400px|thumb|Mapa político de Panamá, dividido en provincias y comarcas indígenas.

La organización territorial de la República de Panamá en provincias tiene su origen en la época de dominio español, ya que en aquel entonces el hoy territorio republicano estaba dividido en las provincias de Panamá, al oriente, y Veraguas, al occidente. Ambas provincias se encontraban insertas en el Reino de Tierra Firme que en un principio constituyó un territorio autónomo de los virreinatos existentes en los siglos y , y que posteriormente sería puesto bajo la jurisdicción del Virreinato del Perú en 1535.

Las amplias facultades gubernativas que eran ejercidas desde la Ciudad de Panamá, capital del Reino de Tierra Firme, sobre el resto de las provincias españolas existentes en el istmo de Panamá, desaparecerían con la creación de la Comandancia General de Tierra Firme en 1751, bajo la jurisdicción del Virreinato de la Nueva Granada.

Declarada la independencia de España, el 28 de noviembre de 1821, los gobernantes de Panamá tomaron la decisión de unirse voluntariamente a la Gran Colombia, Estado extinto conformado en la mayor parte de su territorio por las actuales Colombia, Ecuador, Venezuela y Panamá. Con el entendimiento que se conservaría autonomía de gestión económica y administrativa. Los territorios del istmo de Panamá pasaron a ser un departamento de aquel extenso país a partir de 1822. Sin embargo, en 1826 los dirigentes del istmo plantearon sin éxito la necesidad de convertir a Panamá en un país hanséatico, bajo la protección de Gran Bretaña y los Estados Unidos.Quintero, César. Evolución Constitucional de Panamá. editorial portobelo, 1999. Panamá

Durante el periodo de disolución de la Gran Colombia (1830-1831), Panamá se mantuvo en dos ocasiones bajo gobiernos militares de corte dictatorial que proclamaron la separación de la Gran Colombia, sin embargo no llegaron a organizar las instituciones básicas de un Estado.

Disuelta la Gran Colombia, el istmo de Panamá pasó a formar parte integral de todas las formas de organización política y territorial que tuvo la República de Colombia desde 1831 hasta 1903. Sin embargo, durante ese periodo se dieron alrededor de diecisiete intentos de secesión y dos separaciones consumadas durante el , siendo la más exitosa la secesión de noviembre de 1840, en la que se logró proclamar el Estado del Istmo, antigua república independiente que abarcó el istmo de Panamá y que tuvo vigencia hasta diciembre de 1841.Roy, Alonso, Las Cinco Separaciones Panameñas de Colombia, , Consultado el 09/11/2015http://alorpe180.tripod.com/id2.html Perea Ortega, Alfonso, Separación de Panamá,] consultado 11/09/2015

Durante ese periodo de 72 años el territorio panameño tuvo diferentes sistemas de organización territorial que variaron conforme al sistema de gobierno imperante en la Colombia del , pasando a ser primero provincia y luego estado federal a partir de 1855; Dicho estado, por medio de su constitución, quedó dividido en departamentos.

Con el regreso al sistema de gobierno unitario y centralista en 1886, el estado federal fue convertido en el departamento de Panamá y sus subdivisiones internas renombradas provincias.

Con la proclamación de la República de Panamá en 1903, el país fue organizado en provincias, y esta a su vez divididas en municipios al tenor de lo dispuesto en la Constitución panameña de 1904.

Respecto a la creación de regímenes especiales se estableció por primera vez en el acto legislativo de 1928, que modificando el artículo 4 de la constitución panameña de 1904, declaraba la posibilidad de crear comarcas con territorios segregados de las provincias ya existentes.

Desde el 1 de enero de 2021, la división político-administrativa de la República de Panamá comprende 10 provincias, 81 distritos (o municipios), 6 comarcas indígenas (4 de ellas a nivel provincial) y 695 corregimientos de los cuales dos son comarcales.

Época precolombina thumb|300px|Mapa de las diferentes entidades territoriales que existían en Centroamérica en el antes de la llegada de los españoles. En lo referente a la simbología, se tomaron en cuenta las siguientes consideraciones: Reinos, todas aquellas entidades territoriales (llamadas comúnmente señoríos o cacicazgos) que contaban con una capital y un señor principal; confederación, todas aquellas entidades conformadas por señoríos o poblaciones que aunque eran independientes tenían algún tipo de integración o alianza; territorio, todas aquellas regiones conformadas por varios señoríos o poblaciones (ya sean sedentarias, nómadas o seminómadas) que no contaban con algún tipo de integración o alianza, y de las que hay nula o escasa información de como estaban constituidos o de como se encontraban delimitados los territorios de todos o algunas entidades que se encontraban en esa región; como poblaciones importantes se toman en cuenta aquellas poblaciones que eran parte de la organización administrativa de alguna entidad, aquellas poblaciones que tuvieron un papel destacado en la conquista española de alguna entidad (como aquellas en las que se libraron batallas importantes), y las poblaciones donde se hablaban o donde aún se hablan algunas lenguas o dialectos; por último, es de mencionar que las otras etnias o culturas mostradas podrían haber estado sometidas a la entidad donde se mencionan o podrían ser independientes de dicha entidad.

Se sabe poco sobre la organización territorial del istmo de Panamá durante la época precolombina. No obstante a raíz de las crónicas españolas del , se ha podido determinar la extensión de los cacicazgos que existían en Panamá al momento de la conquista de América.

Además de las crónicas, la historiografía panameña ha utilizado el lenguaje, la orfebrería y demás aspectos culturales, para lograr establecer el área de influencia territorial de las distintas naciones indígenas.

Cacicazgos indígenas orientales

Entre las naciones indígenas que habitaban el istmo destacaban los Cuevas, cuyo territorio comprendía el suroeste de Panamá, tanto en sus costas caribeña y pacífica, incluyendo el Darién. Se ha fijado el río Atrato como el límite este de los dominios de dicho pueblo indígena, mientras, por el oeste, el territorio se extendería hasta Chame en el Pacífico y Quebore (Río Indio) en el Caribe.

Los cacicazgos Cuevas más importantes eran los de Pocorosa, Comagre y Careta; cuyos territorios ocupaban la actual comarca de Guna Yala. En el litoral pacífico destacaba el cacicazgo de Chochama que ocupaba una buena parte del golfo de San Miguel, al igual que la costa comprendida entre Chimán y la bahía de Chame, el archipiélago de Las Perlas y las islas de Chepillo, Taboga, Taboguilla y Otoque.

No obstante en la parte oriental del istmo existieron pueblos que no hablaban el Cueva. Entre ellos destacan los Chuchures que, provenientes de Honduras, se asentaron en Nombre de Dios. Por otro lado “los de Birú”, fueron reportados por Pascual de Andagoya y ubicados por Romoli en la cuenca alta del río Tucutí, y los de ‘Quarequa’ o ‘Careca’ «habían venido conquistando de hacia las espaldas del Darién».

Cacicazgos indígenas en la región central

En la parte central del istmo vivían un número plural de naciones indígenas que no compartían lenguaje ni características fenotípicas comunes. Las crónicas españolas apuntan que estos cacicazgos mantenían constantes enfrentamientos bélicos entre ellos por el control territorial.

Entre los señoríos hallados por los españoles durante la conquista, en territorios de la actual provincia de Coclé, se menciona a Periquete, Totonaga, Taracuru, Penonomé. Sin embargo, se ha establecido que en Natá residía el cacique Acherse que comandaba todos esos territorios.

En el área geográfica de la actual península de Azuero se ha documentado los cacicazgos de Escoria, Usagaña, Quema, Guararé, Pocrí y París. No obstante se conoce que el cacique Cutatara de París había dominado mediante la guerra al resto de los cacicazgos vecinos.

En la parte central de la actual provincia de Veraguas estaba establecido el cacicazgo de Tabraba; hacia el norte se encontraba el cacicazgo de Urracá que se encontraba en el área de la actual Santa Fe; con el avance de la colonización este territorio albergó una importante resistencia indígena.

Cacicazgos indígenas en la región occidental

En las actuales provincias de Bocas del Toro y Chiriquí, se desarrollaron un número plural de tribus indígenas entre las que destacan los guaymíes, dorasques y dolegas. Estas tribus se encontraban dispersas tanto en las costas del océano Pacífico y el mar Caribe; como en la cordillera central.

Época colonial española (1501-1821)

El avistamiento de América en 1492 precipitaría la colonización de sus tierras por parte de los españoles. En ese contexto Rodrigo Galván de Bastidas fue el primer español en visitar el istmo de Panamá, debido a que Colón había sido apresado en su tercer viaje, y los Reyes Católicos habían eliminado la exclusividad de la empresa del genovés (las Capitulaciones de Santa Fe).

En 1501, Rodrigo de Bastidas recorrió las costas de Venezuela y el norte de Colombia, hasta el golfo de Urabá. Posteriormente bordeó la costa del istmo panameño, y llegó casi hasta el emplazamiento actual del canal de Panamá. En este trayecto, los exploradores no fundaron ningún pueblo ni se adentraron en el territorio.

El 10 de octubre de 1502, en su cuarto viaje, Colón llegó a la costa atlántica del istmo, en las actuales provincias de Bocas Del Toro y Veraguas. El 2 de noviembre, llegó a una bahía en la actual provincia de Colón, a la que bautizó como el nombre de Portobelo o Puerto Bello. El 24 de febrero de 1503, Colón fundó Santa María de Belén, cuya existencia fue efímera debido a los constantes ataques de los indígenas.

Entre las primeras poblaciones fundadas por los españoles en el istmo de Panamá estarían: Santa María la Antigua (1510), Nombre de Dios (1510), Acla (1515) y la Ciudad de Panamá (1519), siendo esta última la capital histórica del istmo.

Los españoles dividieron el istmo de Panamá en las provincias de Panamá, al oriente, la Veraguas, al occidente, y la Provincia de Darién, al oriente. Ambas provincias se encontraban insertas en el Reino de Tierra Firme.

El Reino de Tierra Firme, aglutinó la presidencia y la Real Audiencia de Panamá, que permanecería durante gran parte de la época colonial subordinada al Virreinato de Perú, hasta que fue degradada a convertirse en la Comandancia General de Tierra Firme en 1751, bajo la jurisdicción del Virreinato de la Nueva Granada.

En la práctica, la administración del territorio del istmo de Panamá no fue tan dependiente del virrey de la Nueva Granada, debido a que la mayor parte de los negocios de importancia se consultaban directamente a la corte en España.

Según Justo Arosemena, las provincias del istmo de Panamá fueron administradas nominalmente por el Virreinato de Nueva Granada por 70 años (entre 1740-1810); pero en la década entre 1810-1821, el istmo prácticamente sería gobernado por representantes directos de la corona, debido a la batallas que se llevaban en el interior del agonizante virreinato, al respecto comentó:

La administración colonial española en Panamá finalizó el 28 de noviembre de 1821.

Época Colonial Mapa Periodo Descripción División territorial Nueva Castilla de Oro del Reino de Tierra FirmeGobernación de Veragua(1508-1537) Una vez descubierto por Ojeda en 1499 el golfo y territorio circundante que se llamaría Pequeña Venecia o Venezuela, cuyo nombre se extendería a la Tierra de Gracia descubierta por Cristóbal Colón en el año anterior, y que se creara la efímera gobernación de Coquibacoa en 1502, la región occidental sin colonizar del Reino de Tierra Firme pasó a llamarse Nueva Castilla de Oro.