angola (con la UNITA manteniendo la guerra civil hasta 2002), así como la consciencia interna de gran parte de la RENAMO del escaso apoyo popular con el que contaba una revuelta armada, llevó a que Dhlakama aceptara el resultado electoral con posterioridad, pese a considerarlo un "fraude electoral abierto". Mozambican elections throw in doubt, The New York Times, 28 de octubre de 1994 IPU - Mozambique, 1994 La observación internacional, así como la Operación de las Naciones Unidas en Mozambique (ONUMOZ), declararon que, si bien se habían reportado irregularidades, ninguna de estas había sido lo suficientemente grave como para afectar la credibilidad de las elecciones. La ONUMOZ retiró sus tropas de Mozambique el 31 de enero de 1995, poco antes de asumir Chissano su primer mandato democrático.
Durante el gobierno de Chissano, la persistente desconfianza política entre el oficialismo y la recientemente legalizada oposición eclipsó la mayoría de los debates apremiantes, como la crisis económica que afectaba al país tras el final de la guerra civil (particularmente la inflación), así como el traumático trance que enfrentaba el estado mozambiqueño al pasar de una economía planificada fuertemente centralizada a un sistema de libre mercado. Las condiciones climáticas, al mismo tiempo, eran también desfavorables, produciéndose inundaciones constantes. Sin embargo, al finalizar la década de 1990, casi tres millones de personas, aproximadamente el 15% de los ciudadanos mozambiqueños, habían dejado de vivir bajo la línea de "pobreza extrema", y el país alcanzó una tasa de crecimiento económico del 8%. Además, la tasa de mortalidad infantil para niños menores de cinco años disminuyó en un 35% y hubo un aumento del 65% en la asistencia a la escuela primaria.Taylor, Steve (10 December 2012) Can Meditation Change the World? The amazing story of the 'meditating president Psychology Today, accessed 31 December 2012 El 30 de junio de 1998, tuvieron lugar las primeras elecciones municipales libres, que la RENAMO boicoteó denunciando fraude, dando como resultado que la participación no superara el 15%, y que el FRELIMO se quedara con las 33 alcaldías en disputa y casi la totalidad de los concejales. A pesar de estos incidentes, el gobierno del FRELIMO seguía siendo popular y se preveía que conservaría fácilmente el gobierno en las siguientes elecciones. Mozambique elige presidente, El País, 3 de diciembre de 1999
De cara a las siguientes elecciones y a pesar de las dificultades, numerosos analistas políticos elogiaron el desarrollo de los acuerdos de paz en Mozambique, en comparativa con el fracaso de otros acuerdos similares entre gobiernos africanos y grupos insurgentes, como el angoleño. Aunque la RENAMO y el FRELIMO mantenían diversas tensiones, la posibilidad del estallido de un segundo conflicto bélico se veía remota. Uno de los principales motivos para esto probablemente fuera el agotamiento de la población después de casi tres décadas de violencia política continua entre la guerra de independencia y la insurgencia de la RENAMO. Tras los acuerdos de paz, aunque se preveía que los soldados de la RENAMO y el FRELIMO se integraran en un ejército combinado de 92.000 soldados, gran parte de los mismos abandonaron la vida militar, y las fuerzas armadas resultantes solo estaban compuestas por 30.000 hombres, de los cuales solo 10.000 se habían presentado como voluntarios después de la guerra. En el año 1997, una investigación realizada por la Organización de las Naciones Unidas determinó que un 85% de los antiguos soldados de la guerra de independencia y la guerra civil vivía ahora una vida laboral civil, sobre todo como trabajadores rurales, y un 95% respondió que no retornaría a la batalla si estallara una segunda guerra civil. Varios analistas afirmaron que, aunque Mozambique competía por el puesto de la nación más pobre del mundo, eso paradójicamente podía resultar positivo para el proceso de paz, pues al carecer el país de minerales valiosos o recursos económicos naturales de importancia, existían pocos motivos ajenos a la violencia política que motivaran un enfrentamiento. Peace Reigns, So Mozambique Faces Its Poverty, The New York Times, 3 de diciembre de 1999
Candidaturas FRELIMO center|100x100px|link=Frente de Liberación de Mozambique Candidatura del FRELIMO de 1999 para presidente 250px Presidente de la República(1986-2000)</small> El Frente de Liberación de Mozambique (conocido mayormente bajo su acrónimo FRELIMO), partido único hasta 1990, había consolidado políticamente su hegemonía política después de ganar ampliamente las primeras elecciones libres de la historia del país, demostrando su capacidad de preservar su competitividad en el marco de un régimen democrático. Asimismo su líder, el presidente Joaquim Chissano, había resistido exitosamente su liderazgo personal sobre el partido durante la década de 1990, teniendo prácticamente asegurada la candidatura presidencial para un segundo mandato en 1999. A pesar de esto, la candidatura de Chissano no estuvo exenta de debate debido a que cierto sector de su partido, compuesto por grupos nacionalistas, izquierdistas, y tradicionalistas, consideraban que las reformas impulsadas por Chissano para llevar al país a una economía de libre mercado estaban yendo demasiado lejos, siendo uno de sus principales opositores internos Armando Guebuza.
RENAMO center|250px|link=Resistencia Nacional Mozambiqueña Candidatura de la RENAMO de 1999 para presidente 250px Presidente del Gobierno Nacional de Resistencia de Mozambique(1979-1992)</small> A pesar de su intento de boicot a las elecciones, levantado a último momento, y su escasa popularidad ante el público por los crímenes de lesa humanidad cometidos durante la guerra civil, la Resistencia Nacional Mozambiqueña (RENAMO), había logrado obtener más de un tercio de los votos y los escaños parlamentarios en las anteriores elecciones, y su líder desde 1979, Afonso Dhlakama, era visto como el principal competidor contra Chissano. Aunque un importante sector de su partido se oponía a su discurso belicista, Dhlakama realmente carecía de opositores internos y tanto dentro como por fuera de la fuerza política se le conocía como "la personifiación misma de la RENAMO". RENAMO depois de Dhlakama: Coesão ou cisões?, DW, 14 de mayo de 2018 La mayoría de los demás partidos de la oposición, que habían obtenido muy magros resultados ante la polarización entre el FRELIMO y la RENAMO, optaron por apoyar la candidatura de Dhlakama a la presidencia de la república en las elecciones de 1999.
El 16 de julio de 1999, la RENAMO y otros seis partidos minoritarios: el Movimiento Nacionalista Mozambiqueño (MONAMO), el Partido de Convención Nacional, el Partido de la Unidad Nacional (PUN), el Frente de Acción Patriótica (FAP), el Partido Popular de Mozambique (PPM), y el Frente Unido de Mozambique (FUMO), acordaron formar una coalición electoral, que se denominó simplemente "Unión Electoral de la Resistencia Nacional Mozambiqueña", abreviado como RENAMO-UE. Todos los partidos acordaron utilizar la simbología y la bandera de la RENAMO durante la campaña electoral a cambio de obtener lugares en las listas legislativas del partido.
Organización y sistema electoral Los comicios presidenciales y parlamentarios se realizaron bajo constitución mozambiqueña de 1990 y la ley electoral aprobada el 28 de diciembre de 1993, empleada también para las anteriores elecciones, sin que se realizaran modificaciones a la misma. La ley electoral estipulaba lo siguiente: IPU - Mozambique, Electoral System
El presidente de la República de Mozambique es elegido directamente bajo sufragio universal y secreto por mayoría absoluta de votos para un mandato de cinco años, con posibilidad de una sola reelección inmediata. Si ningún candidato obtiene el 50% más uno de los votos en la primera vuelta electoral, se debe realizar una segunda vuelta electoral de desempate entre los dos candidatos que hayan recibido la mayor cantidad de votos, en la cual el más votado resultará electo. El presidente designará al primer ministro, así como a los once gobernadores de las diez provincias y la ciudad de Maputo.