Río San José puede referirse a los siguientes ríos:
en Chile Río San José de Azapa, río de la Región de Arica y Parinacota; Río San José (Azufre), afluente del río Azufre en la cuenca del río Rapel en la Región de O'Higgins; Río San José (Cruces) o Río San José Copihuelpi, nombres con los cuales se conoce en sus orígenes al río Cruces de la cuenca del río Valdivia en la Región de Los Ríos; Río San José (Bahía Wood), que desemboca en el estrecho de Magallanes, en la Región de Magallanes; en Uruguay Río San José (Uruguay), río de los departamentos de Flores y de San José, Uruguay.