La historia de Sonora, un estado localizado en el Noroeste de México en Norteamérica, abarca más de 10 milenios. La evidencia de poblaciones humanas se remonta y hace más de 10,000 años. El territorio contaba con algunas culturas indígenas antes del descubrimiento y conquista por los españoles en el .thumb|right|250px|Nuestra Señora del Rosario, origen disputado del nombre Sonora.
Nombre Existen varias teorías posibles para el origen del nombre Sonora. Unas dicen que el nombre se deriva de "Nuestra Señora", el nombre dado al territorio cuando Diego de Guzmán cruzó el río Yaqui el 7 de octubre, el día de Nuestra Señora del Rosario. La pronunciación del nombre pudo haber cambiado en parte porque ninguno de los idiomas indígenas del área tienen el sonido "ñ".
Otra versión dice que Álvar Núñez Cabeza de Vaca y sus compañeros, que encallaron en la Florida y caminaron a través del continente, fueron forzados a cruzar lo que hoy es Sonora de norte a sur, cargando una imagen de Nuestra Señora de las Angustias en una manta. Este grupo se encontró con el pueblo Ópata, que no pudo pronunciar "Señora", y decían Senora o Sonora.
Una tercera versión, escrita por el padre Cristóbal de Cañas en 1730, dice que el nombre viene de la palabra para un pozo natural de agua, "sonot" que los españoles finalmente modificaron a Sonora. No se conoce a ciencia cierta si alguna de estas historias es verdad. El primero en utilizar el nombre Sonora fue el explorador Francisco Vázquez de Coronado que pasó por el estado en 1540, llamando a parte de la región el "Valle de La Sonora". En 1567, Francisco de Ibarra también viajó a través de la zona y mencionó los "Valles de Señora".
Periodo prehispánico thumb|left|250px|La cultura de Casas Grandes influenció a las culturas de la sierra sonorense. Hay evidencia de la existencia humana en el área desde hace más de 10,000 años, unas de las ruinas más conocidas son las del complejo de San Dieguito en el desierto de El Pinacate. Los primeros humanos fueron cazadores recolectores nómadas que usaban piedras, conchas y herramientas de madera. En gran parte del periodo prehistórico, las condiciones ambientales eran menos extremosas que lo que son hoy en día, la vegetación era similar, pero su distribución era más amplia y densa.
La agricultura apareció por primera vez cerca de 400 a 200 años antes de nuestra era en los valles ribereños. El uso de la cerámica se desarrolló después del 750 de nuestra era y se diversificó entre los años 800 y 1350, la región tenía villas pequeñas pero socialmente complejas, que estuvieron involucradas en el redes de intercambio bien desarrolladas. Una excepción a esto fue la costa central baja, que nunca adoptó realmente la agricultura. Sonora y gran parte del noroeste de México no se considera parte de Mesoamérica, siendo Guasave en Sinaloa el asentamiento mesoamericano más noroccidental conocido, pero hay evidencia de que hubo intercambio comercial entre los pueblos de Sonora y Mesoamérica.
Se distinguen tres culturas distintas que se desarrollaron en las áreas bajas del estado cerca de la costa, llamadas la cultura de Trincheras, la cultura de Huatabampo y la cultura de la Costa Central. La cultura de Trincheras data de entre el año 750 y el 1450 y es conocida principalmente por sitios en los valles de Altar, Magdalena y Concepción, pero su rango se extendió desde el Golfo de California hacia el norte de Sonora.
La cultura se llama así por las trincheras que se encuentran en varios de los sitios arqueológicos, el más conocido de ellos es el Cerro de Trincheras. La cultura de Huatabampo se centra en el sur de la de Trincheras a lo largo de la costa, con sitios a lo largo de lagunas extintas, estuarios y valles ribereños. La cerámica es distintiva. La cultura muestra similitudes con los Chametla en el sur y con los Hohokam en el norte. Probablemente desapareció cerca del año 1000. A diferencia de las otras dos culturas, la de la Costa Central permaneció una cultura de cazadores recolectores, pues el área carece de recursos para la agricultura.
Las elevaciones más altas del estado estuvieron dominadas por las culturas del Río Sonora y de Casas Grandes. La cultura del Río Sonora se localiza desde el centro de Sonora hasta el área de la frontera con el Sinaloa de hoy en día. Aún no se determina una fecha para el inicio de esta cultura pero probablemente desapareció a comienzos del . La cultura de Casas Grandes en Sonora era una extensión de aquella basada en el actual estado de Chihuahua, y este pueblo extendía su influencia hacia la parte serrana de Sonora.
Cambios climáticos a mediados del resultaron en un incremento de la desertificación en Sonora y en el noroeste de México en general. Esta es la causa probable del decremento drástico en el número y tamaño de los asentamientos a principios de este tiempo. Aquellos pueblos que permanecieron en el área volvieron a tener una organización social y estilo de vida menos complejo. Cualquier organización social compleja que existió en Sonora antes de los españoles ya había desaparecido mucho antes del .
Periodo virreinal thumb|left|250px|La tribu Yaqui, es conocida por su resistencia constante a los extranjeros, incluidos los europeos.
Hay poca información confiable sobre el área en el , de hecho solo hay rumores no comprobables desde luego, en este sentido se ha llegado a manejar la idea de que poco tiempo después de la conquista española del Imperio Azteca, que hubo un primer asentamiento, o intento de ello, español que lo habría realizado Álvar Núñez Cabeza de Vaca en 1530, y que lo hizo cerca de la región de Huépac, sin embargo Núñez Cabeza de Vaca no habría podido hacerlo porque si bien en 1528 formando parte de los expedicionarios del Cap. Pánfilo de Narváez, fue uno de los 4 de 600 españoles que sobrevivieron de milagro, ya que los indígenas asesinaron a los 596 españoles, luego en 1534 Narváez encontró a los otros 3 sobrevivientes y así unidos emprendieron su muy larga marcha hacia el Occidente, siguiendo la costa del Golfo de México, para luego adentrarse tierra dentro, siguiendo su curso corriente arriba, y más o menos por la actual región de Piedras Negras, Coahuila tomaron rumbo al Suroeste, rodeando montañas, logrando llegar a las costas del Océano Pacífico, en un derrotero que les tomó 6 años, en el que solo había el propósito de llegar a tierras controladas por los españoles, a los que reencontró en el año 1536 en Sinaloa actual, por lo tanto no habría podido, ni siquiera tener la idea de fundar un pueblo . Otros dicen que Francisco Vázquez de Coronado fundó una villa a orillas del Río Yaqui en 1540 en su camino hacia el norte.
Otra versión se enfoca en que la primera presencia española en el territorio de Sonora habría sido hasta el año 1614, cuando se dio la primera incursión hecha por misioneros Pedro Méndez y Andrés Pérez de Ribas, quienes llegaron a las tierras de los mayos, y con los cuales iniciaron el proceso de evangelización, sin embargo para fundar un pueblo o una villa era necesario contar con gente y recursos materiales y económicos, lo cual lo misioneros no habrían podido tener a su disposición .
A diferencia de Mesoamérica en el centro de México, no había centralización social o económica en el área de Sonora, debido al colapso de los centros de población en el . Las cinco culturas del pasado se habían dividido en varias etnias fracturadas. No había un imperio u otro sistema que cooperara con los españoles con propósitos de dominio. Además, hubo resistencia yaqui al entrometimiento español en sus tierras, lo cual mantuvo a los españoles fuera del área hasta el . A pesar de que hubo exploración del área con las expediciones del , no fue posible un asentamiento español permanente hasta el establecimiento del sistema de misiones.
Los padres jesuitas comenzaron a trabajar en el área de Sonora en los 1610 en las áreas bajas cerca de la costa. Originalmente, estos misioneros trabajaron en compromiso de paz con los 30,000 yaquis de la región, lo que permitió el establecimiento de más de cincuenta asentamientos de misión en los valles de los ríos sonorenses. Esto se vino abajo cuando los jesuitas se opusieron a los chamanes nativos que comunicaban a los vivos con los muertos. Los ópatas recibieron mejor a los misioneros y se aliaron con ellos. Después de esto, los jesuitas comenzaron a moverse en los territorios de los pima y de los Tohono O'odham. El trabajo de exploración y misiones español fue suficiente para considerar al territorio parte de la Nueva España. Un acuerdo entre el general Pedro de Perea y el virrey de la Nueva España resultó en la formación general de la provincia, llamada originalmente Nueva Andalucía en 1637, pero renombrada Sonora en 1648.
El misionero más famoso de Sonora, así como en gran parte de lo que hoy es el suroeste de los Estados Unidos, es el jesuita italiano, Eusebio Francisco Kino, más conocido como El Padre Kino. Llegó a Sonora en 1687 y comenzó su trabajo en el área de la Pimería Alta de Sonora y Arizona. Fundó su primera misión en Cucurpe, después estableció iglesias y misiones en otras villas tales como Los Remedios, Ímuris, Magdalena, Cocóspera, San Ignacio, Tubutama, Caborca y otras. Además introdujo técnicas agrarias europeas entre los indígenas de los territorios donde predicaba. Murió en 1711 en Magdalena.
La atracción inicial de Sonora para los españoles fue las tierras de cultivo fértiles a lo largo de los valles de los ríos y su posición como parte de un corredor que comunicaba los valles del centro de México con la costa del Pacífico hacia Arizona y puntos más al norte. Este corredor todavía existe en forma de la Carretera Federal 15. Después del establecimiento del sistema de misiones llegaron los colonizadores españoles. La respuesta de los grupos originarios fue una mezcla de alojamiento y violencia, pues se utilizaron estrategias diferentes por grupos diferentes en tiempos diferentes. La violencia esporádica, que continuaría a lo largo del periodo colonial, resultó en la construcción de Presidios y otras fortificaciones para proteger las misiones y otros asentamientos de españoles por parte de los mismos. A pesar de que el proceso de colonización no fue especialmente violento, el impacto en los indígenas del área fue grave, pues interrumpió casi por completo sus vidas altamente independientes, forzándolos a conformarse con un sistema centralizado extranjero. Una consecuencia de esto fue el alcoholismo entre la población nativa. thumb|470px|right|Mapa de Sonora y Baja California de 1757, hecho por el padre Miguel Venegas.