El Torneo Federal C 2016 fue la segunda edición de dicho certamen, organizado por el Consejo Federal, órgano interno de la Asociación del Fútbol Argentino.Vuelve el Federal C
Participaron del mismo los clubes ganadores de sus respectivas ligas regionales, y también algunos que ocuparon el segundo o tercer puesto. En algunos casos los equipos campeones decidieron ceder su plaza por cuestiones económicas o porque ya participaban de un torneo de una categoría superior, y fueron reemplazados por otros. También participaron 22 de los 36 descendidos del Federal B, entre ellos Sportsman, que había conseguido el ascenso en el torneo anterior y, debido al cambio del calendario tras la temporada transición, retornó a la categoría.
Finalizado el torneo, hubo cuatro ascendidos al Federal B.
Ascensos y descensos
17px|Ascendidos Ascendidos al Federal B 2015Etapa FinalSansinenaSportsmanBelgranoSan Martín IglesiaGuzmánGeneral San MartínUruguay
17px|Descendidos Descendidos del Federal B 2015ZonasEquiposZona 1Deportivo PatagonesBelgrano (E)MaronesePetrolero ArgentinoDebido a que renunció a su plaza en el Torneo Federal B 2015, Petrolero Argentino no pudo inscribirse al Federal C 2016.Zona 2Racing (O)A pesar de haber descendido en la anterior temporada, no fue inscripto para participar del Torneo Federal CDefensores de Valeria del MarFC Tres AlgarrobosA pesar de haber descendido en la anterior temporada, no fue inscripto para participar del Torneo Federal CZona 3SportsmanFerro (LF)Once TigresZona 4Sports SaltoSocial ObreroAprendices CasildensesZona 5SanjustinoLa Salle JobsonLa Salle Jobson no aceptó participar del Federal C.Colegiales (C)Zona 6Independiente FontanaA pesar de haber descendido en la anterior temporada, no fue inscripto para participar del Torneo Federal CSportivo (PRSP)Ocampo FábricaA pesar de haber descendido en la anterior temporada, no fue inscripto para participar del Torneo Federal CZona 7Monterrico San VicenteAtlético ChicoanaHerminio ArrietaA pesar de haber descendido en la anterior temporada, no fue inscripto para participar del Torneo Federal CZona 8Juventud Unida (C)Atlético ConcepciónSan Carlos (LE)Zona 9Talleres (F)A pesar de haber descendido en la anterior temporada, no fue inscripto para participar del Torneo Federal CDeportivo AguilaresAtlético FamailláA pesar de haber descendido en la anterior temporada, no fue inscripto para participar del Torneo Federal CZona 10Colón JuniorsSportivo Del BonoAtenas de PocitoZona 11Deportivo GuaymallénAndes FBCSportivo BalloffetA pesar de haber descendido en la anterior temporada, no fue inscripto para participar del Torneo Federal CZona 12General Paz JuniorsAtenas (RC)Alianza de MoldesA pesar de haber descendido en la anterior temporada, no fue inscripto para participar del Torneo Federal C
17px|Ascendidos Ascendidos de las ligas regionales La cantidad de equipos ascendidos o participantes de cada liga regional variaron según los afiliados a cada una, pudiendo así participar clubes coronados campeones, segundos, terceros, cuartos y hasta quintos.
Sistema de disputa El torneo contó con dos etapas:Torneo Federal C 2016 - Reglamento
Etapa clasificatoria: Se dividió a los 266 equipos clasificados en 41 zonas de 4 equipos y 34 de 3 (total: 75 zonas). El mejor de cada zona, los segundos de los grupos integrados por cuatro clubes y los mejores doce segundos de las zonas de tres clasificaron a la Etapa Final.
Etapa final: Primera fase: Estuvo integrada por los 128 equipos clasificados de la Etapa clasificatoria. Se desarrolló por el sistema de eliminación directa a doble partido, uno en cada sede.
Segunda fase: Estuvo integrada por los 64 equipos ganadores de la fase anterior. Se desarrolló por el sistema de eliminación directa a doble partido, uno en cada sede.
Tercera fase: Estuvo integrada por los 32 equipos ganadores de la fase anterior. Se desarrolló por el sistema de eliminación directa a doble partido, uno en cada sede.
Cuarta fase: Estuvo integrada por los 16 equipos ganadores de la fase anterior. Se desarrolló por el sistema de eliminación directa a doble partido, uno en cada sede.
Quinta fase: Estuvo integrada por los 8 equipos ganadores de la fase anterior. Se desarrolló por el sistema de eliminación directa a doble partido, uno en cada sede. Los 4 ganadores ascendieron al Torneo Federal B.
Equipos participantes