La presente taxonomía de Ascomycotas está basada en la versión de 2009 de Outline of Ascomycota un trabajo recopilatorio realizado por Helge Thorsten Lumbsch y Sabine Huhndorf a partir de las investigaciones publicadas hasta dicho año que muestra un esbozo del conocimiento actual sobre la división Ascomycota. Outline of Ascomycota 2009 fue publicada en diciembre de 2010 en la revista Fieldiana Life and Earth Sciences actualizando la información de su predecesora Outline of Ascomycota 2007 publicada en Myconet por los mismos autores y que a su vez recopilaba la información publicada por otros investigadores.Concretamente y según Outline of Ascomycotas (2007) este trabajo estaba basado en los trabajos de Eriksson O.E. y Hawksworth D.L. («Outline of the Ascomycetes» (1998) Systema Ascomycetum (16) pp 83-296), Hibbett, D.S. et al. («A higher-level phylogenetic classification of the Fungi» (2007) Mycological Research (111) pp 509-547), Lumbsch, H. T. y Huhndorf, S.M. («Notes on ascomycete systematics 4408 – 4750» (2007) Myconet (13) pp 59–99) y Spatafora, J.W., Hughes, K.W., y Blackwell, M. («A phylogeny for kingdom Fungi. Deep Hypha issue» (2006) Mycologia (98) pp 829-1106).
La taxonomía establece tres subfilos (Taphrinomycotina, Saccharomycotina y Pezizomycotina), con 4, 1 y 12 clases respectivamente. Un total de 20 familias y 116 géneros, indicados como incertae sedis no tienen su posición taxonómica aún resuelta, indicándose el taxón superior al que con más seguridad pertenecen. Otros tantos, que en el texto se indican con una interrogación (?), tienen una posición poco clara aunque parecen pertenecer a la familia en la que se encuentran listados. En el texto se indica con un signo igual (=) la sinonimia.
Aunque no aparece en el estudio original por motivos didácticos se indican también con un símbolo ♦ aquellas familias que poseen especies de ascomicotas formadoras de líquenes.Se toma la información de Nash, Thomas H. (1996). Lichen biology Cambridge University Press ISBN 0521459745 y de S. Foster, Mercedes y F. Bills, Gerald (2004) Biodiversity of Fungi: Inventory and Monitoring Methods Elsevier Academic Press. ISBN 0-12-509551-1
En 2018 se publicó una nueva edición de Outline of Ascomycota con los tres subfilos mencionados con 4, 1 y ahora 13 clases respectivamente.
Taxonomía reducida. Subphylum, Clase y Orden
Phylum ASCOMYCOTA thumb|right|Neolecta irregularis, un representante del subphylum Taphrinomycotina. Subphylum TAPHRINOMYCOTINA Clase Neolectomycetes Orden Neolectales Clase Pneumocystidomycetes Orden Pneumocystidales Clase Schizosaccharomycetes Orden Schizosaccharomycetales Clase Taphrinomycetes Orden Taphrinales thumb|right|Saccharomyces cerevisiae, un representante del subphylum Saccharomycotina. Subphylum SACCHAROMYCOTINA Clase Saccharomycetes (=Hemiascomycetes) Orden Saccharomycetales thumb|right|Aleuria aurantia, un representante del subphylum Pezizomycotina. Subphylum PEZIZOMYCOTINA Clase Arthoniomycetes Orden Arthoniales Clase Dothideomycetes Subclase Dothideomycetidae Orden Capnodiales Orden Dothideales Orden Myriangiales Subclase Pleosporomycetidae Orden Pleosporales (=Melanommatales) Clase Eurotiomycetes Subclase Chaetothyriomycetidae Orden Chaetothyriales Orden Pyrenulales Orden Verrucariales Subclase Eurotiomycetidae Orden Coryneliales Orden Eurotiales Subclase Mycocaliciomycetidae Orden Mycocaliciales Clase Geoglossomycetes Orden Geoglossales Clase Laboulbeniomycetes Orden Laboulbeniales Orden Pyxidiophorales Clase Lecanoromycetes Subclase Acarosporomycetidae Orden Acarosporales Subclase Ostropomycetidae Orden Agyriales Orden Baeomycetales Orden Ostropales (=Graphidales) (=Gyalectales) (=Trichotheliales) Orden Pertusariales Subclase Lecanoromycetidae Orden Lecanorales Orden Peltigerales Suborden Peltigerineae Orden Teloschistales Clase Leotiomycetes Orden Cyttariales Orden Erysiphales Orden Rhytismatales Orden Thelebolales Clase Lichinomycetes Orden Lichinales Clase Orbiliomycetes Orden Orbiliales Clase Pezizomycetes Orden Pezizales Orden Discinaceae Clase Sordariomycetes Subclase Hypocreomycetidae Orden Coronophorales Orden Hypocreales Orden Melanosporales Orden Microascales (=Halosphaeriales) Subclase Sordariomycetidae Orden Boliniales Orden Calosphaeriales Orden Chaetosphaeriales OrdenConiochaetales OrdenDiaporthales Orden Magnaporthales OrdenOphiostomatales OrdenSordariales Subclase Xylariomycetidae Orden Xylariales
Taxonomía ampliada. Subphylum hasta género Subphylum Taphrinomycotina Phylum ASCOMYCOTA Subphylum TAPHRINOMYCOTINA Clase Neolectomycetes Orden Neolectales Familia Neolectaceae Género (Neolecta) Clase Pneumocystidomycetes Orden Pneumocystidales Familia Pneumocystidaceae Género (Pneumocystis) Clase Schizosaccharomycetes Orden Schizosaccharomycetales Familia Schizosaccharomycetaceae Género (Schizosaccharomyces) Clase Taphrinomycetes Orden Taphrinales Familia Protomycetaceae Géneros (Buerenia • Protomyces • Protomycopsis • Taphridium • Volkartia) Familia Taphrinaceae Género (Taphrina) Clase Taphrinomycetes, género incertae sedis Género (Saitoella)
Subphylum Saccharomycotina Phylum ASCOMYCOTA Subphylum SACCHAROMYCOTINA Clase Saccharomycetes (=Hemiascomycetes) Orden Saccharomycetales Familia Ascoideaceae Género (Ascoidea) Familia Cephaloascaceae Género (Cephaloascus) Familia Dipodascaceae Géneros (Dipodascus • Galactomyces • ?Sporopachydermia • ?Yarrowia) Familia Endomycetaceae Géneros (Ascocephalophora • Endomyces • ?Phialoascus) Familia Eremotheciaceae Géneros (Eremothecium • ?Coccidiascus) Familia Lipomycetaceae Géneros (Dipodascopsis • Babjevia • Lipomyces (=Kawasakia) (=Smithiozyma) (=Waltomyces)(=Zygozyma)) Familia Metschnikowiaceae Géneros (Clavispora • Metschnikowia • Pichiaceae • Dekkera • Kregervanrija • Komagataella • Phaffomyces • Pichia (=Issatchenkia) • Saturnispora) Familia Saccharomycetaceae Géneros (?Citeromyces • ?Cyniclomyces • ?Debaryomyces • Kazachstania(= Arxiozyma) • Kluyveromyces • Kuraishia • Kurtzmaniella • Lachancea • ?Lodderomyces • Nakaseomyces • Naumovozyma (=Naumovia) • ?Ogataea • ?Pachysolen • Saccharomyces • Tetrapisispora • Vanderwaltozyma • Torulaspora • ?Williopsis (=Lindnera) • Zygosaccharomyces • Zygotorulaspora) Familia Saccharomycodaceae Géneros (?Hanseniaspora • Saccharomycodes • ?Wickerhamia) Familia Saccharomycopsidaceae Géneros (?Ambrosiozyma • Arthroascus • Saccharomycopsis) Familia Trichomonascaceae Géneros (Sugiyamaella • Trichomonascus • Stephanoascus • Wickerhamiella • Zygoascus) Orden Saccharomycetales, géneros incertae sedis: Géneros (Ascobotryozyma • Barnettozyma • Hyphopichia • Kodamaea • Nakazawaea • Starmera • Starmerella • Wickerhamomyces • Yamadazyma) Subphylum Pezizomycotina Phylum ASCOMYCOTA Subphylum PEZIZOMYCOTINA Clase Arthoniomycetes Orden Arthoniales Familia Arthoniaceae♦ Géneros (Amazonomyces • Arthonia • Arthothelium • Coniarthonia • Cryptothecia • Eremothecella • ?Gymnographoidea • Herpothallon • Paradoxomyces • Sagenidiopsis • Sporostigma • Stirtonia • Synarthothelium • Tylophoron) Familia Chrysotrichaceae♦ Géneros (Byssocaulon • Chrysothrix) Familia ?Melaspileaceae♦ Géneros (?Encephalographa • Melaspilea) Familia Roccellaceae♦ Géneros ( Ancistrosporella • Angiactis • Bactrospora • Chiodecton • Combea • Cresponea • Darbishirella • Dendrographa • Dichosporidium • Diplogramma • Dirina • Dirinastrum • Dolichocarpus • Enterodictyon • Enterographa • Erythrodecton • Feigeana • Follmanniella • Gorgadesia • Graphidastra • ?Halographis • Haplodina • Hubbsia (=Reinkella) • Ingaderia • Lecanactis • Lecanographa • Mazosia • Minksia • Opegrapha (=Dictyographa) • Pentagenella (=Camanchaca) • Peterjamesia • Phacographa • Phacothecium • Phoebus • Plectocarpon • Protoroccella • ?Pseudolecanactis • Roccella(=Roccellodea) • Roccellina(=Roccellaria) • Roccellographa • Sagenidium • Schismatomma • Schizopelte • Sclerophyton • Sigridea • Simonyella • Streimannia • Syncesia) Orden Arthoniales Géneros incertae sedis Arthophacopsis • Catarraphia • ?Hormosphaeria • Llimonaea • Nipholepis • Perigrapha • Pulvinodecton • Sipmania • Synarthonia • Tania • ?Tarbertia • Trichophyma • Tylophorella) Clase Dothideomycetes sensu Subclase Dothideomycetidae Orden Capnodiales Familia Antennulariellaceae Géneros (Achaetobotrys • Antennulariella) Familia Capnodiaceae Géneros (?Aithaloderma • ?Anopeltis • ?Callebaea • Capnodaria • Capnodium • ?Capnophaeum • ?Ceramoclasteropsis • ?Echinothecium • ?Hyaloscolecostroma • Phragmocapnias • ?Polychaeton • ?Scoriadopsis • Scorias) Familia Coccodiniaceae Géneros (Coccodinium • Dennisiella • Limacinula) Familia Davidiellaceae Género (Davidiella) Familia Dissoconiaceae Género (Dissoconium) Familia Metacapnodiaceae Género (Metacapnodium) Familia Mycosphaerellaceae Géneros (Achorodothis • Brunneosphaerella • Cymadothea • Euryachora • Gillotia • Melanodothis • Mycosphaerella • ?Placocrea • Polysporella • Pseudostigmidium • Sphaerellothecium • Sphaerulina • Stigmidium • Wernerella) Familia Piedraiaceae Género (Piedraia) Orden Dothideales Familia Dothideaceae Géneros (?Auerswaldia • ?Bagnisiella • ?Coccostromella • Dictyodothis • Dothidea • Lucidascocarpa • Mycoporis • Omphalospora • Pachysacca • ?Phyllachorella • Scirrhia • Stylodothis • ?Vestergrenia Familia Dothioraceae Géneros (?Botryochora • Delphinella • Dothiora • Endodothiora • ?Jaffuel • ?Phaeocryptopus • Plowrightia • Saccothecium • Sydowia • Yoshinagaia Familia Teratosphaeriaceae Género (Teratosphaeria) Orden Myriangiales Familia Elsinoaceae Géneros (Beelia • Butleria • Elsinoe • Hemimyriangium • Hyalotheles • Micularia • Molleriella • Saccardinula • Stephanotheca • Xenodium) Familia Myriangiaceae Géneros (?Anhellia • Diplotheca • ?Eurytheca • Myriangium) Subclase Pleosporomycetidae Orden Pleosporales (=Melanommatales) Familia Aigialaceae Géneros (Aigialus • Ascocratera • Rimora) Familia Amniculicolaceae Géneros (Amniculicola • Murispora • Neomassariosphaeria) Familia Cucurbitariaceae Géneros Cucurbitaria • Curreya • ?Rhytidiella • Syncarpella) Familia Delitschiaceae Géneros Delitschia • Ohleriella • Semidelitschia) Familia Diademaceae Géneros Clathrospora • Comoclathris • diadema • Diademosa • Graphyllium) Familia Didymellaceae Géneros (Didymella • Leptosphaerulina • Macroventuria • Monascostroma • Platychora) Familia Didymosphaeriaceae Géneros (Appendispora • Didymosphaeria • Phaeodothis • Roussoella • Verruculina) Familia Dothidotthiaceae Género (Dothidotthia) Familia Hypsostromataceae Género (Hypsostroma) Familia Lentitheciaceae Géneros (Katumotoa • Keissleriella • Lentithecium • Leptosphaeriaceae • Leptosphaeria • Neophaeosphaeria • Lindgomycetaceae • Lindgomyces) Familia Lophiostomataceae Géneros (Byssolophis • Cilioplea • Epiphegia • Lophiella • Lophionema • Lophiostoma • Lophiotrema • Massariosphaeria • Misturatosphaeria • Muroia • Quintaria) Familia Massariaceae Géneros (Decaisnella • Dothivalsaria (=Cryptovalsaria) • ?Dubidatio • Massaria • Navicella) Familia Massarinaceae Géneros (?Byssothecium• Massarina • Saccharicola) Familia Melanommataceae Géneros (Acrocordiopsis • ?Anomalemma • Asymmetricospora • Bertiella • Bicrouania • Byssosphaeria • Calyptronectria • ?Caryosporella • Herpotrichia • Javaria • ?Mamillisphaeria • Melanomma • Ohleria • Pseudotrichia) Familia Montagnulaceae Géneros (Bimuria • Didymocrea • Didymosphaerella • ?Kalmusia • Karstenula • ?Letendraea • Montagnula • Paraphaeosphaeria) Familia Morosphaeriaceae Géneros (Helicascus • Morosphaeria) Familia Phaeosphaeriaceae Géneros (Barria • Bricookea • Carinispora • ?Chaetoplea • Entodesmium • ?Eudarluca • Hadrospora • Isthmosporella • ?Lautitia • Metameris • Mixtura • Nodulosphaeria • Ocala • Ophiobolus • Ophiosphaerella • Phaeosphaeria (=Amarenomyces) • Phaeosphaeriopsis • Pleoseptum • Setomelanomma • Wilmia) Familia Phaeotrichaceae Géneros (Echinoascotheca • Phaeotrichum • Trichodelitschia) Familia Pleomassariaceae