La historia de la ciencia en Honduras describe la suerte de los investigadores e instituciones científicas de ese país y la producción científica útiles al saber y a la tecnología.
En la actualidad, la república de Honduras cuenta con alrededor de 500 científicos entre los que se encuentran: Salvador Moncada, Marco Tulio Medina, Cirilo Nelson, María Elena Botazzi, Gustavo Fontecha, Gustavo Pérez Munguía, Anabel Ferrera, entre otros.
Ciencia en la Honduras precolombina
thumb|220px|Numeración maya. Por los descubrimientos arqueológicos en Honduras, se puede establecer que los habitantes precolombinos de lo que hoy comprende el territorio hondureño, tenían muchos conocimentos científicos, entre ellos podemos mencionar los siguientes:
Uso del fuego, la arcilla, las plantas, entre otros elementos de la naturaleza, comprendiéndose así que tales utilizaciones debieron producirse previa observación de los mismos y de la divulgación ancestral. Arquitectura, en la construcción de la ciudad de Copán, construida por la civilización mayas y que entre sus vestigios arqueológicos se ha encontrado que usaban procedimientos quirúrgicos prehistóricos tanto en la salud, como en la estética; como ser en la odontología la implantación de métales entre los dientes y la práctica de aplastamiento del cráneo, entre otras cosas. Aritmética, la civilización maya utilizó el número "Cero", creado alrededor del año 36 a. C., antes que las civilizaciones europeas, el cero tenía su propio símbolo y formaba parte de la Numeración maya. Comercio y rutas comerciales; Calendarización de los días y periodización del ciclo lunar y solar que realizaban en su celebré astronomía rudimentaría para observar los astros, haciendo patente un amplio conocimiento de la ubicación y movimiento de los mismos, cuya comparación con la calendrización moderna no tiene diferencia alguna; Observatorio Astronómico Maya de Copán: Era uno de los sitios destinados a la observación de los astros, usado para entre otras cosas ver la aparición de Venus y del Sol, las fases lunares, debido a esto su calendario era lunar y les permitía saber cuando era el mejor momento para la siembra, y la realizar sus rituáles sobre agricultura, purificación y fertilidad. Cocina y preparación de bebidas: Entre las comidas más destacadas podemos mencionar el maíz nixtamalizado o tortillas, los frijoles, tamales y las distintas especies de animales y peces. Además utilizban remedios naturales realizados con plantas, raíces, etc. utilizados como medicamentos.
Ciencias Médicas
thumb|60px|Báculo de Asclepio, símbolo de la Medicina. Con la llegada de los conquistadores y colonizadores españoles, se trajeron a América conocimientos de medicamentos europeos, y con la fundación de escuelas y universidades se implementó y priorizó la carrera de medicina como fundamental para el continente americano. Estos médicos debían de tener conocimientos tanto en medicina, como en botánica para la elaboración de sus medicamentos, debido a que se encontraban a miles de kilómetros de los centros de abastecimiento medicinal y bóticas europeas. Se sabe por la historia cronológica que en 1525 el Marqués del Valle, organizó una expedición al territorio hondureño conocido por aquel entonces y de la cual formaron parte el médico Pedro López, el boticario Br. Escobar y el cirujano Diego de Pedraza. Entre otras misiones médicas españolas, como la del doctor Francisco Javier Balmis en el , no abarcaban toda América y a su población. Sin olvidar aquellos naturistas y biólogos que realizaban sus experimentación fáctica en el nuevo continente con sus conocimientos de la vieja y antigua escuela naturista. Uno de los grandes exponentes hondureños del es el doctor Francisco Cruz Castro, quien aparte de haber sido Presidente de Honduras de sus investigaciones publicó en 1867 su obra Botica del pueblo editada en la ciudad de Comayagua en su primera edición, un libro de remedios caseros. De los mencionados sitios e ingredientes de la obra naturista Botica del pueblo el abogado y literato Alberto de Jesús Membreño quien también fue Presidente de Honduras interinamente, publicó Hondureñismos Vocabulario de los provincionalismos de Honduras en 1897 y cuya base investigadora reflejó un gran alcance en el compendio médico naturista y geográfico de la república Centroamericana.
Médicos extranjeros practicantes en Honduras en el y , José María Ledesma cirujano radicado en Trujillo ejerció en el Hospital La Concepción en 1770. Joseph Hoyle (cirujano inglés) radicado también en Trujillo en 1797. El británico Thomas Riss que estuvo en la dirección del Hospital San Juan de Dios, de Comayagua y en 1822 le sustituyó Carlos Joaquín Herrera, cirujano Real procedente de la Universidad de San Marcos de Quito (Ecuador) y que fue director del Hospital San Juan de Dios de Comayagua, en 1825 son fundadas las Juntas de Sanidad en Honduras; el doctor Manuel Feliciano Peña, salvadoreño establecido en 1820 en Honduras.
Mientras existía el hervor nacionalista y liberal en el recién Estado de Honduras en el , el general Francisco Morazán, contó entre sus filas del Ejército Aliado Protector de la Ley con los siguientes médicos Pedro Francisco de La Rocha, Joaquín García, José Guerra, Jean-Baptiste Fauconnier,Jean-Baptiste Fauconnier, francés, Doctor en Medicina de la Universidad de París. Louis GibourdelLouis Gibourdel, francés cirujano mayor del Ejército morazanista, falleció en combate. y José Silverio García Díaz, entre otros galenos extranjeros. El coronel y doctor José Silverio García Díaz, de Santa Rosa de Copán luchó en el occidente de Honduras cuando apareció un brote de cólera morbus, éste médico local y empírico, aprovechó las costumbres y díchos de personas mayores para erradicar un mal que causó muchas muertes en ese siglo.
El médico y cirujano hondureño Joaquín DíazDoctor Joaquín Díaz, Honduras 1843 - 1892. realizó su Bachillerato en León, Nicaragua, después fue graduado de médico y cirujano por la Universidad de Guatemala, ejerció bajo al protomedicato en el gobierno del capitán general José María Medina, siendo uno de los pocos galenos nacionales a mediados del y que llegó a ser Decano interino de la Facultad de Medicina de Honduras.
El doctor Carlos Ernesto Bernhard (alemán) quien además de ser rector de la Universidad Nacional, fue primer décano de la Facultad de Ciencias Médicas (UNAH) recién creada el 14 de febrero de 1882, el primer médico graduado de la universidad hondureña, fue Julián Baires en el año 1888. La Facultad de Odontología (UNAH) fue fundada hasta el 3 de julio de 1952, la Facultad de Ciencias Químicas y Farmacia (UNAH) en 1930. Para hacerlo saber, en la ciudad de Santa Rosa de Copán la Universidad Nacional de Occidente contó con una Facultad de Medicina, la que no consiguió su fin ya que la localidad no contaba con hospital donde realizar prácticas.
Para 1887 entonces en la presidencia el general Luis Bográn, éste encomendó al didácta Ramón Antonio Vallejo BustilloSacerdote y abogado Ramón Antonio Vallejo Bustillo, (1844-1914) fundador del Archivo Nacional de Honduras y la Biblioteca Nacional Juan Ramón Molina. para que realizase un Censo General de la República de Honduras, el cual fue levantado un 15 de junio de ese mismo año, de los trece departamentos existentes (excluyéndose la Mosquitía) se reflejaba a Honduras como una nación pobre, con solo 22 ciudades, 9 villas, 179 pueblos, 679 aldeas, 427 caseríos, y 56 737 casas; con una población de 331 917 habitantes, de los cuales 263 045 eran ladinos, 68 272 indígenas; el 95 % era analfabeta, con solo 2 dentistas, 15 farmacéuticos, 16 ingenieros, 68 eclesiásticos, 80 médicos, 105 abogados y 410 profesores, con respecto a 30 639 labradores, 23 253 jornaleros, 16 561 costureras, 9227 lavanderas, etc. asimismo arrojando cuales eran los departamentos más ricos: Tegucigalpa, El Paraíso, Santa Bárbara y Olancho.Vallejo. Ramón Antonio. Primer Anuario Estadístico de la República de Honduras correspondiente al año de 1887. Tegucigalpa. Dirección General de Estadísticas y Censos de Honduras. 1889
La modernización de lo que es el aparato gubernamental de la república de Honduras y sus órganos dependientes, se realizó a mediados del , el país Centroamericano priorizando metas tenía su deuda internacional saldada, contaba con un Banco Central, la Universidad Nacional de Honduras ya era "Autónoma"; los maestros se especializaban en la Escuela Superior del Profesorado Francisco Morazán actual Universidad Pedagógica, los médicos contaban con que los hospitales se convertían en modernos centros asistenciales, asimismo en 1957 se consensuaba una Ley del Seguro Social de Honduras a partir de la masiva y exitosa Huelga de Honduras de 1954 es que la administración toma cartas en el asunto del amparo de los trabajadores y en 1959 se crea el Instituto Hondureño de Seguridad Social.
La Medicina Natural se ha conocido en Honduras tanto desde tiempos precolombinos como también por lo importado por los europeos.Rivas, Ramón D. Pueblos indígenas y garífuna de Honduras, Editorial Guaymuras, Tegucigalpa, Honduras, 2000. ISBN 99926-15-53-2 En el país se establecieron las primeras clínicas de medicina natural a partir de la década de los sesenta, -después de la Reforma Agraria- con la cual partieron con el conocimiento y bondades curativas de las plantas naturales, las cuales han servido a la gran cantidad de población pobre que no puede costearse una visita con un médico especialista, un diagnóstico y posterior un tratamiento clínico; es así que, las populares expendios medicinales naturales han logrado colarse en el mercado hondureño y mundial, a través de su accesible y económica adquisición.El Heraldo (Honduras), Artículo: Procesan y envasan medicina natural para pacientes pobres. La Tribuna (Honduras), Artículo: Por falta de pisto hondureños reviven fe en medicina natural.
En la década de los noventa, se publicó en Honduras el libro Manual Popular de las 50 plantas medicinales de Honduras, compilado por Paul House (CIIR-UNAH), Sonia Lagos-Witte (UNAH-Dirección de Investigación Científica) y Corina Torres (UNAH-Departamento de Biología), obra de carácter popular que demostraba los verdaderos poderes sanadores de la flora nacional.
Sír Salvador Moncada único hondureño nominado a un Premio Nobel en Medicina y a su vez premiado con el Premio Príncipe de Asturias por sus aportes científicos. El doctor Moncada es Miembro de la Sociedad Científica de Gran Bretaña y a su vez catedrático.miniaturadeimagen|239x239px|Doctor Sir. Salvador Moncada. Marco Tulio Medina Médico premiado con el Premio a la Investigación científica UNAH (2011), Premio a la Investigación Científica Rotary International Club Tegucigalpa (2009) y Premio Doctor Salvador Moncada a la investigación (2006). thumb|Doctor Marco Tulio Medina, prominente investigador. El doctor Hérnan Corrales PadillaHérnan Corrales Padilla, nació en Choluteca el 30 de agosto de 1924 - falleció 16 de enero de 1999. médico e investigador que realizó el "tratado de dermatología" útil compendio para el estudio de las enfermedades en la piel, además fue presidente del Partido Demócrata Cristiano (Honduras) y candidato oficial presidencial, por el mismo. El doctor Enrique Aguilar Paz CerratoEnrique Aguilar Paz Cerrato, nació en Pespire, Choluteca el 5 de marzo de 1931. fue uno de los mejores especialistas en otorrinolaringología en el país, fue además Ministro de Salud. thumb|Doctor en biología Roberto A. Dabdoub, en su laboratorio.