La historia del Sáhara Occidental está determinada por su vasto e inhóspito territorio. Comienza con el tránsito de las rutas de comercio transahariano por sus oasis y el nomadismo de sus habitantes. En 1499 la corona de Castilla logró soberanía sobre este territorio frente al reino de Portugal, que se materializó en la presencia de pescadores canarios en sus costas. De 1884 a 1976 fue un territorio de ultramar español denominado Sáhara español. Desde el último tercio del se trata de un territorio en disputa entre Marruecos y la RASD marcado por el complejo conflicto del Sahara Occidental.
Período prehispánico
Los trabajos de los arqueólogos Martín Almagro Basch y Julio Martínez Santa Olalla sobre los hallazgos de época neolítica se encuentran depositados en el Museo Arqueológico Nacional.
La creciente desertización del desierto del Sahara, anterior a la introducción del camello (principios del primer milenio), causó el práctico aislamiento de la región. La introducción del dromedario, hacia el siglo , supuso una revolución en la ganadería y en las comunicaciones a través del desierto, de modo que el territorio del actual Sáhara Occidental se convirtió en parte de una de las principales rutas de comercio del mundo, transportando sal y oro entre el norte de África y África occidental.
Los habitantes del Sahara Occidental pertenecen al pueblo Gitul y, según las fuentes de la época romana, la región estaba habitada por este pueblo, además de la presencia de tribus bereberes. La herencia de los bereberes todavía se puede encontrar en sus características y los nombres de sus ubicaciones geográficas y de sus tribus.Sin embargo, otras fuentes confirman que los primeros habitantes del territorio pudieron pertenecer a Alpavor y se establecieron posteriormente en el pueblo Alserereon. Otra hipótesis es que los bafour se asentaron en la región más tarde y terminaron aprendiendo el idioma amazig, fusionándose también con los pueblos indígenas de la región, para convertirse, como resultado de muchas mezclas, en miembros de la tribu árabe Beni Hassan.
Edad Media thumb|250px|Imperio almorávide, siglos .
La llegada del islam a la región en el jugó un papel importante en el desarrollo del norte de África, especialmente en el campo comercial. La lejanía del califato facilitó la independencia de la región. Los almorávides, un grupo de estrictos intérpretes del Corán, surgidos en esta región, controlaron (1053-1147) el norte de África e incluso al-Ándalus, al otro lado del estrecho de Gibraltar. La región del Sahara Occidental se desarrolló y se convirtió en una de las principales rutas de caravanas, siendo la más importante la ruta entre Marrakech en Marruecos y Tombuctú en Malí.
En el siglo XI, los Beni Maquil (una comunidad árabe que contaba con menos de doscientos miembros durante ese período) se asentaron en Marruecos, concretamente en el Valle del Draa, el río Muluya, Tafilálet y Taurirt. Hasta entonces la población, aunque musulmana, seguía siendo bereber; pero a comienzos del siglo XIII, con el final del Imperio almohade, los árabes maqil emigraron de Libia hacia poniente, y el sultán meriní Abu Yusuf los envió al sur del Draa, por lo que ocuparon el Sáhara Occidental y Mauritania dando origen a las tribus hasaníes que se impusieron sobre los bereberes sanhaya en el siglo XIV, y con ellos el árabe hasaní.thumb|Mapa de las tribus del Sahara Occidental: Erguibat (Reguibat en el mapa), Tekna, Oulad Delim...Los Beni Maquil construyeron en la región sus tribus y se establecieron cambiando su nombre y su sistema de gobierno, entre muchas otras cosas. Asimismo, lo subordinaron directamente a Al-Sous Al-Aqsa y luego se expandieron en la región de Souss, construyendo palacios ubicados en ciudades marroquíes como Taroudant. Los saharauis afirman proceder de los hasaníes, una tribu árabe que emigró a través del desierto en el siglo XI.
A partir del , durante la era meriní, los hasaníes se rebelaron contra el Estado, pero fueron derrotados por el sultán, de manera que huyeron al exterior, por lo que se decía que habitaban ríos secos. El hecho de volver a la guerra de nuevo, pero esta vez con Lamathuna, provocó que los bereberes partieran hacia el Sahara. A lo largo de casi cinco siglos, debido a un complejo proceso de aculturación, entremezclado y homogeneizacion entre algunas tribus indígenas bereberes y tribus árabes mixtas, se formó una cultura única, especialmente entre Marruecos y Mauritania.
La sociedad saharaui antes de la transformación colonial estaba determinada por el nomadismo, cuya base económica fundamental era la explotación del ganado. La sociedad precolonial se organizaba en cabilas, una unidad social. Una cabila constituye un grupo unido por lazos de parentesco, a través de línea paterna con un antepasado común de gran prestigio, de carácter santo. La unidad familiar de la sociedad saharaui se extiende desde los bisabuelos hasta los bisnietos, y el conjunto de estos familiares se materializa en el “frig” o reunión de “jaimat” de un mismo “ahel”. Además, en las cabilas la consanguinidad iba unida con la próxima residencia. Así, la comunidad era el factor de unión que garantizaba a todos la supervivencia ante la fragilidad de producción.
El sistema de gobierno del Sahara precolonial estaba organizado en relación con el chej y a la yemaa. El chej asumía una autoridad personal, no institucional, ya que era un miembro de las familias prestigiosas de la cabila, a las cuales se les atribuye una categoría superior. Era también una persona con un gran conocimiento y mucha experiencia, y su autoridad se manifestaba por medio del consenso general en el consejo y arbitraje de los conflictos del “ahel” o “fahed”. El poder del chej estaba limitado por la yemaa, la asamblea de notables reunidos en consejo o parlamento libre, cuando surgían conflictos entre diferentes familias o cabilas.
Edad Modernaː corona de Castilla La presencia de España en las costas del Sahara Occidental data de la conquista de las Canarias por la corona de Castilla en el . En 1499 el gobernador canario Lope Sánchez de Valenzuela, mandado por los Reyes Católicos, logró la capitulación del reino Bu Tata, firmándose ésta en Granada. Además, la soberanía española sobre estos territorios fue reconocida mediante sucesivos tratados con el reino de Portugal, como Alcazovas, Tordesillas y Cintra.
Siglo XIXː reparto de África Las conquistas francesas en Mauritania empujaron hacia la Saguía el Hamra y el Draa a los seguidores del dirigente musulmán Ma el Ainin (1838-1910), que en 1898-1902 fundó una ciudad en la actual Smara como centro para el comercio y el estudio religioso. Además de enfrentarse a los franceses en el sur, intervino en los asuntos de Marruecos, alterado a consecuencia del Tratado de Algeciras de 1906, siendo expulsado por los franceses en 1910. Su hijo y sucesor, Ahmed al-Hiba, fue atacado por una columna francesa de Mauritania que destruyó parcialmente Smara en 1912. Al-Hiba se proclamó sultán (conocido como el Sultán Azul) y tras el tratado franco-marroquí de 1912, que tenía cláusulas contra él, entró en Marrakech, mas en 1913-1919 fue expulsado por los franceses y murió.
El Sáhara Español 1884 - 1976 thumb|derecha|Grabado publicado en enero de 1885 en La Ilustración Española y Americana que ilustra los trabajos de la Sociedad Española de Africanistas liderados por Emilio Bonelli. Establecimiento provisional en la Península de Río de Oro.
La región situada entre el cabo Bojador y el cabo Blanco fue reclamada por España en 1884, durante la conferencia de Berlín (establecimiento de una factoría en la península de Villa Cisneros y dependencias en la bahía de Cintra y en Cabo Blanco a finales de 1884 por Emilio Bonelli). En 1885, comenzó la construcción de Villa Cisneros y el establecimiento de factorías en Río de Oro y Cabo Blanco. Los españoles prosiguieron su avance hacia el interior y el norte del cabo Bojador.
Pese al éxito de las negociaciones con Ahmed uld Mohamed uld el Aidda, sultán de Adrar el-Tmarr y el jefe saharaui más respetado de la zona, de quien se logró que firmara una carta de protectorado con España, la falta de notificación del gobierno de Práxedes Mateo Sagasta durante la Conferencia de Berlín dejó los acuerdos en papel mojado, por lo que se perdió la posibilidad de establecer la soberanía española sobre un territorio de aproximadamente 500000km². Posteriormente las salinas de Iyil quedaron bajo control francés tras el tratado de París que delimitó las fronteras entre los territorios coloniales de España y Francia tanto en el Sáhara Occidental como en el golfo de Guinea.
Ante las fricciones con Francia, una serie de acuerdos alcanzados en 1900 (Tratado de París), 1904 y 1920 delimitaron las áreas de influencia de ambos países, fijándose el límite norte del Sáhara Occidental en el paralelo 27°40′ N. España dividió su posesión en dos distritos administrativos independientes, Río de Oro, al sur y Saguía el Hamra, al norte, que se unieron el año 1958 para formar la provincia española del Sáhara Español.
Río de Oro fue el primer territorio que controló España en la zona. En 1884 Emilio Bonelli, con 7500 pesetas extraídas de los fondos del Estado gracias a un privilegio presidencial que el entonces presidente Antonio Cánovas del Castillo tenía conforme a las normas de la época, inspeccionó la zona, donde el 4 de noviembre fundó Villa Cisneros, que se convertiría en su capital. El entonces rey Alfonso XII llevó a cabo una promulgación real sobre el territorio el 26 de diciembre de 1884. La Güera, inicialmente una colonia separada, fue anexada al Río de Oro en 1924.
Después, el territorio de Saguía el Hamra fue anexado a Río de Oro. Fue reconocido a España por Francia en 1912. Ocupaba la zona entre el Cabo Bojador y el paralelo 27°40′ N. Los principales centros de población eran Smara, considerada ciudad santa, y El Aaiún (que podría traducirse como Las Fuentes) que fundada por Antonio de Oro en 1938 sobre un pequeño asentamiento nativo y que en 1940 se convirtió en capital de la provincia, relegando así a Villa Cisneros. 180px|thumb|Sello de 1924 de Posesiones Españolas del Sahara Occidental
La zona sur del Protectorado español de Marruecos, conocida como Cabo Juby —acuerdo con Francia de 1912— y situada al norte de Saguía el Hamra y comprendida entre el paralelo 27°40′ N y la vaguada del Río Draa, fue una región históricamente poblada por saharauis, y que estuvo bajo control ibérico desde la toma de Francisco Bens el 29 de junio de 1916. En 1934, en plena Segunda República, se empezó a conocer el territorio como Sáhara Español tras un acuerdo amistoso entre tribus saharauis y la administración republicana.
En 1949, Manuel Alía Medina, un geólogo español, descubrió en Bucraa los yacimientos de fosfatos más grandes del mundo que fueron explotados por la empresa estatal Fos Bucraa hasta 1976.
thumb|El Sáhara Español (1956), en el mapa también se reflejan los territorios españoles de Ifni y el Protectorado español de Marruecos. Tras su independencia de Francia en 1956, Marruecos reclamó el territorio del Sáhara español como parte de su Gran Marruecos, dando lugar a la guerra de Ifni-Sahara, librada en Ifni y en el Sahara español. La batalla más importante de ésta fue la de Edchera el 13 de enero de 1958.
En 1967, la ONU recomendó la descolonización del territorio en tanto que poco después, Mauritania también se sumó a las reclamaciones territoriales marroquíes.