miniaturadeimagen|Reproducción de una bandera utilizada por "Los Cristeros"
La historia de la Iglesia católica en México comienza con la Conquista en la cual fueron sustituidas las antiguas prácticas religiosas de carácter politeísta, propias de las culturas ancestrales que poblaron el México antiguo, por los dogmas católicos y el idioma español a partir del cual se fusionaron varias creencias hasta crear un sincretismo religioso único en el mundo.
La Iglesia católica fue la institución más influyente después del gobierno español en la época del virreinato normando la moralidad y la vida diaria de los novohispanos y siendo parte de la historia negra de la inquisición española.
Durante la independencia, la religión fue parte de la lucha, al ser enarbolado el símbolo católico más importante de México La Virgen de Guadalupe, por el considerado iniciador de la guerra y padre de la Patria Miguel Hidalgo y Costilla. Al finalizar la guerra, Iglesia y Estado de comenzarían unidos en el México independiente y tras los desastrosos experimentos de gobierno, la promulgación de la Constitución Política de 1857 y las Leyes de Reforma, marcan la separación definitiva de la Iglesia y el gobierno, surgiendo así uno de los primeros países laicos de Latinoamérica.
El porfiriato fue una época de pacificación ante la constante hostilidad entre las facciones liberales y las conservadoras de corte católico que caracterizaron al , pero el estallido de la Revolución extendió un alto grado de anticatolicismo por diversas regiones del país culminando con la promulgación de la Constitución de 1917 que limitaría en gran medida las actividades de la grey católica, al grado que se le desconoció personalidad jurídica a esta y se consagró la libertad de culto por esta carta magna. Las disposiciones en contra de la Iglesia católica, aumentaron las tensiones entre los católicos más radicales hasta dar inicio a la guerra cristera como extensión de la revolución hasta agotarse ambos bandos y acordar la paz en el llamado modus vivendi.
Las relaciones entre la Iglesia y el estado se reestablecieron oficialmente hasta 1993, en que el gobierno de Carlos Salinas reconoció permanentemente la personalidad jurídica de todas las religiones establecidas en México, pero cuya reforma iba principalmente dirigida a la iglesia mayoritaria en el país. Se cuenta desde entonces con misiones diplomáticas entre México y la Santa Sede y visitas mutuas entre los jefes de Estado entre las que se cuentan las visitas de tres papas al país.
Conquista espiritual de México
miniaturadeimagen|Los tlaxcaltecas fueron el primer pueblo indígena mexicano que fue sometido voluntariamente al cristianismo. Durante la conquista, los españoles aplicaron una política de doble conquista, la militar, con lo que eran sometidos los antiguos pueblos indígenas al control español y la conquista espiritual, es decir, la conversión de los nativos al cristianismo. Cuando los españoles se embarcaron en la exploración y conquista de México, un sacerdote católico acompañó la expedición de Hernán Cortes. Los españoles se asombraron de las prácticas rituales de sacrificios humanos como parte de sus costumbres religiosas, y en un principio trataron de suprimir este práctica, pero solo pudieron eliminarla por completo hasta que consiguieron la conquista total del imperio azteca. miniaturadeimagen|Hernán Cortés introduciendo el cristianismo, parte del Lienzo de Tlaxcala. Los tlaxcaltecas fueron un pueblo aliado de los españoles en la conquista y ellos serían el primer pueblo que se sometió al cristianismo en su totalidad apenas se logró la alianza con ellos, bautizándose los cuatro caciques que dirigían la antigua República de Tlaxcala y cambiando sus nombres indígenas por nombres cristianos fungiendo como padrinos los mismos conquistadores. Pero sería hasta la caída de la ciudad de Tenochtitlán en 1521 cuando se comenzó la conversión a gran escala de las poblaciones indígenas a la nueva religión.
El patronato real A fin de justificar la conquista de los territorios americanos descubiertos por los españoles y posteriormente por los portugueses, se utilizó el pretexto de pretender convertir a la religión católica a todos los nativos americanos siéndoles concedidos por el papa Alejandro VI (de origen español) los territorios descubiertos para este fin, y concediéndoles privilegios al monarca español para nombrar candidatos para los altos cargos eclesiásticos, el cobro de diezmos y el apoyo del clero a la monarquía, pero sin poder influir en la doctrina, el dogma y la enseñanza de la iglesia. A esta autorización del papado hacia la monarquía española se le conoció como Patronato real., los aztecas fueron un imperio que cayo con la conquista de México en 1521 y no obstante la caída provocó la llegada del cristianismo a México.
Las primeras evangelizaciones indígenas miniaturadeimagen|Pintura mural indígena en el Exconvento de Huejotzingo que representa a seis de los doce primeros franciscanos misioneros en la Nueva España|alt=HuejotzingoPuebla ohs094.jpg Una vez terminada la conquista, los españoles se dieron a la tarea de la organización de los enormes territorios conquistados incluyendo la evangelización de los indígenas. Ante la ausencia de un clero diocesano y una jerarquía en estas tierras, Cortés solicitó a la corona que llegaran misioneros de las órdenes mendicantes para establecerse en la Nueva España y emprender la misión evangelizadora del pueblo conquistado. Los primeros misioneros en llegar fueron doce misioneros franciscanos en 1524, le siguieron la orden de los dominicos en 1526 y posteriormente la orden de los agustinos en 1533.miniaturadeimagen|267x267px|El Padre nuestro en forma de jeroglíficos que los frailes misioneros usaron para evangelizar a los indígenas.Al principio, los frailes mendicantes no funcionaban como párrocos ni podían administrar los sacramentos, pero posteriormente se les dio un permiso especial para cumplir esta función. Los franciscanos, que fueron la primera orden que llegó a México, se instalaron en las comunidades centrales del virreinato y las más densamente pobladas instalando unas bases conocidas como "Doctrinas" para que se instalaran permanentemente los frailes y dedicarse a construir iglesias en su región, muy frecuentemente estos centros de conversión se instalaban sobre las ruinas de los antiguos templos indígenas por lo que los terrenos eran vistos como tierra sagrada para los pueblos y los frailes eran vistos con buenos ojos.
Debido al pequeño número de evangelizadores mendicantes y el gran número de indígenas por convertir al cristianismo, existían muchas poblaciones menores en los alrededores de las principales poblaciones en las que no existían sacerdotes residentes en el lugar, por lo que estos eran visitados con cierta frecuencia para administrar los sacramentos, principalmente el bautismo, la confesión y el matrimonio. En los pueblos del valle de México existía una larga tradición prehispánica de ciudades-estado debido a las guerras y conquistas, porque la adición de los dioses cristianos parecía similar a lo ocurrido anteriormente y los nuevos "dioses" serían incorporados a su panteón particular.
miniaturadeimagen|Niños Mártires de Tlaxcala, asesinados durante los primeros años de evangelización por considerarlos traidores a las creencias antiguas Muchos indígenas adultos no pudieron resistir la conversión al cristianismo, los sacerdotes antiguos fueron desplazados y los templos fueron transformados en iglesias cristianas. La estrategia de las órdenes mendicantes fue convertir inicialmente a las familias nobles o principales de cada pueblo, con objeto de que estas fueran un ejemplo a seguir para que se convirtieran el resto de los indígenas. También los jóvenes que aun no se habían educado en las creencias paganas fueron el objetivo de los religiosos. En Tlaxcala, algunos conversos jóvenes fueron asesinados por su propia gente al considerarlos traidores a su religión indígena y más tarde mostrados como mártires de la fe y de la evangelización temprana.
Otro caso importante se dio en Texcoco, con el noble acolhua don Carlos Ometochtzin, quien fue acusado y condenado por sedición por la inquisición apostólica (la formada por un obispo, en este caso Zumárraga para atender asuntos inquisitoriales) y el obispo lo mandó a ejecutar en 1536. Su ejecución provocó una llamada de atención por parte de la corona hacia el obispo don Juan de Zumárraga, y el establecimiento formal de un tribunal inquisitorial en México a partir de 1571, sin embargo, los indios estaban exentos de ser juzgados por este tribunal. Por entonces existía la preocupación de que los indígenas no fueran adoctrinados suficientemente en las creencias católicas ya que a los ojos de iglesia y en el marco jurídico español, los indios eran como menores de edad.
Época colonial Primer concilio provincial Mexicano En 1536, se estableció el Colegio de Santa Cruz de Tlatelolco, patrocinado por el virrey Antonio de Mendoza y el arzobispo Juan de Zumárraga, con el objetivo de formar sacerdotes indígenas. Sin embargo, los franciscanos que impartían clases en este lugar, llegaron a la conclusión de que los indígenas si bien si podían llegar a alcanzar grados académicos, no podían imitar las virtudes que caracterizaban a la vida austera de un fraile franciscano.
En 1555, el Primer Concilio Provincial Mexicano prohibió la ordenación de indígenas al sacerdocio. El fracaso en la creación de un clero cristiano compuesto por hombres indígenas ha sido considerado uno de los mayores fracasos de la Iglesia católica en México. Tras la prohibición, el sacerdote era siempre un español (y, en épocas posteriores, alguien considerado como tal). La autoridad religiosa de mayor rango dentro de los pueblos indígenas era el fiscal, un noble indígena que auxiliaba al sacerdote en los asuntos de la iglesia.
El Colegio continuó funcionando durante varias décadas más, y algunos de sus alumnos más destacados participaron en el proyecto de Bernardino de Sahagún para recopilar información sobre los mexicas prehispánicos con el fin de hacer más eficaz la evangelización cristiana. Su obra monumental de doce volúmenes, la Historia general de las cosas de Nueva España, concluida en la década de 1570 y publicada en inglés con el título Florentine Codex, constituye uno de los mayores logros intelectuales del primer periodo colonial.
Impuestos papales Los monarcas Habsburgo desde el cobraban en España el impuesto conocido como "Las tres gracias", que eran concedidas por el papa y que consistían en la bula de cruzada, el excusado y el subsidio. Estas contribuciones surgidas durante la época de los reyes católicos para sufragar los gastos de la guerra de reconquista contra los musulmanes, fueron extendidos por Felipe II a las Américas, a las cuales se les tenía que sumar además las tercias reales y los novenos.
Guerra de Independencia miniaturadeimagen|200px|El padre de la patria Miguel Hidalgo y Costilla pintado por José Clemente Orozco