La inmigración judía a Puerto Rico comenzó en el con la llegada de los anusim (diversamente llamados conversos, criptojudíos, Judíos secretos y despectivamente marranos, que significa porcino) que acompañó a Cristóbal Colón en su segundo viaje. Una comunidad judía abierta no podía prosperar en Puerto Rico porque el judaísmo fue prohibido por la Inquisición española, sin embargo, muchos emigraron a partes montañosas de la isla, lejos del poder central de San Juan, y continuaron auto-identificándose como Judíos y practicando el Cripto judaísmo.

Pasarían cientos de años antes de que una comunidad judía se estableciera abiertamente en la isla. Son muy pocos los Judíos de América que se establecieron en Puerto Rico después de que la isla fue cedida por España a los Estados Unidos bajo los términos del Tratado de 1898 de París, que puso fin a la Guerra Española-Americana.

El primer gran grupo de Judíos que se estableció en Puerto Rico era de refugiados europeos que huían de la Europa ocupada por los alemanes entre los años 1930 y 1940. La segunda afluencia de Judíos a la isla se produjo en la década de 1950, cuando miles de Judíos de Cuba (la mayoría de ascendencia oriental Europea) huyeron después de que Fidel Castro llegó al poder, la mayoría emigró a Miami, Florida, pero una parte considerable eligió establecerse e integrarse a la isla vecina debido a las similitudes culturales, lingüísticas, raciales e históricas compartidas por ambas islas. Los judíos de Puerto Rico han hecho muchas contribuciones en varios campos, incluyendo los negocios y el comercio, la educación y el entretenimiento. Puerto Rico tiene la comunidad judía más grande y más rica en el Caribe, con más de 3.000 judíos. También es la única isla del Caribe en la que están representadas las tres principales corrientes judías -ortodoxos, conservadores y reformistas.

Primeros judíos en inmigrar a Puerto Rico Según los historiadores, los primeros Judíos que llegaron a Puerto Rico eran conversos, Judíos que fueron forzados a convertirse al catolicismo y eran miembros de la tripulación del segundo viaje de Cristóbal Colón el 19 de noviembre de 1493 al llamado "Nuevo Mundo". Los historiadores creen que Luis de Torres, que hablaba hebreo, entre otros idiomas, y que acompañó a Colón como intérprete, fue el primer Judío "converso" que pisó Puerto Rico.Jewish Community Los Judíos que llegaron y se establecieron en Puerto Rico fueron llamados "Crypto-Judíos" o "Judíos secretos".Vazquez, Larizza, "Judios en Secreto" , El Nuevo Dia, December 8, 2000, (Spanish), Retrieved November 12, 2008.

En 1478, los Reyes Católicos de España, Fernando II de Aragón e Isabel I de Castilla, estableció un tribunal eclesiástico conocido como la Inquisición española. Su intención era la de mantener la ortodoxia católica en sus reinos.Homza, Lu Ann (2006). The Spanish Inquisition, 1478–1614; Page xxv, Hackett Publishing, ISBN 0-87220-795-1. Cientos de Judíos fueron asesinados, y sus sinagogas destruidas. Una de las consecuencias de estos disturbios fue la conversión forzada y en masa de Judíos.Kamen, Henry (1999). The Spanish Inquisition, p. 17, Yale University Press, ISBN 0-300-07880-3

Cuando los Crypto Judíos llegaron a la isla de Puerto Rico, esperaban evitar el escrutinio religioso, pero los Inquisidores siguieron a los colonos. La Inquisición se mantuvo sin rota o tribunal religioso en Puerto Rico. Sin embargo, los herejes fueron inscritos y si era necesario eran remitidos a los tribunales inquisitoriales regionales en España o en otro lugar en el hemisferio occidental. Como resultado, muchos Judíos secretos se establecieron en el remoto interior montañoso de la isla lejos de los centros concentrados de energía en San Juan y vivían una vida tranquila.Ezratty, Harry, "Crypto Jews in Puerto Rico Welcomed by Reform Community" , Society For Crypto Judaic Studies, Retrieved November 12, 2008. Practicaban Crypto-Judaísmo lo que significaba que en secreto practicaban el judaísmo mientras profesan públicamente ser católicos.Jacobs, J. (2002). Hidden Heritage: The Legacy of the Crypto-Jews, University of California Press, ISBN 978-0-520-23517-5, OCLC 48920842. Sin embargo, ya que a Judíos no se les permitía el culto, los Crypto Judíos finalmente se casaron con católicos y, por tanto, Puerto Rico prácticamente no tenía antecedentes judíos de los que hablar.Jewish Life Emerging , Jewish News, Retrieved November 12, 2008.

izquierda|150px|miniatura|Mathias Brugman En el , la Corona española había perdido la mayor parte de sus posesiones en América. Dos de sus posesiones restantes eran Puerto Rico y Cuba, los cuales exigían mayor autonomía y tenía movimientos independentistas. La Corona española dictó la Real Cédula de Gracias, que se originó el 10 de agosto de 1815, con la intención de atraer a los colonos europeos que no eran de origen español a las islas.

El gobierno español, en la creencia de que los movimientos independentistas perderían su popularidad, concedió tierra y en un principio dio a los colonos "Cartas de Domicilio". Sin embargo, los europeos que eran de la fe judía y protestante fueron excluidos de la adquisición directa de tierras del Estado, ya que se esperaba de los colonos que juraran lealtad a la Corona española y a la Iglesia católica.Archivo General de Puerto Rico: Documentos , Instituto de Cultura Puertorriqueña, (Spanish), Retrieved November 12, 2008. La apertura de nuevas tierras a los católicos dieron lugar a algunas ventas de tierras cultivadas existentes a otros. Esto, sin embargo, no impidió que las personas de ascendencia judía se establecieran en Puerto Rico. Entre los Judíos puertorriqueños que vivían en Puerto Rico en el fue Mathias Brugman.

Mathias Brugman (1811-1868) era el hijo de Pierre Brugman de Curazao de ascendencia judía-holandesa e Isabel Duliebre de Puerto Rico. Sus padres se conocieron y se casaron en Nueva Orleans, Luisiana, donde Brugman nació, creció y se educó.Acosta, Ursula. "Puerto Rico y Curazao: The Brugman Family", University of Puerto Rico, Mayagüez Campus, XIII, 1/2. 1993, p. 41, Retrieved November 12, 2008. La familia Brugman se mudó a Puerto Rico y se estableció en la ciudad de Mayagüez, donde Brugman conoció y se casó con Ana María Laborde. Abrió un colmado (tienda de comestibles) y tuvo bastante éxito, sólo para perder una buena parte de su fortuna tratando de cultivar café. Al igual que muchos otros residentes de Puerto Rico en el momento, él se resentía por las injusticias políticas practicadas por España en la isla. Esto lo llevó a convertirse en un creyente de la causa del movimiento de independencia de Puerto Rico.

Brugman admiraba a los defensores de la independencia Ramón Emeterio Betances y Segundo Ruiz Belvis. Junto con su hijo, Héctor, se unió a ellos en una conspiración para la rebelión contra España y formó un comité revolucionario llamado: "Capa Prieto" (un árbol conocido como olmo español, Ecuador Laurel, Cypre o salmwood y utilizado por su madera para construir barcos, entre otras cosas). El 23 de septiembre de 1868, Brugman y su hijo participaron en la revuelta de corta duración contra el dominio español conocido como El "Grito de Lares". Brugman y su hijo se negaron a entregarse a las autoridades españolas y, finalmente, fueron ejecutados.

Después de la fallida revolución, las Cortes españolas aprobaron el "Acta de Culto Condicionado" en 1870. La ley fue un intento de atraer a más colonos que serían fieles a la Corona española por la concesión del derecho de la libertad religiosa para todos aquellos que deseaban profesar una religión diferente a la católica.Wilhelmsen, Alexandra. "Carlism's Defense of the Church in Spain, 1833-1936", Retrieved November 12, 2008. A pesar de ello, la primera sinagoga no fue establecida hasta después de que Puerto Rico fuera cedido por España a los Estados Unidos a finales de la Guerra Española-Americana en 1898.The Virtual Jewish History Tour Puerto Rico, Jewish Virtual Library, Retrieved November 12, 2008. A finales del durante la guerra muchos militares estadounidenses judíos se reunieron con Judíos puertorriqueños locales en el edificio antiguo del telégrafo en Ponce para celebrar servicios religiosos.El Vocero, Suplemento: 40 Aniversario del Estado de Israel, sección: Judíos de PR, 1988 pg.6

1930 Soldados judío-estadounidenses fueron asignados a las bases militares de Puerto Rico y muchos optaron por quedarse a vivir en la isla. Un gran número de inmigrantes judíos comenzaron a llegar a Puerto Rico en la década de 1930 como refugiados de la ocupación nazis en Europa. La mayoría se instaló en la capital de la isla, San Juan, donde en 1942 se estableció el primer centro de la comunidad judía de Puerto Rico.

1940 El Presidente del Senado de Puerto Rico, Luis Muñoz Marín,Puerto Rican Labor Movement, Center for History and New Media, George Mason University, Retrieved December 11, 2008. junto con el gobernador Rexford Tugwell, el último Gobernador no puertorriqueño de Puerto Rico nombrado por un presidente estadounidense, ayudó al avance de la legislación orientada a la reforma agraria, la recuperación económica y la industrialización. Este programa fue conocido como Operación Manos a la Obra. Como resultado del programa, muchos Judíos emigraron a la ciudad de Ponce, que se encuentra en la región sur de la isla y trabajaron en la industria agrícola. Operación Manos a la Obra también atrajo fábricas textiles de Nueva York y muchas de las personas de esta industria que llegaron a la isla eran Judíos.

En 1942, el presidente Franklin D. Roosevelt designó a Aarón Cecil Snyder (1907-1959), nacido en Baltimore, Maryland como Juez Asociado del Tribunal Supremo de Puerto Rico. Snyder se convirtió en el primer Judío y el último no puertorriqueño nombrado para ese tribunal. En 1953, el gobernador Luis Muñoz Marín lo nombró Juez Presidente del Tribunal Supremo de Puerto Rico, la primera designación que un gobernador puertorriqueño hizo en la corte, dirigiendo la nominación a "A. Cecilio Snyder". Snyder en realidad usó el nombre "Cecilio", cuando juró como presidente del Tribunal Supremo. Después de su salida de la corte, Snyder ejerció la abogacía en San Juan hasta su muerte en 1959.Rivera, Luis Rafael (2007). La Justicia en sus Manos, pp. 212 - 215, Fundacion Historica del Tribunal Supremo de Puerto Rico, (Spanish), ISBN 1-57581-884-1

1950-1960 En 1952, Puerto Rico logró ser un Estado Libre Asociado a Estados Unidos y se convirtió oficialmente en el Estado Libre Asociado de Puerto Rico. Ese mismo año un puñado de Judíos estadounidenses estableció la primera sinagoga de la isla en la antigua residencia de William Korber, un rico puertorriqueño de ascendencia alemana, que fue diseñada y construida por el arquitecto checo Antonin Nechodoma.Eduardo Giorgetti Y Su Mundo: La Aparente Paradoja De Un Millonario Genio Empresarial Y Su Noble Humanismo"; by Delma S. Arrigoitia; Publisher: Ediciones Puerto; ISBN 0-942347-52-8; ISBN 978-0-942347-52-4Korber House La sinagoga, llamada Sha'are Zedeck, contrató a su primer rabino en 1954.

Tras el éxito de la Revolución Cubana, liderada por Fidel Castro en 1959, casi la totalidad de los 15.000 Judíos de Cuba se fue al exilio. La mayoría de ellos huyó a Miami, Florida. Sin embargo, Puerto Rico también recibió una gran afluencia de emigrantes judíos de CubaLuxner, Larry, "Puerto Rico's Jews planting roots on an island with little Jewish history" , Luxner News, Retrieved November 12, 2008.