La base de datos de movimientos macromoleculares es una herramienta de software como servicio y una base de datos bioinformática que intenta categorizar los movimientos macromoleculares, también conocidos como cambio de la conformación de las macromoléculas.

Fue desarrollada originalmente por Mark B. Gerstein, Werner Krebs y Nat Echols en el Departamento de Biofísica Molecular y Bioquímica de la Universidad de Yale.

Descripción

Desde su introducción a finales de la década de 1990, los artículos revisados por pares que figuran en la base de datos han recibido miles de citas. La base de datos ha sido mencionada en artículos de noticias de importantes revistas científicas, capítulos de libros y otros medios.

Los usuarios pueden buscar un movimiento concreto en la base de datos por el nombre de la proteína o por su número de identificación en el Banco de Datos de Proteínas. Sin embargo, lo más habitual es que los usuarios accedan a la base de datos a través del Banco de Datos de Proteínas, que a menudo proporciona un hipervínculo a la entrada de MolMovDB para las proteínas que se encuentran en ambas bases de datos.

La base de datos incluye una herramienta web (el servidor Morph) que permite a los usuarios sin conocimientos técnicos animar y visualizar ciertos tipos de cambios conformacionales de las proteínas generando cortometrajes. Este sistema utiliza técnicas de modelización molecular para interpolar los cambios estructurales entre dos conformadores proteicos diferentes y generar un conjunto de estructuras intermedias. A continuación, se envía por correo electrónico al usuario un enlace que apunta a los resultados de la morfología.

El servidor de Morfo era originalmente una herramienta de investigación más que una herramienta general de animación molecular, por lo que ofrecía un control limitado al usuario sobre el renderizado, los parámetros de animación, el color y el punto de vista, y los métodos originales a veces requerían una cantidad considerable de tiempo de CPU para completarse. Desde su introducción inicial en 1996, la base de datos y el servidor morfológico asociado han sido objeto de desarrollos para intentar subsanar algunas de estas deficiencias , así como añadir nuevas funciones, como el análisis en modo normal. Otros centros de investigación han desarrollado posteriormente sistemas alternativos, como MovieMaker Archivado el 24 de enero de 2016 en Wayback Machine, de la Universidad de Alberta.

Comercialización El proveedor de bioinformática DNASTAR ha incorporado morfos de la base de datos en su producto comercial Protean3D. La conexión entre DNASTAR y los autores de la base de datos, si es que existe, no queda clara de inmediato.

Referencias

Enlaces externos The Database of Macromolecular Motions (molmovdb) (en) Capítulo de libro encima Movimientos de Proteína de sitio web de RH Austin en Princeton Universidad (en) (6217): 623@–4. doi:10.1038/338623un0.

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