miniatura|200px|Aficionados del Sevilla, en los alrededores del estadio el día de la final. Durante las celebraciones del título, las pelucas y faldas escocesas fueron constantes entre aficionados y los propios jugadores del Sevilla. La Copa de la UEFA 2006-07 se disputó entre julio de 2006 y mayo de 2007, con la participación total de 155 equipos distintos, representantes de 52 federaciones nacionales afiliadas a la UEFA.
Para clasificarse definitivamente a la fase final de la competición se disputaron dos rondas clasificatorias, que comenzaron el 13 de julio de 2006, donde 32 equipos de entre un total de 99 se unieron a los otros 48 clasificados directamente para la fase final.
La fase final de la competición dio inicio en septiembre de 2006, con 88 equipos compitiendo por el trofeo que retuvo en su poder el Sevilla FC, previamente conseguido tras su victoria en la edición 2005-06.
La final, a partido único, se disputó el 16 de mayo de 2007 en el Estadio Hampden Park de Glasgow, en Escocia, que acogió su primera final de la Copa de la UEFA, aunque anteriormente había acogido hasta un total de tres finales de la Liga de Campeones de la UEFA. En dicha final se enfrentaron dos equipos españoles, algo que ocurría por primera vez en la competición. El Sevilla revalidó el título obtenido en la edición anterior consiguiendo su segundo título consecutivo, siendo el segundo equipo español en lograrlo, tras los títulos en 1985 y 1986 del Real Madrid; y el entrenador sevillista, Juande Ramos fue el primer técnico en imponerse dos años seguidos. El oponente en la final fue el RCD Espanyol, que volvía a una final de la Copa de la UEFA 19 años después de enfrentarse al Bayer Leverkusen, en una final a ida y vuelta que perdió en la tanda de penaltis, después de ganar 3-0 la ida, y perder 0-3 en la vuelta. La historia se repitió para los catalanes, y perdieron por penaltis ante los sevillistas, por un total de 1-3, después de empatar a uno en el partido, y a dos goles al término de la prórroga.
Rondas previas de clasificación Antes de empezar la fase final del torneo, 99 equipos debieron disputar su clasificación en dos rondas previas jugadas durante el verano. 88 de los equipos se clasificaron directamente para alguna de las dos rondas la temporada anterior en sus respectivas ligas, y los otros 11 equipos fueron los ganadores de la última ronda de la Copa Intertoto de la UEFA 2006.
Los 32 equipos que superaron la segunda ronda de clasificación accedieron finalmente a la primera ronda del torneo.
Primera ronda En la primera fase de clasificación jugaron los equipos procedentes de ligas europeas con coeficientes UEFA más bajos, así como dos equipos que ganaron su plaza por su coeficiente de juego limpio de equipos (el SK Brann de Noruega y el KSV Roeselare de Bélgica), y un equipo ganador de una plaza extra otorgada a la liga con mejor coeficiente de juego limpio de ligas (el Gefle IF de Suecia).
En el sorteo realizado en Nyon, Suiza, el 23 de junio de 2006, entraron un total de 70 equipos, divididos en tres zonas geográficas. Las restricciones del sorteo eran que cada equipo se debía enfrentar a otro de su misma zona y a su vez no se podía enfrentar a otro equipo de su mismo país.
Los partidos de ida se disputaron el 13 de julio y los de vuelta el 27 de julio de 2006.
Zona Sur-Mediterráneo Equipo local idaResultadoEquipo visitante idaIdaVueltaNK Varteks 1:3 KF Tirana 1:1 0:2 KS Dinamo Tirana 1:5 CSKA Sofía 0:1 1:4 NK Koper 0:6 Litex Lovech 0:1 0:5 FK Sarajevo 5:0 FC Rànger's 3:0 2:0 HNK Orašje 0:7 NK Domžale 0:2 0:5 Hibernians 1:9 Dinamo Bucarest 0:4 1:5 APOEL Nicosia 7:1 SS Murata 3:1 4:0 NK Rijeka 3:4 AC Omonia 2:2 1:2 Lokomotiv Sofia 3:1 FK Makedonija Skopje 2:0 1:1 FK Vardar 2:7 KSV Roeselare 1:2 Rapid Bucarest 6:0 Sliema Wanderers
Zona Central-Este Equipo local idaResultadoEquipo visitante idaIdaVueltaÚjpest 1:4 Vaduz 0:4 1:0 CSF Zimbru Chisinau 3:2 FK Qarabağ 1:1 (pr)2:1 FC MIKA 1:4 Young Boys 1:3 0:1 Videoton (v.) 2:2 Kairat Almaty 1:0 1:2 Zagłębie Lubin 1:1 (v.) FC Dinamo Minsk 1:1 0:0 FK Karvan 2:0 FC Spartak Trnava1:0 1:0 FC Ameri Tbilisi (v.) 2:2 FC Banants 0:1 2:1 BATE Borisov 3:0 FC Nistru Otaci 2:0 1:0 FC Basel 3:1 FC Tobol 3:1 0:0 FC Artmedia Bratislava 3:2 FC WIT Georgia 2:0 1:2
Zona Norte Equipo local idaResultadoEquipo visitante idaIdaVueltaHJK Helsinki border|20px|Finlandia 2:4 20px|Irlanda Drogheda United (pr)Brøndby IF 20px|Dinamarca 3:1 20px|Islandia Valur Reykjavík Gefle IF 20px|Suecia 1:2 20px|Gales Llanelli AFC Jeunesse Esch 20px|Luxemburgo 0:5 20px|Letonia Skonto FC Åtvidabergs FF 20px|Suecia 7:0 20px|Luxemburgo FC Etzella Ettelbruck FK Ventspils 20px|Letonia 4:1 border|20px|Islas Feroe GÍ Gøta Glentoran FC 20px|Irlanda del Norte 0:2 20px|Noruega SK Brann Randers FC 20px|Dinamarca (v)2:2 20px|Islandia Íþróttabandalag Akraness Portadown FC 20px|Irlanda del Norte 1:4 20px|Lituania FBK Kaunas Rhyl FC 20px|Gales 1:2 20px|Lituania FK Sūduva FC Levadia Tallinn border|20px|Estonia 2:1 border|20px|Finlandia FC Haka Skála ÍF border|20px|Islas Feroe 0:4 20px|Noruega IK Start FC Lyn Oslo 20px|Noruega 1:1(v) border|20px|Estonia FC Flora Tallinn IFK Göteborg 20px|Suecia 0:2 20px|Irlanda del Norte Derry City FCEl Derry City FC es realmente de Irlanda del Norte, pero desde 1985 compite en Irlanda. 0:1
Segunda ronda Los 35 equipos clasificados de la primera ronda se unieron a otros 29 clasificados directamente para la segunda ronda, incluidos los 11 vencedores de la Copa Intertoto de la UEFA 2006, para formar los 32 emparejamientos finales que decidirían los clasificados para la primera fase de la competición.
El sorteo para decidir los partidos se realizó en Nyon el 28 de julio, y siguió el mismo formato que el de la primera fase de clasificación, dividiendo los equipos en zonas geográficas e impidiendo que se enfrentes dos clubes procedentes del mismo país.
Los partidos de ida se disputaron entre el 8 y el 10 de agosto y los de vuelta el 24 de agosto de 2006.
Zona Sur-Mediterráneo Equipo local idaResultadoEquipo visitante idaIdaVueltaAPOEL FC border|20px|Chipre1:2 20px|Turquía Trabzonspor 1:1 0:1 Hapoel Tel-Aviv FC border|20px|Israel 4:2 border|20px|Eslovenia NK Domžale 1:2 3:0 PFC CSKA Sofia border|20px|Bulgaria (v)1:1 Serbia y Montenegro|20px FK Hajduk KulaLa federación de Serbia y Montenegro se disolvió tras la independencia de Montenegro el 3 de junio de 2006, sin embargo los equipos obtienen su clasificación la temporada anterior, por lo que hubo un representante de Serbia y Montenegro, en lugar de uno de Serbia y otro de Montenegro. 0:0 (pr)1:1 KSV Roeselare 18px|Bélgica 2:6 border|20px|Chipre Ethnikos Achnas FC 2:1 0:5 OFK Beograd 20px|Serbia y Montenegro 2:5 20px|Francia AJ Auxerre 1:0 1:5 Dinamo de Bucarest 20px|Rumania 2:1 border|20px|Israel Beitar Jerusalem FC 1:0 1:1 FK Partizan Belgrado 20px|Serbia y Montenegro 3:2 border|20px|Eslovenia NK Maribor 2:1 1:1 FK Sarajevo 20px|Bosnia-Herzegovina 1:2 20px|Rumania Rapid Bucarest 1:0 0:2 Bnei Yehuda Tel-Aviv FC border|20px|Israel 0:6 border|20px|Bulgaria PFC Lokomotiv Sofia 0:2 0:4 AC Omonia border|20px|Chipre 1:2 border|20px|Bulgaria PFC Litex Lovech 0:0 1:2 KF Tirana 20px|Albania 1:5 20px|Turquía Kayserispor 0:2 1:3
Zona Centro-Este Equipo local idaResultadoEquipo visitante idaIdaVueltaFC Artmedia Bratislava border|20px|Eslovaquia5:3 20px|Bielorrusia FC Dinamo Minsk 2:1 3:2 SV Ried 20px|Austria 0:1 18px|Suiza FC Sion 0:0 0:1 Videoton FC Fehérvár 20px|Hungría 1:3 18px|Suiza Grasshopper-Club 1:2 0:2 FK Karvan 20px|Azerbaiyán 0:2 border|20px|República Checa SK Slavia Praha 0:2 0:0 FC Chernomorets Odessa 20px|Ucrania (v)1:1 border|20px|Polonia Wisła Płock 0:0 1:1 FC Basel 18px|Suiza (v)2:2 20px|Liechtenstein FC Vaduz 1:0 1:2 FC Zimbru Chisinau 20px|Moldavia 0:3 20px|Ucrania FC Metalurh Zaporizhya 0:0 0:3 SV Mattersburg 20px|Austria 1:2 border|20px|Polonia Wisła Kraków 1:1 0:1 Hertha BSC Berlin 20px|Alemania 3:2 border|20px|Georgia FC Ameri Tbilisi 1:0 2:2 FC Rubin Kazan border|20px|Rusia 5:0 20px|Bielorrusia BATE Borisov 3:0 2:0 BSC Young Boys 18px|Suiza 3:3(v) 20px|Francia Olympique de Marsella3:3 0:0
Zona Norte Equipo local idaResultadoEquipo visitante idaIdaVueltaIK Start 20px|Noruega(p 11-10)1:1 20px|Irlanda Drogheda United FC 1:0 0:1 Odense BK 20px|Dinamarca 6:1 20px|Gales Llanelli AFC 1:0 5:1 Randers FC 18px|Dinamarca 3:2 20px|Lituania FBK Kaunas 3:1 0:1 FC Twente 20px|Países Bajos 1:2 border|20px|Estonia FC Levadia Tallinn 1:1 0:1 FK Ventspils 20px|Letonia 0:1 border|20px|Inglaterra Newcastle United FC 0:1 0:0 SK Brann 20px|Noruega 4:4(v) 20px|Suecia Åtvidabergs FF 3:3 1:1 Molde FK 20px|Noruega 2:1 20px|Letonia Skonto FC 0:0 2:1 FC Flora Tallinn border|20px|Estonia 0:4 20px|Dinamarca Brøndby IF 0:0 0:4 FK Sūduva 20px|Lituania 2:7 18px|Bélgica Club Brugge KV 0:2 2:5 Gretna FC 20px|Escocia 3:7 20px|Irlanda del Norte Derry City FC 1:5 2:2
Primera Ronda La primera ronda de la competición consistió en emparejamientos a doble partido entre los 80 equipos clasificados finalmente. 32 de ellos lo habían conseguido directamente, otros 32 lo consiguieron en las fases de clasificación previas, y a ellos se unieron los 16 equipos que no consiguieron acceder a la Liga de Campeones de la UEFA en su última ronda de clasificación.
Según el sorteo realizado en Mónaco el día 25 de agosto de 2006, se formaron 40 emparejamientos con cabezas de serie y la restricción de no jugar equipos del mismo país entre sí. La eliminatoria consistió en dos partidos de ida y vuelta, disputados el 14 y el 28 de septiembre, respectivamente.